Declarar matriz Z modelos mistos
Pessoal, dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf , pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas. dados <- data.frame(ind=c(1:5), diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), M1=c(2,1,0,1,1), M2=c(0,1,2,0,0), M3=c(0,0,0,1,0), M4=c(0,0,0,0,1), M5=c(2,1,0,1,1), M6=c(0,1,0,0,1), M7=c(0,0,2,0,0)) dados require(lme4) Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados) Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados) summary(m0) ranef(m0) fixef(m0) # Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador) OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1. Obrigado
Éder, Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo. m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) + (1|M7),dados) summary(m1) ranef(m1) dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus IC's. Valeu!!! Fábio Mathias Corrêa Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia Tel.: 73-3680-5076 ________________________________ De: Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> Para: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Domingo, 21 de Agosto de 2011 15:52 Assunto: [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos Pessoal, dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf , pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas. dados <- data.frame(ind=c(1:5), diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), M1=c(2,1,0,1,1), M2=c(0,1,2,0,0), M3=c(0,0,0,1,0), M4=c(0,0,0,0,1), M5=c(2,1,0,1,1), M6=c(0,1,0,0,1), M7=c(0,0,2,0,0)) dados require(lme4) Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados) Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados) summary(m0) ranef(m0) fixef(m0) # Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador) OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1. Obrigado _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Fabio, Esta forma de declarar não funciona, tinha tentado esta opção, desta forma para cada Mxx é gerado um efeito para 0 ,1 e 2 caso tenha os três, mas pelo exemplo é um efeito para Mxx como se fosse um slope para cada Mxx, e o 0,1,2 seriam os niveis. Desta forma o teriam um componente para cada Mxx, mas no problema só existe um componente único que engloba a variação de todos estes Mxx. Obrigado pela resposta Att Em 22 de agosto de 2011 07:35, Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla@yahoo.com.br
escreveu:
Éder,
Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo.
m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) + (1|M7),dados) summary(m1) ranef(m1)
dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus IC's.
Valeu!!!
Fábio Mathias Corrêa
Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET
Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia
Tel.: 73-3680-5076 ------------------------------ *De:* Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> *Para:* R-br@listas.c3sl.ufpr.br *Enviadas:* Domingo, 21 de Agosto de 2011 15:52 *Assunto:* [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos
Pessoal, dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf , pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas.
dados <- data.frame(ind=c(1:5), diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), M1=c(2,1,0,1,1), M2=c(0,1,2,0,0), M3=c(0,0,0,1,0), M4=c(0,0,0,0,1), M5=c(2,1,0,1,1), M6=c(0,1,0,0,1), M7=c(0,0,2,0,0)) dados require(lme4)
Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados) Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados) summary(m0) ranef(m0) fixef(m0) # Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador)
OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1. Obrigado
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Éder, Na verdade, o que ocorre é um modelo de seleção via regressão. Então, cada marcador deve ser inserido como um coeficiente de modelo de regressão. Eu não havia lido a apostila antes...rsrsrsrs. A lmer não realiza esse tipo de análise. Para isso vc deve utilizar a library rrBLUP. Utilizando os seus dados, deve realizar o procedimento da seguinte maneira. # Veja o help da library! cran.r-project.org/web/packages/rrBLUP/rrBLUP.pdf library(rrBLUP) dados <- data.frame(ind=c(1:5), diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), M1=c(2,1,0,1,1), M2=c(0,1,2,0,0), M3=c(0,0,0,1,0), M4=c(0,0,0,0,1), M5=c(2,1,0,1,1), M6=c(0,1,0,0,1), M7=c(0,0,2,0,0)) dados G2 <- dados[,3:ncol(dados)] # A matriz Z deve ter apenas -1,0 e 1, que corresponde a 1,0 e 2 na sua matriz. G3 <- apply(G2,2,function(x) ifelse(x==1,-1, ifelse(x!=0,1,0))) # G3 é sua nova matriz! result <- mixed.solve(y=dados$diametro, Z=G3, K=diag(7)) result $Vu [1] 0.8537734 $Ve [1] 5.45131 $beta [1] 11.2199 $u [1] -0.40714456 -0.54215342 -0.35285351 0.33237757 -0.40714456 0.02959554 [7] -0.23937139 $LL [1] -9.760329 Valeu!!! Fábio Mathias Corrêa Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia Tel.: 73-3680-5076 ________________________________ De: Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla@yahoo.com.br> Enviadas: Segunda-feira, 22 de Agosto de 2011 14:13 Assunto: Re: [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos Fabio, Esta forma de declarar não funciona, tinha tentado esta opção, desta forma para cada Mxx é gerado um efeito para 0 ,1 e 2 caso tenha os três, mas pelo exemplo é um efeito para Mxx como se fosse um slope para cada Mxx, e o 0,1,2 seriam os niveis. Desta forma o teriam um componente para cada Mxx, mas no problema só existe um componente único que engloba a variação de todos estes Mxx. Obrigado pela resposta Att Em 22 de agosto de 2011 07:35, Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla@yahoo.com.br> escreveu: Éder,
Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo.
m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) + (1|M7),dados)
summary(m1) ranef(m1)
dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus IC's.
Valeu!!!
Fábio Mathias Corrêa
Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET
Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia
Tel.: 73-3680-5076
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Pessoal, dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf , pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas.
dados <- data.frame(ind=c(1:5), diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), M1=c(2,1,0,1,1), M2=c(0,1,2,0,0), M3=c(0,0,0,1,0), M4=c(0,0,0,0,1), M5=c(2,1,0,1,1), M6=c(0,1,0,0,1), M7=c(0,0,2,0,0)) dados require(lme4)
Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados) Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados) summary(m0) ranef(m0) fixef(m0) # Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador)
OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1. Obrigado _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Fabio, Extamente isso que estava procurando, valeu pela ajuda. Tinha colocada o mesmo post na R-SIG-MIXED, e segundo o Bates, ele tem ideias de deixar isso como possibilidade de declarar na lmer https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2011q3/006587.html Valeu Fabio Éder Em 23 de agosto de 2011 08:28, Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla@yahoo.com.br
escreveu:
Éder,
Na verdade, o que ocorre é um modelo de seleção via regressão. Então, cada marcador deve ser inserido como um coeficiente de modelo de regressão.
Eu não havia lido a apostila antes...rsrsrsrs.
A lmer não realiza esse tipo de análise. Para isso vc deve utilizar a library rrBLUP.
Utilizando os seus dados, deve realizar o procedimento da seguinte maneira.
# Veja o help da library! cran.r-project.org/web/packages/rrBLUP/rrBLUP.pdf
library(rrBLUP)
dados <- data.frame(ind=c(1:5), diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), M1=c(2,1,0,1,1), M2=c(0,1,2,0,0), M3=c(0,0,0,1,0), M4=c(0,0,0,0,1), M5=c(2,1,0,1,1), M6=c(0,1,0,0,1), M7=c(0,0,2,0,0)) dados
G2 <- dados[,3:ncol(dados)]
# A matriz Z deve ter apenas -1,0 e 1, que corresponde a 1,0 e 2 na sua matriz.
G3 <- apply(G2,2,function(x) ifelse(x==1,-1, ifelse(x!=0,1,0)))
# G3 é sua nova matriz!
result <- mixed.solve(y=dados$diametro, Z=G3, K=diag(7)) result
$Vu [1] 0.8537734
$Ve [1] 5.45131
$beta [1] 11.2199
$u [1] -0.40714456 -0.54215342 -0.35285351 0.33237757 -0.40714456 0.02959554 [7] -0.23937139
$LL [1] -9.760329
Valeu!!!
Fábio Mathias Corrêa
Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET
Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia
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Fabio, Esta forma de declarar não funciona, tinha tentado esta opção, desta forma para cada Mxx é gerado um efeito para 0 ,1 e 2 caso tenha os três, mas pelo exemplo é um efeito para Mxx como se fosse um slope para cada Mxx, e o 0,1,2 seriam os niveis. Desta forma o teriam um componente para cada Mxx, mas no problema só existe um componente único que engloba a variação de todos estes Mxx. Obrigado pela resposta Att
Em 22 de agosto de 2011 07:35, Fabio Mathias Corrêa < fabio.ufla@yahoo.com.br> escreveu:
Éder,
Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo.
m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) + (1|M7),dados) summary(m1) ranef(m1)
dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus IC's.
Valeu!!!
Fábio Mathias Corrêa
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Pessoal, dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf , pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas.
dados <- data.frame(ind=c(1:5), diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), M1=c(2,1,0,1,1), M2=c(0,1,2,0,0), M3=c(0,0,0,1,0), M4=c(0,0,0,0,1), M5=c(2,1,0,1,1), M6=c(0,1,0,0,1), M7=c(0,0,2,0,0)) dados require(lme4)
Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados) Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados) summary(m0) ranef(m0) fixef(m0) # Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador)
OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1. Obrigado
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