Bruno Como minimizar a distância sem calcular a mesma? pense nisso. Em 27/01/2013 20:01, bruno vidigal escreveu:

Oi Marcos,

Concordo com o que vc falou sobre o Ward, mas continuo sem entender o que o R faz. Veja bem meu raciocínio:

Segundo Mingoti (2005) o método de Ward faz o seguinte:

1 - Calcula a soma de quadrados dentro de cada conglomerado;

2 - Calcula a soma de quadrados entre dois conglomerados;

3 - Os dois conglomerados que minimizam a distância calculada no item 2 são combinados.

Então, ao meu ver, não precisaria de uma matriz de distância como o R pede já que o próprio método de Ward já utiliza a soma de quadrados para agrupar os indivíduos mais homogêneos.

Vou ler o material sugerido,

abraço

Em 27 de janeiro de 2013 19:04, Marcos Vital <marcosvital@gmail.com <mailto:marcosvital@gmail.com>> escreveu:

Bruno, na verdade o método de Ward precisa sim da matriz de distância como os outros métodos de clsuter; o que muda é a forma como ele cria o dendograma.

Ele calcula a soma dos quadrados das distâncias entre os objetos, dividida pelo número de objetos, buscando minimizá-la. Então é necessária uma matriz de distância como nos outros casos, e o que muda na função hclust é o argumento method="ward".

Se tiver acesso, veja o excelente *Numerical Ecology with R* (Bocard, Gillet & Legendre, 2011), que é uma excelente fonte para estudar métodos multivariados no R (o foco é em Ecologia, mas com certeza pode ser útil em outros casos).

Abraços

Marcos

-- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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-- Bruno C. Vidigal

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