Bruno, na verdade o método de Ward precisa sim da matriz de distância como os outros métodos de clsuter; o que muda é a forma como ele cria o dendograma.
Ele calcula a soma dos quadrados das distâncias entre os objetos, dividida pelo número de objetos, buscando minimizá-la. Então é necessária uma matriz de distância como nos outros casos, e o que muda na função hclust é o argumento method="ward".
Se tiver acesso, veja o excelente
Numerical Ecology with R (Bocard, Gillet & Legendre, 2011), que é uma excelente fonte para estudar métodos multivariados no R (o foco é em Ecologia, mas com certeza pode ser útil em outros casos).