Prezados, boa tarde. Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência). Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal. Algum pacote adequado? Agradeço qualquer ajuda. *Emerson*
RekativeRisk ? Usei ha muitos anos atras, nao sei se esta no cran ainda. Mas o pulo do gato aí é mudar o link do glm. Mas ja faz muitos anos e nao tenho certeza da minha memoria. Pedro Brasil (:)= Em 07/04/2016 15:21, "Emerson Cotta Bodevan" <bodevan.ec@gmail.com> escreveu:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Emerson, você pode tentar: modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo) Mauricio Cardeal UFBA Em 07/04/2016 15:21, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda. * * /*Emerson*/
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Com toda a humildade de quem não é estatístico, Pelo que me consta é melhor usar uma distribuição quasi-Poisson ou outra modificação que flexibilize a relação entre a média e a variância, quando se calcula a razão de prevalência: http://bmcmedresmethodol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2288-3-21. (Conflito de interesse: o autor principal é meu orientador no doutorado.) Leonardo Ferreira Fontenelle[1] Em Qui 7 abr. 2016, às 16:09, Mauricio Cardeal escreveu:
Emerson, você pode tentar:
modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
Mauricio Cardeal UFBA
Em 07/04/2016 15:21, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a*razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
**Emerson**
_______________________________________________ R-br mailing list R- br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_________________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Links: 1. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638
Obrigado a todos pela colaboração. Vou verificar todas as sugestões. Abraços, *Emerson* Em 7 de abril de 2016 18:22, Leonardo Ferreira Fontenelle < leonardof@leonardof.med.br> escreveu:
Com toda a humildade de quem não é estatístico,
Pelo que me consta é melhor usar uma distribuição quasi-Poisson ou outra modificação que flexibilize a relação entre a média e a variância, quando se calcula a razão de prevalência: http://bmcmedresmethodol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2288-3-21. (Conflito de interesse: o autor principal é meu orientador no doutorado.)
Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
Em Qui 7 abr. 2016, às 16:09, Mauricio Cardeal escreveu:
Emerson, você pode tentar:
modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
Mauricio Cardeal UFBA
Em 07/04/2016 15:21, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a*razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
*_______________________________________________* R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Olá Emerson, Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP. Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf HTH -- Cesar Rabak 2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Obrigado César. Vou verificar. Abraço, *Emerson* Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Olá Emerson O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo. # Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia library(epiR) dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns") Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: bodevan.ec@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência Obrigado César. Vou verificar. Abraço, Emerson Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu: Olá Emerson, Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP. Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf HTH--Cesar Rabak 2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com>: Prezados, boa tarde. Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência). Como calcular a razão de prevalência e seus intervalos de confiança? Estudo transversal. Algum pacote adequado? Agradeço qualquer ajuda. Emerson _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Olá Marco! Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta. A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência? Agradeço a todos. *Emerson* Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma@outlook.com> escreveu:
Olá Emerson
O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo.
# Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia
library(epiR)
dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")
Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS
------------------------------ Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: bodevan.ec@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
Obrigado César.
Vou verificar.
Abraço,
*Emerson*
Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Olá Marco, como eu acesso o manual do epiR? Att., *Emerson* Em 19 de abril de 2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com> escreveu:
Olá Marco!
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?
Agradeço a todos.
*Emerson*
Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma@outlook.com> escreveu:
Olá Emerson
O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo.
# Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia
library(epiR)
dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")
Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS
------------------------------ Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: bodevan.ec@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
Obrigado César.
Vou verificar.
Abraço,
*Emerson*
Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Emerson, você pode tentar assim: modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo) Para os intervalos de confiança use a função confint: exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients Mauricio Cardeal UFBA Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Olá Marco!
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?
Agradeço a todos.
* * /*Emerson*/
Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma@outlook.com <mailto:nunes.ma@outlook.com>> escreveu:
Olá Emerson
O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo.
# Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia
library(epiR)
dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")
Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS
------------------------------------------------------------------------ Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
Obrigado César.
Vou verificar.
Abraço,
* * /*Emerson*/
Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com <mailto:cesar.rabak@gmail.com>> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com>>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda. * * /*Emerson*/
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Obrigado Mauricio. Vou executar aqui. Att., *Emerson* Em 19 de abril de 2016 19:01, Mauricio Cardeal <mcardeal2010@gmail.com> escreveu:
Emerson, você pode tentar assim:
modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
Para os intervalos de confiança use a função confint:
exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients
Mauricio Cardeal UFBA
Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Olá Marco!
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?
Agradeço a todos.
*Emerson*
Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma@outlook.com> escreveu:
Olá Emerson
O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo.
# Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia
library(epiR)
dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")
Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS
------------------------------ Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: bodevan.ec@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
Obrigado César.
Vou verificar.
Abraço,
*Emerson*
Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: <http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf> http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan < <bodevan.ec@gmail.com> bodevan.ec@gmail.com>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Prezados... Executei o comando sugerido pelo Mauricio *mod1<-glm(PoliFar~ClassEco+Educ,family="poisson"(link="log"),data=dmha2)* e estou encontrando a seguinte mensagem de erro *Error in if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessárioAlém disso: Warning message:In Ops.factor(y, 0) : ‘<’ not meaningful for factors* Meus dados estão no seguinte formato: (*data frame dmha2*): *ClassEco Educ PoliFar* *A 0-2 S* *D-E 3-5 NB 12+ S* *A 6-8 S* *C 9-11 N* *D-E 0-2 S* *... ... ...* Vocês sabem o que está errado? Att., *Emerson* Em 19 de abril de 2016 19:03, Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com> escreveu:
Obrigado Mauricio.
Vou executar aqui.
Att.,
*Emerson*
Em 19 de abril de 2016 19:01, Mauricio Cardeal <mcardeal2010@gmail.com> escreveu:
Emerson, você pode tentar assim:
modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
Para os intervalos de confiança use a função confint:
exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients
Mauricio Cardeal UFBA
Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Olá Marco!
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?
Agradeço a todos.
*Emerson*
Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma@outlook.com> escreveu:
Olá Emerson
O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo.
# Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia
library(epiR)
dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")
Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS
------------------------------ Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: bodevan.ec@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
Obrigado César.
Vou verificar.
Abraço,
*Emerson*
Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: <http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf> http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan < <bodevan.ec@gmail.com>bodevan.ec@gmail.com>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Emerson, tente colocar a variável dependente como numérica e com códigos numéricos 1 e 0. Mauricio Cardeal UFBA Em 19/04/2016 22:00, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Prezados...
Executei o comando sugerido pelo Mauricio
*mod1<-glm(PoliFar~ClassEco+Educ,family="poisson"(link="log"),data=dmha2)*
e estou encontrando a seguinte mensagem de erro * Error in if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Além disso: Warning message: In Ops.factor(y, 0) : ‘<’ not meaningful for factors*
Meus dados estão no seguinte formato: (*data frame dmha2*):
*ClassEco Educ PoliFar * *A 0-2 S * *D-E 3-5 N B 12+ S * *A 6-8 S * *C 9-11 N * *D-E 0-2 S * *... ... ...*
Vocês sabem o que está errado?
Att.,
* * /*Emerson*/
Em 19 de abril de 2016 19:03, Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com>> escreveu:
Obrigado Mauricio.
Vou executar aqui.
Att.,
* * /*Emerson*/
Em 19 de abril de 2016 19:01, Mauricio Cardeal <mcardeal2010@gmail.com <mailto:mcardeal2010@gmail.com>> escreveu:
Emerson, você pode tentar assim:
modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
Para os intervalos de confiança use a função confint:
exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients
Mauricio Cardeal UFBA
Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Olá Marco!
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?
Agradeço a todos.
* * /*Emerson*/
Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma@outlook.com <mailto:nunes.ma@outlook.com>> escreveu:
Olá Emerson
O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo.
# Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia
library(epiR)
dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")
Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS
------------------------------------------------------------------------ Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
Obrigado César.
Vou verificar.
Abraço,
* * /*Emerson*/
Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com <mailto:cesar.rabak@gmail.com>> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com>>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda. * * /*Emerson*/
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Oi Mauricio, bom dia. Era isso mesmo. Mudando para 0 e 1, rodou perfeitamente. Muito obrigado a todos que ajudaram de alguma forma. Att., *Emerson* Em 21 de abril de 2016 18:01, Mauricio Cardeal <mcardeal2010@gmail.com> escreveu:
Emerson, tente colocar a variável dependente como numérica e com códigos numéricos 1 e 0. Mauricio Cardeal UFBA
Em 19/04/2016 22:00, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Prezados...
Executei o comando sugerido pelo Mauricio
*mod1<-glm(PoliFar~ClassEco+Educ,family="poisson"(link="log"),data=dmha2)*
e estou encontrando a seguinte mensagem de erro
* Error in if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Além disso: Warning message: In Ops.factor(y, 0) : ‘<’ not meaningful for factors*
Meus dados estão no seguinte formato: (*data frame dmha2*):
*ClassEco Educ PoliFar *
*A 0-2 S *
*D-E 3-5 N B 12+ S *
*A 6-8 S *
*C 9-11 N *
*D-E 0-2 S * *... ... ...*
Vocês sabem o que está errado?
Att.,
*Emerson*
Em 19 de abril de 2016 19:03, Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com> escreveu:
Obrigado Mauricio.
Vou executar aqui.
Att.,
*Emerson*
Em 19 de abril de 2016 19:01, Mauricio Cardeal < <mcardeal2010@gmail.com> mcardeal2010@gmail.com> escreveu:
Emerson, você pode tentar assim:
modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
Para os intervalos de confiança use a função confint:
exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients
Mauricio Cardeal UFBA
Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Olá Marco!
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?
Agradeço a todos.
*Emerson*
Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes < <nunes.ma@outlook.com> nunes.ma@outlook.com> escreveu:
Olá Emerson
O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo.
# Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia
library(epiR)
dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")
Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS
------------------------------ Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: <bodevan.ec@gmail.com>bodevan.ec@gmail.com To: <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
Obrigado César.
Vou verificar.
Abraço,
*Emerson*
Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak < <cesar.rabak@gmail.com> cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: <http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf> http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan < <bodevan.ec@gmail.com>bodevan.ec@gmail.com>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda.
*Emerson*
_______________________________________________ R-br mailing list <R-br@listas.c3sl.ufpr.br>R-br@listas.c3sl.ufpr.br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list <R-br@listas.c3sl.ufpr.br>R-br@listas.c3sl.ufpr.br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list <R-br@listas.c3sl.ufpr.br>R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Oi Mauricio, bom dia. Era isso mesmo. Mudando para 0 e 1, rodou perfeitamente.
Muito obrigado a todos que ajudaram de alguma forma. Att.,
**Emerson**
Em 21 de abril de 2016 18:01, Mauricio Cardeal <mcardeal2010@gmail.com> escreveu:
Emerson, tente colocar a variável dependente como numérica e com códigos numéricos 1 e 0. Mauricio Cardeal UFBA
Em 19/04/2016 22:00, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Prezados...
Executei o comando sugerido pelo Mauricio
*mod1<- glm(PoliFar~ClassEco+Educ,family="poisson"(link="log"),data=dmha2)*
e estou encontrando a seguinte mensagem de erro * Error in if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Além disso: Warning message: In Ops.factor(y, 0) : ‘<’ not meaningful for factors*
Meus dados estão no seguinte formato: (*data frame dmha2*):
*ClassEco Educ PoliFar* *A 0-2 S* *D-E 3-5 N B 12+ S* *A 6-8 S* *C 9-11 N* *D-E 0-2 S
Acredito já ter citado estudo mencionando que os intervalos de confiança da tração de prevalência com a regressão Poisson ficam excessivamente estreitos. No SAS e no Stata a solução mais facilmente acessível é a estimação sanduíche da variância, mas no R a solução mais fácil é usar a distribuição quasi-Poisson. Leonardo Ferreira Fontenelle[1] Em Sex 22 abr. 2016, às 09:54, Emerson Cotta Bodevan escreveu: *
*... ... ...*
Vocês sabem o que está errado?
Att.,
**Emerson**
Em 19 de abril de 2016 19:03, Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com> escreveu:
Obrigado Mauricio.
Vou executar aqui.
Att.,
**Emerson**
Em 19 de abril de 2016 19:01, Mauricio Cardeal <mcardeal2010@gmail.com> escreveu:
Emerson, você pode tentar assim:
modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
Para os intervalos de confiança use a função confint:
exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients
Mauricio Cardeal UFBA
Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Olá Marco!
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?
Agradeço a todos.
**Emerson**
Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma@outlook.com> escreveu:
> Olá Emerson > > O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi > reapondido. > Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco > relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". > Encaminho um tutorial abaixo. > > > # Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de > # prevalencia > > library(epiR) > > dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) > rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") > colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") > dat > epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", > conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", > outcome = "as.columns") > > > Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes > Departamento de Medicina/UFS > > > Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 > From: bodevan.ec@gmail.com > To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência > > > Obrigado César. > > Vou verificar. > > > Abraço, > > > > **Emerson** > > Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> > escreveu: > >> Olá Emerson, >> >> Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e >> interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo >> que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que >> seguir com a RL regular para os IC da RP. >> >> Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e >> que tem boas referências e código e R: >> http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf >> >> HTH >> -- >> Cesar Rabak >> >> 2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan >> <bodevan.ec@gmail.com>: >>> Prezados, boa tarde. >>> >>> Estou usando regressão logística, tendo como resposta a >>> ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência). >>> >>> >>> Como calcular a*razão de prevalência* e seus intervalos de >>> confiança? Estudo transversal. >>> >>> Algum pacote adequado? >>> >>> >>> Agradeço qualquer ajuda. >>> >>> **Emerson** >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia >>> o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>> forneça código mínimo reproduzível. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ R-br mailing > listR-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o > guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Links: 1. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638
Emerson, segue um exemplo sem erro:
a1=glm(ce~fx+pp+di+sx+tb+hf,family="poisson"(link="log")) summary(a1,cor=F)
Call: glm(formula = ce ~ fx + pp + di + sx + tb + hf, family = poisson(link = "log")) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1,406 -0,864 -0,703 0,593 1,576 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -1,399 0,196 -7,14 0,00000000000094 *** fx 0,455 0,211 2,16 0,031 * pp 0,518 0,263 1,97 0,049 * di 0,414 0,207 2,00 0,046 * sx 0,287 0,202 1,42 0,156 tb -1,177 1,009 -1,17 0,243 hf -0,338 0,421 -0,80 0,423 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0,001 ‘**’ 0,01 ‘*’ 0,05 ‘.’ 0,1 ‘ ’ 1 (Dispersion parameter for poisson family taken to be 1) Null deviance: 183,26 on 250 degrees of freedom Residual deviance: 160,98 on 244 degrees of freedom #### Aqui Residual deviance não é maior do que os graus de liberdade (sugere não haver overdispersion) (16 observations deleted due to missingness) AIC: 383 Number of Fisher Scoring iterations: 5 #Razões de prevalências
exp(a1$coefficients) (Intercept) fx pp di sx tb hf 0,24673 1,57594 1,67850 1,51360 1,33183 0,30818 0,71343 exp(confint(a1)) # 95% CI for exponentiated coefficients Waiting for profiling to be done... 2,5 % 97,5 % (Intercept) 0,165063 0,35644 fx 1,035317 2,36868 pp 0,975754 2,74838 di 1,015014 2,29550 sx 0,890559 1,97234 tb 0,017425 1,39886 hf 0,278106 1,49427
# Verificando fator de inflação das variancia
vif(a1) fx pp di sx tb hf 1,0911 1,0722 1,0131 1,0238 1,0084 1,0040 sqrt(vif(a1)) fx pp di sx tb hf 1,0446 1,0355 1,0065 1,0118 1,0042 1,0020 sqrt(vif(a1)) > 2 fx pp di sx tb hf FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
# Análise de residuos studentizados
#residuos library(MASS) sresid <- studres(a1) mean(sresid) [1] 0,00022105 var(sresid) [1] 1,0093
#variável dependente
tab(ce) freq.abs freq.rel 0 149 58,9 1 104 41,1 Total: 253
Mauricio Cardeal UFBA Em 19/04/2016 22:00, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Prezados...
Executei o comando sugerido pelo Mauricio
*mod1<-glm(PoliFar~ClassEco+Educ,family="poisson"(link="log"),data=dmha2)*
e estou encontrando a seguinte mensagem de erro * Error in if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Além disso: Warning message: In Ops.factor(y, 0) : ‘<’ not meaningful for factors*
Meus dados estão no seguinte formato: (*data frame dmha2*):
*ClassEco Educ PoliFar * *A 0-2 S * *D-E 3-5 N B 12+ S * *A 6-8 S * *C 9-11 N * *D-E 0-2 S * *... ... ...*
Vocês sabem o que está errado?
Att.,
* * /*Emerson*/
Em 19 de abril de 2016 19:03, Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com>> escreveu:
Obrigado Mauricio.
Vou executar aqui.
Att.,
* * /*Emerson*/
Em 19 de abril de 2016 19:01, Mauricio Cardeal <mcardeal2010@gmail.com <mailto:mcardeal2010@gmail.com>> escreveu:
Emerson, você pode tentar assim:
modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis independentes,family="poisson"(link="log")) exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
Para os intervalos de confiança use a função confint:
exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients
Mauricio Cardeal UFBA
Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
Olá Marco!
Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância Robusta.
A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão de Prevalência?
Agradeço a todos.
* * /*Emerson*/
Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma@outlook.com <mailto:nunes.ma@outlook.com>> escreveu:
Olá Emerson
O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi reapondido. Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR". Encaminho um tutorial abaixo.
# Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de prevalencia
library(epiR)
dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE) rownames(dat) <- c("DF+", "DF-") colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-") dat epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional", conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day", outcome = "as.columns")
Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes Departamento de Medicina/UFS
------------------------------------------------------------------------ Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300 From: bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
Obrigado César.
Vou verificar.
Abraço,
* * /*Emerson*/
Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com <mailto:cesar.rabak@gmail.com>> escreveu:
Olá Emerson,
Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que seguir com a RL regular para os IC da RP.
Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e que tem boas referências e código e R: http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
HTH -- Cesar Rabak
2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan <bodevan.ec@gmail.com <mailto:bodevan.ec@gmail.com>>:
Prezados, boa tarde.
Estou usando regressão logística, tendo como resposta a ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
Como calcular a *razão de prevalência* e seus intervalos de confiança? Estudo transversal.
Algum pacote adequado?
Agradeço qualquer ajuda. * * /*Emerson*/
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
participantes (6)
-
Cesar Rabak -
Emerson Cotta Bodevan -
Leonardo Ferreira Fontenelle -
Marco Nunes -
Mauricio Cardeal -
Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil