mensagem de erro usando função glmer
Oi pessoal! Tentando reproduzir um script do livro do Zuur, me deparei com a seguinte mensagem de erro: O1.glmer <-glmer(NCalls~offset(LBroodSize)+SexParent*FoodTreatment+SexParent*ArrivalTime+(1 | fNest),data = an1, family = poisson) Mensagens de aviso perdidas: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue - Rescale variables? Alguém sabe como solucionar? -- Ana Maria Nievas Bióloga e Mestre em Ciências, com ênfase em Ecologia Aplicada (16) 98843-7744
O modelo não esta convergindo. Tente aumentar o número de iterações, ou mexer no algoritimo de otimização via lmerControl. Por exemplo. O1.glmer <-glmer(NCalls~offset(LBroodSize)+SexParent*FoodTreatment+SexParent*ArrivalTime+(1 | fNest),data = an1, family = poisson,control=lmerControl(optCtrl=list( maxfun=20000)) Mas acho que mais importante que isso é olhar os dados. Veja se em alguma situação não existe variação, tipo uma combinação de níveis de fatores não exibe nenhuma variação, ja que se fosse mesmo o número de iterações ele deveria falar "maximum number of function evaluations exceeded". Você pode mudar o algoritimo otimizador também, em vários posts do Ben Bolker no stackoverflow, que mantém o pacote, ele comenta sobre isso. Mas acho que o primeira passo seria olhar os dados para garantir. Esse é algum exemplo do livro? Em 29 de setembro de 2014 21:35, Ana Maria Nievas <amnievas@gmail.com> escreveu:
Oi pessoal! Tentando reproduzir um script do livro do Zuur, me deparei com a seguinte mensagem de erro:
O1.glmer <-glmer(NCalls~offset(LBroodSize)+SexParent*FoodTreatment+SexParent*ArrivalTime+(1 | fNest),data = an1, family = poisson) Mensagens de aviso perdidas: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue - Rescale variables?
Alguém sabe como solucionar?
-- Ana Maria Nievas Bióloga e Mestre em Ciências, com ênfase em Ecologia Aplicada (16) 98843-7744
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> Github: https://github.com/Squiercg Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
Obrigada pela resposta Augusto! Esse era um exemplo do livro sim! Depois do seu comentário meu professor e eu conseguimos fazer algum progresso. Mas nos deparamos novamente com outra mensagem de erro: Warning message:In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue - Rescale variables? O programa não está aceitando rodar a análise, em nenhuma tentativa! Meus dados são assim: eu tenho deslocamento e atividade (dados de contagem) do animal por hora do dia, e quero saber quais variáveis são moduladoras importantes, daí tenho mês (que é importante pois corresponde à fase reprodutiva da fêmea-acasalamento, gestação e lactação), hora do dia, luminosidade, temperatura, umidade, pluviosidade, velocidade do vento, fase da lua e altitude. O R tá rodando modelo apenas quando colocamos hora ligada ao mês. Quando inserimos qualquer outra variável, não roda. Alguma dica ou ajuda? Obrigada pessoal! Em 30 de setembro de 2014 17:19, Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com> escreveu:
O modelo não esta convergindo. Tente aumentar o número de iterações, ou mexer no algoritimo de otimização via lmerControl.
Por exemplo. O1.glmer <-glmer(NCalls~offset(LBroodSize)+SexParent*FoodTreatment+SexParent*ArrivalTime+(1 | fNest),data = an1, family = poisson,control=lmerControl(optCtrl=list( maxfun=20000))
Mas acho que mais importante que isso é olhar os dados. Veja se em alguma situação não existe variação, tipo uma combinação de níveis de fatores não exibe nenhuma variação, ja que se fosse mesmo o número de iterações ele deveria falar "maximum number of function evaluations exceeded". Você pode mudar o algoritimo otimizador também, em vários posts do Ben Bolker no stackoverflow, que mantém o pacote, ele comenta sobre isso. Mas acho que o primeira passo seria olhar os dados para garantir. Esse é algum exemplo do livro?
Em 29 de setembro de 2014 21:35, Ana Maria Nievas <amnievas@gmail.com> escreveu:
Oi pessoal! Tentando reproduzir um script do livro do Zuur, me deparei com a seguinte mensagem de erro:
O1.glmer <-glmer(NCalls~offset(LBroodSize)+SexParent*FoodTreatment+SexParent*ArrivalTime+(1 | fNest),data = an1, family = poisson) Mensagens de aviso perdidas: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue - Rescale variables?
Alguém sabe como solucionar?
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-- Grato Augusto C. A. Ribas
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O que acontece qdo vc faz o que o proprio R esta' sugerindo nesta mensagem *de aviso* (nao e' mensagem de erro... note que ele diz "warning message")? Uma mensagem de aviso nao quer dizer que "nao funcionou"... O que ele esta' te dizendo e' que os auto-valores sao muito grandes (o que nao e' esperado) e, portanto, vc deve prestar atencao nisso... Uma forma de corrigir isso e ter uma estimacao mais estavel e' padronizar as variaveis (como recomendado pela mensagem 'rescale variables?'). HTH, b Em 16 de outubro de 2014 10:33, Ana Maria Nievas <amnievas@gmail.com> escreveu:
Obrigada pela resposta Augusto! Esse era um exemplo do livro sim! Depois do seu comentário meu professor e eu conseguimos fazer algum progresso. Mas nos deparamos novamente com outra mensagem de erro:
Warning message:In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue - Rescale variables?
O programa não está aceitando rodar a análise, em nenhuma tentativa! Meus dados são assim: eu tenho deslocamento e atividade (dados de contagem) do animal por hora do dia, e quero saber quais variáveis são moduladoras importantes, daí tenho mês (que é importante pois corresponde à fase reprodutiva da fêmea-acasalamento, gestação e lactação), hora do dia, luminosidade, temperatura, umidade, pluviosidade, velocidade do vento, fase da lua e altitude. O R tá rodando modelo apenas quando colocamos hora ligada ao mês. Quando inserimos qualquer outra variável, não roda. Alguma dica ou ajuda? Obrigada pessoal!
Em 30 de setembro de 2014 17:19, Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com> escreveu:
O modelo não esta convergindo.
Tente aumentar o número de iterações, ou mexer no algoritimo de otimização via lmerControl.
Por exemplo. O1.glmer <-glmer(NCalls~offset(LBroodSize)+SexParent*FoodTreatment+SexParent*ArrivalTime+(1 | fNest),data = an1, family = poisson,control=lmerControl(optCtrl=list( maxfun=20000))
Mas acho que mais importante que isso é olhar os dados. Veja se em alguma situação não existe variação, tipo uma combinação de níveis de fatores não exibe nenhuma variação, ja que se fosse mesmo o número de iterações ele deveria falar "maximum number of function evaluations exceeded". Você pode mudar o algoritimo otimizador também, em vários posts do Ben Bolker no stackoverflow, que mantém o pacote, ele comenta sobre isso. Mas acho que o primeira passo seria olhar os dados para garantir. Esse é algum exemplo do livro?
Em 29 de setembro de 2014 21:35, Ana Maria Nievas <amnievas@gmail.com> escreveu:
Oi pessoal! Tentando reproduzir um script do livro do Zuur, me deparei com a seguinte mensagem de erro:
O1.glmer <-glmer(NCalls~offset(LBroodSize)+SexParent*FoodTreatment+SexParent*ArrivalTime+(1 | fNest),data = an1, family = poisson) Mensagens de aviso perdidas: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue - Rescale variables?
Alguém sabe como solucionar?
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Benilton Carvalho