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Onde estão os autovalores do método "princomp"?
by Ivan Bezerra Allaman 30 Mar '11

30 Mar '11

Boa tarde senhores! Estou treinando uma análise multivariada com fins alométricos utilizando uma base de dados proveniente de um material (Multivariate allometry), e estou tendo dificuldades de encontrar alguns valores utilizando a função princomp. Antes que alguém questione ou recomende a utilização da função prcomp, estou usando a função princomp, porque ela calcula os componentes principais baseada na matrix de covariancia, que é obrigatório nos casos de estudos de crescimento alométricos. Pois bem, as dúvidas são as seguintes: 1) Não consegui achar nenhum comando para encontrar os valores absolutos dos autovalores. O summary no caso, só me retorna a proporção explicada por cada autovalor. Alguém sabe se é possível utilizando esta função ?(princomp). 2) Como é calculado os desvios padrões de cada componente ou autovetor? Já consultei o livro do Venables, e lá não tem nada a respeito. O livro do Mardia eu não tenho para fazer o estudo. Se alguém tiver este livro, talvez eu possa saber como foi feito estes cálculos. A referência é: Mardia, K. V., J. T. Kent and J. M. Bibby (1979). Multivariate Analysis, London: Academic Press. Desde já agradeço a atenção de todos. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Melhorias no Comando
by Victor Eduardo 30 Mar '11

30 Mar '11

Galera, estou tentando criar comandos que por eles, automaticamente abram pastas dentro de pastas para ir diretamente no arquivo (no caso txt), por exemplo, vou abrindo as seguintes pastas: Victor/teste/201005/20100520/2010052000.txt, sendo que 2010 é o ano, 05 o mes, 20 o dia e 00 a rodada (as rodadas vao de 00 até 23), no caso, esse é um exemplo, tenho que fazer para os demais meses, dias e rodadas. Queria saber uma estratégia de comando melhor, porque o que estou tentando montar não ficou muito legal, ficou assim: mes<-sprintf('%02d',seq(1,12))# sequencia de dois digitos de 1 ate 12 pasta<-paste(2010,mes,sep='') dia<-sprintf('%02d',seq(1,31)) # sequencia de 1 até 31 com dois dígitos dat.dir<-paste(dat.dir,pasta,'/',pasta,dia,'/',sep='') hh <-sprintf('%02d',seq(0,23)) # Cria uma sequência com 2 dígitos de 1 até 23 horario<-format(Sys.time(),'%Y%m') # formato ano/mes atual horario1<-format(Sys.time(),'%Y%m%d') #formato ano/mes/dia atual pa<-paste('2011',mes,sep='') #diretorio parcial pa1<-paste(dat.dir,pasta,'/',pasta,dia,'/',sep='') # diretorio completo do arquivo for(i in dia){ for(j in mes){ for(k in hh){ message(paste('C:/Users/max/Desktop/Victor/teste/',2010,j,'/',2010,j,i,'/',2010,j,i,k,sep='')) if(!file.exists(paste('C:/Users/max/Desktop/Victor/teste/',2010,j,'/',2010,j,i,'/',2010,j,i,k,sep=''))) next arquivo<-read.table(paste('C:/Users/max/Desktop/Victor/teste/',2010,j,'/',2010,j,i,'/',2010,j,i,k,sep='')) message('OK') } } } Abraços!

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Res: [R_STAT] Teste de médias
by Walmes Zeviani 30 Mar '11

30 Mar '11

Douglas, A respeito do desbalanceamento, você terá que consultar materiais teóricos sobre o teste de Scott Knott e ver se ele se aplica à dados desbalanceados, se as taxas de erros são uniformes em relação ao desbalanceamento. Para o caso do teste de Tukey, se os efeitos são estimáveis (e são no seu caso), o contraste de médias pode ser aplicado sem problemas. A função agricolae::HSD.test() pode aplicar o teste usando a média harmônica do número de repetições. No entanto, essa opção é recomendada para desbalanceamentos amenos. Você pode também usar a função TukeyHSD(), que retorna o IC para a estimativa dos contrastes. Nessa última a representação não é com letras ao lado das médias porque o desbalanceamento implica que a diferença mínima significativa não seja constante. A [R-br] é a lista Brasileira oficial de usuários do R. Aconselho que faça inscrição nessa lista de e-mails conforme indicado pelo Ivan. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: walmes zeviani <walmeszeviani(a)yahoo.com.br> Data: 30 de março de 2011 14:37 Assunto: Enc: Res: [R_STAT] Teste de médias Para: walmeszeviani(a)gmail.com ----- Mensagem encaminhada ---- *De:* Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Quarta-feira, 30 de Março de 2011 9:29:40 *Assunto:* Res: [R_STAT] Teste de médias Bom dia Fernando e Douglas! A maioria das pessoas que atuaram constantemente nesta lista, migraram para outro grupo do R, o "R-br". Caso tenham interesse em participar, segue o link com as instruções. Abraços. http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr Allaman (S,f,P) *M.Sc Ivan Bezerra Allaman* Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA **email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924 ------------------------------ *De:* Fernando Henrique Toledo <fernandohtoledo(a)gmail.com> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Quarta-feira, 30 de Março de 2011 9:09:09 *Assunto:* Re: [R_STAT] Teste de médias Douglas, Já que você está iniciando no programa vamos te mostrar o caminho das pedras! Veja a documentação do pacote "laercio", ou do "agricolae", em ambos há o teste de scott-knott implementado! Se você é novo no R, digite no prompt: >install.packages('laercio') e siga as instruções. Depois de intalado digite: >library('laercio') e depois procure a documentação da função através do comando: help(LScottKnott) Acho que você irá conseguir entender, de qualquer forma continuamos por aqui! att, FH 2011/3/30 Douglas Messias <dougmes(a)bol.com.br> > > > Pessoal, boa noite, esta é a primeira vez que me direciono ao grupo. > Estou com um problema aqui. Estou iniciando o uso do R, e preciso testar as > médias de uma anava que deu significativo, mas os dados são muito > desbalanceados e eu ainda estou fazendo tudo seguindo exemplos. > Gostaria de saber se alguem tem um exemplo de um teste de médias para eu > comparar meus dados, de preferencia o scott knott, que gosto muito por nao > encavalar valores. Meu experimento é em Dic com 5 tratamentos, mas um tem 32 > repetiçoes enquanto outro tem apenas 14. > Abraços... > > __._,_.___ <ivanalaman@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Teste%20de%20m%C3%A9dias>| através de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Teste%20de%20m%C3%A9dias>| Responder através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJya2hrYW01BF9TAzk3N…>| Adicionar um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZTU2YmczBF9TAzk3N…> Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15959;_ylc=X3oDMTM3NzNwcWxz…>( 3) Atividade nos últimos dias: - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnYXVpMTBqBF9TAz…> 8 Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmdnZ2MWQwBF9TAzk3NDkwND…> Tem muita gente querendo te conhecer! Que tal dar uma chance?<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15m67uiub/M=758712.14532720.14422460.129601…> [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlNzlla2tvBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAz…> Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar%20Formato%20de%20Envio:%20Tradicional>, Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio%20de%20email:%20Resenha>• Sair do grupo <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Sair%20do%20grupo> • Termos de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> . __,_._,___

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replica de data.frame
by Samuel Carvalho 30 Mar '11

30 Mar '11

Boa noite senhores(as) Por gentileza alguem poderia ajudar como faço para replicar um data.frame e "colar" estas observações replicadas abaixo das observações existentes? Por exemplo data <- data.frame(parcela=c(rep(1:5, each=4), rep(6, each=5))) data$resp <- rnorm(nrow(data)) data data2 <- rep(data, 2) dados <- cbind(data, data2) #aqui o data2 é inserido como colunas ao lado, porém gostaria que o data2 viesse colado abaixo do data dados Obrigado ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Movimentar caixa de legenda em graficos
by Victor Eduardo 29 Mar '11

29 Mar '11

Galera, como faço para movimentar a caixa de legendas de um barplot? Estou colocando varios graficos numa imagem pelo par(mfrow), so que a caixa de legendas de alguns saem por cima da barra do grafico. Abraços

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Pacote diagnosis
by Edson Lira 29 Mar '11

29 Mar '11

Boa tarde, com esta rotina, require(DiagnosisMed) ele<-matrix(c(55,7,49,84),nrow=2,ncol=2,byrow=T, dimnames=list(Eletro=c("Presente","Ausente"), Etsenose=c("Presente","Ausente"))) ele diagnosis(ele,plot=F) Tenho a saída --------------------------------------------------------------- Etsenose Eletro Presente Ausente Sum Presente 55 7 62 Ausente 49 84 133 Sum 104 91 195 The test has the following parameters [95% confidence interval] --------------------------------------------------------------- Sample size: 195 Prevalence considered(%): 46.67 Sensitivity(%): 92.31 [ 84.96 - 96.22 ] Specificity(%): 52.88 [ 43.36 - 62.20 ] Positive predictive value(%): 63.16 [ 54.70 - 70.88 ] Negative predictive value:(%): 88.71 [ 78.48 - 94.42 ] Positive likelihood ratio: 1.96 [ 1.58 - 2.44 ] Negative likelihood ratio: 0.15 [ 0.07 - 0.30 ] Diagnostic odds ratio: 13.28 [ 5.47 - 37.30 ] Error trade off (FN : FP) 0.14 : 1 Error rate(%): 28.72 [ 22.83 - 35.43 ] Accuracy(%): 71.28 [ 64.57 - 77.17 ] Youden index: 0.4519 [ 0.4555 - 0.4484 ] Area under ROC curve: 0.726 ----------------------------------------------------------- Quando chequei os resultados, vi que sensibilidade e especificidade estao invertidos. Vejam: Sensibiidade = a/(a+c)=55/104=0,5288. Na sáida está como especificidade, ou seja, invertido. O que estou fazendo errado. Valores corretos: sensib=0,5288 especif=0,9231 Obrigado a todos. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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sugestao de melhorias em codigo?
by Benilton Carvalho 29 Mar '11

29 Mar '11

Prezados, existe algo obvio (em termos de R, visto que gostaria de evitar o uso de codigo compilado) que eu esteja esquecendo em termos de otimizacao para a seguinte operacao? Ela se resume a: R[i,j] = mean( X[i,j] < Y[,j]) O CMR segue: set.seed(1) X <- matrix(rnorm(100), nc=5) Y <- matrix(rnorm(50), nc=5) f = function(i, x, y){ n = ncol(x) sapply(1:n, function(j, v, ref) mean(ref[,j] > v[j]), x[i,], y) } R = t(sapply(1:nrow(X), f, X, Y) O problema que surge para mim refere-se ao tempo de execucao quando tenho q lidar com X com dimensoes 5e6 x 1e3.... pois, naturalmente, a solucao acima levara' um bom tempo para finalizar... obrigado, benilton

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[OFF] [Dúvida] Atualizar o Ubuntu
by Pedro Rafael 28 Mar '11

28 Mar '11

Pessoal como sabemos a cada 6 meses é lançada uma nova versão do Ubuntu. Como faço para atualizar o sistema da versão 10.10 para a 11.04 a partir do momento que esta for lançada? Essa atualização pode me gerar problemas ou é completamente segura? Acho muito chato ter que sempre a cada versão formatar o computador para ter uma instalação limpa. Sou do tipo do usuário que sempre quero o SO mais recente contudo não acho vantajoso ter sempre que formatar o sistema. Tenho um certo medo quando o sistema vai atualizar o kernel possa dar alguns problemas de compatibilidade com alguns hardwares.... -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho - Estatístico SES-PB Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4250792T6

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[Dúvida] Ler dados direto no HD
by ivanalaman 28 Mar '11

28 Mar '11

Pessoal como faço para ler uma banco de dados com extensão .dbf ou qualquer outra base de dados sem que o R a jogue na RAM? Tenho um banco de dados com aproximadamente 700 MB e quando leio o arquivo com a função read.bdf()percebo que o R joga a base na memória RAM o que prejudica o desempenho do sistema. Softwares simples como o Tabwin por exemplo não demora à carregar essa base nem trava o computador. Será que o R não tem como carregar essa base sem tantos problemas? Saudações à todos, Pedro Rafael Diniz Marinho -- View this message in context: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/Duvida-Ler-dados-direto-no-HD-tp3400886p3… Sent from the R-br mailing list archive at Nabble.com.

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R2wd escrevendo resultados em .doc
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 28 Mar '11

28 Mar '11

Caros amigos, Gostaria de poder utilizar o R2wd para poder fazer um pequeno relatorio de inclusão de voluntarios de uma pesquisa a cada 15 dias. No entando me deparei com o seguinte problema... > library(R2wd) Carregando pacotes exigidos: rcom Carregando pacotes exigidos: rscproxy rcom requires a current version of statconnDCOM installed. To install statconnDCOM type installstatconnDCOM() This will download and install the current version of statconnDCOM You will need a working Internet connection because installation needs to download a file. > wdGet() Erro em wdGet() : tentativa de aplicar uma não-função sendo que essa é a inicialização após a instalação do installstatconnDCOM(), ou seja, toda vez que eu inicio o R, ele pede pra instala o statconnDCOM. O problema é que esse erro nao dá a menor pista pra mim do como eu poderia resolver a questão. Me parece que o aplicativo instalado com essa função nao está no local certo ou configurado de forma adequada para que o R2wd consiga chamar o Word. Ja tentei mandar um email para o desenvolvedor, mas nao recebi resposta até agora. Alguma luz? Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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