- R-br - DINF UFPR

Res: Res: Res: [R_STAT] Dados não balanceados!
by Walmes Zeviani 01 Abr '11

01 Abr '11

Thiago, Se no seu modelo você tiver que estimar efeitos da interação clone:local, um dos efeitos será não estimável por não possuir informação amostral para ele, no coef() do modelo vai haver um NA para esse termo. Por outro lado, se essa interação clone:local for desprezada (assumida ser zero, não fizer sentido, etc), o desbalanceamento não vai impedir você de estimar os efeitos principais. No primeiro caso, caso exista interação, você terá dificuldade para testar efeitos principais, embora não exista o mínimo de sentido testar os efeitos principais na presença de interação, no entanto alguns softwares usam algumas restrições e coisa e tal e fazem testes para os efeitos principais na presença de interação em delineamentos com perda completa de casela, um esforço um tanto desnecessário. Se a interação é não significativa você pode ajustar um modelo com apenas os efeitos principais e estima-los e testar hipóteses a respeito tranquilamente. Outra saída é considerar o efeito de local e suas interações como aleatório. Daí a coisa saí fácil porque a estimação vai importar informação das demais observações. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== *De:* Thiago De paula protásio <depaulaprotasio(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Quinta-feira, 31 de Março de 2011 19:20:24 *Assunto:* Re: Res: Res: [R_STAT] Dados não balanceados! Pessoal; Necessito da grande ajuda de vcs.... Tem um delineamento em esquema fatorial, mas os dados estão desbalaceados. Nesse caso, um dos fatores não está completo.... Eu tenho 4 clones, 3 locais e 2 espaçamentos, mas para um dos clones eu não tenho todos os locais. Como posso proceder com essa estatística no R? O Walmes já me deu alguns toques sobre algo parecido a algum tempo.... Conto com vcs! Muito obrigado! --- Em *sáb, 12/2/11, walmes zeviani <walmeszeviani(a)yahoo.com.br>* escreveu: De: walmes zeviani <walmeszeviani(a)yahoo.com.br> Assunto: Res: Res: [R_STAT] Dados não balanceados! Para: R_STAT(a)yahoogrupos.com.br Data: Sábado, 12 de Fevereiro de 2011, 13:21 Thiago, Como o Ivan disse, a coisa do teste dos termos do modelo ou anova, pode ser empregada a car::Anova(..., type="III"). Mas os cuidados com desbalanceamentos atravessam a fronteira da anova. Os testes de médias (ou demais inferências) não são mais baseados nas médias amostrais, uma vez que essas são viesadas devido a perda de ortogonalidade causada pelo desbalanceamento. O que deve ser obtido são as médias ajustadas que requerem manipulação matricial do vetor de solução do sistema linear, ou coef(modelo.lm). Antes de tudo isso, deve se saber se o seu desbalanceamento não comprometeu a estimação dos efeitos, pois existem duas "intensidades" de desbalanceamento: * apenas perda de repetições: aqui toda combinação entre níveis dos fatores tem pelo menos uma repetição com observação, e.g. fator A (A1,A2,A3) e B (B1,B2) todas as 6 combinações de A com B possuem pelo menos uma observação. Aqui todos os efeitos podem ser estimados embora com erros padrões diferentes em função do desbalanceamento. * perda de caselas: aqui pelo menos uma combinação dos níveis dos tratamentos não foi observada, e.g. fator A (A1,A2,A3) e B (B1,B2) alguma das 6 combinações foi completamente não observada (e.g. A1B1). Nesse caso não é possível estimar alguns efeitos justamente por não haver as observações experimentais correspondentes para estimá-los. No caso de dois fatores sem interação entre eles tem um exemplo na página de Rídiculas do LEG que fiz ontem para outro fim. Quem sabe possamos fazer uma Rídicula com o seu problema. http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas À disposição. Walmes. ============================================================ Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br / @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes ============================================================ ------------------------------ *De:* Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Sábado, 12 de Fevereiro de 2011 10:38:53 *Assunto:* Res: [R_STAT] Dados não balanceados! Bom dia Thiago!! Nestes casos é aconselhável vc utilizar a soma de quadrados do tipo III. Para obter resultados semelhantes a alguns softwares consagrados vc pode utilizar a reparametrização do tipo soma zero. Para isso: options(contrasts = c("contr.sum", "contr.helmert")) library(car) modelo <- lm( y ~ A*B) Anova(modelo, type="III") Abraço. (S,f,P) Allaman *M.Sc Ivan Bezerra Allaman* Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA **email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9925-6428 ------------------------------ *De:* Thiago De paula protásio <depaulaprotasio(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Sábado, 12 de Fevereiro de 2011 10:20:28 *Assunto:* [R_STAT] Dados não balanceados! Olá Pessoal; Estou precisando de algumas orientações para rodar um um fatorial com dados desbalaceados. Espero que alguém posso me ajudar com alguma função ou material. Muito obrigado! Bom final de semana a todos!!

1 0

Implementação em C
by Fernando Henrique Toledo 01 Abr '11

01 Abr '11

Lista, boa noite. Gostaria de pedir a quem possa algumas dicas e tutoriais que me posibilitem um maior entendimento do processo de implementação de funções em C e uso dessas mesmas no ambiente R! Na verdade não programo em C, mas estou enfrentando certos problemas com algumas funções que crio no R, pois o tempo de processamento delasestá um pouco impeditivo. Li alguns tutoriais do R e do GCC, mas ainda não tenho conhecimento suficiente para enveredar por esse lado. Assim gostaria de saber da experiencia de vocês quanto a isso. fico no aguardo, att, Fernando H

7 31

Gráfico de surface
by Ana Lúcia Souza Silva Mateus 01 Abr '11

01 Abr '11

Como fazer um gráfico de surface no R? Grata Ana

2 2

Testar ângulos de componentes principais
by Ivan Bezerra Allaman 31 Mar '11

31 Mar '11

Boa tarde senhores! Mais uma vez venho recorrer ao auxílio dos senhores. Estou querendo testar se o ângulo entre componentes principais de 3 populações são iguais a zero. Suponhamos 3 populações: POP1, POP2 e POP3. Para cada população eu calculei um componente principal (PC). O interesse é se avaliar se um determinado estudo pode ser feito utilizando um único componente principal, considerando os dados agrupados, ou se é necessário fazer o estudo em separado para cada população. Segundo o material que estou seguindo, o autor calculou o ângulo entre cada componente principal de cada população e testou se estes são iguais a zero por meio do procedimento bootstrap. Chamando de @ o ângulo entre dois componentes principais, a hipótese de nulidade é: H0: @(POP1,POP2) = @(POP1,POP3) = @(POP2,POP3) = 0 Segundo o autor, o uso do procedimento bootstrap é direto. Nas suas palavras: "The bootstrap test procedure is straightforward: use the data to generate a modified data set that conforms to the null hypothesis, then repeatedly draw bootstrap samples and compute the test statistic, and finally compare the empirical distribution of the test statistic to the value calculated for the original data (Efron and Tibshirani, 1993)." É a primeira vez que utilizo o procedimento bootstrap, e estou tendo dificuldades de digerir o procedimento descrito pelo autor acima. Já li o livro do Efron (o tópico teste de hipóteses), mas não consigo entender como o procedimento consegue testar a hípotese de nulidade. Se for possível me darem uma luz eu agradeço. Abraços. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

1 0

Re: [R-br] Blocos incompletos no R
by Julia Maria 31 Mar '11

31 Mar '11

O experimento é em parcela subdividida com tratamentos principais dispostos em blocos incompletos balanceados. (Tese Iemma) Ele se dispõe da seguinte forma: V tratamentos principais dispostos em A blocos incompletos balanceados, com R repetições para cada tratamento principal, K tratamentos principais por bloco e U tratamentos secundários. Assim no experimento eu teria: V=4 tratamentos principais no experimento todo; K=2 tratamentos principais por bloco; R=3 repetições para cada tratamento principal; A=6 blocos; U=5 tratamentos secundários no ensaio. Assim, na primeira repetição do experimento eu teria somente 2 tratamentos primarios ao invés dos 4 (o que esta caracterizando o BIB) e dentro de cada tratamento primario, tenho os 5 secundários. Na segunda repetição, eu teria outro par de tratamento primario e dentro deles os 5 secndarios. Estou enviando uma figura com um tipo de croqui, do jeito que se encontra na tese.

3 3

Margem de saída de gráfico
by Ana Lúcia Souza Silva Mateus 31 Mar '11

31 Mar '11

Bom dia .... Tenho necessidade de colocar 22 gráficos em uma página de saída do R, do jeito que estou fazendo so cabe 9 (para uma boa visualização gráfica). Qdo peço um par(mfrow=c(5,5)) ele da a seguinte mensagem: margens da figura mto grande. Existe uma forma de aumentá-la. Grata Ana

2 2

{off topic) ubuntu usando wubi?
by Luis Iván Ortiz Valencia 31 Mar '11

31 Mar '11

Boa noite... Estou tentando instalar o Ubuntu no meu micro com windows. Voces recomendam usar o WUBI para instalar ou e melhor usar o caminho usual de particionar o hd ( este ultimo sendo muito confuso para mim ainda)? ivan

5 5

Onde estão os autovalores do método "princomp"?
by Ivan Bezerra Allaman 30 Mar '11

30 Mar '11

Boa tarde senhores! Estou treinando uma análise multivariada com fins alométricos utilizando uma base de dados proveniente de um material (Multivariate allometry), e estou tendo dificuldades de encontrar alguns valores utilizando a função princomp. Antes que alguém questione ou recomende a utilização da função prcomp, estou usando a função princomp, porque ela calcula os componentes principais baseada na matrix de covariancia, que é obrigatório nos casos de estudos de crescimento alométricos. Pois bem, as dúvidas são as seguintes: 1) Não consegui achar nenhum comando para encontrar os valores absolutos dos autovalores. O summary no caso, só me retorna a proporção explicada por cada autovalor. Alguém sabe se é possível utilizando esta função ?(princomp). 2) Como é calculado os desvios padrões de cada componente ou autovetor? Já consultei o livro do Venables, e lá não tem nada a respeito. O livro do Mardia eu não tenho para fazer o estudo. Se alguém tiver este livro, talvez eu possa saber como foi feito estes cálculos. A referência é: Mardia, K. V., J. T. Kent and J. M. Bibby (1979). Multivariate Analysis, London: Academic Press. Desde já agradeço a atenção de todos. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

2 1

Melhorias no Comando
by Victor Eduardo 30 Mar '11

30 Mar '11

Galera, estou tentando criar comandos que por eles, automaticamente abram pastas dentro de pastas para ir diretamente no arquivo (no caso txt), por exemplo, vou abrindo as seguintes pastas: Victor/teste/201005/20100520/2010052000.txt, sendo que 2010 é o ano, 05 o mes, 20 o dia e 00 a rodada (as rodadas vao de 00 até 23), no caso, esse é um exemplo, tenho que fazer para os demais meses, dias e rodadas. Queria saber uma estratégia de comando melhor, porque o que estou tentando montar não ficou muito legal, ficou assim: mes<-sprintf('%02d',seq(1,12))# sequencia de dois digitos de 1 ate 12 pasta<-paste(2010,mes,sep='') dia<-sprintf('%02d',seq(1,31)) # sequencia de 1 até 31 com dois dígitos dat.dir<-paste(dat.dir,pasta,'/',pasta,dia,'/',sep='') hh <-sprintf('%02d',seq(0,23)) # Cria uma sequência com 2 dígitos de 1 até 23 horario<-format(Sys.time(),'%Y%m') # formato ano/mes atual horario1<-format(Sys.time(),'%Y%m%d') #formato ano/mes/dia atual pa<-paste('2011',mes,sep='') #diretorio parcial pa1<-paste(dat.dir,pasta,'/',pasta,dia,'/',sep='') # diretorio completo do arquivo for(i in dia){ for(j in mes){ for(k in hh){ message(paste('C:/Users/max/Desktop/Victor/teste/',2010,j,'/',2010,j,i,'/',2010,j,i,k,sep='')) if(!file.exists(paste('C:/Users/max/Desktop/Victor/teste/',2010,j,'/',2010,j,i,'/',2010,j,i,k,sep=''))) next arquivo<-read.table(paste('C:/Users/max/Desktop/Victor/teste/',2010,j,'/',2010,j,i,'/',2010,j,i,k,sep='')) message('OK') } } } Abraços!

3 2

Res: [R_STAT] Teste de médias
by Walmes Zeviani 30 Mar '11

30 Mar '11

Douglas, A respeito do desbalanceamento, você terá que consultar materiais teóricos sobre o teste de Scott Knott e ver se ele se aplica à dados desbalanceados, se as taxas de erros são uniformes em relação ao desbalanceamento. Para o caso do teste de Tukey, se os efeitos são estimáveis (e são no seu caso), o contraste de médias pode ser aplicado sem problemas. A função agricolae::HSD.test() pode aplicar o teste usando a média harmônica do número de repetições. No entanto, essa opção é recomendada para desbalanceamentos amenos. Você pode também usar a função TukeyHSD(), que retorna o IC para a estimativa dos contrastes. Nessa última a representação não é com letras ao lado das médias porque o desbalanceamento implica que a diferença mínima significativa não seja constante. A [R-br] é a lista Brasileira oficial de usuários do R. Aconselho que faça inscrição nessa lista de e-mails conforme indicado pelo Ivan. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: walmes zeviani <walmeszeviani(a)yahoo.com.br> Data: 30 de março de 2011 14:37 Assunto: Enc: Res: [R_STAT] Teste de médias Para: walmeszeviani(a)gmail.com ----- Mensagem encaminhada ---- *De:* Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Quarta-feira, 30 de Março de 2011 9:29:40 *Assunto:* Res: [R_STAT] Teste de médias Bom dia Fernando e Douglas! A maioria das pessoas que atuaram constantemente nesta lista, migraram para outro grupo do R, o "R-br". Caso tenham interesse em participar, segue o link com as instruções. Abraços. http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr Allaman (S,f,P) *M.Sc Ivan Bezerra Allaman* Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA **email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924 ------------------------------ *De:* Fernando Henrique Toledo <fernandohtoledo(a)gmail.com> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Quarta-feira, 30 de Março de 2011 9:09:09 *Assunto:* Re: [R_STAT] Teste de médias Douglas, Já que você está iniciando no programa vamos te mostrar o caminho das pedras! Veja a documentação do pacote "laercio", ou do "agricolae", em ambos há o teste de scott-knott implementado! Se você é novo no R, digite no prompt: >install.packages('laercio') e siga as instruções. Depois de intalado digite: >library('laercio') e depois procure a documentação da função através do comando: help(LScottKnott) Acho que você irá conseguir entender, de qualquer forma continuamos por aqui! att, FH 2011/3/30 Douglas Messias <dougmes(a)bol.com.br> > > > Pessoal, boa noite, esta é a primeira vez que me direciono ao grupo. > Estou com um problema aqui. Estou iniciando o uso do R, e preciso testar as > médias de uma anava que deu significativo, mas os dados são muito > desbalanceados e eu ainda estou fazendo tudo seguindo exemplos. > Gostaria de saber se alguem tem um exemplo de um teste de médias para eu > comparar meus dados, de preferencia o scott knott, que gosto muito por nao > encavalar valores. Meu experimento é em Dic com 5 tratamentos, mas um tem 32 > repetiçoes enquanto outro tem apenas 14. > Abraços... > > __._,_.___ <ivanalaman@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Teste%20de%20m%C3%A9dias>| através de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Teste%20de%20m%C3%A9dias>| Responder através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJya2hrYW01BF9TAzk3N…>| Adicionar um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZTU2YmczBF9TAzk3N…> Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15959;_ylc=X3oDMTM3NzNwcWxz…>( 3) Atividade nos últimos dias: - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnYXVpMTBqBF9TAz…> 8 Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmdnZ2MWQwBF9TAzk3NDkwND…> Tem muita gente querendo te conhecer! Que tal dar uma chance?<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15m67uiub/M=758712.14532720.14422460.129601…> [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlNzlla2tvBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAz…> Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar%20Formato%20de%20Envio:%20Tradicional>, Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio%20de%20email:%20Resenha>• Sair do grupo <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Sair%20do%20grupo> • Termos de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> . __,_._,___

1 0