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E-mails repetidos
by Gisele Correia 22 Mar '12

22 Mar '12

Bom dia, Por algum motivo estou recebendo os e-mails das discussões da lista de forma repetida. Provavelmente devo ter solicitado cadastro tanto na web como no e-mail. Gostaria que o moderador da lista pudesse solucionar isso para mim. Obrigada pela atenção e desculpe o transtorno. -- Gisele

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[Dúvida] Máxima Verossimilhança no R.
by Pedro Rafael 21 Mar '12

21 Mar '12

Pessoal estou com um problema para estimar os parâmetros de dados com distribuição Beta com parâmetros p e q. Gerei aleatoriamente um conjuntos de dados com distribuição densidade de probabilidade beta no intervalo (0,1). Encontrei a distribuição de log verossimilança e como não existe solução fechada para os parâmetros p e q, temos que estimar por métodos numéricos como o de Newton Raphson, BFGS, etc. Código: ######################################## dados = rbeta(1000000,1,3) # onde p = 1 e q = 3. hist(dados) # Cara dos dados. log.verossimilhanca <- function(teta,y){ p = teta[1] q = teta[2] logl <-sum((1-p)*log(y)+(1-q)*log(1-y)+log(gamma(p+q)) - log(gamma(q)) - log(gamma(p))) return(-logl) } optim(theta <- c(1,1),fn = log.verossimilhanca,y=dados,method="BFGS") Como informar o espaço paramétrico de cada um dos parâmetros da distribuição, no caso particular da distribuição beta ambos sendo maiores que zero? -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho.

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linhas de batimetria
by Rodrigo Plei 21 Mar '12

21 Mar '12

Pessoal, Alguém sabe como deixar as linhas de batimetria tracejadas quando plotadas a partir de um shapefile usando o maptools? Agradeço desde logo! Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

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Ajuda com Análise de Similaridade - ANOSIM
by Flávia Souza 21 Mar '12

21 Mar '12

Bom dia a todos, parabéns pela iniciativa da lista. Muito bom mesmo. Solicito auxílio quanto a realização de uma análise de Similaridade do tipo ANOSIM, pois preciso realizar e gostaria de usar o R, entretanto, não tenho certeza da entrada dos dados na planilha excel (csv) e os procedimentos quanto a comandos para gerar a análise e respectivo gráfico no software. Minha análise são de três ambientes distintos e três hábitats em cada ambiente. Alguém pode me ajudar, por favor.... Se houver necessidade envio os dados Grata pela atenção, Flávia -- MSc. Flávia Kelly S. Souza Universidade Federal do Amazonas - UFAM Faculdade de Ciências Agrárias - Depto. de Ciências Pesqueiras Manaus - Amazonas flavia.souza(a)piatam.org.br flakel.souza(a)gmail.com flaviasouza(a)ufam.edu.br skype: fla_kel

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[dúvida] Vários plots no mesm frame com margens diferentes
by Marcelo Claro de Souza 21 Mar '12

21 Mar '12

Preciso plotar 8 figuras no mesmo frame em duas colunas e 4 linhas, mas gostaria de juntar as quatro figuras em cada coluna e colocar apenas um eixo na figura inferior. estou fazendo a divisão do frame por layout(matrix(1:8,nrow=4,ncol=2) e a determinação da margem geral do frame por par(mar=c(4.5,4.5,1,1) Como ajusto individualmente as margens de cada figura? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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Dúvida exportação PNG
by Julianna Trindade 21 Mar '12

21 Mar '12

Pessoal, gostaria que meu plot fosse automaticamente transformado em um arquivo png em paisagem. Estou usando *png(filename="c:/users/Julianna/Documents/SecSaude/produtos_nascvivos/2006.png", height=1360, width=768, bg="white")* e está exportando em retrato. Alguém, por favor, pode me ajudar?? -- Julianna Trindade "Exalta-te, Senhor, na Tua força! Nós cantaremos e louvaremos o Teu poder." Salmos 21; 13

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Ajuda modelo misto ordinal - MCMCglmm.
by Ivan Bezerra Allaman 20 Mar '12

20 Mar '12

#Boa noite senhores! Após vários dias estudando sobre dados categóricos e pesquisando (vários fóruns com respostas do dono da library - todas incipientes) como interpretar o 'output' da função MCMCglmm venho recorrer a ajuda dos senhores, caso alguém já tenha trabalhado com função MCMCglmm no caso de variáveis dependentes ordinais. Já li e reli todos os pdf's do pacote, coursenotes do Jarrod, enfim, estou esgotado. Para esclarecer a base de dados, os tratamentos (denominado FASES) consistem de 3 níveis (1-pre, 2-própolis, 3-vincris), cujo as variável resposta ordinal tem 3 categorias (1-normal, 2-agudo, 3-cronico). Vide tabela! du <- transform(read.table('http://dl.dropbox.com/u/33619290/Dados/Dtest.txt',h=T),FASES=factor(FASES),ALT.RENAIS=ordered(ALT.RENAIS)) summary(du) library('MCMCglmm') du <- subset(du, ALT.RENAIS != 'NA') tabela <- table(du[,c(2,4)]) tabela colnames(tabela) <- c('Normal','Aguda','Crônica') rownames(tabela) <- c('Pre','Propolis','Vincr') tabela #Um modelo misto seria: set.seed(1) mod1 <- MCMCglmm(ALT.RENAIS ~-1+FASES, random= ~ ANIMAIS, family='ordinal',pl=TRUE,data=du) summary(mod1) #Aí começa o sofrimento, pois a documentação é insuficiente neste caso. Segundo o próprio Jarrod (fóruns), as médias a posteriori dos coeficientes das covariáveis estão na escala probit. Segundo o meu estudo, estes coeficientes são os scores da distribuição normal padrão. Mais os escores não deveriam corresponder aos cutpoints? Neste caso, teríamos j(categorias da variável resposta)-1 cutpoints, ou seja, 2 cutpoints. O output só me apresenta um cutpoint. Como é possível então calcular as probabilidades com apenas um cutpoint? Segundo a documentação(Vignettes, pag 22), se P(y=k)=F(yk|l(vlatente),1) - F(yk-1|l,1), esse 'um' provavelmente seria a categoria 'um' da variável dependente? Enfim senhores, como posso extrair as probabilidades para as fases referentes a cada categoria da variável dependente? Desde já agradeço a atenção de todos. #embora um pouco lógico, os resultados são absurdos! latentv <- mean(mod1$Liab) cutpoint <- mean(mod1$CP) pnorm(-(latentv), 0, sqrt(2)) pnorm(cutpoint - (latentv),0, sqrt(2)) - pnorm((latentv),0, sqrt(2)) 1- pnorm(cutpoint - (latentv),0, sqrt(2)) #isso teria algum resultado lógico até certo ponto, mais seria apenas referente a categoria 1 da variável dependente. E as outras? bre <- c(mean(mod1$Liab),mean(mod1$Sol[,1]),mean(mod1$Sol[,2]),mean(mod1$Sol[,3])) pnorm(bre[2])-pnorm(bre[1]) pnorm(bre[3])-pnorm(bre[2]) pnorm(bre[4])-pnorm(bre[3])#probabilidade negativa nãooo! \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Anova para delineamento hierarquico
by Gisele Correia 20 Mar '12

20 Mar '12

Bom dia a todos, Gostaria de um exemplo de como funciona uma análise em anova num delineamento experimental hierárquico, sendo o primeiro fator fixo e o segundo fator aleatório. Att., -- Gisele Batista Correia Engenheira de Pesca

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dúvida gráfico ponto frequencia relativa
by Lucas Fernandes de Souza 20 Mar '12

20 Mar '12

Boa tarde. Tenho esse intervalo de frequencia relativa de precipitação, conforme abaixo: int freq 0-10 0.8719 10-20 0.06878 20-30 0.03211 30-40 0.01452 40-50 0.00705 50-60 0.00299 60-70 0.00141 70-80 0.00058 80-90 0.00058 90-100 0.00008 quero plotar um gráfico de ponto e linha com esses dados, onde o eixo X fique conforme o intervalo acima. Alguma sugestão? obrigado -- Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

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Estouro de Inteiros
by Jodavid Ferreira 20 Mar '12

20 Mar '12

Eu estou realizando um cáculo onde chega uma certa hora, que aparece este mensagem! Warning message: NAs produzidos por estouro de inteiro Alguem sabe com resolver? -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://jovem.rccpb.com.br Responsável pelo Ministério Jovem e de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com

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