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Ajuda com criação de loop para transforma lista em matrix de presença e ausencia
by Augusto Ribas 26 Mar '12

26 Mar '12

Ola pessoal. Estou aqui denovo pra pedir uma ajudinha. Eu estou com uns dataframes com 2 colunas, uma são nome de especies de hospedeiro e outra nome de especie de parasita. Ai a lista é na verdade parasita tal ocorreu em hospedeiro fulano Até aqui tudo bem, agora eu empaquei pq queria transformar isso em uma matriz de presensa e ausencia, com colunas sendo parasitos e linhas hospedeiro, ai onde tem interação entre os 2 fica preenchido com 1 e onde nao tem com 0. Eu fiz um exemplo com uma matriz pequenininha e como eu estou tentando resolver. Pensei em usar um teste de logica pra ir preenchendo a matriz mas eu não sei como fazer isso de modo eficiente. Pq o maximo que cheguei foi testar cada celula da matriz com toda a lista, e como a lista é meio grande é meio perdido fazer assim. Mas segue o exemplo que acho que ta facil entender, se alguem tiver uma solução facil na manga faria minha semana muito feliz :) #------------------------------------------------------------------------------------------------- #exemplo de dados dados<-data.frame(parasito=c("a","b","b","c","d","d"), hospedeiro=c("1","1","1","2","2","3")) #como eles estão agora dados #Eu preciso de uma matriz de presença e ausencia #dai faço uma matriz matriz<-matrix(data=NA,nrow=length(unique(dados$parasito)), ncol=length(unique(dados$hospedeiro)), dimnames=list(c(as.character(unique(dados$parasito))), c(as.character(unique(dados$hospedeiro))))) #blz agora preciso que a lista em dados seja representada #atraves dessa matriz matriz #Eu imaginei um teste assim #Linha 1 coluna 1 matriz[1,1]<-ifelse(colnames(matriz)[1]==dados$hospedeiro[1] & rownames(matriz)[1]==dados$parasito[1] ,1,0) #aqui eu testei se a primeira linha do data.frame corresponde a essa interação, como corresponde ele coloca 1 matriz #linha 1 Coluna 2 matriz[1,2]<-ifelse(colnames(matriz)[2]==dados$hospedeiro[1] & rownames(matriz)[1]==dados$parasito[1] ,1,0) #o mesmo pra linha 1 coluna 2, ele coloca 0 pq a a primeira linha do data.frame não corresponde a essa interação matriz #Blz, mas eu não consegui pensar em um jeito de faze ele rodar pra #toda a matriz que eu tenho de forma direta, eu queria monta um loop #ou algo do tipo que eu so fala-se o tamanho da matriz e ele testa-se #logo tudo, ou melhor acho que seria faze algo que olhe a lista #e teste pra cada linha da lista e ponha um 1 la na matriz Obrigado e boa semana a todos. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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problema com for loop
by Vitor Aguiar 26 Mar '12

26 Mar '12

Boa noite a todos. Sou novo em programação e estou tentando montar um for loop, então gostaria de pedir ajuda aos que estão familiarizados com isso. A explicação abaixo é longa, mas há poucos códigos de programação. Desde já agradeço aos que puderem ajudar. Isso é muito importante pra mim. ---- # Salve o arquivo "www.datafilehost.com/download-ce4b3fc2.html" no seu diretório de trabalho e leia-o da seguinte forma: > Pop = read.csv(file = "nist.csv", row.names = 1) # Pop = meu conjunto de dados (dataset). Cada 2 colunas é uma unidade de análise, ou seja, preciso analisar os dados de duas em duas colunas. Pode-se observar que as colunas de uma unidade tem o mesmo nome, diferenciadas por .1 e .2 # Nomes = níveis de dados presentes na 1ª unidade (1ª e 2ª colunas). Vou usar isso para nomear as linhas e colunas da matriz que vem adiante. > Nomes = levels(factor(c(Pop[,1], Pop[,2]))) # matrix ObsV = Valores observados para a 1ª unidade. Aqui, estou criando uma matriz de "0" (zeros) e depois usando um loop para preenche-la com os valores do meu dataset. > ObsV = matrix(0, nrow = length(Nomes), ncol = length(Nomes), dimnames = list(Nomes, Nomes)) > for(i in 1:nrow(Pop[,1:2])) { ObsV[paste(Pop[i,1]), paste(Pop[i,2])] = ObsV[paste(Pop[i,1]), paste(Pop[i,2])] + 1 } > ObsV # Muito simples: Leia a 1ª unidade de dados do dataset: quando aparecem na 1ª linha os valores 13 - 14 é somado +1 no spot "linha 13, coluna 14" da matriz ObsV. E assim por diante contando todos os valores observados. Então, se no spot "linha 10, coluna 14" da matrix ObsV eu tenho o valor 11, isso é porque o valor 10 - 14 apareceu 11 vezes no meu dataset. # Isso funciona bem pra mim. Mas eu preciso fazer isso funcionar para todo o dataset de uma vez só, sempre trabalhando de duas em duas colunas. Ou seja, como tenho 30 colunas, preciso produzir 15 matrizes como a ObsV. # Eu pensei em por esse loop dentro de outro loop como for(j in ncol(Pop)) {}, mas não to conseguindo escrever isso e também preciso saber como modificar minhas variáveis, como "N" e "Nomes" para que funcionem para todos os marcadores. #todos os códigos acima podem ser substituídos pelos códigos abaixo, produzindo os mesmo resultados. Se for mais fácil resolver assim. > Pop = read.csv("nist.csv", row.names=1) > Nomes = levels(factor(c(pop[,1], pop[,2]))) > ObsV = table(factor(Pop[,1], levels = Nomes), factor(Pop[,2], levels = Nomes)) > ObsV -------- Obrigado, Vitor Rezende da Costa Aguiar --------------------------------------------------- PhD student in Biotechnology Rede Nordeste de Biotecnologia Universidade Federal do Espírito Santo --------------------------------------------------- Current Adress: Department of Integrative Biology University of California, Berkeley 2033 Valley Life Sciences Building, office 4134 Berkeley, CA - USA 94720 Phone: 1 (510)-643-0060

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Definir efeitos
by andre neves 26 Mar '12

26 Mar '12

Prezados, Bom dia! Estou começando a utilizar o R, já fiz algumas análises e por isso gostaria de parabenizar a todos os coloboradores desta lista pela disponibilidade em responder às perguntas. Pergunta: Como definir os efeitos linear (L), quadrático (Q), cúbico (C) e quártico (Qt) em modelos mistos (melhor ajuste), considerando 5% como nível de significância. Quais comandos utilizar? Um abraço. André =========================== Aviso de confidencialidade: =========================== - Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal n. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, eh enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada eh ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. ===================== Confidentiality note: ===================== - "This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure".

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Análise de covariância
by Gisele Correia 26 Mar '12

26 Mar '12

Bom dia, Alguém teria um exemplo de análise de covariância no R para eu ver como se aplica? Att., -- Gisele Batista Correia Engenheira de Pesca Mestranda em Ciências Pesqueiras nos Trópicos Universidade Federal do Amazonas - UFAM Av. Gen. Rodrigo Octávio Jordão Ramos, 3000, Campus Universitário. Bairro Coroado I. CEP 69077-000. Manaus/AM. Fone:(92) 3305-4063 Celular: (41) 9818-6424 (TIM) (92) 8142-3352 (TIM) (92) 9322-5668 (VIVO) ‎"Agradeço por todas as dificuldades que enfrentei (e ainda enfrento)... se não fosse por elas, não teria saído do lugar. A facilidade nos impede de caminhar. Mesmo as críticas nos auxiliam muito..." Chico Xavier

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Re: [R-br] problema memória
by Benilton Carvalho 26 Mar '12

26 Mar '12

Lucas, por favor, nao mando anexos para a lista... e muito menos para enderecos pessoais sem previa confirmacao (ao ler minhas msgs em dispositivos moveis, eu nem sempre tenho a opcao de nao baixar os anexos, que no seu caso resumem-se a 10MB). as sugestoes que enviei anteriormente continuam validas: 64 bits e mais RAM. boa sorte, b 2012/3/26 Lucas Fernandes de Souza <luc.souza(a)usp.br>: > tenho o windows 7 de 32 bits e 3G de memória ram. > > Segue em anexo as duas planilhas que quero unir. > Já tentei separar por tratamentos, ou seja, primeiro escolho um tratamento e > faço o merge. Com isso, já consegui fazer o merge, porém, os dados aparecem > repetidos. Como coluna em comum (para o merge) já usei o "year", "doy" e > continua aparecendo linhas repetidas... > na verdade, o que me interessa é o "comprimento" da planilha "growth", ou > seja, tenho que adequar os dados da planilha "weatherobs" com o da planilha > "growth". > Não consegui fazer um scrip que resolva isso...se puderem me ajudar, > agradeço. > > > > Citando Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com>: > >> As sugestoes, ja listadas aqui algumas vezes, sao: >> >> 0) De um exemplo reproduzivel >> 1) Instale um SO de 64 bits e o R com 64 bits >> 2) Aumente a RAM disponivel no seu computador >> >> No entremeio, vc pode tentar trabalhar apenas com segmentos do seu >> arquivo... ou ate' jogar tudo num banco de dados SQL e fazer o merge >> por la... (que muito possivelmente se resumira a um INNER JOIN). >> >> O que eh necessario para sugestoes mais uteis eh que vc descreva com >> detalhe o volume de dados e sua estrutura (novamente, encapsulada num >> exemplo reproduzivel) e tambem nos informe informacoes sobre o >> equipamento que voce usa, incluindo RAM e sistema operacional. >> >> b >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > > -- > Lucas F. de Souza > Eng. Agrícola - CONAB > M.Sc. Produção Vegetal - UENF > Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP > tel: (19) 8160-7068

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problema memória
by Lucas Fernandes de Souza 26 Mar '12

26 Mar '12

Bom dia a todos. Tentei unir duas planilhas, com o comando merge, porém aparece o seguinte erro: Error: cannot allocate vector of size 16.0 Mb In addition: Warning messages: 1: In attr(value, "row.names") <- row.names : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 2: In attr(value, "row.names") <- row.names : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 3: In attr(value, "row.names") <- row.names : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 4: In attr(value, "row.names") <- row.names : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) O que posso fazer para solucionar isso? obrigado -- Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

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Re: [R-br] Ajuda com os benditos contrastes.
by Walmes Zeviani 26 Mar '12

26 Mar '12

Olympio, Não é possível fazer testes para níveis de Trat1 dentro de Trat2 com a formula assim ~Trat1/Trat2, isso por causa da codificação das matrizes envolvidas. Você tem que usar Trat2/Trat1, ou Tra3*Trat2 (ou inverso), ou ainda criar um novo fator combinando os níveis desses que pode ser conseguido com a interaction(). No seu caso, você deve ajustar o modelo com Trat2/Tempo/Trat1, o fator de níveis a serem comparados deve ser o último na fórmula do modelo. Se for usar a contrast::contrast() o modelo tem que ter estrutura cruzada e não aninhada. Veja, Id: Unidade Amostral #Estrutura dos dados: set.seed(13032012) d=expand.grid(Trat1=gl(3,18),Tempo=gl(2,1)) d$Trat2=gl(2,9,108) d$Id=as.factor(rep(1:54,2)) d$Y=abs(rnorm(108,c(10,30,8),10)) str(d) #Verificar estrutura para a unidade amostral i=3, por exemplo d[d$Id==3,]: Tratamento1 =1, Tratamento2=1 Tempo=1, 2. #Ajuste que fiz usando lme library(nlme) f=lme(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo, random=~1|Id,d) summary(f) m0 <- lme(Y~Trat2/Tempo/Trat1, random=~1|Id,d) fixef(m0) anova(m0) require(aod) # 8 parâmetros = 8 g.l. da interação grep("*.:Tempo*.:Trat1*.", names(fixef(m0)), value=TRUE) idx <- grep("*.:Tempo*.:Trat1*.", names(fixef(m0))) # última linha da anova(m0) wald.test(Sigma=vcov(m0), b=fixef(m0), Terms=idx, df=nrow(d)-length(fixef(m0))) # assim é possível fazer testes de desdobramento de interação usando a wald.test() # é só saber que índices passar para Terms= para ter as hipóteses adequadas require(contrast) levels(d$Trat2) levels(d$Trat1) levels(d$Tempo) c0 <- contrast(m0, list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="1"), list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="2")) # modelo tem que estar na forma cruzada (*) e não aninhada (/) m0 <- lme(Y~Trat2*Tempo*Trat1, random=~1|Id,d) c0 <- contrast(m0, list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="1"), list(Trat2="1", Tempo="1", Trat1="2")) c0 c0$X # vetor de contrastes Depois é só você trocar os niveis na contrast() para demais comparações. Você pode reunir os vetores de contraste e fazer esses contrastes com a multcomp::glht() para ajustar o p-valor dos testes, visto que são muitas hipóteses não ortogonais. Consulte a documentação dessas funções. Aconselho você a sempre enviar perguntas para a R-br pois o sucesso de resposta é maior, sua dúvida pode ajudar os demais além de ficar no arquivo da lista para consulta futura. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2012/3/25 Olympio Neto <olympiotneto(a)gmail.com> > Walmes, muito obrigado por você estar sempre disponível a ajudar... Olha, > eu deveria te pagar, porque já me ajudou milhares de vezes com suas > intervenções. > > Então, cara, eu tenho um problema. Vou colocar o que fiz aqui, usando > aquele CMR que mandei. > > Id: Unidade Amostral > #Estrutura dos dados: > set.seed(13032012) > d=expand.grid(Trat1=gl(3,18),Tempo=gl(2,1)) > d$Trat2=gl(2,9,108) > d$Id=as.factor(rep(1:54,2)) > d$Y=abs(rnorm(108,c(10,30,8),10)) > > #Verificar estrutura para a unidade amostral i=3, por exemplo > d[d$Id==3,]: Tratamento1 =1, Tratamento2=1 Tempo=1, 2. > > #Ajuste que fiz usando lme > > library(nlme) > f=lme(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo, random=~1|Id,d) > > Veja, e "f" é meu modelo final, o melhor e tal. Acontece que quero fazer > comparações múltiplas considerando somente Trat1 e Tempo, desprezando Trat2 > dentro de Trat1. Estou me matando há 3 dias tentando isso e não consigo. > Quando coloco Trat2, ela entra nos contrastes e não quero isso. > Queria fazer isso, mas nem sei como te mostrar, desculpe, mas vai > literalmente. > > Trat1:1 X Tempo:1 - Trat1:2 X Tempo:1 > Trat1:1 X Tempo: 1- Trat1:3 X Tempo:1 > Trat1:2 X Tempo:1 - Trat1:3 X Tempo:1 > > Eu vi um exemplo parecido em > http://www.ats.ucla.edu/stat/R/faq/testing_contrasts.htm, mas lá cria-se > um novo modelo univariado com o comando interaction nos fatores. Poderia > até fazer isso, mas isso iria alterar muito meu modelo, que já é > complicado. Você vislumbra alguma forma de se resolver isso? Não queria > perder a caracterização do aninhamento de Trat2 dentro de Trat1. Já tentei > contrast, multcomp e tudo mais, mas sempre solicitam os níveis de saliva ou > se coloco, eles aumentam as comparações. > > Desculpe te encher com esta dúvida idiota, mas os contrastes no R me > arrebentam, e há anos. Já li um zilhão de livros do R, mas quando preciso > ir às vias de fato, me mato. > > Abs e muito obrigado. > > Olympio >

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chuvapr
by Gilbert Queiroz 25 Mar '12

25 Mar '12

"chuvapr" alguém tem este bd, para pratcar no aRT???? Abs.

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Como ler dados .DAT e CTL
by Victor Eduardo 25 Mar '12

25 Mar '12

Pessoal, estou utilizando os dados do INPE e nele, vem em formato .DAT e um outro com o formato CTL. Como poderia ler no R esses dois formatos? Abraços, Victor Eduardo

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Ajuda com particionamento de soma de quadrados usando nlme
by Olympio Neto 25 Mar '12

25 Mar '12

Pessoal, recorro novamente a vocês para me ajudarem em um problema que já foi objeto de outra mensagem que postei aqui. Estou com um modelo de ANOVA com medidas repetidas em que um dos tratamentos é aninhado a outro. O que gostaria de fazer é particionar o tratamento aninhado como se faz com o comando aov (..., split..) (Vi exemplo no site R-idiculas (excelente, por sinal)). A estrutura dos meus dados é a seguinte: Id: Unidade Amostral #Estrutura dos dados: set.seed(13032012) d=expand.grid(Trat1=gl(3,18),Tempo=gl(2,1)) d$Trat2=gl(2,9,108) d$Id=as.factor(rep(1:54,2)) d$Y=abs(rnorm(108,c(10,30,8),10)) #Verificar estrutura para a unidade amostral i=3, por exemplo d[d$Id==3,]: Tratamento1 =1, Tratamento2=1 Tempo=1, 2. #Ajuste que fiz usando lme library(nlme) f=lme(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo, random=~1|Id,d) #Gostaria de realizar algo do tipo, só que com o modelo misto usando o pacote nlme m1=aov(Y~(Trat1/Trat2)*Tempo,d) names(coef(m1))[5:7] grep("Trat11", names(coef(m1))[5:7]) grep("Trat12", names(coef(m1))[5:7]) grep("Trat13", names(coef(m1))[5:7]) ### As partições, mas sem considerar o modelo misto (queria algo semelhante). summary(m1) summary(m1, split=list("Trat1:Trat2"=list( " Trat1-1"=c(1), "Trat2-2"=c(2), "Trat3-3"=c(2) ))) Fico na dúvida, se devo fazer isso na interação tripla, já que nos meus dados reais foi significativa ou se os coeficientes estimados delas também devam entrar no contraste, enfim, eu sempre tenho muitas dúvidas em contrastes no R. Alguém sabe como posso fazer isso? Já tentei os contrastes com multcomp, mas não é isso que quero... gostaria de ter partição da soma dos quadrados, semelhante ao exemplo com o aov. Alguém pode me ajudar? Desde já, muito obrigado. Olympio

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