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Teste
by Gilbert Queiroz 25 Mar '12

25 Mar '12

Isto aqui é um teste, p/ contato c/ a lista...

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Conectando o R ao TerraView
by Gilbert Queiroz 24 Mar '12

24 Mar '12

Amigos, Estou trabalhando com dados no TerraView. Estava pensando em usar Regessão Espacial. Para isso, iria exportar os dados p/ o R, e trabalhar independentemente, e depois voltar com os resultados prevsitos pelo modelo para o TerraView. Mas encontrei material sobre o aRT. Porém, não estou sabendo fazer a conexão entre os programas. Alguém pode me ajudar nesta tarefa? Abs. Gilbert.

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Teste de comparação de médias e contrastes ortogonais no R
by andre neves 23 Mar '12

23 Mar '12

Prezados, Bom tarde! Gostaria de pedir uma ajuda sobre como rodar (comandos) comparação de médias pelo teste Tukey , quando considero os efeitos fixos e aleatórios, o que constitui um modelo misto. E como faço para rodar (comandos) contrastes ortogonais para definir os efeitos linear (L), quadrático (Q), cúbico (C) e quártico (Qt), considerando 5% como nível de significância. Um abraço a todos. André =========================== Aviso de confidencialidade: =========================== - Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal n. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, eh enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada eh ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. ===================== Confidentiality note: ===================== - "This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure".

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Re: [R-br] Criação de função fortran em pacote (base)
by Junior Beleti 23 Mar '12

23 Mar '12

Olá Benilton, Primeiramente gostaria de agradecer novamente pela paciência e pela atenção, e me desculpar por não ter conhecimento necessário sobre funções e procedimentos estatísticos. O foco da minha pesquisa é o processamento paralelo. Estou utilizando scripts, (tais como de obtenção dos valores preditos utilizando os dados do pivo), pois foi constatado problemas quanto ao tempo de processamento de algumas rotinas desses scripts. Na rotina de obtenção dos valores preditos utilizando os dados do pivo (trecho a seguir), o problema quanto a tempo de processamento está na chamada "preditos.simu <- volta.cokri(md.cov.ck,num.simu=1000,int.conf=0.95)". (lembrando que tais scripts necessitam do pacote geoComp) ------------------------------------------------------------------- require(geoComp) require(MASS) require(statmod) require(geoR) data(pivo) dados <- pivo[,c(6,7,8,1,2)] dados <- as.geoComp(dados) bor <- cbind(c(0,seq(0,200,l=100),0),c(0,sqrt(200^2-seq(0,200,l=100)^2),0)) estima <- mec(dados) gr <- pred_grid(bor, by=4) md.cov.ck <- cokrigagem(estima[[1]]$Estimativas, loc=gr,dados.comp=dados) preditos.gh <- volta.quad(md.cov.ck,n.pontos=7,Variancia=FALSE) preditos.gh <- data.frame(preditos.gh) write.table(preditos.gh,"pred_by4k7ns1000MBM.txt") preditos.simu <- volta.cokri(md.cov.ck,num.simu=1000,int.conf=0.95) #Ponto com problema quanto a processamento preditos.simu <- data.frame(preditos.simu[[1]]) preditos.simu.ic <- data.frame(preditos.simu[[2]]) write.table(preditos.simu,"predsimu_by4k7ns1000MBM.txt") write.table(preditos.simu.ic,"predsimuic_by4k7ns1000MBM.txt") ------------------------------------------------------------------- Visando localizar o ponto em que a execução gasta um maior tempo de processamento, "entrei" na função volta.cokri(código a seguir) e fui investigar a causa da "demora" na execução dessa função. ------------------------------------------------------------------- volta.cokri <- function(mat.cokri, num.simu, retorna.tudo=FALSE, int.conf=0.95){ nlinhas <- dim(mat.cokri[[1]])[1] compos1 <- data.frame(matrix(nrow=nlinhas/2,ncol=3)) compos <- data.frame(matrix(nrow=nlinhas/2,ncol=3)) for(i in 1:num.simu){ g <- mvrnorm(n=1, mat.cokri[[1]],mat.cokri[[2]]) seq1 <- seq(1,nlinhas,by=2) seq2 <- seq(2,nlinhas,by=2) y1 <- g[seq1] y2 <- g[seq2] gerado <- data.frame(y1,y2) compos <- agl(gerado) compos1 <- cbind(compos,compos1) } compos2 <- as.matrix(compos1) dim.vetor <- num.simu*3 sy1 <- seq(1,dim.vetor,by=3) sy2 <- seq(2,dim.vetor,by=3) sy3 <- seq(3,dim.vetor,by=3) amostra1 <- as.matrix(compos2[,sy1],ncol=num.simu) amostra2 <- as.matrix(compos2[,sy2],ncol=num.simu) amostra3 <- as.matrix(compos2[,sy3],ncol=num.simu) if(retorna.tudo == TRUE){ retorna <- list() retorna[[1]] <- amostra1 retorna[[2]] <- amostra2 retorna[[3]] <- amostra3 return(retorna) } if(retorna.tudo == FALSE){ med1 <- apply(amostra1,1,mean) med2 <- apply(amostra2,1,mean) med3 <- apply(amostra3,1,mean) q1 <- t(apply(amostra1,1,quantile,prob=c(1-int.conf,int.conf))) q2 <- t(apply(amostra2,1,quantile,prob=c(1-int.conf,int.conf))) q3 <- t(apply(amostra3,1,quantile,prob=c(1-int.conf,int.conf))) quantis <- cbind(q1,q2,q3) resultado <- list() resultado$preditos <- data.frame(med1,med2,med3) names(resultado$preditos) <- c("Areia","Silte","Argila") resultado$intervalo <- data.frame(quantis) names(resultado$intervalo) <- c("LI Areia", "LS Areia", "LI Silte", "LS Silte", "LI Argila", "LS Argila") return(resultado)} } ------------------------------------------------------------------- Na função volta.cokri verifiquei que o elevado tempo de processamento se concentrava na chamada "g <- mvrnorm(n=1, mat.cokri[[1]],mat.cokri[[2]])". Então desmembrei a função para realizar experimentos com pacotes paralelos afim de criar modelos de execução paralelos. A seguir está o trecho da função desmembrada. ------------------------------------------------------------------- mat.cokri <- md.cov.ck retorna.tudo=FALSE int.conf=0.95 nlinhas <- dim(mat.cokri[[1]])[1] compos1 <- data.frame(matrix(nrow=nlinhas/2,ncol=3)) compos <- data.frame(matrix(nrow=nlinhas/2,ncol=3)) mvrnorm <- function(n = 1, mu, Sigma, tol=1e-6, empirical = FALSE) { p <- length(mu) if(!all(dim(Sigma) == c(p,p))) stop("incompatible arguments") eS <- eigen(Sigma, symmetric = TRUE, EISPACK = TRUE) ev <- eS$values if(!all(ev >= -tol*abs(ev[1L]))) ev <- ev *(-1) X <- matrix(rnorm(p * n), n) if(empirical) { X <- scale(X, TRUE, FALSE) X <- X %*% svd(X, nu = 0)$v X <- scale(X, FALSE, TRUE) } X <- drop(mu) + eS$vectors %*% diag(sqrt(pmax(ev, 0)), p) %*% t(X) nm <- names(mu) if(is.null(nm) && !is.null(dn <- dimnames(Sigma))) nm <- dn[[1L]] dimnames(X) <- list(nm, NULL) if(n == 1) drop(X) else t(X) } m1 <- mat.cokri[[2]][1:2601,1:2601] #divisao da matriz original m2 <- mat.cokri[[2]][2602:5202,1:2601] m3 <- mat.cokri[[2]][1:2601,2602:5202] m4 <- mat.cokri[[2]][2602:5202,2602:5202] #chamada a funcao mclapply (neste exemplo esta com 1:4, mas que na execução real seria 1:1000) mclapply(1:4, function(i) { g1 <- mvrnorm(n=1, mat.cokri[[1]][1:2601],m1) g2 <- mvrnorm(n=1, mat.cokri[[1]][1:2601],m2) g3 <- mvrnorm(n=1, mat.cokri[[1]][1:2601],m3) g4 <- mvrnorm(n=1, mat.cokri[[1]][1:2601],m4) list(g1, g2, g3, g4) },mc.cores=4 ) g <- list(list(1:2601, g1), list(1:2601, g2), list(1:2601, g3),list(1:2601, g4)) seq1 <- seq(1,nlinhas,by=2) seq2 <- seq(2,nlinhas,by=2) y1 <- g[seq1] y2 <- g[seq2] gerado <- data.frame(y1,y2) compos <- agl(gerado) compos1 <- cbind(compos,compos1) compos2 <- as.matrix(compos1) ------------------------------------------------------------------- Esses trechos de código podem reproduzir o problema. Se não tiver o pacote geoComp, posso lhe enviar por email. Meu email é beleti.junior(a)gmail.com Sobre a possivel solução apresentada, consegui aplica-lá. Mais uma vez agradeço a sua disposição e peço desculpas pelo encomodo. Att, Carlos Beleti.

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Posição de um valor em uma variável
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 23 Mar '12

23 Mar '12

Olá Estou trabalhando com um banco de mortalidade (SIM) no R e gostaria de uma ajuda. Quero criar uma variável que me diz a posição de um valor em uma variável Exemplo: Banco Original linhaa linhab *T792 *X990 *S069 *X954 *R092*T792 *J189 *R571 *T792 *A301 *T792 *X990*A302 Criando a variável x1 e x2 linhaa linhab x1 x2 *T792 *X990 0 0 *S069 *X954 0 0 *R092*T792 *J189 0 0 *R571 *T792 0 0 *A301 2 0 *T792 *X990*A302 0 7 Ou seja, o valor A30, começa na segunda linha da variável linhaa e na 7 linha da variável linhab Como rodar isso no R, no SPSS o comando é: compute x1 = index(linhaa, "A30"). compute x2 = index(linhab, "A30"). ... execute. Obrigado -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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Re: [R-br] Criação de função fortran em pacote (base)
by Junior Beleti 23 Mar '12

23 Mar '12

Olá Benilton, segue link para download do pacote geoComp: www.din.uem.br/~pg45178/geocomp/geoComp.tar.gz Sobre o problema de desempenho, acredito que as complicações sejam no mvrnorm() pois é lá que o script leva mais tempo na execução. Continuo trabalhando para encontrar solução ou melhoria no código. Obrigado pela atenção. Carlos.

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Msg de Erro em Grafico - In axis(1, x, ...) : "frame.plot" não é um parâmetro gráfico
by Augusto Ribas 22 Mar '12

22 Mar '12

Ola galera. Eu estou com uma duvida que me atormenta aqui. Vejam os seguintes graficos: #CMR demo1 <- read.csv("http://www.ats.ucla.edu/stat/data/demo1.csv") demo1 <- within(demo1, { group <- factor(group) time <- factor(time) id <- factor(id) }) par(mfrow=c(1,2)) par(cex = .6) #grafico with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse, ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3, ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group",frame.plot=F)) axis(1,at=1:3) title("1") with(demo1, interaction.plot(time, group, pulse, ylim = c(5, 20), lty= c(1, 12), lwd = 3, ylab = "mean of pulse", xlab = "time", trace.label = "group")) title("2") Minha duvida é o seguinte. No grafico 1 eu uso o argumento frame.plot=F, no segundo nao uso nada. Ai no primeiro ele nao desenha o quadrado em volta do grafico, o argumento funciona, mas vem uma msg de erro, "Esse não é um parametro grafico". O grafico é pra ficar assim mesmo, mas eu nao entendo pq ele aceita o argumento e fala que não existe. Alguém saberia dizer o que acontece numa linguagem simples? Que eu ja caçei entender isso e não consegui. Obrigado -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Teste - lista - gentileza ignorar email
by Benilton Carvalho 22 Mar '12

22 Mar '12

benilton

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converter dia do mes em dia juliano
by Lucas Fernandes de Souza 22 Mar '12

22 Mar '12

Bom dia a todos! Tenho um arquivo da seguinte maneira: day year maxt mint rain radn 1 1978 30.7 19.8 0.0 22.6 2 1978 27.2 17.4 6.0 21.4 3 1978 21.4 13.6 0.5 19.1 4 1978 23.2 14.3 0.0 20.4 5 1978 28.8 17.2 0.0 23.2 6 1978 31.5 19.0 16.4 24.1 Onde day é o dia do mes, ou seja 1 a 31 (dependendo do mes) e ano vai de 78 a 2010, incluindo anos bissextos. Preciso converter o day para dia juliano, ou seja, para cada ano, tem q variar de 1 a 365 (anos normais) e 1 a 366 (anos bissextos) Alguem pode me ajudar? Obrigado -- Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

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ftp
by Vinicius Brito Rocha 22 Mar '12

22 Mar '12

Caros colegas de lista, estou precisando exportar um resultado .txt para um ftp. Tem como fazer isso via R? abs. -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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