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Loop varrendo quantidade enorme de arquivos
by Thiago Veloso 03 Mai '12

03 Mai '12

Boa noite pessoal, Preciso de ajuda para fazer um loop que percorra uma lista enorme de arquivos. Organizei uma série (+50GB) de imagens de satélite que está organizada em anos (2001 a 2011) e, por ano, a cada oito dias (julianos). lai200101.tif lai200109.tif lai200117.tif lai200125.tif . . . lai2011361.tif onde a nomenclatura segue o padrão: lai{ano}{diajuliano}.tif. Percebam que o incremento entre os dias é sempre oito. Preciso fazer duas operações nesse banco de dados: 1) um loop para abrir cada um dos arquivos, nomeando a variável com o ano e mês, e multiplicar a mesma por 0.001. Algo assim: library(raster) lai{ano}{diajuliano}<-raster('lai{ano}{diajuliano}.tif') #carregando imagem lai{ano}{diajuliano}<-lai{ano}{diajuliano}*0.001 #calibrando imagem 2) Ao longo de todos os arquivos, somar cada quatro para produzir um mês de dados, por exemplo: lai_jan_2001 <- lai200101.tif + lai200109.tif + lai200117.tif + lai200125.tif lai_feb_2001 <- lai200133.tif + lai200141.tif + lai200149.tif + lai200157.tif . . . lai_dec_2011 <- lai2011337.tif + lai2011345.tif + lai2011353.tif + lai2011361.tif Um verdadeiro desafio de programação, concordam? Alguém pode me dar uma ideia de como começar? Agradece desde já, Thiago.

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Predição de dados - Modelagem
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 03 Mai '12

03 Mai '12

Olá Rodei um modelo: reg1<-lm(est ~ e1 + f1 + g1 + i1 + k1 + m1 + o1 + r1 + s1 + t1, data = dados) summary (reg1)$coefficients Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) 33.811287 0.7983445 42.351753 1.557462e-202 e1 -3.300681 1.0234877 -3.224934 1.313683e-03 f1 -1.602262 0.6537985 -2.450697 1.448143e-02 g1 -1.337623 0.6721036 -1.990203 4.692499e-02 i1 -6.224414 0.9810556 -6.344608 3.820429e-10 k1 -1.279617 0.5544328 -2.307975 2.126718e-02 m1 -1.569079 0.5133349 -3.056638 2.316421e-03 o1 2.984603 1.6371984 1.822994 6.869551e-02 r1 1.340099 0.6338281 2.114295 3.481391e-02 s1 1.598583 0.4717877 3.388352 7.392205e-04 t1 6.286149 0.9227351 6.812518 1.946057e-11 E gostaria de criar uma variável em um outro banco (dados2) com a estimação da minha variável gerada pelo meu modelo, estou usando o seguinte comando, porém dá um erro. dados2$estim=predict(idfu.reg1, dados2, se.fit = F) Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "esqui", value = list(fit = c(37.4586673781906, : replacement has 4 rows, data has 5565 Como posso fazer isso? -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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Sobre distância euclidiana
by Marcio Leles 03 Mai '12

03 Mai '12

Calculo de distância euclidiana Bom dia. Tenho um arquivo que ajusto um modelo de regressão gerando três betas para cada árvore. Tenho casos de ter a medição de mil árvores. Após fazer os ajustes passo a ter beta 0, beta 1 e beta 2 para cada árvore. Gostaria de calcular a distância euclidiana do beta 0 com o beta 0, beta 1 com o beta 1 e beta 2 com o beta 2, entre todas as árvores. O meu objetivo é ter uma matriz de distância euclidiana entre todos os betas de todas as árvores para saber por exemplo qual árvore é mais próxima da árvore de número 21. Abaixo um pedaço do arquivo. Obrigado pela ajuda. ARV y x1 x2 coefb_0 coefb_1 coefb_2 1 2,631605 0,011628 0,000135 2,443489 -7,54249 6,537685 1 1 0,151163 0,02285 2,443489 -7,54249 6,537685 1 0,830123 0,267442 0,071525 2,443489 -7,54249 6,537685 2 1,531406 0,007576 5,74E-05 1,341076 -2,17855 0,89864 2 1 0,098485 0,009699 1,341076 -2,17855 0,89864 2 0,832656 0,174242 0,03036 1,341076 -2,17855 0,89864 3 1,645648 0,007194 5,18E-05 1,397167 -2,65584 1,382927 3 1 0,093525 0,008747 1,397167 -2,65584 1,382927 3 0,808183 0,165468 0,02738 1,397167 -2,65584 1,382927 4 2,08642 0,007042 4,96E-05 1,652506 -3,76968 2,395018 4 1 0,091549 0,008381 1,652506 -3,76968 2,395018 4 0,840278 0,161972 0,026235 1,652506 -3,76968 2,395018 -- Atenciosamente; Marcio Leles

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Write.table Posicional
by Vinicius Brito Rocha 03 Mai '12

03 Mai '12

Senhores, Estou precisando exportar uma tabela onde não há delimitador e as variáveis são determinadas através de posições específicas.. Ex: Var1 (ocupa a posição 1-10 ) Var2 (ocupa a posição 11-31) e assim por diante. A função write table permite fazer algo assim ou apenas exporta com delimitador? Abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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Problemas com R 2.15
by Tito Conte 03 Mai '12

03 Mai '12

Acabei de instalar o R para Ubuntu e não estou conseguindo instalar nenhum pacote novo, fiz isso para o pacote ncdf, e tentei pra mais alguns e nada todos dão o mesmo erro (achava que era problema com o NetCDF) a mensagem que aparece segue abaixo installing *source* package ‘ncdf’ ... ** package ‘ncdf’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for nc-config... /usr/bin/nc-config configure: creating ./config.status config.status: creating src/Makevars ** libs gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/include -fpic -O3 -pipe -g -c ncdf.c -o ncdf.o ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directory compilation terminated. make: *** [ncdf.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’ * removing ‘/home/tito/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/ncdf’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/Rtmpn8hiQ4/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages("ncdf") : installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status Obrigado Tito

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Loop varrendo quantidade enorme de arquivos
by Thiago Veloso 02 Mai '12

02 Mai '12

Boa noite pessoal, Preciso de ajuda para fazer um loop que percorra uma lista enorme de arquivos. Organizei uma série (+50GB) de imagens de satélite que está organizada em anos (2001 a 2011) e, por ano, a cada oito dias (julianos). lai200101.tif lai200109.tif lai200117.tif lai200125.tif . . . lai2011361.tif onde a nomenclatura segue o padrão: lai{ano}{diajuliano}.tif. Percebam que o incremento entre os dias é sempre oito. Preciso fazer duas operações nesse banco de dados: 1) um loop para abrir cada um dos arquivos, nomeando a variável com o ano e mês, e multiplicar a mesma por 0.001. Algo assim: library(raster) lai{ano}{diajuliano}<-raster('lai{ano}{diajuliano}.tif') #carregando imagem lai{ano}{diajuliano}<-lai{ano}{diajuliano}*0.001 #calibrando imagem 2) Ao longo de todos os arquivos, somar cada quatro para produzir um mês de dados, por exemplo: lai_jan_2001 <- lai200101.tif + lai200109.tif + lai200117.tif + lai200125.tif lai_feb_2001 <- lai200133.tif + lai200141.tif + lai200149.tif + lai200157.tif . . . lai_dec_2011 <- lai2011337.tif + lai2011345.tif + lai2011353.tif + lai2011361.tif Um verdadeiro desafio de programação, concordam? Alguém pode me dar uma ideia de como começar? Agradece desde já, Thiago.

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precisão numérica e which.max com empates
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 02 Mai '12

02 Mai '12

Amigos de R, Estou tentando comparar alguns métodos de estimação e um dos passos necessários é encontrar valores maximos ou minimos de vetores numéricos. O problema numero 1 é que quando comparo visualmente os vetores ocorre que ocasionalmente acontece 2 ou 3 empates nos valores máximos ou mínimos como no vetor abaixo. Reparem que o valor .7 aparece na posição 21 e 23. Mas quando utilizo a função which.max ou max eu so encontro a posição 23. POssivlemente ha alguma coisa relacionado com precisão nume´rica apesar de não fazer muito sentido no momento. > test.values$Youden [1] 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50 0.55 0.60 0.55 0.60 0.65 0.60 0.65 0.60 0.65 [21] 0.70 0.65 0.70 0.65 0.60 0.65 0.60 0.65 0.60 0.55 0.50 0.45 0.40 0.35 0.30 0.25 0.20 0.15 0.10 0.05> max(test.values$Youden)[1] 0.7 > which.max(test.values$Youden)[1] 23 > which(test.values$Youden==max(test.values$Youden)) [1] 23 > test.values$Youden[21]==test.values$Youden[23] [1] FALSE O problema 2 é que quando de fato ocorrem empates a função which.max retorna somente a primeira posição. Então, a questão seria como retornar todas as posições com valores máximos ou encontrar uma mediana dos valores empatados? Qualquer luz é bem vinda. Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Retirar coordenadas de cidade do google maps com R
by Augusto Ribas 02 Mai '12

02 Mai '12

Opa a algum tempo postaram uma função aqui pra calcula a distancia entre cidades pelo googe maps. Eu gostaria de pegar a coordenada da cidade. Mas eu não acho onde esta essa informação na pagina do google depois que abro ela no R E também nao sei procurar pra falar a verdade, pq fica gigante depois que le a pagina. Alguém pode me dar uma luz? #Função anteriormente postada distancia <- function(cidade1, uf1, cidade2, uf2){ link <- paste( "http://maps.google.com/maps?saddr=", cidade1, "+-+", uf1, ",+Brasil&daddr=", cidade2, "+-+", uf2, ",+Brasil&hl=pt-BR&ie=UTF8", sep="") link <- iconv(link, 'latin1', 'UTF-8') Encoding(link) <- 'bytes' pagina <- readLines(url(link)) linha <- grep('<div class="altroute-rcol altroute-info"> <span>', pagina) distancia <- pagina[linha] distancia <- strsplit(distancia, '<div class="altroute-rcol altroute-info"> <span>')[[1]][2] distancia <- strsplit(distancia, '</span>')[[1]][1] return(list(distancia = distancia, link=link)) } distancia("Dourados", "MS", "Campo.Grande", "MS") distancia("Brasília", "DF", "Goiânia", "GO") distancia("Brasília", "DF", "Natal", "RN") distancia("Brasília", "DF", "Florianópolis", "SC") distancia("Brasília", "DF", "Porto.Alegre", "RS") #O que eu gostaria por exemplo para a cidade de Dourados MS uf1<-c("MS") cidade1<-c("Dourados") link<-paste( "http://maps.google.com/maps?saddr=%20 ",cidade1,"+-+",uf1,",+Brasil&hl=pt-BR&ie=UTF8",sep="") Encoding(link) <- 'bytes' pagina <- readLines(url(link)) #é saber onde em pagina esta as coordenadas da cidade. #que linha olhar, se é que ela esta nessa pagina, e colocar como o resultado acima algo tipo #coordenadas são tal -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Ajuda com Correlação de Matrizes com tamanhos diferentes
by Débora Martins 02 Mai '12

02 Mai '12

Olá pessoal, Estou analisando alguns dados para um artigo, entretanto não consigo rodar a correlação do jeito que desejo. Meu problema é um pouco parecido com o descrito nesse link http://stats.stackexchange.com/questions/24980/correlation-between-matrices…, pois eu desejo obter um único valor que corresponda a correlação, mas como eu divido os valores do arquivo em algumas dimensões que me interesso, não consigo obter esse valor único. Eu li o arquivo,separo cada coluna na dimensão que desejo analisar e tento fazer a correlação entre as dimensões mas só obtenho a correlação dos itens. teste<-read.table("1_analise.txt", header=T) a<-teste[1] b<-teste[2] c<-teste[3] d<-teste[4] e<-teste[5] estrutura<-cbind(a,b,c,d,e) a<-teste[6] b<-teste[7] c<-teste[8] d<-teste[9] e<-teste[10] f<-teste[11] g<-teste[12] cultura<-cbind(a,b,c,d,e,f,g) correlacao1<-cor(estrutura,cultura) Com a última linha do código, gostaria de obter algo como a tabela 3 deste link http://www.tlainc.com/articl292.htm. -- *Débora de Vasconcelos Martins** *Graduanda em Ciência da Computação Universidade Estadual do Ceará Bolsista do Programa de Educação Tutorial - PET http://petcomp.uece.br

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Diferença entre krigagem ordinária e krigagem externa a deriva
by Mauro Sznelwar 02 Mai '12

02 Mai '12

Quem sabe explicar em poucas palavras a diferença entre elas?

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