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tranformar LatLong para UTM
by Samuel Carvalho 15 Mai '12

15 Mai '12

Bom dia caros membros do r-br, Alguém poderia auxiliar na transformação de coordenadas coletadas em LatLong para UTM? Segue um cmr seguido de um print de parte dos dados (adaptado do post do Marcelo Costa em 20/09/2011) dados[1,] coord_x coord_y -45.33402 -23.31597 Coord <- SpatialPoints(cbind(dados$coord_x,dados$coord_y), proj4string=CRS("+proj=longlat +zone=22S +datum=WGS84")) utm <- spTransform(Coord, CRS("+proj=utm")) Apesar do comando ter rodado, os resultados diferem quando comparado a um site de transformacao de coordenadas que encontrei na web (_http://home.hiwaay.net/~taylorc/toolbox/geography/geoutm.html) Outro ponto é que estas coordenadas constituem como uma variável do dataframe "dados" e com a transformação sugerida acima eu nao consigo incorporar os resultados como uma nova coluna no dataframe Grato pela atenção Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Falha em instalar pacotes devido a restrição do proxy
by ROSIANA RODRIGUES ALVES 14 Mai '12

14 Mai '12

Olá Pessoal, Estou com problemas em instalar pacotes devido a restrições do proxy. Gostaria de saber o procedimento para configurar o proxy com usuário e senha para acessar os repostórios do R. Quando tento instalar um pacote aparece a seguinte mensagem de erro : " install.packages("nlme") Installing package(s) into ‘C:/Users/RosianaAlves/Documents/R/win-library/2.13’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning in install.packages : não foi possível abrir: status HTTP foi '407 Proxy Authentication Required' Warning in install.packages : não foi possível abrir: status HTTP foi '407 Proxy Authentication Required' Warning in install.packages : unable to access index for repository http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/2.13 Warning in install.packages : não foi possível abrir: status HTTP foi '407 Proxy Authentication Required' Warning in install.packages : não foi possível abrir: status HTTP foi '407 Proxy Authentication Required' Warning in install.packages : unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.13 Warning in install.packages : package ‘nlme’ is not available (for R version 2.13.1)" Att

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Substituição caracteres
by Vinicius Brito Rocha 14 Mai '12

14 Mai '12

Senhores, mais uma vez venho pedir a ajuda de vcs. Tenho um variável que armazena nomes dos municípios e preciso retirar os acentos e ç do das palavras. Alguém sugere algum método para fazer isso? abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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pergunta simples - aplicar operação para coluna de dataframe
by Vitor Aguiar 14 Mai '12

14 Mai '12

Boa tarde, tenho um dataframe com 10 colunas e gostaria de subtrair um valor "x" de todos os valores que são maiores que zero em uma determinada coluna. Como posso fazer isso, Obrigado Vitor

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Re: [R-br] Dúvida em erro na função Filtro de Kalman
by Ivan Bezerra Allaman 14 Mai '12

14 Mai '12

O erro é claro! Verifique a linha que eu grifei em vermelho no seu código. As dimensão do objeto "ar_A e ar_D" estão diferentes, impossibilitando a subtração. . . . for(t in 1:2){ ar_U[,,t]<-ar_Y[,,t]-ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_A[,,t,drop=FALSE]-ar_D[,,t,drop=FALSE] ar_F[,,t]<-ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_Z[,,t,drop=FALSE])+ar_H[,,t,drop=FALSE] ar_AA[,,t]<-ar_A[,,t,drop=FALSE]+ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ginv(ar_F[,,t,drop=FALSE])%*%ar_U[,,t,drop=FALSE] ar_PP[,,t]<-ar_P[,,t,drop=FALSE]-ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_Z[,,t,drop=FALSE])%*%ginv(ar_F[,,t,drop=FALSE])%*%ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_P[,,t] ar_A[,,t+1]<-ar_T[,,t,drop=FALSE]%*%ar_AA[,,t,drop=FALSE]+ar_C[,,t,drop=FALSE] ar_P[,,t+1]<-ar_T[,,t,drop=FALSE]%*%ar_PP[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_PP[,,t,drop=FALSE])+ar_R[,,t,drop=FALSE]%*%ar_Q[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_R[,,t,drop=FALSE]) } return(list(ar_A,ar_P)) } Filtro_Kalman(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1) (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Dúvida em erro na função Filtro de Kalman
by Victor Eduardo 14 Mai '12

14 Mai '12

Galera, estou com um problema que não estou entendendo o motivo do erro que está na função filtro_kalman. Estou realizando um exercício que é para construir uma função que realiza o filtro de kalman. Utilizei o modelo de tendencia linear local no filtro de kalman: #Função para gerar as matrizes do sistema para o #Modelo de tendencia linear local matriz_Tll<-function(fi,sig2_eta,sig2_eps,sig2_qui,n){ #Definindo as dimensões das matrizes do sistema ar_Z<-array( ,dim=c(1,2,n)) ar_T<-array( ,dim=c(2,2,n)) ar_C<-array( ,dim=c(2,1,n)) ar_D<-array( ,dim=c(1,1,n)) ar_R<-array( ,dim=c(2,2,n)) ar_H<-array( ,dim=c(1,1,n)) ar_Q<-array( ,dim=c(2,2,n)) #Iniciando um 'for' para 'construir' as matrizes do sistema for(t in 1:n){ ar_Z[ , ,t]<-matrix(c(1,0),nc=2) ar_T[ , ,t]<-matrix(c(1,0,1,fi),nc=2) ar_C[ , ,t]<-matrix(c(0,0)) ar_D[ , ,t]<-matrix(0) ar_R[ , ,t]<-matrix(c(1,0,0,1),nc=2) ar_H[ , ,t]<-matrix(sig2_eps,nc=1) ar_Q[ , ,t]<-matrix(c(sig2_eta,0,0,sig2_qui),nc=2) } return(list(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q)) } fi<-0.5 #com |fi|<1 temos um modelo de tendencia amortecida sig2_eta<-4 sig2_eps<-6 sig2_qui<-10 n<-100 #número pequeno apenas para teste mat_sist<-matriz_Tll(fi,sig2_eta,sig2_eps,sig2_qui,n) ar_Z<-mat_sist[[1]] ar_T<-mat_sist[[2]] ar_C<-mat_sist[[3]] ar_D<-mat_sist[[4]] ar_R<-mat_sist[[5]] ar_H<-mat_sist[[6]] ar_Q<-mat_sist[[7]] #Função para modelo em espaço de estado em geral gerador_EE<-function(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1){ n<-dim(ar_Z)[3] #nº de matrizes do array Z ou D ou H p<-dim(ar_H)[1] #nº linhas de H, D ou Z m<-dim(ar_T)[1] #nº linhas de T, C ou R r<-dim(ar_Q)[1] #nº linhas de Q ar_Y<-array(,dim=c(p,1,n)) eps<-array(,dim=c(p,1,n)) eta<-array(,dim=c(r,1,n)) alfa<-array(,dim=c(m,1,n+1)) alfa[,,1]<-a1+chol(p1)%*%matrix(rnorm(m,0,1),nc=1) for(t in 1:n){ eps[,,t]<-0+chol(ar_H[,,t])%*%matrix(rnorm(p,0,1),nc=1) ar_Y[,,t]<-ar_Z[,,t]%*%alfa[,,t]+ar_D[,,t]+eps[,,t] eta[,,t]<-0+chol(ar_Q[,,t])%*%matrix(rnorm(r,0,1),nc=1) alfa[,,t+1]<-ar_T[,,t]%*%alfa[,,t]+ar_C[,,t]+ar_R[,,t]%*%eta[,,t] } return(ar_Y) } a1<-matrix(1:2,nc=1) p1<-matrix(c(3,1,1,2),nc=2) geracao<-gerador_EE(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1) #Gráfico dos valores gerados para Y plot(geracao,type='l') #Filtro de Kalman install.packages('MASS') require(MASS) Filtro_Kalman<-function(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1){ n<-dim(ar_Z)[3] #nº de matrizes do array Z ou D ou H p<-dim(ar_H)[1] #nº linhas de H, D ou Z m<-dim(ar_T)[1] #nº linhas de T, C ou R r<-dim(ar_Q)[1] #nº linhas de Q ar_Y<-array(,dim=c(p,1,n)) ar_U<-array(,dim=c(p,1,n)) ar_F<-array(,dim=c(p,p,n)) ar_AA<-array(,dim=c(m,1,n)) ar_PP<-array(,dim=c(m,m,n)) ar_A<-array(,dim=c(m,1,n+1)) ar_P<-array(,dim=c(m,m,n+1)) ar_A[,,1]<-a1 ar_P[,,1]<-p1 ar_Y<-gerador_EE(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1) for(t in 1:2){ ar_U[,,t]<-ar_Y[,,t]-ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_A[,,t,drop=FALSE]-ar_D[,,t,drop=FALSE] ar_F[,,t]<-ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_Z[,,t,drop=FALSE])+ar_H[,,t,drop=FALSE] ar_AA[,,t]<-ar_A[,,t,drop=FALSE]+ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ginv(ar_F[,,t,drop=FALSE])%*%ar_U[,,t,drop=FALSE] ar_PP[,,t]<-ar_P[,,t,drop=FALSE]-ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_Z[,,t,drop=FALSE])%*%ginv(ar_F[,,t,drop=FALSE])%*%ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_P[,,t] ar_A[,,t+1]<-ar_T[,,t,drop=FALSE]%*%ar_AA[,,t,drop=FALSE]+ar_C[,,t,drop=FALSE] ar_P[,,t+1]<-ar_T[,,t,drop=FALSE]%*%ar_PP[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_PP[,,t,drop=FALSE])+ar_R[,,t,drop=FALSE]%*%ar_Q[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_R[,,t,drop=FALSE]) } return(list(ar_A,ar_P)) } Filtro_Kalman(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1)

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Correlação entre vetores de comprimentos diferentes
by Tito Conte 13 Mai '12

13 Mai '12

Senhores, Preciso saber quais posições de um vetor de 10000 elementos são maiores do que os valores de um vetor de 203900 elementos (há NANs e elementos repetidos) e correlacionar com um vetor resultado do mesmo processo (comparar latitudes e longitudes, de duas tabelas distintas e observar em que posição a condição é igual) o problema é que não consigo fazer essa comparação pois um vetor é menor que o outro, há alguma forma de forçar essa comparação ou a única solução eh um loop gigantesco de 203900 steps? Tito Conte

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Dúvida Plot
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 12 Mai '12

12 Mai '12

Olá Como posso plotar uma série em um mesmo gráfico? Ou seja, eu gostaria de plotar a série de PE, AL e SP em um mesmo gráfico. A unica coisa que consegui até agora foi: PE.ts <- ts(dados[,2], start = 2001, end=2009, freq = 1) AL.ts <- ts(dados[,3], start = 2001, end=2009, freq = 1) SP.ts <- ts(dados[,4], start = 2001, end=2009, freq = 1) layout(1:3) plot(PE.ts,col="green",lwd=3,xlab="Ano") plot(AL.ts,col="green",lwd=3,xlab="Ano") plot(SP.ts,col="green",lwd=3,xlab="Ano") Porém eu gostaria de que as linhas estivessem em um mesmo gráfico > dput(dados) structure(list(ano = c(2001L, 2002L, 2003L, 2004L, 2005L, 2006L, 2007L, 2008L, 2009L, 2001L, 2002L, 2003L, 2004L, 2005L, 2006L, 2007L, 2008L, 2009L), PE = c(201L, 191L, 240L, 271L, 275L, 289L, 284L, 288L, 254L, 8735L, 9944L, 9533L, 4570L, 5106L, 4461L, 4107L, 2386L, 1114L), AL = c(216L, 260L, 62L, 56L, 71L, 60L, 82L, 61L, 69L, 497L, 1595L, 349L, 282L, 268L, 300L, 166L, 104L, 33L), SP = c(144L, 107L, 113L, 142L, 112L, 124L, 114L, 112L, 125L, 4189L, 2787L, 2738L, 2247L, 1778L, 1144L, 1549L, 1197L, 1147L), tipo = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("SIM", "SINAN"), class = "factor")), .Names = c("ano", "PE", "AL", "SP", "tipo"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -18L)) Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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Tukey para parcelas subdividad
by Gilson Sanchez 12 Mai '12

12 Mai '12

Muito obrigado pessoal pelas dicas fiquei interessado no pacote ExpDes, mas da pra ajudar no seguinte mensajem ------------------------------------------------------------------------ Legend: FACTOR 1 (plot): solo FACTOR 2 (split-plot): tempo ------------------------------------------------------------------------ Erro em `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels * * * * *O Script que estou tentando utilizar é:* split2.rbd(dados$solo, dados$tempo, dados$bloco, dados$a, quali=c(TRUE, FALSE), mcomp = "tukey", fac.names = c("solo", "tempo"), sigT = 0.05, sigF = 0.05) Aguardo resposta -- Bach. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 / 3303-7919 http://lattes.cnpq.br/3684553005529634 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.*** Salva un Árbol.* * *** * PIENSA**** EN EL MUNDO PARA TUS HIJOS** *

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Modelo Bayesiano
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 11 Mai '12

11 Mai '12

Olá Estou tentando estimar a prevalência de uma doença (True Prevalence), através de um modelo Bayesiano (Joseph L, Gyorkos TW, Coupal L Bayesian estimation of disease prevalence and the parameters of diagnostic tests in the absence of a gold standard Am J Epidemiol 1995,141:263-72.) Para isso estou usando a biblioteca (R2WinBUGS) e modelando através de distribuição Binomial Negativa ##Parameterized by p and r: model { for( i in 1 : N ) { y[i] ~ dnegbin( p , r ) } p ~ dbeta(1.001,1.001) r ~ dgamma(0.01,0.01) m <- r*(1-p)/p v <- r*(1-p)/(p*p) } Porém quando rodo o modelo: N <-nrow(dados1) y <-dados1$esqui data <- list("N", "y") inits <- function(){list(p=rbeta(N,1.001,1.001),r=rgamma(1,0.01,0.01))} esqui.sim <- bugs(data, inits, model.file = "esqui.bugs", parameters = c("p", "r"), n.chains = 2, n.iter = 1000, bugs.directory = "C:/Users/sergio/Downloads/winbugs14",debug=T) Aparece o seguinte erro no log: display(log) check(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/esqui.bugs.txt) model is syntactically correct data(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/data.txt) expected collection operator c compile(2) inits(1,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/inits1.txt) command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out) inits(2,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/inits2.txt) command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out) gen.inits() command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out) thin.updater(1) update(500) command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out) set(p) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) set(r) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) set(deviance) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) dic.set() command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out) update(500) command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out) coda(*,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/coda) command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out) stats(*) command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out) dic.stats() DIC history(*,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/history.odc) command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out) save(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/log.odc) save(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/log.txt) O que estou fazendo de errado? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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