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Duvida sobre a função query() do pacote seqinr
by Augusto Ribas 09 Mai '12

09 Mai '12

Ola pessoal, eu estou tentando procurar e extrair algumas sequências de DNA pelo R Em um livro que estou lendo fui guiado até o pacote seqinr, ele tem uma função chamada query() pra fazer isso. A principio tudo parece bem simples e intuitivo. Por exemplo, eu tenho interesse na sequência 16s rRNA de varias especies de sapinhos. Ai se procuro pra uma especie tenho: > library(seqinr) > s <- choosebank("genbank") > query("SP","SP=Rhinella rubescens AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket) > SP$nelem [1] 1 > getName(SP) [1] "GU907196.RR1" Blz eu achei 1 sequência especifica pro que eu quero, e o nomezinho pra acessar ela. Procuro outra > query("SP","SP=Leptodactylus syphax AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket) > print(SP$nelem) [1] 2 > print(getName(SP)) [1] "JF789923" "JF789924" Blz, 2 sequencias,ai eu fui ao site do genbank, que é a base da dados da uma olhada e estao la blz So que muitas especies que procuro o R para. Por exemplo: > query("SP","SP=Leptodactylus marmoratus AND K=16S RIBOSOMAL RNA",s$socket) O R fica parado e tenho que fechar ele. Eu não entendo o que esta dando errado, principalmente pq algumas especies funcionam e outras não. Essa especie em especifico num era pra achar nada, não achei registro dela procurando pelo site do genbank. Mas a hora que vou usar o R num vai. Outro exemplo é "Leptodactylus syphax" que devia acha 2 sequencias mas ele para também. E a maior parte das especies num vai. Eu uso windows 7 como SO. Estou com o R 2.15.0, internet residencial. Alguem tem experiencia com isso? Sabe dizer o que esto fazendo de errado? E alguem conhece alguma outra forma de fazer o mesmo tipo de busca usando o R? O task view indica o Biocondutor que tem o pacote SRAdb que deve fazer a mesma coisa, mas não consegui usar. Eu vi que o livro que é de 2011 a função mudou a ordem dos argumentos, e teve um update no pacote, mas não sei se estou fazendo algo errado, se tenho que fazer mais alguma coisa. Os manuais que vi não tem um faq com problemas comum e soluções. Minha lista de especies caso alguem queria ver é: lista.spp<-c("Rhinella rubescens", "Rhinella fernandezae", "Elosia rustica", "Crossodactylus gaudichaudii", "Leptodactylus pustulatus", "Leptodactylus syphax", "Dendropsophus cachimbo", "Leptodactylus marmoratus", "Physalaemus soaresi", "Hylodes nasus", "Scinax fuscomarginatus", "Leptodactylus petersii", "Chiasmocleis capixaba", "Ceratophrys aurita", "Pleurodema diplolister", "Cystignatus gigas", "Scinax trilineatus", "Elosis nasus", "Dryadophis bifossatus" ) Se alguem puder dar uma luz, não sei nem por onde começar a procurar pra entender o que ta acontecendo. Vou quebrando a cabeça por enquanto, Boa noite a todos. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Criar Buffer
by Ricardo Dobrovolski 09 Mai '12

09 Mai '12

Olá, Como posso criar um buffer a partir de uma linha? Essa linha foi criada a partir de um par de pontos. Eu preciso desse buffer no formato raster. Abraço, RD.

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Como ler formato dbc no R
by Bernardo Rangel Tura 09 Mai '12

09 Mai '12

Primeiro de tudo bom dia a todos Na minha atividade costumo a usar bancos de dados do Ministério da Saúde. Recentemente precisei trabalhar com todas as internações do país disponíveis para análise. O que dava uma quantidade boa de arquivos pois são 17 anos de arquivos mensais por estado = 5.486 arquivos. Mas isto não chega a ser um problema. O problema é que o arquivo vem num formato de dados .dbc, que até onde consegui descobrir é de DBF compactado utilizado pelo foxpro. Como eu uso linux tenho que emular um windows (wine) utilizar o programa tabwin para transformar dbc em dbf. Como isto o conjunto de dados sai de 10 Gb para 35 Gb. No intuito de simplificar minha vida gostaria de saber de vocês; é possível um mortal que utiliza R 2.15 - atualizado e com praticamente todo e qualquer pacote instalado - rodando Ubuntu 12.04 64 bits num phenom 2 X6 ler diretamente estes arquivos .dbc ? Se for possível o que devo fazer? Antes de mais nada envio o menor arquivo que trabalho como Minimo Exemplo Reprodutível. Ele esta em 2 formatos .dbc e .dbf corresponde ao extrato das internações de Roraima de dezembro de 1997 Certo de sua atenção e genialidade já me despeço agradecendo []s Tura

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Tukey para parcelas subdividad
by Gilson Sanchez 08 Mai '12

08 Mai '12

Pessoal, alguém tem um script para análise de dados em DBC com parcelas subdividas, alias preciso do teste de Tukey (5% de prob). Obrigado -- Bach. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 / 3303-7919 http://lattes.cnpq.br/3684553005529634 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.*** Salva un Árbol.* * *** * PIENSA**** EN EL MUNDO PARA TUS HIJOS** *

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Contraste
by Adriano Carvalho Costa 08 Mai '12

08 Mai '12

Boa noite, Gostaria de saber se alguém tem um scrip para contraste. Obrigado!

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Criando Arquivo Shape com Linha
by Ricardo Dobrovolski 07 Mai '12

07 Mai '12

Caros R Users, Eu preciso criar um conjunto de arquivos shape, sendo que cada arquivo deve conter como objeto apenas uma linha que conecta dois pontos conhecidos. Desde já, agradeço. Atenciosamente, Ricardo Dobrovolski

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windows.options() - Linux
by Luís Gustavo 07 Mai '12

07 Mai '12

Boa tarde pessoal, Estou com a seguinte dúvida: qual o comando que é similar ao windows.options() no Linux, pois este não existe para o Linux. O objetivo final é criar uma função que me gera a figura da legenda, porém esta função tem rodar tanto no Windows quanto no Linux. Pois gostaria que a figura da legenda se ajuste para os mais variados números de faixas. Abaixo segue um exemplo. (Acredito que função não a mais eficiente, qualquer sugestão é bem-vinda) Obrigado. brks <- c(0,5,10,15,20) r <- 3 cols <- brewer.pal(4,"Blues") gera_figura_legenda=function(brks, cols,r) gera_figura_legenda=function(brks, cols,r) { brks = round(brks,r) dest.fig = tempfile(pattern="legenda",fileext=".png",tmpdir=getwd()) windows.options(width=2.5, height=1.7, pointsize=12, reset = TRUE) CairoPNG(filename = dest.fig, width = 290, height = 290, bg="#FFFFFF00", pointsize = 10) par(bg="transparent", mar=c(0, 0, 0, 0)) brks = round(brks,r) plot(1,1,col="white",axes=F,col.axis="white",xlab="",ylab="") aux1 = 2:(length(brks)-1) aux2 = expand.grid(aux1,aux1) d = aux2[,1]-aux2[,2] aux3 = aux2[d==-1,] legend( "center", title = "Legenda", c(paste("<",brks[2]), paste(brks[aux3[,1]],brks[aux3[,2]],sep="-"), paste(">",brks[(length(brks)-1)])), fill=c(cols), cex=1.3, bg="#FFFFFF") dev.off() return (dest.fig) } -- Luís Gustavo Silva e Silva

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Favor desconsidera o email anterior com inscrição RBRAS.
by Carlos Pereira Consultoria Estatística 07 Mai '12

07 Mai '12

Favor desconsidera o email anterior com inscrição RBRAS. Carlos Pereira da Silva Bacharel em Estatística – UEPB Mestrando em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA Lavras - MG Cel: 035 - 9119 - 2245 Email: ccpsilva81(a)hotmail.com __________________________________________ Tenha Um Dia Abençoado Por DEUS!!! Sl – 34, 8

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Dúvida no uso de 2 versões do R
by Marco Pollo 06 Mai '12

06 Mai '12

Caros, Utilizo atualmente o R versão 2.14.1 na plataforma windows 64bits. No entanto, preciso utilizar um pacote que só roda em versões anteriores à versão 2.10("Erro: package ‘esamp2’ was built before R 2.10.0: please re-install it"). Posso utilizar duas versões diferentes sem prejuízo do uso que faço da versão mais atual? atencipo meus agradecimentos. Marco Pollo Almeida

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Dúvida básica regressão
by Peterson Gardin 04 Mai '12

04 Mai '12

Pessoal Estou orientando um TCC de uma aluna que não é da minha área. Eu quando trabalho com regressão só uso a polinomial, sou agrônomo. Ela está fazendo um TCC que usa doses (0,1, 1, 10 ,100, 1000) de fungicidas (5 marcas de fungicidas) e 5 repetições. Devo extrair o log10 de doses e analisar por regressão linear?? as doses ficariam -1, 0,1, 2, 3 ou devo usar um modelo com log?? Não conheço esses modelos. Obrigado desde já. João Peterson Pereira Gardin Doutor em Fisiologia Vegetal, Eng. Agr., Pesquisador Fones: (49) 3566-0054 e 9933-4290 MSN: petersongardin(a)yahoo.com.br - SKYPE: petersongardin Endereço: Rua João Zardo, 1660, Bairro Campo Experimental, Videira - SC - CEP 89560000

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