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dim(X)
by Giselle Davi 20 Nov '13

20 Nov '13

Prezados, estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4 Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ?? Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-… OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados. Abaixo segue a rotina: GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE) parse.GBS <- function(x) { unique.x <- unique(x) alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N")) y <- rep(0,length(x)) y[which(x==alleles[1])] <- -1 y[which(x==alleles[2])] <- 1 y[which(x=="N")] <- NA return(y) } X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS) dim(X) frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)}) length(which(frac.missing<0.5)) hist(frac.missing) Desde já agradeço. Att, Giselle

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Selecionar as variáveis físicas e químicas que melhor correlacionam com uma variável visual em experimento em fatorial 2x3
by Alisson Lucrecio 20 Nov '13

20 Nov '13

Caro Colegas, Eu analisei, em laboratório, 15 propriedades físicas e 10 propriedades químicas do solo e, no campo, 1 score com nota de 1 a 5, relacionado com atributos visual e indicando a qualidade do solo, essas analise foram feitas em um experimento em fatorial com 3 solo (LV, CX e NV) e com 3 profundidade (0-20, 20-40, 40-60 cm). Eu gostaria selecionar as variáveis físicas e químicas, medidas em laboratório, que melhor relacionam com esse score visual. Assim. gostaria de algum sugestão de vocês de como poderia fazer essa análise. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Como tirar a moldura que o knitr poe nos outputs de chunks durante o knitting
by Danielle Steffen 19 Nov '13

19 Nov '13

Ola, A pergunta eh exatamente essa: no hora de mandar o knit gerar a pagina partindo de um documento R markdown, ele (por default) coloca os outputs dos chunks dentro de uma moldura, acho que o nome eh fence. Gostaria de tirar essas molduras, tem como? So atraves de CSS? Como? Agradeco de antemao aos sugestoes, Danielle

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Re: [R-br] gráfico linhas
by Ivan Bezerra Allaman 19 Nov '13

19 Nov '13

Você não explorou o suficiente o argumento "par". Veja se é isto aí! op <- par(mfrow=c(3,1), mai = c(2,1,0,0), oma = c(3,0,0,0), pin = c(5.5,1.6), xpd = T) tempo<-c(5,7,9,11,13) m1A<-rnorm(5,90,4) m2A<-rnorm(5,90,4) m3A<-rnorm(5,90,4) m4A<-rnorm(5,90,4) plot(m1A ~ tempo, axes = F, xlab = '', ylab ="%", main = 'Intercepto', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2A~tempo,col="red",type="b") lines(m3A~tempo,col="green",type="b") lines(m4A~tempo,col="black",type="b") axis(2) mtext('GRÁFICOS', line = 1) m1B<-rnorm(5,90,4) m2B<-rnorm(5,90,4) m3B<-rnorm(5,90,4) m4B<-rnorm(5,90,4) plot(m1B ~ tempo, axes = F, xlab = '', ylab ="%", main = 'Tratamento B', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2B~tempo,col="red",type="b") lines(m3B~tempo,col="green",type="b") lines(m4B~tempo,col="black",type="b") axis(2) legend(13.5, 100, letters[1:4], col = 1:4, lty = rep(1,4), ncol = 1) m1C<-rnorm(5,90,4) m2C<-rnorm(5,90,4) m3C<-rnorm(5,90,4) m4C<-rnorm(5,90,4) plot(m1C ~ tempo, axes = F, xlab = "medidas de tempo", ylab ="%", main = 'Tratamento C', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2C~tempo,col="red",type="b") lines(m3C~tempo,col="green",type="b") lines(m4C~tempo,col="black",type="b") axis(1, at = seq(5, 13, 2)) axis(2) mtext('medidas de tempo', line = -15, cex = .8) (s,f,p) Allaman

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xyplot e repeticao
by Elias T Krainski 19 Nov '13

19 Nov '13

Pessoal, ## como fazer repeticao com xyplot para colocar numa mesma janela? xyl = lapply(1:4, function(i) data.frame(x=1:100, y=dnorm(1:100,50,10*i))) require(lattice); require(gridExtra) grid.arrange(xyplot(y~x, xyl[[1]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[2]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[3]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[4]], panel='llines'), nrow=2) ## como evitar repetir essas linhas para cada elemento? ## uma forma que sei e' assim: do.call(function(...) grid.arrange(...), lapply(xyl, function(d) xyplot(y~x,d, panel='llines'))) ## mas neste caso as escalas sao diferentes...

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Re: [R-br] gráfico linhas
by Ivan Bezerra Allaman 18 Nov '13

18 Nov '13

Ivan, obrigado pela atenção. Na sua dica, tentei e não consegui: 1. diminuir a distância entre os gráficos; Veja ?par 2. acrescentar uma legenda indicando os quatro modelos; Veja ?legend 3. acrescentar um título (único) para os três gráficos, mantendo os nomes que separam cada gráfico. Veja ?mtext (s,f,p) Allaman

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[OFF-TOPIC] Shapefile do Brasil com estados divididos em slots
by ASANTOS 18 Nov '13

18 Nov '13

Boa tarde pessoal, Gostaria de saber se alguém sabe onde encontrar um shapelife com o mapa do Brasil com os estados divididos em slots pelo nome, pois gostaria de após ler o shapefile com readShapeLines () e posterior conversão em data frame, fazer seleções do tipo: contorno_line[as.character(contorno_line$ESTADO)=='SaoPaulo',] Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Extrair p-valor de um objeto lmer
by Alisson Lucrecio 18 Nov '13

18 Nov '13

Caro Colegas r-br, Bom dia. Eu fiz uma analise com a função lmer "lmer1 <- lmer(Tiametoxam ~ Solo * Dose + Julian + Bloco + (1|Dia), data = dados)" do pacote lme4, mas a anova "anova(lmer1)" não retorna o p-valor. Alguém saberia como obter o p-valor para esse modelo? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Médias diárias em série de 10 anos
by Thiago V. dos Santos 17 Nov '13

17 Nov '13

Problema chato, pessoal: Tenho um data.frame com quatro colunas: variable, date, value e unit. O data.frame foi construído com medidas diárias de 10 anos de cada variável, portanto a data vai de 1 de janeiro de 1980 a aproximadamente 31 de dezembro de 1989 para cada variável. Aqui vai uma amostra do df: > tsvars[1:20,] variable date value unit 2 toa radiation 1980-01-01 258.8793 W/m^2 3 toa radiation 1980-01-02 289.1413 W/m^2 4 toa radiation 1980-01-03 264.9647 W/m^2 5 toa radiation 1980-01-04 291.8841 W/m^2 6 toa radiation 1980-01-05 269.4446 W/m^2 7 toa radiation 1980-01-06 286.0237 W/m^2 8 toa radiation 1980-01-07 274.6440 W/m^2 9 toa radiation 1980-01-08 277.9688 W/m^2 10 toa radiation 1980-01-09 272.6379 W/m^2 11 toa radiation 1980-01-10 273.0654 W/m^2 12 toa radiation 1980-01-11 278.9035 W/m^2 13 toa radiation 1980-01-12 267.1813 W/m^2 14 toa radiation 1980-01-13 270.5033 W/m^2 15 toa radiation 1980-01-14 279.6346 W/m^2 16 toa radiation 1980-01-15 262.5689 W/m^2 17 toa radiation 1980-01-16 267.4670 W/m^2 18 toa radiation 1980-01-17 273.8332 W/m^2 19 toa radiation 1980-01-18 271.3236 W/m^2 20 toa radiation 1980-01-19 271.2731 W/m^2 21 toa radiation 1980-01-20 269.9610 W/m^2 Ao todo eu tenho quatro variáveis e pra cada uma delas há 365 valores (um para cada dia do ano). O dataframe é muito longo e não vou postá-lo completo aqui, mas vejam a saída do str(): > str(tsvars) 'data.frame':18290 obs. of 4 variables: $ variable: Factor w/ 5 levels "latent","sensible",..: 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 ... $ date : Date, format: "1980-01-01" "1980-01-02" "1980-01-03" ... $ value : num 259 289 265 292 269 ... $ unit : chr "W/m^2" "W/m^2" "W/m^2" "W/m^2" ... O que eu preciso fazer é criar a média de cada dia individual dos 10 anos. Ou seja, preciso de uma média para o dia 01/jan, que vai ser a média de todos os 01/jan da série, 02/jan, 03/jan e assim por diante. O detalhe é que a coluna "date" está de fato formatada como data, o que talvez complique as coisas. E eu preciso que ela continue assim, pois facilita na hora de plotar a série temporal. Na sua opinião, qual é a melhor abordagem para tirar a média de cada dia da série, como descrito acima? Saudações, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/ind… Phone: (612) 323 9898

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Carregar MDT no formato *.asc no R
by Helder Gramacho 16 Nov '13

16 Nov '13

Olá Pessoal, Preciso carregar um Modelo Digital do Terreno (raster) no formato *.asc no R gostaria de saber qual pacote é necessário e qual o procedimento. O arquivo quando aberto possui o cabeçalho abaixo: ncols 141 nrows 144 xllcorner 190611.999818 yllcorner 7536478.000059 cellsize 100.000000 nodata_value -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 Att, Hélder Gramacho *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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