- R-br - DINF UFPR

Legenda de pontos
by Alex 30 Nov '13

30 Nov '13

A lista r-br, por favor, eu gostaria de criar uma legenda de pontos de um gráfico. O tamanho e cores seguem a distribuição do pt.divide="rank.proportional" e uma rampa de cores criadas. O trecho do código está abaixo, a parte da legenda é apenas uma tentativa, mas não atende ao que eu quero. Desde já agradeço, Alex Santos attach(dadosT1) par(mfrow=c(1,1)) ramp<-colorRamp(c("yellow", "red")) points(dadosT1,xlab="Coordenada X (coluna)", ylab="Coordenada Y (linha)", pt.divide="rank.proportional", col=rgb(ramp(seq(0,1, length=5)), max=255)) legend(0,150, c('0%', '25%', '50%', '75%'), col=c('red', 'dark blue', 'dark green'), pch=c(1,2,3))

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Ajuda em uma função
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 30 Nov '13

30 Nov '13

Amigos Eu tenho um conjunto de dados com a média da idade dos participantes e o desvio padrão da mesma e gostaria de gerar a distribuição dessas idades para que eu possa obter a proporção de uma determinada faixa etária. Eu fiz a função abaixo: prop <- function(x){ for (i in 1:nrow(x)) z[i]=rnorm(x$npart[i], mean = x$idade[i],sd =x$sd[i]) z y = ifelse(z < 45,"menor de 45 anos","maior de 45 anos") tabela <- table(y) tabela <- round(prop.table(tabela)*100,2) resultado <- tabela[2] print(resultado)} Onde npart é o número total de participantes. O que tenho que modificar nessa função para que eu possa obter os resultados? Att -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 68463637 http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro

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Amostragem hierárquica
by André Lucas de Oliveira Moreira 29 Nov '13

29 Nov '13

Olá pessoal, boa noite. Quero avaliar o efeito da fragmentação sobre a diversidade de aves em duas paisagens (uma com mais habitat outra com mennos e outras coisas que são medidas na paisagem) também vou usar algumas métricas de distúrbio crônico que são medidas dentro dos fragmentos. Então eu pesei em usar uma amostragem hierárquica com paisagem/fragmento/unidades amostrais. Mas a minha dúvida é: como poderia usar este modelo com variáveis contínuas em ambos os eixos? A única variável categórica seria paisagem (uma mais fragmentada e outra menos), as demais seriam contínuas, na verdade algumas com dados de contagem e outras com dados contínuos. Alguma sugestão pessoal? Obrigado, André -- *MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9153-5552

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Para submeter um pacote ao CRAN
by Freddy Hernandez Barajas 29 Nov '13

29 Nov '13

Ola Eu fiz um pacote chamado AA que depende do pacote BB, essa dependência foi incluída no campo Depends do arquivo DESCRIPTION. Eu consigo aplicar o "check" e o "build" sem erros, notas e avisos e assim eu obtenho o arquivo AA_1.0.tar. Quando eu tento instalar o pacote AA num outro computador o qual não tem o pacote BB instalado eu obtenho a seguinte mensagem: ERROR: dependency 'BB' is not available for package 'AA' A questão é: posso submeter meu pacote ao CRAN para conseguir o arquivo AA_1.0.zip ? O erro vai desaparecer? Atenciosamente Freddy Hernández Barajas

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Ajustamento de dados à curva exponencial
by Cícero C Nunes [rh] 28 Nov '13

28 Nov '13

Caro Walmes, boa tarde. Li o comentário sobre curva exponencial no e-mail abaixo endereçado ao grupo. Pois bem, estou com um probleminha para resolver, a saber: Tenho estas duas séries: x<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23) y<-c(100,150,200,250,300,350,400,450,500,550,600,650,700,750,800,850,900,950 ,1000,1050,1100,1150,1200) Utilizei um script apresentado no Livro Conhecendo o R de Luiz A Pertenelli e Márcio P de Mello pág. 165 e não consegui resolver no R. Bom! Ajustei a curva y para exponencial Y no EXCEL conforme abaixo: Y<-c(187,206,227,250,275,303,334,368,405,446,491,541,596,657,723,797,877,966 ,1064,1172,1291,1422,1566) Por favor, como ajusto à exponencial a série y no R? Como chegar ao resultado Y no R? #Script utilizado que não funcionou: x<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23) y<-c(100,150,200,250,300,350,400,450,500,550,600,650,700,750,800,850,900,950 ,1000,1050,1100,1150,1200) dados<-data.frame(x,y) plot(dados) funcao<-y~a*exp(b*x) exponencial<-nls(funcao, dados, start=c(a=1,b=1)) exponencial =====Erro no R ================== 10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23) > y<-c(100,150,200,250,300,350,400,450,500,550,600,650,700,750,800,850,900,950 ,1000,1050,1100,1150,1200) > dados<-data.frame(x,y) > plot(dados) > funcao<-y~a*exp(b*x) > exponencial<-nls(funcao, dados, start=c(a=1,b=1)) Erro em nls(funcao, dados, start = c(a = 1, b = 1)) : gradiente singular > exponencial Erro: objeto 'exponencial' não encontrado > Onde estou errando? Abs. _____ <http://www.posicional.com/> assinatura_email_sites Cícero C Nunes Diretor Técnico Operacional Divisão Remuneração <mailto:c2n@posicional.com> c2n(a)posicional.com +55(16)3397.0226 +55(11)3280.0226 +55(11)9.9978.0026 SKYPE: consultormp Rua Padre Duarte, 1360 salas 6/7 Centro Araraquara, SP CEP.: 14.801-310 Antes de imprimir pense em sua responsabilidade com o meio ambiente Quem ama cuida! De: R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] Em nome de walmes . Enviada em: sexta-feira, 8 de novembro de 2013 18:33 Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Assunto: Re: [R-br] Contrastes em modelos de regressão de poisson inflacionados por zeros Você não deve esperar ver uma curva exponencial para a média das contagens em função do tempo e uma sigmoide para a proporção de zeros não Poisson para os zeros se não simulou os dados com efeito de tempo e não declarou efeito de tempo na porção binomial. Para que isso aconteça a simulação tem que estar condizente, tem que ter os efeitos para que as curvas não sejam as "curvas nulas". #------------------------------------------------------------------ # Definições da sessão. rm(list=ls()) require(pscl) require(VGAM) require(multcomp) require(lattice) require(latticeExtra) #------------------------------------------------------------------ # Dados artificiais. da <- expand.grid(tempo=rep(1:10), trat=gl(3,10)) ## simula porção Poisson X <- model.matrix(~trat+tempo, da) colnames(X) beta.pois <- c(-1,0.25,0.5,0.25) eta.pois <- X%*%beta.pois da$y.pois <- rpois(nrow(X), lambda=exp(eta.pois)) xyplot(y.pois~tempo|trat, da) ## simula porção binomial X <- model.matrix(~tempo, da) beta.bern <- c(0,0.3) eta.bern <- X%*%beta.bern da$y.bern <- rbinom(nrow(X), size=1, prob=1/(1+exp(-eta.bern))) xyplot(y.bern~tempo|trat, da) ## monta a contagem com inflação de zeros da$y <- with(da, ifelse(y.bern==0, 0, y.pois)) xyplot(y~tempo|trat, da) #------------------------------------------------------------------ # Modelo completo. compl.mod <- zeroinfl(y~trat+tempo|trat+tempo, data=da) coef(compl.mod) #------------------------------------------------------------------ # Predição do modelo considerando as duas porções. pred <- expand.grid(tempo=rep(1:10), trat=gl(3,1)) X <- model.matrix(~trat+tempo, pred) i <- grep("^count\\_", names(coef(compl.mod))) eta <- X%*%coef(compl.mod)[i] pred$m.pois <- exp(eta) i <- grep("^zero\\_", names(coef(compl.mod))) eta <- X%*%coef(compl.mod)[i] pred$p.zero <- exp(eta)/(1+exp(eta)) xyplot(y~tempo|trat, data=da, jitter.x=TRUE)+ as.layer(xyplot(m.pois~tempo|trat, data=pred, type="l"))+ as.layer(xyplot(p.zero~tempo|trat, data=pred, type="l", lty=2, lwd=2))+ layer(panel.abline(h=1, lty=2)) xyplot(p.zero~tempo|trat, data=pred, type="l", lty=2, lwd=2) #------------------------------------------------------------------ À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 skype: walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes <http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes> linux user number: 531218 ==========================================================================

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Interromper processo no R - Linux
by Andre Oliveira 27 Nov '13

27 Nov '13

Pessoal, fiz uma busca google e na lista mas não consegui resolver uma pequena situação. Quando no R ocorre um erro na nomenclatura o cursor do R continua piscando esperando novos argumentos etc. Como interromper este processo de forma definitiva? Algo do tipo quando estamos com uma ajuda aberta via terminal e digitamos Q para voltar a tela inicial do R no terminal. obrigado

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Tinn-R: source code on GitHub
by Jose Claudio Faria 27 Nov '13

27 Nov '13

Dear list, The source code of Tinn-R editor is available on GitHub: https://github.com/jcfaria/Tinn-R Tinn-R is free, simple but efficient replacement for the basic code editor provided by Rgui. The project is coordinate by José Cláudio Faria/UESC/DCET. All users are welcome to make it better. LANGUAGE: Object Pascal IDE: Delphi 2007 Regards, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Teste Bonferonni-Detecção Outlier
by Helder Gramacho 27 Nov '13

27 Nov '13

A saída do teste Bonferonni para detecção de outlier apareceu com os resultados um pouco confusos para mim: > outlierTest(modelo1) No Studentized residuals with Bonferonni p < 0.05 Largest |rstudent|: rstudent unadjusted p-value Bonferonni p 25 3.200023 0.0030963 0.12385 A interpretação abaixo está correta? 25: é o número da observação 3.200023: é o rstudent unadjusted 0.0030963: p-value 0.12385: Bonferonni p No caso, para a observação 25 o p-value indica que esta observação é um outlier, está correto este entendimento? Hélder Gramacho *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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Tinn-R User Guide
by Jose Claudio Faria 27 Nov '13

27 Nov '13

Dears user, The Tinn-R User Guide is completely written in LaTeX and the idea behind this to be available on GitHub is that it has contributions from multiple users. If you find something that you would like to include or impruve: please, fell free to make it better. This User Guide have been developing under both OS: Windows and Linux. Under Windows: we have been using Tinn-R as editor and MikTeX as compiler. Under Linux: we have been using Vim (with LaTeX-Box plugin) as editor and TexLive as compiler. Link: https://github.com/jcfaria/Tinn-R-User-Guide All the best, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Curso R-Inla
by Gilbert Queiroz 26 Nov '13

26 Nov '13

Pessoal da lista... Existe algum curso sobre R-Inla previsto ainda este ano aqui no Brasil? Pergunto isto pq uma pessoa do LEG havia dito que H. Rue viria ao Br em Nov...Abs Enviado do Yahoo Mail no Android

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