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Re: [R-br] Ajuste de um semivariograma
by Tiago Souza Marçal 10 Nov '14

10 Nov '14

Obrigado Luis Paulo. Luis Paulo Braga <lpbraga(a)geologia.ufrj.br> escreveu: Não entendi muito bem o que vc quer. Um exemplo de ajuste de variograma no R é o seguinte: *vgm1=variogram(Cd~1,locations=~Xloc+Yloc,data=prediction.dat)#variograma experimental* *f<-fit.variogram(vgm1,vgm(0.8,"Sph",2,0.5))#ajuste por regressão não linear com “chutes” iniciais para os #parametros* *ff<-variogramLine(f,maxdist=2,n=500,min=1.0e-6)#geração de pontos do modelo* *plot(ff,col="blue")#plotando o modelo* *points(vgm1[,2],vgm1[,3], col="red")#plotando o variograma experimental* Em 7 de novembro de 2014 15:33, Tiago Souza Marçal < tiagosouzamarcal(a)hotmail.com> escreveu: > Boa tarde pessoal, > > gostaria de saber como faço para manipular os pares de pontos no > semivariograma ? > > Att. > > Tiago. > > > ################################################################# > > Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES > > Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de > Plantas > > ################################################################# > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Instalação de pacotes
by Andre Oliveira 10 Nov '14

10 Nov '14

Pessoal, depois de muita tentativa e pesquisa no google e aqui na lista eu recorro a vocês. Estou com alguns problemas. Por algum motivo vou apresentar o Rcmdr em um curso e a importação de arquivos .xls depende instalar o XLConnect. que não dá certo de forma alguma. > install.packages("XLConnect") Installing package into ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1’ (as ‘lib’ is unspecified) also installing the dependency ‘XLConnectJars’ tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XLConnectJars_0.2-9.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 12946884 bytes (12.3 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 12.3 Mb tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XLConnect_0.2-9.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 5735190 bytes (5.5 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 5.5 Mb * installing *source* package ‘XLConnectJars’ ... ** package ‘XLConnectJars’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** R ** inst ** preparing package for lazy loading Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it ERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’ Warning in install.packages : installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit status ERROR: dependency ‘XLConnectJars’ is not available for package ‘XLConnect’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect’ Warning in install.packages : installation of package ‘XLConnect’ had non-zero exit status The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpqBkTaa/downloaded_packages’ > install.packages("XLConnectJars") Installing package into ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1’ (as ‘lib’ is unspecified) tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XLConnectJars_0.2-9.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 12946884 bytes (12.3 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 12.3 Mb * installing *source* package ‘XLConnectJars’ ... ** package ‘XLConnectJars’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** R ** inst ** preparing package for lazy loading Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it ERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’ Warning in install.packages : installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit status The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpqBkTaa/downloaded_packages’ Na verdade não instala nem o XLConnectJars, xlsx, e rjava! Dá os mesmo erros. Alguma sugestão? Sempre resolvi a questão assim, mas neste momento não deu certo! sudo apt-get build-dep r-cran-rjava sudo apt-get build-dep r-cran-rgl sudo apt-get build-dep r-cran-rcmdr install.packages("Rcmdr", dep=T) install.packages("XLConnect", dep=T) install.packages("XLConnectJars", dep=T) install.packages("rJava", dep=T) André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Problema na matriz transposta
by Giselle Davi 10 Nov '14

10 Nov '14

Prezados, Tentei fazer a transposta de uma matriz ( 32459 x 19) no R. A transposição ocorre, mas o interior da matriz vira tudo NA.Verifiquei se o arquivo estava sendo lido como matriz e para minha surpresa: ESTAVA ( is.matriz(snp) ---> TRUE) !!!! Fui orientada a ler o arquivo já pedindo a transposição, mas o erro permanece. Alguém poderia me dizer como solucionar este problema ?Desde já agradeço. Att, Giselle

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Verificação de tendência
by Felinto COSTA 10 Nov '14

10 Nov '14

Prezados. Se os variogramas experimentais contruídos para várias direções mostram sempre um patamar e alcances bem definidos (ie, a semivariância não prossegue aumentando indefinidamente com a distância), isso é condição necessária e suficiente para afastar a existência de tendência? Pergunto isso porque é o caso dos meus dados, embora apresente as condições acima, também mostra ao plotarmos a variável vs. os eixos <plot.geodata> a linha da função lowess como um arco com max ao centro das coordenadas. Obrigado pela ajuda.

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Ajuste de um semivariograma
by Tiago Souza Marçal 09 Nov '14

09 Nov '14

Boa tarde pessoal, gostaria de saber como faço para manipular os pares de pontos no semivariograma ? Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Off
by Edson Lira 09 Nov '14

09 Nov '14

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Re: [R-br] Erro ao rodar Wibugs/Openbugs
by Alisson Lucrécio 08 Nov '14

08 Nov '14

Victor, Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar? Att. 2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio(a)ifgoiano.edu.br>: > Victor, > > Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito > problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar? > Att. > > 2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < > ml-node+s2285057n4663486h2(a)n4.nabble.com>: > > Não rodou aqui. =/ >> >> O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu >> outro >> >> Error in handleRes(res) : NA >> >> >> Só que não tem NA na minha base de dados >> >> 2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=0>>: >> >>> Caro Victor, >>> >>> Se der certo teste esse exemplo. >>> >>> library(rstan) >>> >>> treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") >>> repetition_number <- 20 >>> response_mean <- c(100, 94, 88, 82) >>> >>> treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, >>> labels = treatment_level) >>> str_error <- 2 >>> >>> response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ >>> response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) >>> }) >>> >>> response <- c(response_temp) >>> >>> plot(response ~ treatment) >>> >>> summary(lm(response ~ treatment -1)) >>> >>> mean(response) >>> sd(response) >>> >>> stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), >>> Treatment=as.numeric(treatment), Response = response) >>> >>> # Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment >>> >>> stan_modelcode <- " >>> data { // data setup >>> int<lower=0> N; // sample size >>> int<lower=1> I; // number of treatments >>> real Response[N]; // Response >>> int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment >>> } >>> >>> parameters { >>> real mu[I]; >>> real<lower=0, upper=100> sigma[I]; >>> } >>> >>> model { >>> //Priors >>> mu ~ normal(0, 100); >>> sigma ~ uniform(0, 100); >>> //Likelihood >>> for(i in 1:N) { >>> Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); >>> } >>> } >>> " >>> >>> fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = 1000, >>> chains = 3, >>> verbose = TRUE) >>> >>> plot(fit) >>> >>> 2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=1>>: >>> >>> Use esse código. >>>> >>>> Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") >>>> source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, >>>> max.deparse.length = 2000) >>>> install_rstan() >>>> >>>> 2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] >>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=2>>: >>>> >>>>> Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando >>>>> pelo código install.packages >>>>> >>>>> >>>>> Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque >>>>> aparentemente está tudo ok com ele. >>>>> >>>>> Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu: >>>>> >>>>>> Victor, >>>>>> >>>>>> Boa tarde. >>>>>> >>>>>> Use o pacote rstan. >>>>>> >>>>>> Att. >>>>>> >>>>>> >>>>>> 2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] >>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>: >>>>>> >>>>>> Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora >>>>>>> de rodar ele da o seguinte erro durante o processo >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : >>>>>>> model must be initialized before monitors used >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração >>>>>>> e código do meu modelo e nada até agora >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> Atenciosamente, >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> Victor Eduardo >>>>>>> >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> R-br mailing list >>>>>>> [hidden email] >>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663480&i=0> >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>>> >>>>>>> ------------------------------ >>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>>> discussion below: >>>>>>> >>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>> NAML >>>>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> -- >>>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=2> >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>> >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=3> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> ------------------------------ >>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>> discussion below: >>>>> >>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>> NAML >>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>> >>>> >>>> >>>> >>>> -- >>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>> >>> >>> >>> >>> -- >>> Alisson Lucrecio da Costa >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=3> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=4> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >> To unsubscribe from R-br, click here >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -- Alisson Lucrecio da Costa

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Erro ao rodar Wibugs/Openbugs
by Victor Eduardo 08 Nov '14

08 Nov '14

Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora Atenciosamente, Victor Eduardo

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Desdobrar interação dupla e tripla com glm
by Maurício Lordêlo 06 Nov '14

06 Nov '14

Saudações a todos! No mês passado, solicitei um auxílio sobre como analisar os dados de um experimento realizado com explantes de bananeiras considerando três fatores. Na ocasião descrevi o problema mais ou menos da seguinte forma (ocorreram algumas mudanças): "*Experimento realizado com explantes de bananeiras considerando três fatores:* *1. Genótipo, com dois níveis;* *2. Meio, com sete níveis;* *3. Tipo de corte, com oito níveis.* *O objetivo é verificar qual tipo de corte induziu melhor o explante na formação do embrião considerando os setes meios e os dois genótipos.* *Para isso foram preparadas duas placas (caracterizando o número de repetições) com uma quantidade de explantes idênticos de acordo com o corte e o genótipo (esta quantidade de explantes em cada placa variou de 6 a 11). Cada placa com estes explantes foi introduzida nos sete diferentes meios. As respostas foram obtidas registrando-se, em relação ao total de cada placa, quantos explantes oxidaram, quantos formaram calos, quantos não desenvolveram, etc.* *Os dados com uma variável resposta está neste link:* *https://www.dropbox.com/s/ci4u8c4vn4cmk4l/dados.txt?dl=0 <https://www.dropbox.com/s/ci4u8c4vn4cmk4l/dados.txt?dl=0> *" Obtive retorno do Walmes que contribui com valiosas sugestões. *O que preciso agora é realizar o desdobramento de interações duplas e triplas utilizando "glm"*. No CRM abaixo, apenas a interação dupla foi significativa. Porém, tenho outras variáveis neste experimento cuja interação tripla foi significativa e será necessário também desdobrar. Na busca que fiz, encontrei apenas comandos de desdobramentos para modelos ajustados com "aov". Antecipadamente, agradeço quem possa contribuir. Maurício dados = read.table("dados.txt",header=TRUE, sep="\t") str(dados) attach(dados) # Modelo fatorial completo, glm (quasi)binomial para variável resposta "n_ex_ox" model1 = glm(cbind(good=n_ex_ox, bad=n_explant-n_ex_ox)~genotipo*meio*tipo, data=dados, family=quasibinomial) anova(model1,test="F") summary(model1)

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Fatorial no R
by Andre Oliveira 06 Nov '14

06 Nov '14

Pessoas,como posso otimizar este cálculo? Com 365 o R nem faz o cálculo! Alguma sugestão? Obrigado! n=40np=factorial(365)/((365^n)*factorial(365-n))1-np André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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