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Estimação dos parâmetros <likfit>
by Felinto COSTA 13 Nov '14

13 Nov '14

Prezados. Preciso estimar os parâmetros do componente espacial (e do erro) da função de correlação usando a função <likfit> com a remoção de tendência da média. Para isso estou inserindo uma função para esta tendência <trend=~coords[,1]+coords[,2]+ I(coords[,1]^2)+I(coords[,2]^2)+coords[,1]*coords[,2]>, mas que parece ser incorreta para esta situação pelo aviso de erro que retorna. Seria o caso de estimar os resíduos partindo da regressão da matriz de tendência (via <trend.spatial>) pelos valores observados e daí sim usá-los como o novo <geodata> a função <likfit>? Uma vez estimados os parâmetros da função usando os resíduos, a aplicação dela para realizar estimativas em pontos não amostrados deverá ser sobre o <geodata> original? O o <geodata> dos resíduos, somando-se a esta estimativa a parte estimada pelo polinômio de 2ª ordem? Antecipadamente agradeço a atenção de todos.

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Problemas lendo .dbf no R
by Paulo Pimenta 13 Nov '14

13 Nov '14

Prezados, Estou com um problema ao ler arquivos .dbf no R. Abaixo segue a lógica que usei em meu código para fazer a leitura: ########################################################################################## #############################################################################################comando para ler um arquivo ".dbf" #### ## ##library("foreign") #### ####read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis.dbf") #### ## ###############################################################################################Salvando tudo em forma de lista library("foreign") setwd("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1") arquivos <- list.files(pattern="\\.dbf$") x <- lapply(arquivos, read.dbf) ##Exportando os comprimentos de cada estrada cortada por um anel for (i in 1:91){ y[[i]] <- x[[i]] vector_length[i] <- sum(y[[i]][,2]) } ########################################################################################## Assim como mostrado no exemplo acima estou lendo um arquivo chamado "corte_estrada_aneis.dbf", todavia possui um banco com 91 desses arquivos numerados de forma que seus nomes ficam, por exemplo: corte_estrada_aneis.1dbf, corte_estrada_aneis2.dbf, corte_estrada_aneis3.dbf, ... até finalmente corte_estrada_aneis91.dbf. O problema na leitura dos .dbf consiste que a lógica acima usada por mim faz com que a ordenação saia errada, ou seja, ele faz a leitura dos arquivos corte_estrada_aneis1.dbf, corte_estrada_aneis12.dbf, corte_estrada_aneis13.dbf e assim por diante. Uma tentativa minha, porém não muito bem sucedida foi a seguinte: ######################################################################################### library("foreign") for (i in 1:9){ g[i] <- read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis[i].dbf") } g ######################################################################################### Mas como tudo esta contido em " " o índice [i] será lido literalmente. Peço ajuda aos colegas para poder solucinar este problema, seja com a minha lógica ou com alguma idéia diferente. Abraços a todos! Paulo Henrique de A. S. Pimenta. Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. Fone: +5511981318435.

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Read.table
by Giselle Davi 12 Nov '14

12 Nov '14

Prezados, Fiz a leitura do arquivo de dados dessa maneira: snp0 <- as.matrix(read.table("SNP.txt", header = TRUE, as.is = TRUE, sep="\t")) A leitura ocorre sem mensagem de erro. Logo, eu utilizo o comando head(snp0)para visualizar os dados, mas some tudo no Console do R como se eu tivesse iniciado o programa. Alguém saberia me ajudar ?? Desde já agradeço !! Att, Giselle

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Matrizes de variâncias e covariâncias do pacote nlme
by Tiago Souza Marçal 12 Nov '14

12 Nov '14

Boa noite pessoal, gostaria de saber quais as estruturas de matrizes eu posso obter combinando os argumentos correlation e weights nas funções lme e gls?? Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Amostragem numa população.
by Andre Oliveira 11 Nov '14

11 Nov '14

Pessoal, boa tarde.Estou em uma aula básica sobre espaço amostral. Gostaria de construir algo no R (deve ter alguma função) que me retornasse todos as amostras de tamanho n em população de tamanho k. Eu pesquisei e achei a função a=LETTERS[1:5] ; combn(a,3) para o caso sem reposição. Como a função sample() fiz os seguinte. x=c("A","B","C","D", "E") sample(x,3) # Seria possível aqui gerar todas as amostras de tamanho 3 ou 4? Aqui eu conseguiria fazer sem reposição com rep=T algo que não tem na combn! Alguma dica? obrigado André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Submeter ao CRAN
by Waldelene Moura 11 Nov '14

11 Nov '14

Olá Alguem poderia me dar algumas dicas de como proceder para submeter ao CRAN um pacote que implementei? Já contrui o arquivo .tar.gz através do R CMD BUILD. Tenho algumas dúvidas tais como: o manual pode ser em portugues ou tem que ser em ingles? Waldelene Moura Analista de Sistemas Universidade Federal do Maranhão - PROEN

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Ajuda com as condições
by Vanessa Felix 11 Nov '14

11 Nov '14

Pessoal, tenho o seguinte problema tenho 4 variáveis (a,b,c,d) e quero criar uma 5º no banco que seja condicionada as outras 4, segue abaixo um exemplo: a<-c(1,0,1,0,1,0,1,0,1,1) b<-c(2,2,2,3,3,3,4,4,5,1) c<-c(1,1,2,3,1,2,1,3,1,3) d<-c(2,2,3,3,1,3,2,1,2,1) dado<-data.frame(cbind(a,b,c,d)) mode(dd) if(a==1 & b==2 & c==3) { dado$e[d==1]<-"jovem" dado$e[d==2]<-"adulto" dado$e[d==3]<-"idoso" } dado Eu gostaria que a coluna da variável "e" fosse recebendo e guardando os labels conforme eu fosse mudando tbm as condições do if. Alguém poderia me ajudar, não gostaria de usar nenhum pacote pra isso. Desde já, obrigada!! -- ------------------------------------------------------------------------------------------ Vanessa Felix do Nascimento Sergio Graduada em Estatística - ICE/UFJF Mestranda em Saúde Coletiva - IMS/UERJ Assistente de pesquisa I - Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada – IPEA (32) 8854-4881 / 9142-8428 (21) 97656-3448 -------------------------------------------------------------------------------------------

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Re: [R-br] Erro ao rodar Wibugs/Openbugs
by Alisson Lucrécio 11 Nov '14

11 Nov '14

Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código. 2014-11-08 16:31 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio(a)ifgoiano.edu.br>: > Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro > muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais > eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de > Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos > fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o > código. > > 2014-11-08 16:12 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < > ml-node+s2285057n4663488h64(a)n4.nabble.com>: > > Oi Alisson, fui experimentar o JAGS, conhece? Com os mesmos códigos de >> antes rodou normalmente o programa. Não sabia que o rbug era problemático, >> fiquei horas quebrando a cabeça para solucionar e nada. >> >> Aparentemente está tudo ok! >> >> >> O rstan não rodou de jeito nenhum aqui. Chegou a carregar o pacote pelo >> comando que me passou, mas na hora de rodar aquele exemplo começou a >> apresentar erro de funções não encontradas. Não sei se o problema foi no >> meu pc. >> >> >> >> >> >> Valeu pela ajuda >> >> Em 8 de novembro de 2014 15:54, Alisson Lucrécio <[hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=0>> escreveu: >> >>> Victor, >>> >>> Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é >>> muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar? >>> >>> Att. >>> >>> 2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=1>>: >>> >>>> Victor, >>>> >>>> Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é >>>> muito problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar? >>>> Att. >>>> >>>> 2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] >>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=2>>: >>>> >>>> Não rodou aqui. =/ >>>>> >>>>> O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu >>>>> outro >>>>> >>>>> Error in handleRes(res) : NA >>>>> >>>>> >>>>> Só que não tem NA na minha base de dados >>>>> >>>>> 2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=0>>: >>>>> >>>>>> Caro Victor, >>>>>> >>>>>> Se der certo teste esse exemplo. >>>>>> >>>>>> library(rstan) >>>>>> >>>>>> treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") >>>>>> repetition_number <- 20 >>>>>> response_mean <- c(100, 94, 88, 82) >>>>>> >>>>>> treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, >>>>>> labels = treatment_level) >>>>>> str_error <- 2 >>>>>> >>>>>> response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ >>>>>> response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) >>>>>> }) >>>>>> >>>>>> response <- c(response_temp) >>>>>> >>>>>> plot(response ~ treatment) >>>>>> >>>>>> summary(lm(response ~ treatment -1)) >>>>>> >>>>>> mean(response) >>>>>> sd(response) >>>>>> >>>>>> stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), >>>>>> Treatment=as.numeric(treatment), Response = response) >>>>>> >>>>>> # Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment >>>>>> >>>>>> stan_modelcode <- " >>>>>> data { // data setup >>>>>> int<lower=0> N; // sample size >>>>>> int<lower=1> I; // number of treatments >>>>>> real Response[N]; // Response >>>>>> int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment >>>>>> } >>>>>> >>>>>> parameters { >>>>>> real mu[I]; >>>>>> real<lower=0, upper=100> sigma[I]; >>>>>> } >>>>>> >>>>>> model { >>>>>> //Priors >>>>>> mu ~ normal(0, 100); >>>>>> sigma ~ uniform(0, 100); >>>>>> //Likelihood >>>>>> for(i in 1:N) { >>>>>> Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); >>>>>> } >>>>>> } >>>>>> " >>>>>> >>>>>> fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = >>>>>> 1000, chains = 3, >>>>>> verbose = TRUE) >>>>>> >>>>>> plot(fit) >>>>>> >>>>>> 2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=1>>: >>>>>> >>>>>> Use esse código. >>>>>>> >>>>>>> Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") >>>>>>> source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, >>>>>>> max.deparse.length = 2000) >>>>>>> install_rstan() >>>>>>> >>>>>>> 2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] >>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=2>>: >>>>>>> >>>>>>> Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo >>>>>>>> quando pelo código install.packages >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque >>>>>>>> aparentemente está tudo ok com ele. >>>>>>>> >>>>>>>> Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu: >>>>>>>> >>>>>>>>> Victor, >>>>>>>>> >>>>>>>>> Boa tarde. >>>>>>>>> >>>>>>>>> Use o pacote rstan. >>>>>>>>> >>>>>>>>> Att. >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> 2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden >>>>>>>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>: >>>>>>>>> >>>>>>>>> Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na >>>>>>>>>> hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : >>>>>>>>>> model must be initialized before monitors used >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é >>>>>>>>>> configuração e código do meu modelo e nada até agora >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Atenciosamente, >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Victor Eduardo >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663480&i=0> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> ------------------------------ >>>>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>>>>>> discussion below: >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>>>>> NAML >>>>>>>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> -- >>>>>>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>>>>>> >>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=2> >>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=3> >>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>>>> >>>>>>>> ------------------------------ >>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>>>> discussion below: >>>>>>>> >>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>>> NAML >>>>>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> -- >>>>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> -- >>>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=3> >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>> >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=4> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> ------------------------------ >>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>> discussion below: >>>>> >>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>> NAML >>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>> >>>> >>>> >>>> >>>> -- >>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>> >>> >>> >>> >>> -- >>> Alisson Lucrecio da Costa >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=3> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=4> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >> To unsubscribe from R-br, click here >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -- Alisson Lucrecio da Costa

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Predição modelo GAM com factor para raster
by Thiago Cesar Lima Silveira 10 Nov '14

10 Nov '14

Olá pessoal, Estou com um problema para fazer a predição de um modelo GAM com uma variável categórica para rasters. Quando faço a predição do modelo para rasters, configurando a função predict() considerando a variável categórica, ela não funciona. Segue abaixo um código exemplo ilustrando o meu problema com e sem a variável categórica. Espero que possam ajudar. Muito obrigado! Thiago __________________________________ Thiago Cesar Lima Silveira Biólogo, Me. Biologia Animal Doutorando do PPG Zoologia - PUCRS ###### library(mgcv) library(raster) # exemplo de layer raster v1rst<-raster() values(v1rst) <- 1:ncell(v1rst) names(v1rst)<-'v1' # Exemplos de variáveis resposta e preditores y<-c(1,33,500,700, 334,320, 703,303,3030,3002,200,0,100,100,169) v1<-c(12,33,544,600, 34,30, 03,3390,3030,302,20,108,170,101,2009) v2<-c(0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1) v3<-c(12,33,544,600, 34,30, 03,3390,3030,302,20,108,170,101,2009) df<-data.frame(y, v1, v2) #GAM com variável categórica gam1<-gam(y~s(v1)+factor(v2), data=df) summary(gam1) #GAM model sem factor gam2<-gam(y~s(v1), data=df) summary(gam2) # data.frame com o valor constante #(da classe ’factor’) para ser usado na função predict( ). #Esse comando foi retirado do documento do pacote brt (http://cran.r-project.org/web/packages/dismo/vignettes/brt.pdf <http://cran.r-project.org/web/packages/dismo/vignettes/brt.pdf>) página 20. # Tentei algumas variações sem sucesso. Method<-factor(var.factor<-factor( '0' ,levels=levels(df$v2))) df$add<-data.frame(var.factor) #Prediction with factor p<-predict(v1rst,gam1, type='response', const='add' ) #Mensagem de ERRO - 'Error in `[.data.frame`(blockvals, , f[j]) : undefined columns selected #Prediction sem o fator p<-predict(v1rst,gam2, type='response') plot(p) #ok!

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Estimativa de prob. de geada
by Leonardo Monteiro 10 Nov '14

10 Nov '14

Prezados, Eu tenho dados de temperatura minima diária (~30 anos) e preciso estimar a prob. de geada para diversos locais. Estou considerando que ocorreu geada quando a tmin < 2°C. Eu poderia considerar o numero de dias q ocorre tmin<2°C / total de dias avaliados da serie? Ou seria melhor partir para uma binomial? Espero que possam me ajudar com sugestoes. Obrigado, Leonardo

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