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Erro na instalação do R-2.15.0 no Ubuntu 14.04
by ASANTOS 21 Nov '14

21 Nov '14

Boa tarde Pessoal, Por motivos de pacotes que os autores não passaram para R3.0, no ubuntu 14.04 utilizo o R-2.15.0, no entanto, precisei formatar o computador e tentando instalar novamente o R-2.15.0, abaixado no com o arquivo R-2.15.0.tar.gz, não funciona, sendo que após a descompactação do arquivo, na pasta criada que fiz os passos: santosa@santosa-K43E:~$ cd Documentos santosa@santosa-K43E:~/Documentos$ cd R-2.15.0 santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ ./configure santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ make install E recebi o erro no checking: configure: error: No F77 compiler found e quando tentei fazer o make install :santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ make install make: *** Sem regra para processar o alvo `install'. Pare. Alguém sabe se existe alguma incompatibilidade entre o R-2.15.0 e o ubuntu 14.04 ou estou fazendo algo errado? Obrigado, segue uma lista do resultado completo com vários no que recebi no processo de checking usando ./configure: santosa@santosa-K43E:~$ cd Documentos santosa@santosa-K43E:~/Documentos$ cd R-2.15.0 santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ ./configure checking build system type... i686-pc-linux-gnu checking host system type... i686-pc-linux-gnu loading site script './config.site' loading build-specific script './config.site' checking for pwd... /bin/pwd checking whether builddir is srcdir... yes checking for working aclocal... missing checking for working autoconf... missing checking for working automake... missing checking for working autoheader... missing checking for gawk... no checking for mawk... mawk checking whether ln -s works... yes checking for bison... no checking for byacc... no checking for ar... ar checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking for sed... /bin/sed checking for which... /usr/bin/which checking for less... /usr/bin/less checking for gtar... no checking for gnutar... no checking for tar... /bin/tar checking for tex... no checking for pdftex... no configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals checking for pdflatex... no configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages checking for makeindex... no checking for makeinfo... no configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals checking for texi2dvi... no checking for kpsewhich... no checking for unzip... /usr/bin/unzip checking for zip... /usr/bin/zip checking for gzip... /bin/gzip checking for bzip2... /bin/bzip2 checking for firefox... /usr/bin/firefox using default browser ... /usr/bin/firefox checking for acroread... no checking for acroread4... no checking for xdg-open... /usr/bin/xdg-open checking for notangle... false checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep checking for egrep... /bin/grep -E checking whether gcc needs -traditional... no checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for gfortran... no checking for f95... no checking for fort... no checking for xlf95... no checking for ifort... no checking for ifc... no checking for efc... no checking for pgf95... no checking for lf95... no checking for gfortran... no checking for ftn... no checking for g95... no checking for f90... no checking for xlf90... no checking for pgf90... no checking for pghpf... no checking for epcf90... no checking for g77... no checking for f77... no checking for xlf... no checking for frt... no checking for pgf77... no checking for cf77... no checking for fort77... no checking for fl32... no checking for af77... no checking for fc... no configure: error: No F77 compiler found santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ make install make: *** Sem regra para processar o alvo `install'. Pare. -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Re: [R-br] Erro na instalação do R-2.15.0 no Ubuntu 14.04
by Alisson Lucrécio 20 Nov '14

20 Nov '14

Voce baixou o arquivo .deb ou .taz? Segue umas sugestões que acho pertinente. É por isso, que a partir de agora salvo tmb minha library, assim mesmo que tenha o R-3.1.2, se tiver minha biblioteca salva posso carregar os pacotes dela. Vc já tenteu instalar com biocLite? source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("biology") Att. On 20 November 2014 15:22, Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio(a)ifgoiano.edu.br> wrote: > É por isso, que a partir de agora salvo tmb minha library, assim mesmo que > tenha o R-3.1.2, se tiver minha biblioteca salva posso carregar os pacotes > dela. > > Vc já tenteu instalar com biocLite? > > > On 20 November 2014 15:05, ASANTOS [via R-br] < > ml-node+s2285057n4663561h27(a)n4.nabble.com> wrote: > >> Boa tarde Pessoal, >> >> Por motivos de pacotes que os autores não passaram para >> R3.0, no ubuntu 14.04 utilizo o R-2.15.0, no entanto, precisei formatar >> o computador e tentando instalar novamente o R-2.15.0, abaixado no com o >> arquivo R-2.15.0.tar.gz, não funciona, sendo que após a descompactação >> do arquivo, na pasta criada que fiz os passos: >> >> santosa@santosa-K43E:~$ cd Documentos >> santosa@santosa-K43E:~/Documentos$ cd R-2.15.0 >> santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ ./configure >> santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ make install >> >> >> E recebi o erro no checking: configure: error: No F77 >> compiler found e quando tentei fazer o make install >> :santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ make install >> make: *** Sem regra para processar o alvo `install'. Pare. >> >> Alguém sabe se existe alguma incompatibilidade entre >> o R-2.15.0 e o ubuntu 14.04 ou estou fazendo algo errado? >> Obrigado, segue uma lista do resultado completo com vários no que recebi >> no processo de checking usando ./configure: >> >> santosa@santosa-K43E:~$ cd Documentos >> santosa@santosa-K43E:~/Documentos$ cd R-2.15.0 >> santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ ./configure >> checking build system type... i686-pc-linux-gnu >> checking host system type... i686-pc-linux-gnu >> loading site script './config.site' >> loading build-specific script './config.site' >> checking for pwd... /bin/pwd >> checking whether builddir is srcdir... yes >> checking for working aclocal... missing >> checking for working autoconf... missing >> checking for working automake... missing >> checking for working autoheader... missing >> checking for gawk... no >> checking for mawk... mawk >> checking whether ln -s works... yes >> checking for bison... no >> checking for byacc... no >> checking for ar... ar >> checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c >> checking for sed... /bin/sed >> checking for which... /usr/bin/which >> checking for less... /usr/bin/less >> checking for gtar... no >> checking for gnutar... no >> checking for tar... /bin/tar >> checking for tex... no >> checking for pdftex... no >> configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals >> checking for pdflatex... no >> configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help >> pages >> checking for makeindex... no >> checking for makeinfo... no >> configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R >> manuals >> checking for texi2dvi... no >> checking for kpsewhich... no >> checking for unzip... /usr/bin/unzip >> checking for zip... /usr/bin/zip >> checking for gzip... /bin/gzip >> checking for bzip2... /bin/bzip2 >> checking for firefox... /usr/bin/firefox >> using default browser ... /usr/bin/firefox >> checking for acroread... no >> checking for acroread4... no >> checking for xdg-open... /usr/bin/xdg-open >> checking for notangle... false >> checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config >> checking for gcc... gcc >> checking whether the C compiler works... yes >> checking for C compiler default output file name... a.out >> checking for suffix of executables... >> checking whether we are cross compiling... no >> checking for suffix of object files... o >> checking whether we are using the GNU C compiler... yes >> checking whether gcc accepts -g... yes >> checking for gcc option to accept ISO C89... none needed >> checking how to run the C preprocessor... gcc -E >> checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep >> checking for egrep... /bin/grep -E >> checking whether gcc needs -traditional... no >> checking how to run the C preprocessor... gcc -E >> checking for gfortran... no >> checking for f95... no >> checking for fort... no >> checking for xlf95... no >> checking for ifort... no >> checking for ifc... no >> checking for efc... no >> checking for pgf95... no >> checking for lf95... no >> checking for gfortran... no >> checking for ftn... no >> checking for g95... no >> checking for f90... no >> checking for xlf90... no >> checking for pgf90... no >> checking for pghpf... no >> checking for epcf90... no >> checking for g77... no >> checking for f77... no >> checking for xlf... no >> checking for frt... no >> checking for pgf77... no >> checking for cf77... no >> checking for fort77... no >> checking for fl32... no >> checking for af77... no >> checking for fc... no >> configure: error: No F77 compiler found >> santosa@santosa-K43E:~/Documentos/R-2.15.0$ make install >> make: *** Sem regra para processar o alvo `install'. Pare. >> >> -- >> ====================================================================== >> Alexandre dos Santos >> Proteção Florestal >> IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso >> Campus Cáceres >> Caixa Postal 244 >> Avenida dos Ramires, s/n >> Bairro: Distrito Industrial >> Cáceres - MT CEP: 78.200-000 >> Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) >> e-mails:[hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663561&i=0> >> [hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663561&i=1> >> Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 >> ====================================================================== >> >> >> --- >> Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. >> http://www.avast.com >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663561&i=2> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-na-instalacao-do-R-2-15-0-no-Ub… >> To unsubscribe from R-br, click here >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -- Alisson Lucrecio da Costa

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Dificuldade na utilização de um loop duplo para a criação de várias amostras
by Thiago Touya 20 Nov '14

20 Nov '14

Boa tarde! Senhores, peço sua ajuda para criar um código que gere um número 'n' de amostras de tamanho 'n'. Atualmente, consigo fazer apenas uma amostra de tamanho 'n', mas gostaria de fazer de um modo prático a geração de outras 'n-1' amostras. No final gostaria de armazenar tudo numa matriz 'nxn'. Segue o código que estou usando para a geração de uma amostra: ## Tamanho da Amostra n=100 ## Parâmetros 1 a <- c(4.5,1.5) b <- c(3.0,9.0) p <- c(0.5,0.5) ## Função Acumulada Inversa fmenos1_kuma = function(x,a,b){ (1-(1-x)^(1/b))^(1/a) } ## Mistura mkuma = function(x){ (a[1]*b[1]*(x^(a[1]-1))*(1-x^a[1])^(b[1]-1))*p[1] + (a[2]*b[2]*(x^(a[2]-1))*(1-x^a[2])^(b[2]-1))*p[2] } ## Simulação da amostra u1 <- runif(n) u2 <- runif(n) x <- numeric(n) for (i in 1:n){ if(u1[i] < p[1]) x[i]= fmenos1_kuma(u2[i],a[1],b[1]) if(u1[i] >= p[1]) x[i]= fmenos1_kuma(u2[i],a[2],b[2]) } O que eu pensei em fazer foi adicionar um outro 'For' no passo da simulação da amostra, mas não consegui alimentar um objeto 'y' com os valores gerados para cada amostra. Obrigado. -- Att, Thiago Morais de Carvalho (61 - 8169-5094)

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Trocar valores de colunas condicionalmente
by Thiago V. dos Santos 20 Nov '14

20 Nov '14

Olá pessoal, Considerem o seguinte data.frame: df <- structure(list(date = structure(c(1251350100.288, 1251351900, 1251353699.712, 1251355500.288, 1251357300, 1251359099.712), class = c("POSIXct", "POSIXt")), mix.ratio.csi = c(442.78316237477, 436.757082063885, 425.742872761246, 395.770804307671, 386.758335309866, 392.115887652156), mix.ratio.licor = c(447.141491945547, 441.319548211994, 430.854166343173, 402.232640566763, 393.683007533694, 398.388336602215), ToKeep = c(FALSE, FALSE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE)), .Names = c("date", "value1", "value2", "ToKeep"), index = structure(integer(0), ToKeep = c(1L, 2L, 8L, 52L, 53L, 54L, 55L, 85L, 86L, 87L, 88L, 89L, 92L, 93L, 94L, 95L, 96L, 97L, 98L, 99L, 100L, 102L, 103L, 105L, 106L, 192L, 193L, 220L, 223L, 225L, 228L, 229L, 260L, 263L, 264L, 265L, 266L, 267L, 305L, 306L, 307L, 308L, 309L, 310L, 311L, 312L, 313L, 314L, 315L, 352L, 353L, 354L, 375L, 376L, 378L, 379L, 380L, 383L, 411L, 412L, 413L, 414L, 415L, 416L, 418L, 419L, 445L, 453L, 463L, 464L, 465L, 466L, 467L, 468L, 497L, 504L, 547L, 548L, 549L, 586L, 589L, 630L, 631L, 632L, 633L, 634L, 635L, 636L, 644L, 645L, 646L, 647L, 648L, 649L, 650L, 651L, 674L, 675L, 676L, 677L, 678L, 682L, 687L, 690L, 691L, 724L, 725L, 726L, 727L, 728L, 729L, 730L, 731L, 732L, 733L, 734L, 735L, 736L, 739L, 740L, 741L, 742L, 768L, 771L, 772L, 773L, 774L, 775L, 776L, 777L, 778L, 779L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 56L, 57L, 58L, 59L, 60L, 61L, 62L, 63L, 64L, 65L, 66L, 67L, 68L, 69L, 70L, 71L, 72L, 73L, 74L, 75L, 76L, 77L, 78L, 79L, 80L, 81L, 82L, 83L, 84L, 90L, 91L, 101L, 104L, 107L, 108L, 109L, 110L, 111L, 112L, 113L, 114L, 115L, 116L, 117L, 118L, 119L, 120L, 121L, 122L, 123L, 124L, 125L, 126L, 127L, 128L, 129L, 130L, 131L, 132L, 133L, 134L, 135L, 136L, 137L, 138L, 139L, 140L, 141L, 142L, 143L, 144L, 145L, 146L, 147L, 148L, 149L, 150L, 151L, 152L, 153L, 154L, 155L, 156L, 157L, 158L, 159L, 160L, 161L, 162L, 163L, 164L, 165L, 166L, 167L, 168L, 169L, 170L, 171L, 172L, 173L, 174L, 175L, 176L, 177L, 178L, 179L, 180L, 181L, 182L, 183L, 184L, 185L, 186L, 187L, 188L, 189L, 190L, 191L, 194L, 195L, 196L, 197L, 198L, 199L, 200L, 201L, 202L, 203L, 204L, 205L, 206L, 207L, 208L, 209L, 210L, 211L, 212L, 213L, 214L, 215L, 216L, 217L, 218L, 219L, 221L, 222L, 224L, 226L, 227L, 230L, 231L, 232L, 233L, 234L, 235L, 236L, 237L, 238L, 239L, 240L, 241L, 242L, 243L, 244L, 245L, 246L, 247L, 248L, 249L, 250L, 251L, 252L, 253L, 254L, 255L, 256L, 257L, 258L, 259L, 261L, 262L, 268L, 269L, 270L, 271L, 272L, 273L, 274L, 275L, 276L, 277L, 278L, 279L, 280L, 281L, 282L, 283L, 284L, 285L, 286L, 287L, 288L, 289L, 290L, 291L, 292L, 293L, 294L, 295L, 296L, 297L, 298L, 299L, 300L, 301L, 302L, 303L, 304L, 316L, 317L, 318L, 319L, 320L, 321L, 322L, 323L, 324L, 325L, 326L, 327L, 328L, 329L, 330L, 331L, 332L, 333L, 334L, 335L, 336L, 337L, 338L, 339L, 340L, 341L, 342L, 343L, 344L, 345L, 346L, 347L, 348L, 349L, 350L, 351L, 355L, 356L, 357L, 358L, 359L, 360L, 361L, 362L, 363L, 364L, 365L, 366L, 367L, 368L, 369L, 370L, 371L, 372L, 373L, 374L, 377L, 381L, 382L, 384L, 385L, 386L, 387L, 388L, 389L, 390L, 391L, 392L, 393L, 394L, 395L, 396L, 397L, 398L, 399L, 400L, 401L, 402L, 403L, 404L, 405L, 406L, 407L, 408L, 409L, 410L, 417L, 420L, 421L, 422L, 423L, 424L, 425L, 426L, 427L, 428L, 429L, 430L, 431L, 432L, 433L, 434L, 435L, 436L, 437L, 438L, 439L, 440L, 441L, 442L, 443L, 444L, 446L, 447L, 448L, 449L, 450L, 451L, 452L, 454L, 455L, 456L, 457L, 458L, 459L, 460L, 461L, 462L, 469L, 470L, 471L, 472L, 473L, 474L, 475L, 476L, 477L, 478L, 479L, 480L, 481L, 482L, 483L, 484L, 485L, 486L, 487L, 488L, 489L, 490L, 491L, 492L, 493L, 494L, 495L, 496L, 498L, 499L, 500L, 501L, 502L, 503L, 505L, 506L, 507L, 508L, 509L, 510L, 511L, 512L, 513L, 514L, 515L, 516L, 517L, 518L, 519L, 520L, 521L, 522L, 523L, 524L, 525L, 526L, 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722L, 723L, 737L, 738L, 743L, 744L, 745L, 746L, 747L, 748L, 749L, 750L, 751L, 752L, 753L, 754L, 755L, 756L, 757L, 758L, 759L, 760L, 761L, 762L, 763L, 764L, 765L, 766L, 767L, 769L, 770L, 780L, 781L, 782L, 783L, 784L, 785L, 786L, 787L, 788L, 789L)), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame") Preciso criar um novo data.frame com a seguinte estrutura: 1) manter a coluna de data intocável, 2) se a coluna 'ToKeep' for igual a FALSE, as colunas 'value1' e 'value2' recebem NA, 3) se a coluna 'ToKeep' for igual a TRUE, as colunas 'value1' e 'value2' nao mudam. Estou tentando usar ifelse, mas por enquanto não consegui encontrar o caminho certo para fazer a indexação. Alguém tem alguma sugestão? Saudações, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/ind… Phone: (612) 323 9898

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função, if dentro fo loop
by Daniela Recchia 19 Nov '14

19 Nov '14

Boa tarde pessoal, tenho certeza que meu problema é bem simples mas não estou conseguindo visualizar a solução, criei a função: conv<- function(n){u<-matrix(nrow=n+1,ncol=1) for (i in 0:n) { if(i==0) f<-function(i) {pnorm(i,m,dp)} else f<- function(i) {pnorm(i*1/n,m,dp)} if(i==0) p<- function(i) {f(i)} else p<- function(i) {f(i)-f(i-1)} I<- function (i) {-p(i)*log2(p(i))} u[i,]<- I(i)} y<-u[0:n,]; y} Mas para o caso onde i==0 não está sendo feito corretamente, e preciso idendificar se não tenho problemas na condição f(i)-f(i-1), o que ele retorna no lugar do i=0 é o valor do i=1. Alguém saberia me dar uma dica? Abraços, Daniela -- Daniela Rodrigues Recchia “The standard of success in life is absolutely the amount of joy you feel” Esther & Jerry Hick

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Não consigo estimar por máxima verossimilhança (problemas com logaritmo de argumento negativo)
by Romero Luiz M. Sales Filho 18 Nov '14

18 Nov '14

Caros colegas, estou com um problema que não consigo resolver... Na verdade acredito que já identifiquei o problemas, mas não sei como contornar esse tipo de situação no R. É o seguinte estou maximizando a função de log-verossimilhança de uma dist. de probabilidade, com o intuito de estimar os parâmetros da dist. Entretanto a otimização não está convergindo para o parâmetro conhecido. Essa dist. possui dois parâmetros, onde um deles o "z" assume valores menores que 2, e o outro parâmetro "eta" assume valores maiores que 0. Consegui simular situações para os casos que tenho 1<z<2 e para 0<z<1, entretanto para valores negativos de z, não estou conseguindo convergência para o parâmetro. Estou usando a função optim() do R, selecionando nessa função o método de Nelder-Mead (já usei outros métodos e nenhum convergiu). O problema que ocorre é que para z negativo, durante as iterações ocorrem o cálculo de logaritmos cujos argumentos estão com valores negativos, tenho quase certeza que o problema da não convergência está aí, aí eu gostaria de saber se tem como colocar alguma restrição durante o processo de iteração para que os argumentos das funções logarítmicas nunca sejam valores negativos. A seguir coloco o código que estou usando: ############################################## ##### Fornecendo os parâmetros ############################## n<-50 z<--1.95 eta<-0.1 z.est=vector() eta.est=vector() p=1 while (p<1001) { ###### Gerando valores da varíavel cujos parâmetros são z e eta u<-runif(n) y = eta*((1-(u)^((1-z)/(2-z)))/(1-z)) #### Obtendo as estimativas para z e eta ######################################## vero <- function(par,x){ z = par[1] eta = par[2] saida<-((sum(log(1 - ((1 - z)*x*(1/eta)))))/(1 - z)) + ((n)*log(2 - z)) + (n*log(1/eta)) return(-saida) } saida1<-optim(par=c(-1,4),fn=vero, method="Nelder-Mead",x=y ) z.est[p]<-saida1[1]$par[1] eta.est[p]<-saida1[1]$par[2] p=p+1 } mean(z.est) mean(eta.est) ############################################## Como estou replicando o procedimento mil vezes, irei utilizar a média das 1000 estimativas encontradas para z e para eta... Então fazendo isso tenho a seguinte saída: > mean(z.est) [1] -30177882 > mean(eta.est) [1] 964132.7 Conforme observamos as estimativas estão muito distantes dos parâmetros reais definidos no início do código (z = -1.95 e eta = 0.1). Dessa forma, desconfio que o problema seja decorrente dos vários erros de logaritmos, que se repetem durante a interação e são da seguinte forma: 1: In log(1 - ((1 - z) * x * (1/eta))) : NaNs produzidos Então tem alguma forma de controlar esse problema que ocorre durante a interação??? Tenho que fazer de alguma forma com que os argumentos fiquem sempre positivos, ou seja: (1-((1-z)*x*(1/eta))) tem que ser sempre positivo... Por favor, caso vcs possam me ajudar, eu agradeço imensamente. Att, Romero.

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Não consigo estimar por máxima verossimilhança (problemas com logaritmo de argumento negativo)
by Romero Luiz M. Sales Filho 18 Nov '14

18 Nov '14

Caros, perdoem mas não estou conseguindo responder a mensagem diretamente pelo tópico já existente... Estou simplesmente dando o reply na mensagem que chega na minha conta e a mensagem retorna... Estou fazendo algum procedimento errado??? Bom, continuando com o tópico comentado por Walmes e Vinícius, faço os meus comentários: Olá Walmes e Vinícius, obrigado pelas dicas, pelo menos já estou buscando encontrar alguma forma de resolver, pois confesso, que já não estava vendo mais como sair do dilema. Vinicius, já tinha tentado fazer a otimização da função de verossimilhança (sem o log), entretanto, não sei o que acontece, mas as estimativas ficam todas iguais aos pontos iniciais, ou seja, para as mil replicações que estou fazendo, todos os resultados são iguais aos pontos iniciais... Com certeza, fazendo dessa forma, não deve estar chegando nem na segunda iteração (não sei o motivo). Walmes, a sua dica é boa, alguém já tinha falado em algo do tipo, mas eu não tinha entendido bem... acho que agora com sua explicação ficou mais claro, resumindo, por favor veja se é isso: preciso encontrar funções cujos possíveis resultado sejam pertencentes ao domínio dos meus dois parâmetros de interesse, com a exigência de que o argumento dessas funções sejam sempre valores pertencentes aos reais, certo?? Pensando assim, como o parâmetro z é sempre menor que 2 e o parâmetro eta é sempre um número positivo, então teoricamente posso usar a seguinte transformação: z= 2-exp(x) (argumento x real e resultado da função sempre menor que 2) e eta=exp (k) (argumento k real e resultado da função sempre maior que zero). É isso mesmo, vcs concordam??? Obrigado pela atenção, Romero. -- *Profº Romero Luiz Mendonça Sales Filho* *Estatístico / Mestre em Engª de ProduçãoUFRPE - UAGCel.: (81) 9667-4477* *romero.sfilho(a)gmail.com* <romero.sfilho(a)gmail.com> *romero_sfilho(a)yahoo.com.br* <romero_sfilho(a)yahoo.com.br>

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Re: [R-br] Problemas lendo .dbf no R
by Paulo Pimenta 16 Nov '14

16 Nov '14

Paulo Henrique de A. S. Pimenta. Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. Fone: +5511981318435. Obrigado pela ajuda!! Suas dicas foram de grande valor!! > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 13 Nov 2014 10:53:21 -0300 > From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Problemas lendo .dbf no R > Message-ID: > <CACMkfRxzSNWYuQcfjAExR5DA5Z8XdW1EZE+n19+YO08H+Rv1gg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Opa, talvez você possa tentar o seguinte: > > > Um exemplo, suponto que vc tenha 20 arquivos: > > Quando voce da arquivos <- list.files(pattern="\\.dbf$"), você gostaria de > ver algo como isso que fiz no vetor1 certo? > > > vetor1<-paste("corte_estrada_aneis",1:20,".dbf",sep="") > > vetor1 > [1] "corte_estrada_aneis1.dbf" "corte_estrada_aneis2.dbf" > "corte_estrada_aneis3.dbf" > [4] "corte_estrada_aneis4.dbf" "corte_estrada_aneis5.dbf" > "corte_estrada_aneis6.dbf" > [7] "corte_estrada_aneis7.dbf" "corte_estrada_aneis8.dbf" > "corte_estrada_aneis9.dbf" > [10] "corte_estrada_aneis10.dbf" "corte_estrada_aneis11.dbf" > "corte_estrada_aneis12.dbf" > [13] "corte_estrada_aneis13.dbf" "corte_estrada_aneis14.dbf" > "corte_estrada_aneis15.dbf" > [16] "corte_estrada_aneis16.dbf" "corte_estrada_aneis17.dbf" > "corte_estrada_aneis18.dbf" > [19] "corte_estrada_aneis19.dbf" "corte_estrada_aneis20.dbf" > > > Mas o que você ve na verdade é o que está no vetor 2, certo, porque ta tudo > na ordem lexicografia,(Essa palavra é bonita né? Nem sei se escrevi certo, > desculpa) > > > vetor2<-sort(vetor1) > > vetor2 > [1] "corte_estrada_aneis10.dbf" "corte_estrada_aneis11.dbf" > "corte_estrada_aneis12.dbf" > [4] "corte_estrada_aneis13.dbf" "corte_estrada_aneis14.dbf" > "corte_estrada_aneis15.dbf" > [7] "corte_estrada_aneis16.dbf" "corte_estrada_aneis17.dbf" > "corte_estrada_aneis18.dbf" > [10] "corte_estrada_aneis19.dbf" "corte_estrada_aneis1.dbf" > "corte_estrada_aneis20.dbf" > [13] "corte_estrada_aneis2.dbf" "corte_estrada_aneis3.dbf" > "corte_estrada_aneis4.dbf" > [16] "corte_estrada_aneis5.dbf" "corte_estrada_aneis6.dbf" > "corte_estrada_aneis7.dbf" > [19] "corte_estrada_aneis8.dbf" "corte_estrada_aneis9.dbf" > > Mas beleza, você ta vendo o vetor 2 na saida do arquivos <- > list.files(pattern="\\.dbf$"), quando da arquivos. > Uma possibilidade seria reordenar o seu arquivos, antes de fazer a leitura, > da seguinte formula. > > Crie um vetor de numeros, usando uma expressão regular para pegar somente > os números, das string do arquivo, depois transforme em numero pro R > entender: > > > > numeros<-as.numeric(gsub("[a-z_.]", "\\1", vetor2)) > > numeros > [1] 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 1 20 2 3 4 5 6 7 8 9 > > vetor2 > [1] "corte_estrada_aneis10.dbf" "corte_estrada_aneis11.dbf" > "corte_estrada_aneis12.dbf" > [4] "corte_estrada_aneis13.dbf" "corte_estrada_aneis14.dbf" > "corte_estrada_aneis15.dbf" > [7] "corte_estrada_aneis16.dbf" "corte_estrada_aneis17.dbf" > "corte_estrada_aneis18.dbf" > [10] "corte_estrada_aneis19.dbf" "corte_estrada_aneis1.dbf" > "corte_estrada_aneis20.dbf" > [13] "corte_estrada_aneis2.dbf" "corte_estrada_aneis3.dbf" > "corte_estrada_aneis4.dbf" > [16] "corte_estrada_aneis5.dbf" "corte_estrada_aneis6.dbf" > "corte_estrada_aneis7.dbf" > [19] "corte_estrada_aneis8.dbf" "corte_estrada_aneis9.dbf" > > > Veja que a numeração ta na ordem dos arquivos, agora ordene pelos numeros > usando order, que ele vai te dar a ordem que você quer pros indices. > > order(numeros) > [1] 11 13 14 15 16 17 18 19 20 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 12 > > numeros[order(numeros)] > [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 > > > > Agora você aplica a ordem dos numeros no seu arquivos, que você pegou o ls > do diretorio. > > vetor2[order(numeros)] > [1] "corte_estrada_aneis1.dbf" "corte_estrada_aneis2.dbf" > "corte_estrada_aneis3.dbf" > [4] "corte_estrada_aneis4.dbf" "corte_estrada_aneis5.dbf" > "corte_estrada_aneis6.dbf" > [7] "corte_estrada_aneis7.dbf" "corte_estrada_aneis8.dbf" > "corte_estrada_aneis9.dbf" > [10] "corte_estrada_aneis10.dbf" "corte_estrada_aneis11.dbf" > "corte_estrada_aneis12.dbf" > [13] "corte_estrada_aneis13.dbf" "corte_estrada_aneis14.dbf" > "corte_estrada_aneis15.dbf" > [16] "corte_estrada_aneis16.dbf" "corte_estrada_aneis17.dbf" > "corte_estrada_aneis18.dbf" > [19] "corte_estrada_aneis19.dbf" "corte_estrada_aneis20.dbf" > > > > Ai você le tudo usando essa ordem > > for (nome_arquivo in arquivos){ > > g[i] <- read.dbf(paste("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/", > nome_arquivo,sep="")) > > } > > Eu acho que isso deve funcionar. > Bem espero ter mais ajudado que atrabalhado :) > > > > Em 12 de novembro de 2014 03:08, Paulo Pimenta <paulopimenta6(a)hotmail.com> > escreveu: > > > Prezados, > > > > Estou com um problema ao ler arquivos .dbf no R. Abaixo segue a lógica que > > usei em meu código para fazer a leitura: > > > > > > ########################################################################################## > > > > > > > > ########################################################################################### > > ##comando para ler um arquivo ".dbf" > > > > ## > > ## > > > > ## > > ##library("foreign") > > > > ## > > ## > > > > ## > > ##read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis.dbf") > > ## > > ## > > > > ## > > > > ########################################################################################### > > ## > > ##Salvando tudo em forma de lista > > > > library("foreign") > > > > setwd("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1") > > > > arquivos <- list.files(pattern="\\.dbf$") > > > > x <- lapply(arquivos, read.dbf) > > > > ##Exportando os comprimentos de cada estrada cortada por um anel > > > > for (i in 1:91){ > > > > y[[i]] <- x[[i]] > > vector_length[i] <- sum(y[[i]][,2]) > > > > } > > > > > > ########################################################################################## > > > > Assim como mostrado no exemplo acima estou lendo um arquivo chamado "corte_estrada_aneis.dbf", > > todavia possui um banco com 91 desses arquivos numerados de forma que seus > > nomes ficam, por exemplo: corte_estrada_aneis.1dbf, > > corte_estrada_aneis2.dbf, corte_estrada_aneis3.dbf, ... até finalmente corte_estrada_aneis91.dbf. > > O problema na leitura dos .dbf consiste que a lógica acima usada por mim > > faz com que a ordenação saia errada, ou seja, ele faz a leitura dos > > arquivos corte_estrada_aneis1.dbf, corte_estrada_aneis12.dbf, corte_estrada_aneis13.dbf > > e assim por diante. Uma tentativa minha, porém não muito bem sucedida foi a > > seguinte: > > > > > > ######################################################################################### > > > > library("foreign") > > > > for (i in 1:9){ > > > > g[i] <- > > read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis[i].dbf") > > > > } > > > > g > > > > > > ######################################################################################### > > > > Mas como tudo esta contido em " " o índice [i] será lido literalmente. > > Peço ajuda aos colegas para poder solucinar este problema, seja com a minha > > lógica ou com alguma idéia diferente. > > > > Abraços a todos! > > > > Paulo Henrique de A. S. Pimenta. > > > > Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. > > Fone: +5511981318435. > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Grato > Augusto C. A. Ribas > > Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> > Github: https://github.com/Squiercg > Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141113/eaa31741/atta…> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 47, assunto 14 > *****************************************

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Permutação ou aleatorização
by Luciano F. Sgarbi 14 Nov '14

14 Nov '14

Bom dia Pessoal. Qual a diferença entre permutação e aleatorização? Se é que essas coisas são realmente diferentes... ou permutação é um tipo de aleatorização Em uma busca rápida no google encontrei (de modo bem simplificado) que permutação seria um rearranjo (ou recombinação) dos dados observados. No exemplo abaixo eu fiz uma aleatorização ou permutação? x<-1:50 y<-(.2*x)+rnorm(length(x)) plot(x,y,pch='*',cex=2);abline(lm(y~x),lwd=2) Ay<-sample(y) plot(x,Ay,pch='*',cex=2);abline(lm(Ay~x),lwd=2) Obrigado pela atenção! Luciano -- *Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>* *Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*

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Semente
by Emerson Cotta Bodevan 13 Nov '14

13 Nov '14

Prezados, bom dia. Quero gerar uma sequência de números aleatórios. Mas quero guardar a semente para poder replicar a mesma sequência em outras simulações. Como faço para guardar esta semente e como faço para usá-la. Na verdade estarei gerando uma sequência de triplas ordenadas. Onde cada número da tripla representa uma localização. Agradeço qualquer ajuda. Att., *Emerson*

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