Setembro 2014 - R-br

Sugestão de mateiral GAM
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 06 Set '14

06 Set '14

Olá Alguém sabe de um bom material de modelos aditivos generalizados no R com variáveis resposta binária? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Instituto Benjamin Constant - IBC Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 968463637

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Instalar RStudio por meio de repositórios *.deb
by walmes . 05 Set '14

05 Set '14

Saudações, Aqui na UFPR todo sistema coletivo de computadores é mantido pelo c3sl (centro de computação científica e softaware livre, é quem disponibiliza o nosso serviço de lista de discussão). O sistema, para funcionar com milhares de usuários em rede, com segurança, etc, obviamente é Linux. O c3sl, por medidas de segurança e manutenção, só instala aplicativos disponíveis nos repositórios debian. Sendo assim, R, texlive, Emacs, libreOffice, firefox, estão todos disponíveis. Quando existe atualização, o sistema automaticamente incorpora. Mas o RStudio não está na lista. Ele é instalado, mesmo o server, por meio de um *.deb e para ser atualizado deve-se periodicamente baixar e instalar o novo deb, o que vai contra a política de manutenação do c3sl. Dito isso, alguém saberia uma forma de incorporar as atualizações do RStudio automaticamente, olhando para um repositório, tal como acontece com o R e Emacs? Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 skype: walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Problema com representação de parcelas usando expand.grid()
by ASANTOS 05 Set '14

05 Set '14

Boa noite Pessoal, Estou tentando representar as parcelas de um experimento em campo e estou tendo dois problemas sendo: 1) _Representação do centro das parcelas_: ## Coordenadas do grid no espaçamento das plantas de 2x4m ## distâncias verticais e horizontais entre plantas v <- 2; h <- 4 ## número de plantas vertical e horizontal npv <- 4; nph <- 5 ## distância entre vãos vertical e horizontal (distância entre parcelas) V <- 7; H <- 7 ## número de parcelas em linhas e colunas ncol <- 4; nrow <- 12 grid0 <- expand.grid(L=seq(2,length.out=nrow,by=npv*v+V), C=seq(2,length.out=ncol,by=nph*h+H), x=seq(2,length.out=npv,by=v), y=seq(2,length.out=nph,by=h)) grid1 <- with(grid0, data.frame(x=L+x, y=C+y)) plot(y~x, grid1, asp=1) ### Representação das plantas Até aí tudo bem, porém quando tento representar por pontos o centro das parcelas, começa o problema, sendo: ### O centro de cada parcela vai se localizar a cada 13 m na horizontal e a cada 23 na vertical grid2 <- expand.grid(seq(7,length.out=13*4,by=13), seq(12,length.out=23*12,by=23)) points(grid2[,1],grid2[,2],col="red") ## Vejo que os pontos caem errado e não sei por que? 2) _Criar uma coluna para identificar a parcela a qual pertence cada planta_: pos<-1:48 text(grid2[,1],grid2[,2]+0.5,labels=pos, cex=1,col=2) e depois que o centro cair no local certo, gostaria de fazer grid1$pos para identificar a qual centro da parcela cada ponto pertence. Espero que alguém possa dar um help, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Popularização da Estatística
by jose gomes de souza filho Gomes 05 Set '14

05 Set '14

Achei muito legal o blog do professor Dani Gamerman, professor Titular do Departamento de Métodos Estatísticos - UFRJ. O blog se destina à divulgação e popularização da Estatística para a sociedade em geral. http://statpop.blogspot.com.br/p/sobre-o-blog.html Gomes.

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Contraste
by Daniel Batista Lemes 04 Set '14

04 Set '14

Boa tarde, Pessoal, sou novo n alista, mas já tenho minhas dúvidas. Sou usuário SAS e estou migrando para o R e consegui fazer contraste das médias, porém o parâmetro retornado é o estimate e gostaria que tivesse os mesmos dados da saída do contrats do SAS que traz a soma de quadrados, alguém sabe como saber ou algum package que faça isso? Att Daniel Lemes -- @lemes_daniel

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identify(...)
by ana paula coelho madeira 04 Set '14

04 Set '14

Prezados colegas, boa tarde. Trabalhando com os gráficos de pontos alacanca, de pontos influentes e dois de resíduos (glm), tento identificar qual (ou quais) pontos são influentes usando a função identify(...). No entanto o R fica rodando, rodando... até que eu paro a computação. Alguém poderia me dizer o que pode estar ocorrendo? Desde já agradeço. Atenciosamente, Ana Paula

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Limites API Google maps
by Leonard de Assis 04 Set '14

04 Set '14

Alguém sabe qual o limite diário desta API? Construí um código hoje à tarde e rodava. Fui gerar o pdf hoje a noite e deu um erro louco gerando um gráfico. Quando rodei o código novamente, onde era pra ter as coordenadas estava tudo cheio de NA

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Índice Moran bivariado
by Jacqueline Cantú 04 Set '14

04 Set '14

Olá pessoal,Alguém sabe como calcular o índice de Moran bivariado no R? Att, Jacqueline

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Instalar versão mais recente do R no Debian Squeeze
by Nei 03 Set '14

03 Set '14

Oi Pessoal, Estou planejando instalar o R no Debian Squeeze. Pelo que vi a versão que está disponível no repositório é a 2.11.1-6 Pelo site http://cran.r-project.org/ a última versão é 3.1.1. Como faço para instalar a versão mais recente e não ter problemas de dependência com as bibliotecas instaladas? Obrigado, Nei

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Codificação
by Giselle Davi 03 Set '14

03 Set '14

Prezados Colaboradores, Tenho um arquivo com uma matriz formada por letras ( SNP: bases nitrogenadas: A, C, T, G) e preciso codificá-la para números, onde as letras A e T recebam 1 e as letras C e G recebam 0, formando assim uma matriz de genótipos Gn x m = {0;1;2} onde n é o número de indivíduos e m o número de SNPs. Anexado a este e-mail encontra-se parte dessa matriz com dimensão 6 x 30 ( Facilitando, portanto, o envio) que necessita dessa codificação. Matematicamente, a sequência de SNP é atribuída ( A qual eu não precisei construir, pois a sequência foi originada por genotipagem ) como: Dado um valor para PA (probabilidade de ocorrer a base A) e para PC (probabilidade de C), de modo que PA= PT, PC = PG e PA+PC = 0; 5, então as bases são geradas do seguinte modo: Se y existe (E virado para direita) [0;PA), a base é A; Se y existe [PA;0:5), a base é C; Se y existe [0:5; (0:5+PC)), a base é G; Se y existe [(0:5+PC);1], a base é T. Cada indivíduo possui um par de cromossomos homólogos, que se mantêm juntos por ligações entre as bases A e T e ligações entre as bases C e G. A codificação das sequências ( SNPs) deve ser feita, portanto, do seguinte modo: Contando o alelo de interesse (no caso, A) e seu correspondente no pareamento (T) em cada fita numa posição do genótipo, e atribuir 1 quando um dos dois (A ou T) ocorre e 0 se não ocorrem. Esta codificação resulta em: 0 - CC, CG, GC, GG)P(0) = 4*PC elevado a 2 1 - AC, AG, TC, TG, CA, GA, CT, GT)P(1) = 8*PA*PC 2 - AA, AT, TA, TT )P(2) = 4*PA elevado a 2 Sendo assim, preciso utilizar estas informações matemáticas no R de modo a proceder a codificação. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço. Att, Giselle

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