Setembro 2014 - R-br

Plotar perfil de umidade no solo ao longo do ano
by Thiago V. dos Santos 17 Set '14

17 Set '14

Olá pessoal, Estou tentando fazer um gráfico de contorno no R mas ainda não encontrei a função certa para isso. Basicamente, eu tenho uma simulação de umidade em 11 camadas do solo para cada dia do ano, e gostaria de mostrar isso na forma de um perfil de solo. Por favor leia os comentários ao reproduzir os meus dados com o código abaixo: library(repmis) # reads text data directly from dropbox - no need to download any file # read data url <- 'https://dl.dropboxusercontent.com/u/27700634/precip.txt' tmp <- repmis::source_data(url, sep = '', header = TRUE) # convert julian day to date date <- as.Date(tmp$julian, origin='2011-12-31') data <- cbind(date, tmp) head(data) # now, convert soil layers to matrix and transpose it mat <- t(as.matrix(data[, 4:14])) # essa é a matriz que eu quero plotar. Reparem que ela já está organizada como um "perfil", # com as linhas representando as camadas de solo e as colunas representando os dias do ano A minha primeira tentativa foi usar a função filled.contour do pacote graphics. Eu defino um vetor com o nome das camadas do solo e então eu tento plotar, mas a função diz que a matriz está com as dimensoes invertidas: # define vector with depth of soil layers depths <- c(0.05,0.10,0.20,0.30, 0.40,0.60,0.80,1.00, 1.50,2.00,2.50) # Plot soil moisture profile plot <- filled.contour(data$julian, depths, mat) #Error in .filled.contour(x, y, z, levels, col) : dimension mismatch Obviamente eu consigo transpor a matrix para forçar o gráfico, mas a figura final não é o que eu preciso - o perfil fica de "cabeça para baixo". plot <- filled.contour(data$julian, depths, t(mat)) Como essa função só aceita os eixos em ordem crescente, eu não consigo inverter o eixo y para mostrar a primeira camada do solo no topo do gráfico. Poranto, eu aprecio qualquer sugestão de funções e/ou pacotes para construir o gráfico que eu preciso. Saudações, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/ind… Phone: (612) 323 9898

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Abrindo duas Shapes no R
by Paulo Pimenta 15 Set '14

15 Set '14

Prezados, Estou tentando abrir dois shapefiles ao mesmo tempo, ou seja, sobrepor um sobre o outro e não consigo. Abaixo esta parte do meu código: ******************************************************************************************************** library(maptools) #dados <- readShapeSpatial(file.choose()) dados <- readShapeSpatial("F:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/estrada_2000.shp") dados_1 <- readShapePoints("F:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/L1_SAD69UTMZ23.shp") summary(dados)summary (dados_1) plot(dados)points (dados_1) ******************************************************************************************************** Tentei usar o comando merge e juntar as duas shapes, mas ainda assim não dá certo. Por outro lado não sei como plotar os dois shapes. Agradeço desde já a ajuda! Abraços.

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set locale no Linux
by Manoel Galdino 15 Set '14

15 Set '14

Olá, Eu tentei mudar o local do R (time) pra Brasil, mas não consegui. Alguém consegue me ajudar? Segue abaixo o que tentei fazer e o máximo de info possível para o resultado ser reproduzível. Eu tentei: Sys.setlocale("LC_TIME", "Portuguese_Brazil.UTF-8")[1] ""Warning message:In Sys.setlocale("LC_TIME", "Portuguese_Brazil.UTF-8") : OS reports request to set locale to "Portuguese_Brazil.UTF-8" cannot be honored Tentei outras variantes de Brasil (como "br", "BR", mas não funcionou). Aí, procurando no StackOverflow, descobri como recuperar os localles possíveis (no linux, pelo que entendi): locales <- system("locale -a", intern = TRUE)> library(stringr)> unique(str_split_fixed(locales, "\\.", 2)[, 1]) [1] "C" "POSIX" "en_AG" "en_AU" "en_BW" "en_CA" "en_DK" "en_GB" "en_HK" "en_IE" "en_IN" "en_NG" "en_NZ" "en_PH" "en_SG" "en_US" "en_ZA" "en_ZM" "en_ZW" Como se vê pela lista acima, não parece haver opção de pt ou br. Alguma ideia de como resolver isso? Session info do R: > sessionInfo()R version 3.0.2 (2013-09-25) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=C LC_COLLATE=C LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=C LC_PAPER=C [8] LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] stringr_0.6.2 RGoogleAnalytics_0.1.1 httr_0.5 lubridate_1.3.2 extrafont_0.16 scales_0.2.3 [7] httpuv_1.3.0 reshape_0.8.5 gridExtra_0.9.1 plyr_1.8 rjson_0.2.13 RCurl_1.95-4.1 [13] bitops_1.0-6 ggplot2_0.9.3.1 data.table_1.9.3 RJDBC_0.2-1 rJava_0.9-4 DBI_0.2-7 loaded via a namespace (and not attached): [1] MASS_7.3-29 RColorBrewer_1.0-5 Rcpp_0.11.1 Rttf2pt1_1.3.2 colorspace_1.2-4 dichromat_2.0-0 digest_0.6.3 extrafontdb_1.0 [9] gtable_0.1.2 jsonlite_0.9.11 labeling_0.2 memoise_0.1 munsell_0.4.2 proto_0.3-10 reshape2_1.2.2 tools_3.0.2 Meu OS é Linux GNU Ubuntu 12.04 Grato, Manoel -- Manoel Galdino https://sites.google.com/site/galdinomcz/

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Erro com FactoMiner e Rcmdr
by Ederson Civardi 15 Set '14

15 Set '14

Consegui solucionar o problema atualizando os pacotes e reinstalando o R. Em 15/09/2014 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

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Criação de data.frame com valores médios de variaveis
by Gilenio Borges Fernandes 15 Set '14

15 Set '14

Prezados(as) Tenho um banco de dados com as seguintes variáveis (colunas): Tipo Trat Tempo Triplicata acidezKOH e acidezOLEIC Segue o CMR com a estrutura do meu banco de dados: d1=structure(list(Tipo = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("TI1", "TI2", "TI3"), class = "factor"), Trat = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("TR1", "TR2", "TR3"), class = "factor"), Tempo = c(0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L, 0L, 0L, 0L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 6L), Triplicata = c(1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L ), acidezKOH = c(2.29, 2.29, 2.38, 6.16, 6.16, 5.92, 4.82, 5.04, 5.04, 3.37, 3.54, 3.69, 5.92, 5.92, 5.71, 5.8, 5.75, 5.72, 3.16, 3.02, 3.22, 5.33, 5.33, 5.3, 5.66, 5.75, 5.7, 0.23, 0.23, 0.23, 0.3, 0.3, 0.3, 0.34, 0.31, 0.31, 0.26, 0.29, 0.26, 0.33, 0.36, 0.33, 0.43, 0.4, 0.43, 0.26, 0.26, 0.29, 0.3, 0.33, 0.3, 0.34, 0.31, 0.31, 0.09, 0.09, 0.09, 0.33, 0.33, 0.33, 0.37, 0.37, 0.34, 0.14, 0.14, 0.14, 0.3, 0.3, 0.3, 0.31, 0.34, 0.34, 0.57, 0.57, 0.57, 0.33, 0.33, 0.33, 0.8, 0.77, 0.8), acidezOLEIC = c(1.15, 1.15, 1.2, 3.1, 3.1, 2.97, 2.42, 2.54, 2.54, 1.69, 1.78, 1.85, 2.98, 2.98, 2.87, 2.92, 2.89, 2.87, 1.59, 1.52, 1.62, 2.68, 2.68, 2.66, 2.85, 2.89, 2.86, 0.11, 0.11, 0.11, 0.15, 0.15, 0.15, 0.17, 0.16, 0.16, 0.13, 0.14, 0.13, 0.17, 0.18, 0.17, 0.22, 0.2, 0.21, 0.13, 0.13, 0.14, 0.15, 0.17, 0.15, 0.17, 0.16, 0.16, 0.04, 0.04, 0.04, 0.17, 0.17, 0.17, 0.19, 0.19, 0.17, 0.07, 0.07, 0.07, 0.15, 0.15, 0.15, 0.17, 0.16, 0.16, 0.29, 0.29, 0.29, 0.17, 0.17, 0.17, 0.4, 0.39, 0.4)), .Names = c("Tipo", "Trat", "Tempo", "Triplicata", "acidezKOH", "acidezOLEIC"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -81L)) Preciso criar um banco de dados (data.frame) com as colunas: Tipo Trat Tempo e mais as colunas acidezKOH e acidezOLEIC com a média das três Triplicatas. Tentei fazer com a função tapply, mas, não resolve porque não cria uma estrutura de data.frame. Gostaria de ter auxilio da lista para este problema. Desde já agradeço. Cordialmente, -- Gilenio Borges Fernandes Professor Associado IV (Aposentado) Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6340/6341/6337 Fax: (071)3283-6336 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Erros com FactoMiner e Rcmdr
by Ederson Civardi 14 Set '14

14 Set '14

Prezados, consegui resolver os problemas reistalando o R e pacotes. Em 14/09/2014 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Erros com FactoMineR e Rcmdr (Ederson Civardi) > 2. Erro com FactoMineR e Rcmdr (Ederson Civardi) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 13 Sep 2014 15:34:17 -0300 > From: Ederson Civardi <civardi.eac(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Erros com FactoMineR e Rcmdr > Message-ID: > < > CACA7RZec6DoHgaMTAhU8qQo8+HGBS0_DtcWgsOzNf2WHgeLK6w(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Prezados, > > Estou encontrando dificuldades de abrir o Rcmdr e o FactoMineR, onde os > utilizo para análise multivariada. > Meu sistema operacional é o Win 8.1 e > R version 3.0.3 (2014-03-06) -- "Warm Puppy" > Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > O erro que aparece é o seguinte: > > The downloaded binary packages are in > C:\Users\Ederson\AppData\Local\Temp\Rtmpo7YjZQ\downloaded_packages > > library(FactoMineR) > Error in get(Info[i, 1], envir = env) : lazy-load database 'P' is corrupt > Além disso: Mensagens de aviso perdidas: > In get(Info[i, 1], envir = env) : internal error -3 in R_decompress1 > Erro: package or namespace load failed for ?FactoMineR? > > library(Rcmdr) > Carregando pacotes exigidos: splines > Carregando pacotes exigidos: RcmdrMisc > Carregando pacotes exigidos: car > Error in get(Info[i, 1], envir = env) : lazy-load database 'P' is corrupt > Além disso: Mensagens de aviso perdidas: > In get(Info[i, 1], envir = env) : internal error -3 in R_decompress1 > Erro: package ?car? could not be loaded > > Alguém poderia me ajudar ou dizer o que está acontecendo. > Desde já agradeço. > > Ederson > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140913/813d0643/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Sat, 13 Sep 2014 15:42:47 -0300 > From: Ederson Civardi <civardi.eac(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Erro com FactoMineR e Rcmdr > Message-ID: > <CACA7RZeqzSL-= > y5dK4J57wLgPRW+h7iFX2Bk37z6VKeGuVm2ug(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Já com a versão mais atual do R: > R version 3.1.1 (2014-07-10) -- "Sock it to Me" > Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > Acontece o mesmo problema: > > > library(FactoMineR) > Error in get(Info[i, 1], envir = env) : > não foi possível abrir o arquivo > 'C:/Users/Ederson/Documents/R/win-library/3.1/leaps/R/leaps.rdb': No such > file or directory > Erro: package or namespace load failed for ?FactoMineR? > > library(Rcmdr) > Carregando pacotes exigidos: splines > Carregando pacotes exigidos: RcmdrMisc > Carregando pacotes exigidos: car > Carregando pacotes exigidos: sandwich > Error in get(Info[i, 1], envir = env) : > não foi possível abrir o arquivo > 'C:/Users/Ederson/Documents/R/win-library/3.1/abind/R/abind.rdb': No such > file or directory > Erro: package ?RcmdrMisc? could not be loaded > > Como faço para solucionar esse problema? Alguém pode me ajudar? > > Desde já agradeço. > Ederson > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140913/823ce1aa/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 45, assunto 21 > ***************************************** >

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Erro com FactoMineR e Rcmdr
by Ederson Civardi 13 Set '14

13 Set '14

Já com a versão mais atual do R: R version 3.1.1 (2014-07-10) -- "Sock it to Me" Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Acontece o mesmo problema: > library(FactoMineR) Error in get(Info[i, 1], envir = env) : não foi possível abrir o arquivo 'C:/Users/Ederson/Documents/R/win-library/3.1/leaps/R/leaps.rdb': No such file or directory Erro: package or namespace load failed for ‘FactoMineR’ > library(Rcmdr) Carregando pacotes exigidos: splines Carregando pacotes exigidos: RcmdrMisc Carregando pacotes exigidos: car Carregando pacotes exigidos: sandwich Error in get(Info[i, 1], envir = env) : não foi possível abrir o arquivo 'C:/Users/Ederson/Documents/R/win-library/3.1/abind/R/abind.rdb': No such file or directory Erro: package ‘RcmdrMisc’ could not be loaded Como faço para solucionar esse problema? Alguém pode me ajudar? Desde já agradeço. Ederson

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Erros com FactoMineR e Rcmdr
by Ederson Civardi 13 Set '14

13 Set '14

Prezados, Estou encontrando dificuldades de abrir o Rcmdr e o FactoMineR, onde os utilizo para análise multivariada. Meu sistema operacional é o Win 8.1 e R version 3.0.3 (2014-03-06) -- "Warm Puppy" Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) O erro que aparece é o seguinte: The downloaded binary packages are in C:\Users\Ederson\AppData\Local\Temp\Rtmpo7YjZQ\downloaded_packages > library(FactoMineR) Error in get(Info[i, 1], envir = env) : lazy-load database 'P' is corrupt Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In get(Info[i, 1], envir = env) : internal error -3 in R_decompress1 Erro: package or namespace load failed for ‘FactoMineR’ > library(Rcmdr) Carregando pacotes exigidos: splines Carregando pacotes exigidos: RcmdrMisc Carregando pacotes exigidos: car Error in get(Info[i, 1], envir = env) : lazy-load database 'P' is corrupt Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In get(Info[i, 1], envir = env) : internal error -3 in R_decompress1 Erro: package ‘car’ could not be loaded Alguém poderia me ajudar ou dizer o que está acontecendo. Desde já agradeço. Ederson

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Pacote Animation, uso de memória
by David Feitosa 13 Set '14

13 Set '14

Caríssimos, boa noite. Segue a resposta do Robert Iquiapaza e fui usar o "animation" para gerar uma animação. O resultado ficou interessante com o saveHTML(...), pois ele gera uma página com um player e a animação etc. Entretanto, quando levo o código gerado para outra máquina, ocorre lentidão ou, até mesmo, travamento. Analisei os recursos da máquina e vi que o código que é gerado, carrega todas as imagens para a memória de forma incremental. Ao executar na minha máquina em casa com 8GB de RAM, fica tudo OK, mas, em outra, que uso no laboratório e que possui apenas 2GB "livre" ocorre este problema... Olhei o código fonte da página para tentar uma solução de contorno, mas não obtive uma "luz". Alguém já passou por situação similar e sabe de algum parâmetro, ou ajuste posterior, que permitisse carregar as imagens novas e descartar as antigas de forma a otimizar o uso da memória? Atenciosamente, David Feitosa (\_(\ (=°;°) (("")("")

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Veracidade das Loterias
by andrebvs＠bol.com.br 13 Set '14

13 Set '14

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