Setembro 2014 - R-br

Criando variável idade
by Taynãna César Simões 26 Set '14

26 Set '14

Bom dia pessoal, Tenho uma variável codificadora de idade com quatro dígitos, em que: 1 - Hora 2 - Dia 3 - Mês 4 - Ano Assim, por exemplo: 3009 - nove meses, 4018 - dezoito anos, etc Que criar uma variável que retorne apenas a idade em anos. Obrigada, Taynãna CPqRR/FIOCRUZ

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Pré-processamento de texto pacote 'tm'
by Fernando Gama 26 Set '14

26 Set '14

Bom dia pessoal, Estou com problemas na etapa de *preenchimento do termo *da minha análise textual, o s.o que utilizo é o mac os x 10.8.5. segue o trecho do código: tdm_corpus <- Corpus(VectorSource(corpus)) tdm_corpus<-tm_map(tdm_corpus, stemDocument, language = "portuguese") *tdm_corpus<-tm_map(tdm_corpus, stemCompletion, dictionary=corpus.copy) * As outras etapas de limpeza foram aplicadas e o stem foi realizado com sucesso! Porém ao executar a linha em negrito o seguinte erro é lançado: Warning message: In mclapply(content(x), FUN, ...) : all scheduled cores encountered errors in user code Reforço que no windows o processo de preenchimento do termo fora realizado normalmente. Além do mais, de acordo com minhas pesquisas esta maneira de preenchimento do termo é muito usual e o "warning" é muito genérico, isso acabou me motivando a buscar ajuda de vcs! Grande abraço. Fernando. -- Att, Fernando Gama da Mata Pesquisador - Instituto Tecnológico Vale

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Mendeley gerenciador de referência
by Fernando Souza 25 Set '14

25 Set '14

Caros amigos Recentemente instalei o gerenciador de referências Mendeley em meu computador ubuntu 14.04 32 bits. Acontece que o plugin para fazer citações/refências no writer não funciona ele retorna a seguinte : "Problem formatting citation #0 Unable to render citations due to a bug in the installed version of QtWebKit" buscando na internet encontrei o seguinte: http://support.mendeley.com/customer/portal/questions/1492956-the-qtwebkit-… Alguém que é usuário do mendeley, passou por este problema? Como resolveu? Pode me ajudar? Eu não quero ter de instalar ubuntu 64 bits em meu computador. Problema também ocorre com o zoterro Standalone que nao sincroniza as referência que coloquei utilizando o zotero plugin Firefox. Agraço a atenção

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remover linhas
by Leonardo Monteiro 25 Set '14

25 Set '14

Pessoal, considerando as 4 situacoes abaixo: ###1 x<- c(1,2,3,4,5) y<- c(6,7,8,9,0) ###2 x<- c(1,2,NA, 4,5) y<- c(6,7,8,9,0) ###3 x<- c(1,2,3,4,5) y<- c(6,7,NA,8,9) ####4 x<- c(1,2,NA,4,5) y<- c(6,NA,7,8,9) dados<- cbind(x,y) eu estou tentando usar o seguinte comando p remover as linhas com NA´s ## dados<- ifelse(is.na(dados[,2])==F|is.na(dados[,1])==F, dados, dados[-which(is.na(dados[,1])==T|is.na(dados[,2])==T),]) dados ### entretanto nao esta funcionando, pois em ambas situacoes, ele me retorna apenas o primeiro vetor do obj dados. alguem poderia me ajudar, pq preciso apenas das linhas q nao contem NA/ou entao manter o objeto dados, qdo nao houver NA. obrigado, -- Leonardo Amaral Monteiro - Eng° Agr° MsC Fìsica do Ambiente Agrícola - Agrometeorologia (ESALQ/USP) Doutorando em "Engenharia de Sistemas Agrícolas" - Agrometeorologia (ESALQ/USP) Piracicaba, São Paulo. Telefone - (19) 3429-4123 r.236

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[R-br] Modelo de regressão dinâmico-alterar b1
by Fatima do Nascimento Silva 25 Set '14

25 Set '14

Olá caros colegas, boa noite! Bem... Estou ajustando um modelo de regressão dinâmico e, após gerar o modelo gostaria de manter os outros parâmetros fixos e ponderar o vetor b1 por 7 e com este novo vetor fazer as previsões. Alguém teria alguma dica de como mudo apenas o vetor b1 e faço as previsões? Obrigada pela atenção? Atenciosamente, Fátima Nascimento Estatística - CONRE nº 9439 Mestre em Ciência e Engª de Petróleo-PPGCEP/UFRN Doutoranda no Programa de Pós-Graduação em Ciência e Engª de Petróleo- PPGCEP/UFRN

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declaração "estranha em função"
by Vinicius Brito Rocha 25 Set '14

25 Set '14

Senhores, estou estudando hadoop/map reduce no R e achei um código na pagina do RevolutionR para o Kmeans. Estou tentando entender e ei que me surgiu uma dúvida... Existe uma declaração de função para a fase de map onde o parâmetro de input é um "." Alguém sabe o que significa? Esta função é chamada dentro de outra função. O que pensei é que o "." simboliza que a sub função herda os parâmetros da "função mãe". como está declarada a função: function(., P) ### código inteiro #### # Copyright 2011 Revolution Analytics # # Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); # you may not use this file except in compliance with the License. # You may obtain a copy of the License at # # http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 # # Unless required by applicable law or agreed to in writing, software # distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS, # WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied. # See the License for the specific language governing permissions and # limitations under the License. Sys.setenv(HADOOP_STREAMING="/usr/lib/hadoop-mapreduce/hadoop-streaming-2.0.0-cdh4.7.0.jar") library(rmr2) library(rhdfs) hdfs.init() # P tabela com valores ## @knitr kmeans-signature kmeans.mr = function(P, num.clusters, num.iter, combine, in.memory.combine) { ## @knitr kmeans-dist.fun # C : Centroides dist.fun = function(C, P) {apply(C,1, function(x) {colSums((t(P) - x)^2))}} ## @knitr kmeans.map *kmeans.map = function(., P) {* nearest = {if(is.null(C)) sample(1:num.clusters, nrow(P), replace = TRUE) else {D = dist.fun(C, P) nearest = max.col(-D)}} if(!(combine || in.memory.combine)) keyval(nearest, P) else {keyval(nearest, cbind(1, P))}} ## @knitr kmeans.reduce kmeans.reduce = { if (!(combine || in.memory.combine) ) function(., P) t(as.matrix(apply(P, 2, mean))) else function(k, P) keyval( k, t(as.matrix(apply(P, 2, sum))))} ## @knitr kmeans-main-1 C = NULL for(i in 1:num.iter ) { C = values( from.dfs( mapreduce( P, map = kmeans.map, reduce = kmeans.reduce))) if(combine || in.memory.combine) C = C[, -1]/C[, 1] ## @knitr end # points(C, col = i + 1, pch = 19) ## @knitr kmeans-main-2 if(nrow(C) < num.clusters) { C = rbind( C, matrix( rnorm( (num.clusters - nrow(C)) * nrow(C)), ncol = nrow(C)) %*% C) }} C} ## @knitr end ## sample runs ## out = list() for(be in c("local", "hadoop")) { rmr.options(backend = be) set.seed(0) ## @knitr kmeans-data P = do.call(rbind, rep(list(matrix(rnorm(10, sd = 10), ncol=2)),20)) + matrix(rnorm(200), ncol =2) ## @knitr end # x11() # plot(P) # points(P) out[[be]] = ## @knitr kmeans-run kmeans.mr(to.dfs(P),num.clusters = 12, num.iter = 5, combine = FALSE, in.memory.combine = FALSE) ## @knitr end } # would love to take this step but kmeans in randomized in a way that makes it hard to be completely reprodubile # stopifnot(rmr2:::cmp(out[['hadoop']], out[['local']])) -- *Vinicius Brito Rocha.*

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[R-br] Modelo de regressão dinâmico-alterar b1
by Fatima do Nascimento Silva 24 Set '14

24 Set '14

Olá caros colegas, boa noite! Bem... Estou ajustando um modelo de regressão dinâmico e, após gerar o modelo gostaria de manter os outros parâmetros fixos e ponderar o vetor b1 por 7 e com este novo vetor fazer as previsões. Alguém teria alguma dica de como mudo apenas o vetor b1 e faço as previsões? Obrigada pela atenção? Atenciosamente, Fátima Nascimento Estatística - CONRE nº 9439 Mestre em Ciência e Engª de Petróleo-PPGCEP/UFRN Doutoranda no Programa de Pós-Graduação em Ciência e Engª de Petróleo- PPGCEP/UFRN

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[R-br] Modelo de regressão dinâmico-alterar b1
by Fatima do Nascimento Silva 24 Set '14

24 Set '14

Olá caros colegas, boa noite! Bem... Estou ajustando um modelo de regressão dinâmico e, após gerar o modelo gostaria de manter os outros parâmetros fixos e ponderar o vetor b1 por 7 e com este novo vetor fazer as previsões. Alguém teria alguma dica de como mudo apenas o vetor b1 e faço as previsões? Obrigada pela atenção? Atenciosamente, Fátima Nascimento Estatística - CONRE nº 9439 Mestre em Ciência e Engª de Petróleo-PPGCEP/UFRN Doutoranda no Programa de Pós-Graduação em Ciência e Engª de Petróleo- PPGCEP/UFRN

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Alocação de memória
by Ari Clecius 24 Set '14

24 Set '14

Prezados colegas da lista, estava tentando rodar este exemplo quando tive problema de alocação de memória, alguém poderia me ajudar a resolver? Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042 #CMR processador: Intel(R) Core(TM) i3 CPU M380 @2.53GHz Memória instalada(RAM): 4,00 GB (utilizável:2,93) Sistema oeracional de 32 Bits R version 3.1.1 (2014-07-10) -- "Sock it to Me" Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) N <- 100000000 x <- runif(N) y <- runif(N) ok <- sum(x^2 + y^2 < 1) mc.pi <- 4 * ok / N sprintf("pi = %.6lf\n", mc.pi) #1ª tentativa >N <- 100000000 >x <- runif(N) > y <- runif(N) Error: cannot allocate vector of size 762.9 Mb In addition: Warning messages: 1: In runif(N) : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 2: In runif(N) : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 3: In runif(N) : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 4: In runif(N) : Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) > ok <- sum(x^2 + y^2 < 1) Error: cannot allocate vector of size 762.9 Mb In addition: Warning messages: 1: Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 2: Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 3: Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 4: Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) > mc.pi <- 4 * ok / N Error: object 'ok' not found > sprintf("pi = %.6lf\n", mc.pi) Error in sprintf("pi = %.6lf\n", mc.pi) : object 'mc.pi' not found memory.size(2900) 2ª tentativa > N <- 100000000 > x <- runif(N) Error: cannot allocate vector of size 762.9 Mb > y <- runif(N) Error: cannot allocate vector of size 762.9 Mb > ok <- sum(x^2 + y^2 < 1) Error: cannot allocate vector of size 762.9 Mb > mc.pi <- 4 * ok / N Error: object 'ok' not found > sprintf("pi = %.6lf\n", mc.pi) Error in sprintf("pi = %.6lf\n", mc.pi) : object 'mc.pi' not found

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alternativa à função xcorr do Matlab no R
by Paulo Nogueira Starzynski 23 Set '14

23 Set '14

Olá colegas de lista. Tenho em mãos um programa escrito para Matlab e estou tentando fazer uma versão para R. O projeto faz parte de uma migração de longo prazo que talvez façamos no longo prazo. Como muitos conhecem "de vista" os registros de eletrocardiograma vou contextualizar meu problema, que consiste em detectar o instante em que ocorrem os batimentos do coração. Tenho em mãos um script em Matlab que detecta os "picos do ECG" (que na verdade se chama complexo QRS). Ele faz isso baseado na correlação cruzada entre o vetor contendo o eletrocardiograma completo e um vetor menor contendo apenas um complexo QRS. A função xcorr do Matlab faz "correr" o vetor menor através do maior, apontando os picos de correlação no instante da coincidência (ocorrência do complexo QRS). Estou tentando fazer o mesmo no R com através da *stats:: ccf*, mas sem sucesso, porque ela exige séries de tamanhos iguais. Alguém já resolveu esse problema? Procurei bastante e não achei alternativa. Aceito sugestões e se for preciso posso enviar um CRM. Obrigado! *==================================* *Paulo Nogueira Starzynski, B.Sc.*Estudante de Mestrado em Fisiologia Geral Laboratório de Fisiologia Teórica (LFT) Instituto de Biociências Universidade de São Paulo

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