Abril 2011 - R-br - DINF UFPR

Instalação do pacote 'smida'
by Rafael Garcia Cunha 07 Abr '11

07 Abr '11

Bom dia a todos. A algum tempo venho tentando instalar o pacote 'smida' [um pacote com as técnicas e os dados descritos no livro Statistics for Microarrays]. Porém, quando vou instalá-lo, a seguinte mensagem de erro aparece: ERROR: dependencies ‘mva’, ‘modreg’ are not available for package ‘smida’ Esses dois pacotes não existem mais, a partir do R1.9 do pacote 'stats' substitui ambos [informação contida no site do livro]. Alguém teria alguma ideia de como conseguir instalar esse pacote? Pois achei que o R iria reconhecer essas duas dependências faltantes como o pacote 'stats'. Desde já agradeço. Atenciosamente, Rafael Cunha -- YNWA

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ajuste simultaneo
by Samuel Carvalho 07 Abr '11

07 Abr '11

Pessoal Alguem saberia me dizer como se faz um ajuste simultaneo no R? Algo tipo ### mod1 <- Y ~ X1 + X2 + X3 mod2 <- W ~ Z1 + Z2 + Y ### Valeu Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Limite de dados
by Rafael Felice Fan Chen 07 Abr '11

07 Abr '11

Boa Tarde Existe alguma limitação de quantidade de dados para fazer a correlaçao de spearman?? tenho um banco de dados com mais de 80 mil dados Rafael Felice Fan Chen TEL - 041 9231-9056 MSN rafaelchen(a)hotmail.com SKYPE- rafaelffchen

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borda de um shape no R
by Paulo Justiniano 06 Abr '11

06 Abr '11

Leonardo 1. qual sistema oprecional vc estÃ¡ usando? se for Linux instale primeiro as dependencias: $ sudo apt-get install libgeos-dev e depois a biblioteca rgeos no R > install.packages("rgeos", dep=T) veja se hÃ¡ mensagens sobre outras dependencias (estou repondendo na lista r-br uma vez que isto pode ser util a outros) Por favor cadastre-se na lista e compartilhe duvidas e solucoes! instrucoes em www.leg.ufpr.br/rbr --------------------------------------------- Caro Paulo, Já li os shapes como SP e vi que a função gIntersects e outras do geos realmente fazem o que é necessário. Muito obrigado. Mas eu preciso ajuda com uma coisa muito prosaica mesmo: não consegui instalar a library Geos. Como não está nos repositórios, eu baixei o tar.bz2, mas só me enrolei e não consegui instalar. Vc poderia me dar uma dica. Novamente, grato. Abracos, Leonardo. -----Mensagem original----- De: Paulo Justiniano Ribeiro Jr [mailto:paulojus@c3sl.ufpr.br] Enviada em: quarta-feira, 6 de abril de 2011 15:42 Para: Leonardo Monteiro Monasterio Cc: Pedro Henrique Melo Albuquerque; Pedro Ribeiro de Andrade Neto Assunto: Re: borda de um shape no R Caro Leonardo Nao tenho codigo especifico para isto mas o que eu tentaria seria o seguinte: 1. ler um objeto com os poligonos (de preferencia no formato sp) 2. ler ou montar um outro objeto com o poligono do contorno de toda a area (uniao dos poligonos anteriores) 3. Efetuar uma operacao que varificando 1 a 1 dos poligonos em (1) se tocam ou sao internos os poligono de (2) rgeos (nao tenho certeza) e/ou aRT, possivelmente dentre outros devem fazer isto Paulo Justiniano Ribeiro Jr LEG (Laboratorio de Estatistica e Geoinformacao) Universidade Federal do Parana Caixa Postal 19.081 CEP 81.531-990 Curitiba, PR - Brasil Tel: (+55) 41 3361 3573 VOIP: (+55) (41) (3361 3600) 1053 1066 Fax: (+55) 41 3361 3141 e-mail: paulojus AT ufpr br http://www.leg.ufpr.br/~paulojus On Wed, 6 Apr 2011, Leonardo Monteiro Monasterio wrote: > Caro Paulo, > > Eu tomei a liberdade de entrar em contato com vc por indicação do Pedro H Alburquerque (do IPEAGeo). Eu e outros pesquisadores do IPEA estamos trabalhando em um indicador de monocentralidade e usamos o R como ferramenta. A questão é que esbarramos em um problema e, como vc é referência na área, talvez possa no ajudar. > > A questão é a seguinte: no cálculo do nosso indicador é necessário identificar os polígonos localizados na borda de um shapefile. Por enquanto estamos fazendo isso no Arcview e imporanto os dados , mas o ideal seria que isso fosse feito diretamente no R. (A propósito, eu postei a pergunta no R-sig-geo, mas não tive resposta.). > > Muito obrigado pela atenção. > Atenciosamente, > > Leonardo. > > > Leonardo Monasterio > Técnico de Planejamento e Pesquisa > IPEA/DIRUR > leonardo.monasterio(a)ipea.gov.br > SBS Q. 01 Ed. BNDES sala 721 > BRASILIA, DF > 70076-900 > +55 61 3315-5506 > >

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Re: [R-br] Limite de dados
by Ivan Bezerra Allaman 06 Abr '11

06 Abr '11

Faça o teste! cor(rnorm(1000000),rnorm(1000000)) aqui não tive problemas!! Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Dica para instalar pacotes.
by Bernardo Rangel Tura 06 Abr '11

06 Abr '11

Caros companheiros de lista, De tempos em tempos eu tento me aventurar no mundo da compilação de programas. Nestas experiências resolvi reinstalar o R do zero no meu Ubuntu 10.10 (já me preparando para a nova versão do R e do Ubuntu). Quando fui instalar os pacotes resolvi reler o help e notei um opção no comando install.packages() que é muito interessante: Ncpus Essencialmente você informa o número de núcleos do seu comutador para o R e ele compila o pacote de forma multiporcessada. Aqui na minha maquina Ncpus=6 (AMD Phenom X6) fez maravilhas... Aconselho a quem puder experimentar nos seus computadores -- []s Tura

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GLM - logit
by Vinicius Brito Rocha 05 Abr '11

05 Abr '11

Senhores, estou ajustando uma regressão logistica via glm na hora de validar meu modelo com amostra teste,no comando predict, de acordo com o Help o default para a previsão é o log do odd ratio e o type="response" retornaria as probabilidades, porem me parece que o default está retornando as probabilidades e o response o ajuste linear. segue o trecho do help the type of prediction required. The default is on the scale of the linear predictors; the alternative "response" is on the scale of the response variable. Thus for a default binomial model the default predictions are of log-odds (probabilities on logit scale) and type = "response" gives the predicted probabilities. The "terms" option returns a matrix giving the fitted values of each term in the model formula on the linear predictor scale. Alguem sabe alguma coisa sobre isso? Att. -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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Ajuda com Monte Carlo
by Maria Papa 05 Abr '11

05 Abr '11

Olá Pessoal, boa tarde! Gostaria de saber se alguém tem algum material sobre o método de Monte Carlo no R. Pode ser algum exemplo, qq coisa. Desde já agradeço a todos. Célia

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Re: [R-br] ajuda instalação fBasics
by carla eloize carducci 05 Abr '11

05 Abr '11

OI Benilton bom .. o resultado foi o número 4.. o que isso quer dizer? Atenciosamente, Carla Eloize Carducci Engº Agronoma (UFGD) Msc. Ciência do Solo (UFLA) Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA) > From: beniltoncarvalho(a)gmail.com > Date: Tue, 5 Apr 2011 19:22:27 +0100 > Subject: Re: [R-br] ajuda instalação fBasics > CC: elocarducci(a)hotmail.com > > me de uns minutinhos, q ja' retorno pra vc... pode ser algum problema > com o processo de construcao do pacote... > > abra o R e execute o seguinte (e me diga qual eh o resultado): > > .Machine[['sizeof.pointer']] > > ## note o ponto antes de Machine > > b > > 2011/4/5 carla eloize carducci <elocarducci(a)hotmail.com>: > > > > oi Benilton.. > > > > > > agora vc me deixou preocupada.. pq estou com a versão mais recente... R > > 2.12.2 > > o que eu posso tentar. fazer. > > outros pacotes consigo instalar e carregar mais o fBasics... tá quase > > impossível,,,, > > > > help me > > > > Atenciosamente, > > > > Carla Eloize Carducci > > Engº Agronoma (UFGD) > > Msc. Ciência do Solo (UFLA) > > Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA) > > > > > > > > > >> From: beniltoncarvalho(a)gmail.com > >> Date: Tue, 5 Apr 2011 19:11:36 +0100 > >> Subject: Re: [R-br] ajuda instalação fBasics > >> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> CC: elocarducci(a)hotmail.com > >> > >> Carla, > >> > >> que versao do R vc esta' usando? > >> > >> A versao atual e' 2.12.2 (que sera' atualizada no prox dia 13 de > >> abril, mas a pre-release sera' amanha - a prox versao sera' 2.13.0). > >> > >> Muito provavel que vc esteja rodando uma versao desatualizada. Neste > >> caso atualize o R e tente novamente. > >> > >> b > >> > >> 2011/4/5 carla eloize carducci <elocarducci(a)hotmail.com>: > >> > oi Nory > >> > > >> > eu tenho esse material... nele: > >> > está da forma como eu digitei > >> > install.packages('fBasics').. por exemplo... e > >> > a mensagem de retorno é que não está disponível.. > >> > meu sistema operacional é windows.. xp. > >> > > >> > > >> > Atenciosamente, > >> > > >> > Carla Eloize Carducci > >> > Engº Agronoma (UFGD) > >> > Msc. Ciência do Solo (UFLA) > >> > Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA) > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > ________________________________ > >> > Date: Tue, 5 Apr 2011 13:55:49 -0400 > >> > Subject: Re: [R-br] ajuda instalação fBasics > >> > From: norydaniel(a)gmail.com > >> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > CC: elocarducci(a)hotmail.com > >> > > >> > Carla, > >> > > >> > Veja o material disponível do Prof. Paulo no link: > >> > > >> > http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/ > >> > > >> > Nory Daniel > >> > > >> > > >> > > >> > Em 5 de abril de 2011 13:48, carla eloize carducci > >> > <elocarducci(a)hotmail.com> > >> > escreveu: > >> > > >> > OLÁ.. > >> > > >> > Sou iniciante primária ainda no uso do R e preciso de ajuda... por > >> > favor... > >> > como faço para instalar pacotes quando ao executar o comando por ex: > >> > library(fBasics) > >> > recebo a mensagem:Erro em library(fBasics) : não há nenhum pacote > >> > chamado > >> > 'fBasics' > >> > > >> > ou ainda o comando: install.packages ("fBasics",dep=TRUE) > >> > > >> > mensagem: Mensagens de aviso perdidas: In getDependencies(pkgs, > >> > dependencies, available, lib) : > >> > package ‘fBasics’ is not available > >> > > >> > como eu faço.. > >> > > >> > preciso de uma opinião: para iniciantes como eu.. qual interface do R é, > >> > mais, digamos simples de utilizar: TimR ou Rkward ou o básico mesmo... > >> > onde > >> > baixo no site do programa? > >> > muito obrigada > >> > > >> > Atenciosamente, > >> > > >> > Carla Eloize Carducci > >> > Engº Agronoma (UFGD) > >> > Msc. Ciência do Solo (UFLA) > >> > Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA) > >> > > >> > > >> > > >> > _______________________________________________ > >> > R-br mailing list > >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > -- > >> > Nory Daniel de Carvalho Erazo > >> > > >> > Técnico em Sistemática Vegetal/Herbário > >> > Coordenação de Pesquisas em Botânica-CPBO > >> > Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia-INPA > >> > Av. André Araújo, 2936, Aleixo, CEP 69060-001, Manaus-AM > >> > Fone: (92) 3643-3125 > >> > Celular: (92) 8196-4472 > >> > E-mail: > >> > nory(a)inpa.gov.br > >> > norydaniel(a)yahoo.com.br > >> > norydaniel(a)hotmail.com > >> > norydaniel(a)gmail.com > >> > > >> > _______________________________________________ > >> > R-br mailing list > >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > > >> > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > >

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derivativas e integrais
by Samuel Carvalho 05 Abr '11

05 Abr '11

Boa tarde caros membros Alguém poderia auxiliar no seguinte código... Tenho um modelo linear conforme expresso no objeto"y". Neste código gostaria de obter uma integral "genérica" semelhante à derivada génerica obtida em D(y, "x1"). A idéia é integrar (dydx) em função de x1. x1 é o intervalo de no instante 1 e 2 Segue o código ### y <- expression( a + b/x1 + c*log(x2) + d*((1/x1)*log(x2)) ) D(y, "x1") dydx1 <- function(x, a=a, b=b, c=c, d=d) { -(d * (1/x1^2 * log(x2)) + b/x1^2) } integrate(dydx, lower = x1 <- 1, upper = x1 <- 2) # Aqui que está o interesse em generalizar a integral independente dos valores dos parametros (a, b, c, d). O que se deseja é uma expressão. ### Obrigado Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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