Abril 2011 - R-br - DINF UFPR

trabalhando na area de trabalho do R - part2
by Samuel Carvalho 11 Abr '11

11 Abr '11

Caros Venho novamente recorrer sobre um questionamento de como se trabalhar com data.frames diferentes na area de trabalho do R e poder manipula-los como o exemplo a seguir ### Código R dados <- data.frame(parcela=rep(1:5, each=3), rep=rep(1:3, 5)) dados$resposta <- rnorm(nrow(dados)) dados tmp <- dados[dados$rep == 3,] tmp dados$resposta[which(dados$parcela %in% tmp$parcela)] <- tmp$resposta dados ### A idéia é repetir o valor da resposta de rep=3 para todos os outros valores de rep daquela parcela ### Ex: Se na parcela 1 o valor da resposta na rep=3 seja -0.8543 então os valores na rep 1 e 2 ficariam ### também como -0.8543. Porém neste código acima ele repete a ultima medição sequencialmente nao levando ### em consideração se a parcela muda ou nao. ### Para os adeptos de planilha seria algo semelhante ao "procv" []'s Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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RStudio Beta 2
by Benilton Carvalho 11 Abr '11

11 Abr '11

Aos entusiastas: http://blog.rstudio.org/2011/04/11/rstudio-beta2/ b

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Converter Shapefile em arquivo do pacote maps
by Antônio Silva 11 Abr '11

11 Abr '11

Bom dia! Estou buscando uma forma de plotar em 3D o mapa do Amazonas que está no formato shape.file juntamente com outra informação tipo densidade demografica por municipio, onde seja possivel girar o mapa a tal ponto de ser possivel visualizar o grafico de barras verticais em 3D, com a densidade, em cima do mapa. Encontrei um exemplo onde o autor utiliza o mapa dos EUA, que é oriundo do pacote maps, a diferença é que o mapa dos EUA já estava no pacote maps. Como faço para converter o arquivo shape.file no formato que o pacote maps leia? Att, Antonio Alcirley

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Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela
by Marcelo Claro de Souza 11 Abr '11

11 Abr '11

Olá, infelizmente não deu certo. Continua aparecendo o nome da linha na figura ao invés de aparecer os símbolos. Eu tentei os comandos sugeridos tanto p biplot quanto p plot e mesmo assim não deu certo. Tem alguma outra forma que eu possa tentar? Em anexo segue o conjunto de dados que estou utilizando para vcs fazerem alguns testes. Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP.16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376 --- Em sex, 8/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 8 de Abril de 2011, 0:42 Marcelo, Seria isso biplot(dados.pca, xlab="pc1", ylab="pc2", pch=rep(c(19,1,2), each=6)) Espero que dê certo. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== Em 7 de abril de 2011 23:12, Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> escreveu: Tipo, um numero corresponde um simbulo. Por exemplo 19 é bolinha preta fechada 1 é bolinha com contorno preto e interior branco. digita ?pch ou ?points que vai ter uma parte que fala qual numero faz cada simbulo. então segundo seu exemplo vc deveria fazer algo como: biplot(dados.pca,xlab="pc1",ylab="pc2", pch(rep(19,6),rep(1,6),rep(2,6)) ai no caso repete o valor 19 que é bolinha preta 6 vez que é sua primeira especies e assim vai. a segunda especie vai ser bolinha aberta, que é o numero 1. O vertor tem que ter o mesmo tamanho do numero de pontos que vai ter no grafico, numero de linhas no caso. Acho que é mais ou menos isso :) Em 7 de abril de 2011 22:01, Marcelo Claro de Souza <marcelo_claro(a)yahoo.com.br> escreveu: Walmes, Eu sou bem novato em R e não entendi direito. No caso eu devo usar da seguinte forma por exemplo: biplot(dados.pca,xlab="pc1",ylab="pc2", pch(1:7,8:14,15:21)) é mais ou menos isso que tenho de fazer? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP. 16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376 --- Em qui, 7/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Data: Quinta-feira, 7 de Abril de 2011, 14:51 Marcelo, O controle dos símbolos é com o argumento pch= {p}oint {ch}aracter dentro das funções gráficas. Em gráficos de dispersão, basta passar um vetor com os índices que identificam os símbolos. Para conhecer os símbolos faça plot(1:30, pch=1:30) Espero que no biplot() seja assim também. Caso não dê certo, forneça um exemplo reproduzível e destaque o erro para que possamos ajudar. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== Em 7 de abril de 2011 13:44, Marcelo Claro de Souza <marcelo_claro(a)yahoo.com.br> escreveu: Possuo um conjunto de dados composto por 21 linhas e 3 colunas. Ao importar os dados eu utilizo o comando row.names e atribuo nome as linhas para facilitar a visualização das espécies na pca (no caso utilizo o pacote vegan e uso o comando rda(dados,scale=TRUE) nesse conjunto de dados da linha 1 a 7 são plantas da mesma espécie, de 8 a 14 outra e de 16 a 21 a outra. Como eu faço p atribuir um símbolo único para cada espécie (ex: quadrado, circulo e triângulo) ao plotar um biplot? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP. 16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376 _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br

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Escrever valores sub e sobrescritos em legendas
by Marcelo Claro de Souza 11 Abr '11

11 Abr '11

Como eu faço p indicar em uma legenda que determinado número deve se sub ou sobrescrito para ficar na seguinte forma xlab="N (mg.Kg-1)" ao invés de xlab="N (mg.Kg-1)" e CO2 ao invés de CO2? Muito obrigado Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP.16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376

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pacote DTK, teste Tukey-Kramer...
by Edson Ferraz Evaristo de Paula 11 Abr '11

11 Abr '11

Bom dia pessoal! Alguem pode me ajudar com o pacote DTK? Tenho um experimento com tratamentos que possuem nº diferentes de repetições (T1=8, T2=8 e T3=4), queria fazer o teste de Tukey-Kramer mas não to me acertando com o comando DTK.test(x, f, a) e o gl.unequal(n, k)... Gostaria de saber como entro com os dados nesse caso. Obrigado!! -- Edson F. Evaristo de Paula (41) 9669-3646 (42) 8813-7268

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RES.: Função sigmóide! Função nls.lm
by Thiago De paula protásio 10 Abr '11

10 Abr '11

Allaman e demais membros da lista; Obrigado pela dica da função nls.lm(). Vc pode nos dar mais detalhes de como podemos proceder para ajustar um modelo não linear a partir dessa função? Se vc puder dar uma olhada nos dados.......eu já mandei para a lista os dados e o Walmes ele fez a gentileza de anexá-la. Muito obrigado!!!! Bom final de semana a todos!

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Aplicademic - Nova postagem
by Vinicius Brito Rocha 10 Abr '11

10 Abr '11

Em fim uma nova postagem em www.aplicademic.blogspot.com Att. -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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RES.: Função runs.test! Falta de Ajuste!!!!
by Thiago De paula protásio 10 Abr '11

10 Abr '11

Walmes e demais membros da r-br; Muito obrigado pela ajuda!! Suas dicas e ensinamentos estão sendo muito válidos..... Vou estudar com calma o porquê dessa falta de ajuste e tentar ajustar outros modelos para comparar.... Calculei aqui o R² do modelo que vc sugeriu e foi bem superior a o modelo inicial....Acho que estamos no caminho certo. Já encontrei a sua dissertação e estou lendo a parte do teste da falta de ajuste. Vc tem outros trabalhos para me indicar? Gostaria de entender melhor esse teste e o modelo de médias..... Novamente, só tenho que agradecer a ajuda. Att., Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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RES.: Função runs.test! Falta de Ajuste!!!!
by Thiago De paula protásio 10 Abr '11

10 Abr '11

Walmes e demais membros da lista; Analisei aqueles dados conforme vc sugeriu.... Os dados são os mesmos que eu enviei a lista recentemente..... No meu caso eu tenho repetições......e os resultados que obtive com o teste de falta de ajuste sugere que o modelo não linear não está adequado. Por favor, veja o que vc acha! Caso vc e os demais membros da lista queiram reproduzir....basta utilizar os dados que enviei... As variáveis são as mesmas!! m0 <- lm(UEQ~factor(UR)) > summary(m0) Call: lm(formula = UEQ ~ factor(UR)) Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.1275 -0.2663 0.0900 0.3284 0.6525 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) 5.3113 0.1631 32.556 < 2e-16 *** factor(UR)40 -0.3262 0.2307 -1.414 0.164 factor(UR)50 1.8825 0.2307 8.159 1.09e-10 *** factor(UR)60 2.9800 0.2307 12.916 < 2e-16 *** factor(UR)70 3.4750 0.2307 15.062 < 2e-16 *** factor(UR)80 7.8688 0.2307 34.106 < 2e-16 *** factor(UR)90 16.9163 0.2307 73.321 < 2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Residual standard error: 0.4614 on 49 degrees of freedom Multiple R-squared: 0.9941, Adjusted R-squared: 0.9934 F-statistic: 1372 on 6 and 49 DF, p-value: < 2.2e-16 > anova(n0,m0) # teste da falta de ajuste Analysis of Variance Table Model 1: UEQ ~ A * (1 - exp(B * UR)) Model 2: UEQ ~ factor(UR) Res.Df Res.Sum Sq Df Sum Sq F value Pr(>F) 1 54 202.799 2 49 10.433 5 192.37 180.69 < 2.2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Muito Obrigado! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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