Abril 2011 - R-br - DINF UFPR

Regressão lógistica com uma variável explicativa ordinal
by Marcelo Cardoso mello 05 Abr '11

05 Abr '11

Bom dia pessoal. Tenho entre outras variáveis uma que é ordinal (4 categorias = 4 raças). Se eu rodar via glm obterei um único beta para ela. Se eu rodar via lrm obterei 3 betas. Qual análise seria mais correta? Via glm fica como uma variável quantitativa? Certo? Como obter a odds e seus intervalos do modelo via lrm? Se o intercepto for não significativo tem algum problema? O que esse fato influencia na qualidade do modelo? Obrigado. Marcelo

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fit por distribuição de Landau
by Joaquim Marques 05 Abr '11

05 Abr '11

Tenho 2 ficheiros com amostras de radiação que preciso analisar e aproximar por distribuição de Landau. Como calculo os parâmetros da distribuição de Landau? Joaquim

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Problema nas dimensões. Cálculo Matricial
by Luciano Ramos Gonçalves 05 Abr '11

05 Abr '11

Mais uma dúvida simples: O problema é no final do código ( em vermelho) : datas <- read.table("ddd.txt", header=F) datas <- as.Date(datas[,1], format="%m/%d/%y") i <- read.table("iii.txt", header=F) i <- i[,1] cupons <- read.table("cc1.txt", header=F) cupons <- as.Date(cupons[,1], format="%m/%d/%Y") fluxo <- read.table("ff1.txt", header=F) fluxo <- fluxo[,1] falta <- outer (cupons, datas, "-") *.69 falta <- matrix(falta,nrow(falta),ncol(falta)) falta <- ifelse(falta < 0, NA, falta) VP <- cbind((fluxo)/((1+i)^(falta))) plot(colSums(VP, na.rm=T), type="l") i tem 297 elementos, datas tem 297 elementos cupons tem 14 elementos, e fluxo tem 14 elementos; Logo, falta e VP tem 297 colunas e 14 linhas quanto ploto VP, aparecem 14 vales no gráfico. Acho que algo de errado em (1+i)^(falta). O que quero fazer é,(1+i[1])^(falta[,1]), (1+i[2])^(falta[,2]), ... , (1+i[n])^(falta[,n]), ou seja, elevar (1+ i), para cada i["n"] em todos os elementos da coluna "n" em "falta". Assim, acabaria também com uma matriz 14 por 297. E quero dividir os 14 elementos de "fluxo" pelos 14 elementos de cada coluna na matriz gerada. Deu pra entender? Obrigado, Luciano.

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poder a posteriori e regressão multinomial: como responder a um parecerista?
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 04 Abr '11

04 Abr '11

Amigos de R, Eu escrevi um relatorio de uma investigação em que um dos objetivos era tentar explorar potenciais preditores de um subgrupo de uma serie de casos. Inclui na investigação uma serie de pessoas sob suspeita de uma doença. Após a investigação inicial, apenas 81 sujeitos apresentaram investigação inicial inconclusiva (este era o subgrupo de interesse). Eu achei que era um numero muito reduzido, e mesmo assim eu tentei rodar uma multinomial com trés desfechos categóricos (doente/nao doente/abandono). CLaro que nao foi possivel rodar a regressão com múltiplos preditores e dos modelos univariados que nao deram erro na função, nenhum foi significativo. Tentei colocar isso nos resultados e na discussão, porque era um objetivo inicial, mas obviamente não havia muito o que discutir sobre esse aspecto. No entanto, um dos parecerista impôs a questão de saber qual seria o beta (poder) para essa análise. No início eu não havia pensado calcular o poder para essa análise, porque era um objetivo secundário, porque os dados eram retrospectivos a partir dos registros médicos, e porque não ha dados similares na literatura que poderiam basear uma estimativa de tamanho amostral de forma razoável. Eu sou da política de sempre tentar agradar os pareceristas, salvo se for uma coisa descabida e absurda, como por exemplo que modificaria os objetivos iniciais. Perguntas: (1) è razoável estimar o poder depois que as análises ja foram conduzidas? Ja li algumas coisas sobre estimativa de poder 'post-hoc' e essas nao foram muito animadoras. (2) procurei mas nao encontrei uma função n R que estimasse poder (ou tamnho amostral ) de regressões multinomiais. Alguém conhece alguma? Se alguem achar que não é razoável estimar o poder nessa situação, poeria indicar argumentos razoáveis que pudesse utilizar com o parecerista? Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Res: [R_STAT] split plot _ bayesiana
by Walmes Zeviani 02 Abr '11

02 Abr '11

Daniele, Qualitativa e seguir distribuição de Poisson? Não seria quantitativa? Para parcela subdividida com resposta Poisson, você pode usar a função MASS::glmm.PQL(), é só declarar como aleatório e erro à nível de parcela. Mude para a lista Brasileira oficial de R, a [R-br], Instruções em http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr À disposição. Walmes ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== ------------------------------ *De:* Daniele Portela de oliveira <dane_portela(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Sexta-feira, 1 de Abril de 2011 17:47:43 *Assunto:* [R_STAT] split plot _ bayesiana Caros colegas É a primeira vez que recorro ao grupo, apesar de já ter um tempo que trabalho com o R estou precisando de um help!! Estou com uns dados que precico resolver por inferencia bayesiana. O delineamento do experimento é em parcela subdivida mas a minha resposta é qualitativa, segue uma distribuição de poisson. Bom gente, qualquer ajuda será bem vinda pois não sei como resolver essa analise com o R. Abraços Daniele Portela de Oliveira Mestranda Produção Animal - UEM Cel: 44 9949 3525 67 9617 0965 __._,_.___ <dane_portela(a)yahoo.com.br?subject=Res%3A%20split%20plot%20_%20bayesiana>| através de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20split%20plot%20_%20bayesiana>| Responder através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJyZWltaXJsBF9TAzk3N…>| Adicionar um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJma2FoZ2Y5BF9TAzk3N…> Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15980;_ylc=X3oDMTM3ajBwN20y…>( 1) Atividade nos últimos dias: - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJncGo3YzRnBF9TAz…> 7 Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmZm9lNWYyBF9TAzk3NDkwND…> [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlNTJidGtiBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAz…> Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar%20Formato%20de%20Envio:%20Tradicional>, Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio%20de%20email:%20Resenha>• Sair do grupo <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Sair%20do%20grupo> • Termos de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> . __,_._,___

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Operação com datas - Construção de Matrix
by Luciano Ramos Gonçalves 02 Abr '11

02 Abr '11

Amigos da R-BR, meu nome é Luciano, pela primeira vez me dirijo à lista e sou relativamente novo ao R. Acredito que meu problema seja simples, embora eu não consiga resolvê-lo. Possuo duas séries de dados da classe "Date". O primeiro objeto contém as datas em que um evento irá ocorrer e o segundo objeto as datas do ponto de referência. Meu objetivo é construir uma matriz em que cada coluna seja o número de dias entre a data de referência e as datas dos eventos, e.g., quero diminuir o primeiro elemento do segundo objeto de todos os elementos do primeiro objeto, e pôr a série resultante na primeira coluna. Depois diminuir o segundo elemento do segundo objeto de todos do primeiro e por na segunda coluna e assim por diante. Esse é o código que eu tentei usar, mas todas as colunas da matriz contém as diferenças em dias entre as datas dos eventos e o primeiro elemento do segundo objeto. A operação não se estende às outras datas de referência. for (j in NROW(Obj1)) { for (k in NROW(Obj2)) { Recip <- matrix (NA,j,k) n <- 1:k Recip[,n] <- as.numeric (Obj1[1:j] - Obj2[n]) } } Desculpem pelo texto longo, Grato, Luciano.

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iniciando r...
by claudia christina sobrinho do nascimento 01 Abr '11

01 Abr '11

Colegas, estou iniciando o aprendizado com a plataforma R. Alguém tem dicas, ou sumário dos principais comandos e funções para iniciantes? Obrigada! Cláudia christina, ouvinte mestrado Epidemiologia/saude coletiva/IMS/UERJ Em 1 de abril de 2011 11:29, Emmanuel Arnhold <emmanuelarnhold(a)yahoo.com.br>escreveu: > # Colegas ... no exemplo abaixo tento realizar uma análise do > desdobramento (via glht:multcomp) do fator Proteína dentro do nível L1 e L2 > do fator Linhagens. > > > > #Quem tiver um tempo e interesse gostaria que desse uma olhada e me desse > uma opinião ou uma forma mais fácil de fazer o desdobramento > > > > Proteína > > Linhagens > > Peso > > p1 > > L1 > > 1.6 > > p1 > > L1 > > 1.7 > > p1 > > L2 > > 2.3 > > p1 > > L2 > > 2.2 > > p2 > > L1 > > 1.9 > > p2 > > L1 > > 2 > > p2 > > L2 > > 2.2 > > p2 > > L2 > > 2.3 > > p3 > > L1 > > 2.3 > > p3 > > L1 > > 2.4 > > p3 > > L2 > > 2.3 > > p3 > > L2 > > 2.3 > > y=read.table("clipboard", h=T) > > > > attach(y) > > > > m=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens ) > > anova(m) > > > > * # análise via agricolae* > > * * > > *require(agricolae)* > > df<-df.residual(m) > > MSError<-deviance(m)/ df.residual(m) > > > > * * > > *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1* > > ** > > with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError, > group=F)) > > *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2* > > with(subset(y, Linhagens == "L2"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError, > group=F)) > > > > > > > > > > > > > > > > > > *# análise via multcomp* > > * * > > *require(multcomp)* > > * * > > a=subset(y, Linhagens == "L1") > > b=subset(y, Linhagens == "L2") > > > > #*#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1, OK!!!!* > > > > y1=with(a, glht (m, linfct = mcp(Proteína = "Tukey" ))) > > summary(y1) > > > > *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, RODA DENTRO DA LINHAGEM > 1?????* > > y2=with(b, glht (m, linfct = mcp(Proteína ="Tukey"))) > > summary(y2) > > > > > > > > *#Criei um sistema que segue abaixo. Consiste em trocar os códigos dos > níveis do fator Linhagens* > > * * > > *Linhagens=c('L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', > 'L1', 'L1')* > > Linhagens=as.factor(*Linhagens)* > > y=data.frame(Proteína, Linhagens, Peso) > > > > a=subset(y, Linhagens == "L1") > > m2=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens) > > > > > > *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, OK!!! Agora temos o > resultado correto!!!* > > y1=with(a, glht (m2, linfct = mcp(Proteína = "Tukey" ))) > > summary(y1) > > * * > > * * > > *Perguntas.* > > * * > > *Alguém tem uma solução mais fácil? Prática?* > > * * > > *Como** trocar o código dos níveis dos fatores de maneira mais fácil?* > > * * > > * * > > * * > > *Obrigado desde já por qualquer colaboração.* > > * * > > *Emmanuel Arnhold* > > * * > > * * > > * * > > * * > > * * > > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >

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Re: [R-br] [R_STAT] utilização da função expression
by Henrique Dallazuanna 01 Abr '11

01 Abr '11

Tente: substitute(expression(W[t]==a%*%L[m]^b), list(a = a, b = b)) E se inscreva na lista que substituiu esta: http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr 2011/4/1 Antonio Silva <aolinto.lst(a)gmail.com> > > > Olá, > > Estou com dúvida na utilização da função expression. > > Quero fazer uma rotina que coloque uma equação no gráfico como legenda, mas > os valores das contantes devem mudar de gráfico para gráfico > > Suponhamos: > > a<- 0.005 > b <- 3 > plot(...) > legend(locator(1), legend=c(expression(W[t]==a%*%L[m]^b)),bty="n",cex=1.4) > > Assim obtemos W=a×Lmb (com m subscrito e b sobrescrito). > > No entanto eu queria que as letras a e b fossem substituídas pelo valor das > constantes (0.005 e 3). > > Já quebrei bastante a cabeça e não consegui. > > Agradeço muito se alguém puder dar uma dica. > > Abraços, > > Antônio > > -- > Antônio Olinto Ávila da Silva > Biólogo / Oceanógrafo > Instituto de Pesca (Fisheries Institute) > São Paulo, Brasil > > > > __._,_.___ > > > Suas configurações de e-mail: E-mail individual |Tradicional > Alterar configurações via web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/join;_ylc=X3oDMTJnYWFiN2xtBF9TAzk3N…>(Requer Yahoo! ID) > Alterar configurações via e-mail: Alterar recebimento para lista diária de > mensagens<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Email+Delivery:+Digest>| Alterar > para completo<R_STAT-fullfeatured@yahoogrupos.com.br?subject=+Alterar+formato+de+distribui%C3%A7%C3%A3o:+Completo> > Visite seu grupo > <http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJlNHVrbnFsBF9TAzk3NDkwND…>| Termos > de Uso do Yahoo! Grupos <http://br.yahoo.com/info/utos.html> | Descadastrado > <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Unsubscribe> > > __,_._,___ -- Henrique Dallazuanna Curitiba-Paraná-Brasil 25° 25' 40" S 49° 16' 22" O

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Desdobramento da interação via glht:multcomp
by Emmanuel Arnhold 01 Abr '11

01 Abr '11

# Colegas ... no exemplo abaixo tento realizar uma análise do desdobramento (via glht:multcomp) do fator Proteína dentro do nível L1 e L2 do fator Linhagens. #Quem tiver um tempo e interesse gostaria que desse uma olhada e me desse uma opinião ou uma forma mais fácil de fazer o desdobramento Proteína Linhagens Peso p1 L1 1.6 p1 L1 1.7 p1 L2 2.3 p1 L2 2.2 p2 L1 1.9 p2 L1 2 p2 L2 2.2 p2 L2 2.3 p3 L1 2.3 p3 L1 2.4 p3 L2 2.3 p3 L2 2.3 y=read.table("clipboard", h=T) attach(y) m=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens ) anova(m) # análise via agricolae require(agricolae) df<-df.residual(m)MSError<-deviance(m)/ df.residual(m) #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1 with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError, group=F)) #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2 with(subset(y, Linhagens == "L2"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError, group=F)) # análise via multcomp require(multcomp) a=subset(y, Linhagens == "L1") b=subset(y, Linhagens == "L2") ##Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1, OK!!!! y1=with(a, glht (m, linfct = mcp(Proteína = "Tukey" ))) summary(y1) #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, RODA DENTRO DA LINHAGEM 1????? y2=with(b, glht (m, linfct = mcp(Proteína ="Tukey"))) summary(y2) #Criei um sistema que segue abaixo. Consiste em trocar os códigos dos níveis do fator Linhagens Linhagens=c('L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1') Linhagens=as.factor(Linhagens) y=data.frame(Proteína, Linhagens, Peso) a=subset(y, Linhagens == "L1") m2=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens) #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, OK!!! Agora temos o resultado correto!!! y1=with(a, glht (m2, linfct = mcp(Proteína = "Tukey" ))) summary(y1) Perguntas. Alguém tem uma solução mais fácil? Prática? Como trocar o código dos níveis dos fatores de maneira mais fácil? Obrigado desde já por qualquer colaboração. Emmanuel Arnhold

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Pintando os ladinhos de uma distribuição normal com o comando polygon {graphics}
by Augusto Ribas 01 Abr '11

01 Abr '11

Olá pessoal. Bem eu estava lendo um livro aqui, o The R Book do M. J Crawley(2007) E na pagina 212 tem uma figura que to tentando reproduzir mas num to conseguindo. A ideia é mais ou menos o seguinte. #Primeiro temos la um plot de uma curva de distribuição normal com 3 desvios: x<-seq(-3,3,0.01) y<-exp(-abs(x)^2) plot(x,y,type="l") #Dai se no exemplo dele ele fala que se trata de dados de alturas de pessoas, onde a media é 170cm e desvio padrão de 8cm #dai eu mudei o eixo X da seguinte forma altura<-170+(8*x) plot(altura,y,type="l") #dai o grafico fica com a a distribuição baseado no dados em questão altura e nao em unidades de desvio. #então chega o meu problema, ele nao deixo codigo de como faze o pintadinho de ver a chande de alguma coisa. #por exemplo, alturas menores de 162, qual a chance de ver alguem menor de 162. #eu vi naquelas listas de graficos que tem codigo que da pra marcar isso com o comando polygon #mas eu nao to conseguindo usalo direito pra isso, e no help dele os exemplos nao me ajudaram muito #algo assim plot(altura,y,type="l") polygon(c(146,162,162),pnorm(c(-3,-1,-3)),col="black") #mas eu nao quero fazer um triangulo, tinha que ser aquela curvinha seguindo os valores de y, mas ai como ter varios #valores de y ao longo dos de x pra fica bonitinho que eu nao to conseguindo, acho que olhando a figura da pra entender #minha duvida Obrigado a todos. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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