Outubro 2011 - R-br

[OFF] Morre Denis Ritchie
by Pedro Rafael 13 Out '11

13 Out '11

Pessoal vi agora que o grande Denis Ritchie morreu e até agora não vi uma reportagem na TV falando do falecimento desse grande cientista. Para quem não o conhece ele é o responsável para criação da linguagem C e do sistema Unix. Quem nunca estudou uma linguagem de programação e criou um programa “hello, world”? Programadores também se lembram de Ritchie por seu famoso programa “hello, world”, que é muito utilizado em códigos de programação como um exemplo de um programa de computador bastante simples. http://g1.globo.com/tecnologia/noticia/2011/10/morre-dennis-ritchie-pai-do-… -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Desdobramento de contrastes GLM via glht()
by ASANTOS 13 Out '11

13 Out '11

Boa noite pessoal, Gostaria de saber se existe alguma forma de se atribuírem índices ao teste realizado com a função glht() do pacote multcomp, exemplificado: require(multcomp) y1<-c(rpois(100, lambda = 5),rpois(100, lambda = 10),rpois(100, lambda = 5),rpois(100, lambda = 7))##Geração da variável resposta trat<-c(rep(1,100),rep(2,100),rep(3,100),rep(4,100))##Geração dos tratamentos repeticao<-rep(1:100,4)##Imaginado um DIC colocando as repetições trat<-as.factor(trat) m.1<-glm(y1~trat+repeticao,family="poisson")##Ajustando GLM Poisson anova.m.1<-anova(m.1,test="Chi") anova.m.1##Verificando a significancia dos tratamentos e se não há efeito das repetições summary(glht(m.1,linfct=mcp(trat="Tukey")))##Desdobrando os tratamentos Como a função utiliza o Tukey acho bem complicado como no caso simulado, decidir entre tratamentos que possuem índice duplo, por exemplo, alguém conhece alguma forma de calcular a decisão de distribuição dos índices, Obrigado, Alexandre

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comando diagnosis
by Alexandro (Yahoo) 13 Out '11

13 Out '11

#Boa tarde a todos, numa regressão logística múltipla, após a escolha de um ponto de corte, > >#criei a tabela de classificação conforme CMR abaixo, e usei o >#comando dignosis do pacote DiagnosisMed >#para calcular a sensibilidade e especificidade ! > > >require(DiagnosisMed) > > >tab<-matrix(c(64,112,17,406),nrow=2,ncol=2,byrow=T, >dimnames=list(Classificado=c(" 1 "," 0 "), >Observado=c(" 1 "," 0 ")));tab > > >diagnosis(tab)[] > > > >#Porém os valores estão trocados, o certo é >#Sensitividade =64 /(17+64) =79,01% >#Especificidade=406/(112+406)=78,378% >#Tentei usar o comando: > > > > >diagnosis(t(tab))[] > > > > >#Mas não deu certo. Sendo assim: >#1- o que ocorreu ? >#2- Tem alguma função nos pacotes epiR ou ROCR que >#calcula a sensibilidade e especificidade ? >#3- para achar o ponto de corte "ideal" tenho que fazer várias tabelas de classificação >#e plotar a sens. x espec. >#No "satanic", tem-se um comando do proc logistic que >#mostra todas as sensibilidade e especificidade para diferentes pontos de cortes. >#Tem algum comando similar no R para regressão logística múltipla ? >#no caso univariado tem-se: >y=c(0,1,0,0,1,1,1,0,0,0) >x=c(12,19,14,13,14,15,16,17,17,18) >require(DiagnosisMed);arearoc<-DiagnosisMed::ROC(y,x,Full=TRUE) > > > > >########### MUITO OBRIGADO ########### >#Alex

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Erro em simulação
by Greice Laureano 13 Out '11

13 Out '11

Bom dia, Estou realizando um estudo de simulação e esta ocorrendo o seguinte erro: "Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.7 Mb" Existe alguma forma de solucionar este problema de memória? Obrigado! Att, Greice.

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glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred
by Marcelo Luiz de Laia 13 Out '11

13 Out '11

Estou tentando analisar um grupo de dados de contagem da seguinte maneira: gm1 <- glmer(cbind(Germinacao, 20 - Germinacao) ~ Dia + Especie + Matriz + (Dia|Repeticao),family = binomial, data = ka.dat) Mas, esta mostrando uma advertencia: Warning message: glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred Eu vi que nas paginas 197-9 do MASS4 existe uma explicação para esse fenômeno (que a principio somente ocorre quando se usa a binomial). Confesso que não entendi se a advertencia é grave ou se eu posso relevá-la. Eu tenho 3 repeticoes, somente. Seria isso? Se desejar ler as paginas acima, me peça que digitalizo e envio. Obrigado -- Marcelo Brazil Linux user number 487797

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Como criar um vetor/matriz de valores NA?
by Thiago Touya 12 Out '11

12 Out '11

Senhores, Estou criando um banco de dados para fazer um estudo onde se levam em conta as safras. Na verdade, por não conseguir uma maneira mais elegante, usando o for, criei 12 bases de dados, cada uma representando um mês. Vou unir essas bases numa base maior que será o objeto de minha análise. Meu problema reside no fato de que no segundo mês terei que colocar um vetor-linha de valores NA para cada uma das variáveis; no terceiro mês uma matriz com duas linhas, no quarto mês uma matriz com 3 linha e assim até uma matriz com 11 linhas e quatro colunas com todas as entradas sendo NA's. Não estou conseguindo criar esses vetor/matrizes de valores faltantes. Tentei usar c(,,,,) ou c( , , , ) ou c(.,.,.,.) para o vetor e a partir dele estender o resultado para as matrizes, mas não deu certo. Alguém tem alguma sugestão? Obrigado. -- Att, Thiago Morais de Carvalho (61 - 8169-5094)

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[glmmADMB] Correta modelagem para dados de contagem
by Marcelo Luiz de Laia 12 Out '11

12 Out '11

Estou tentando analisar um conjunto de dados de contagem e fui cair na pagina do pacote glmmADMB. No entanto, achei pouca informação que pudesse me ajudar. Meus dados estão assim: Esp Mat Time Rep Germ Inf Sucupira M02 1 1 0 0 Sucupira M02 2 1 1 0 Sucupira M02 3 1 1 8 Sucupira M02 4 1 1 8 Sucupira M02 5 1 1 9 Sucupira M02 6 1 1 10 Sucupira M02 7 1 1 15 Sucupira M02 1 2 0 0 (...) Sucupira M02 7 3 1 10 Sucupira M04 1 1 0 0 Sucupira M04 2 1 0 1 (...) Vinhatico M15CV15 7 3 5 8 Esp = Espécie Mat = Matriz (três matrizes de locais diferentes) Time = Dias em que foi analisado Rep = Repetição (gerbox com 20 sementes cada) Germ = Quantidade de sementes que germinaram Inf = Quantidade de sementes com micro-organismos Trata-se de medidas repetidas no tempo, ou seja, no dia 1 contaram-se quantas sementes germinaram e quantas apresentavam micro-organismos. No dia 2 contaram-se quantas sementes germinaram e quantas apresentavam micro-organismos. Assim até o dia 7. Tentei o seguinte código: library(glmmADMB) fit = glmm.admb(Germ~Esp*Mat+Rep,random=~Rep,group="Time", zeroInflation=TRUE,data=ka.dat,family="poisson") Mas, além do erro: Maximum number of iterations exceeded in dvector eigen(_CONST dmatrix& m) Error in glmm.admb(Germ ~ Esp * Mat + Rep, random = ~Rep, : The function maximizer failed In addition: Warning message: running command './nbmm -maxfn 500 ' had status 1 não tenho certeza se a modelagem proposta por mim esta correta. Por exemplo, o 'group' deveria ser mesmo o tempo? E o efeito aleatorio seria mesmo so a repeticao? Eu tambem gostaria de ver se ha alguma relacao entre germinacao e infestacao. Se voce tiver experiencia com esse pacote, poderia dar algumas dicas? Obrigado -- Marcelo Brazil Linux user number 487797

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[Dúvida] Revolution R Enterprise ou R?
by Pedro Rafael 12 Out '11

12 Out '11

Pessoal existe alguma vantagem de se utilizar o Revolution R Enterprise que é livre para uso acadêmico em vez de utilizar o R? Vejo que no site da empresa eles elogiam bastante o R mais que o Revolution é muito superior, principalmente no fato que no Revolution eu posso analisar base de dados gigantescas e por dar suporte à programação paralela. Agora uma inversão da pergunta feita anteriormente: Existe alguma vantagem de se utilizar o Revolution R Enterprise no lugar do R puramente? -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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[OFF-TOPIC] Reproduzindo mensagem de erro do R com Sweave!
by Ivan Bezerra Allaman 12 Out '11

12 Out '11

Boa noite senhores! Estou preparando um material básico para meus alunos, e gostaria de reproduzir algumas mensagens de erro do R no arquivo .tex. No entanto, algumas mensagens de erro não estou conseguindo reproduzir. Por exemplo, <<echo=TRUE,eval=FALSE>>= sqrt(-2) @ <<echo=FALSE,eval=TRUE>>= cat(try(sqrt(-2))) @ <<echo=TRUE,eval=FALSE>>= sqrt(2 ) @ <<echo=FALSE,eval=TRUE>>= cat(try(sqrt(2 ))) @ as mensagens acima, eu as reproduzo sem problema algum. No entanto, o trecho abaixo, <<echo=TRUE,eval=FALSE>>= squareroot(2) @ <<echo=FALSE,eval=TRUE>>= cat(try(squareroot(2))) @ é reproduzido, mais com um inconveniente: "Error in try(squareroot(2)) : não foi possível encontrar a função "squareroot", está aparecendo a mensagem "Error in try(squareroot(2))", não sei o porque! Já o seguinte trecho, não imprimi de forma alguma, impedindo a compilação do arquivo. <<echo=TRUE,eval=FALSE>>= sqrt 2 @ <<echo=FALSE,eval=TRUE>>= cat(try(sqrt 2)) @ Como reproduzir este erro, e impedir o inconveniente do penúltimo chuck? Desde já, agradeço a todos! (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Divirtam-se
by Benilton Carvalho 11 Out '11

11 Out '11

http://www.inside-r.org/howto/enter

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