Outubro 2011 - R-br

previsão de valores futuros no pacote nnet
by Alexandro (Yahoo) 20 Out '11

20 Out '11

#Boa tarde R users, supondo o CMR de uma rede neural do pacote nnet. Gostaria de saber: dado o vetor(x1,x2) >>> previsao=c(15,3) qual seria o resultado para a variável y. Porém o comando: #predict(rede,previsao=previsao, type = "class") #resulta num vetor em que não sei qual é a resposta certa ! y=c(0 ,1 ,0 ,0 ,1 ,1 ,1 ,0 ,0 ,0) x1=c(12,19,14,13,14,15,16,17,17,18) x2=c(3,7,8,6,2,9,5,1,8,7) amostra<-c(sample(1:5,5),sample(6:10,5));amostra dados=data.frame(yfactor=factor(y),x1,x2) require(nnet) rede<- nnet(yfactor~x1+x2, data = dados, subset = amostra, size = 2, rang = 0.1,decay = 5e-4, maxit = 200) matriz_confusao=table(y, predict(rede,dados, type = "class")) taxa_acertos= 100*( matriz_confusao[1,1]+ matriz_confusao[2,2] ) / sum(matriz_confusao) cat(" A taxa de acertos é de",taxa_acertos,"%","\n") previsao=c(15,3) predict(rede,previsao=previsao, type = "class") #Assim, qual meu erro na previsão de y dado o vetor previsão ? #Desde já, agradeço-lhes ! Felicidades ! #Alexandro

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Incremento de Workpace
by Edson Lira 20 Out '11

20 Out '11

Bom dia a todos. Estou tentando fazer uma associação: CrossTable(b1$coinf_2,b1$Grupos_Final,fisher = T,prop.t=T,prop.r=T,prop.c=T,format=c("SPSS")) Que me dá a mensagem abaixo: Erro em fisher.test(t, alternative = "two.sided") : FEXACT error 7. LDSTP is too small for this problem. Try increasing the size of the workspace. Alguém poderia me dar alguma sugestão ou rotina para resolver esse problema? []'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 8, assunto 22
by Cassiano 20 Out '11

20 Out '11

Re: Barra de erros usando Binomial Negativa (Walmes Zeviani) Walmes, Acho que é exatamente isso que estava procurando. Mas eu não entendi o output que o comando me ofereceu. Ou pelo menos, não sei usá-lo para construir meu gráfico. > confint(m2) Waiting for profiling to be done... 2.5 % 97.5 % (Intercept) 0.7804852 1.2279976 predadorsem -1.0985071 -0.3178279 Eu tenho as categorias com e sem predador. Ok, o Intercept é com o predador e a linha seguinte, sem o predador. Qual é o valor da minha barra superior e inferior da barra com predador, p.ex.? Como ploto isso em um barplot2? Obrigado! Cassiano Em 20 de outubro de 2011 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. ajuda ks.test (Rodrigo Plei) > 2. Re: ajuda ks.test (Gustavo Henrique M. A. Rocha) > 3. Re: ajuda ks.test (Rodrigo Plei) > 4. Re: ajuda ks.test (Gustavo Henrique M. A. Rocha) > 5. Barra de erros usando Binomial Negativa (Cassiano) > 6. Re: ajuda ks.test (Benilton Carvalho) > 7. Re: ajuda ks.test (Edson Lira) > 8. Re: ajuda ks.test (Rodrigo Plei) > 9. Re: Barra de erros usando Binomial Negativa (Walmes Zeviani) > 10. recuperar coeficientes da função discriminante quadrática > (Guilherme Moraes Ferraudo) > 11. Re: recuperar coeficientes da função discriminante quadrática > (Benilton Carvalho) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Wed, 19 Oct 2011 14:04:34 -0200 > From: Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] ajuda ks.test > Message-ID: > <CACs_BFNAu-TBO+q1eUQWG1e2yRGYnCgUmt6M7vuASiqBNAkgBQ(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Pessoal, > > Estou tentando utilizar o kolgomorov-smirnov test (ks test, pacote > "stats"), > para comparar frequências de comprimentos de peixes de duas áreas de pesca > distintas, mas algo está emperrando a análise: > > x <- data # frequência de comprimentos de peixes da área x > y <- data2 # frequência de comprimentos de peixes na área y > ks.test(x, y) > Erro em ks.test(x, y) : > 'y' deve ser numérico ou uma cadeia nomeando uma função válida > > O formado dos dados é: > > area_x area_y > 23 29 > 25 30 > 23.8 26 > 19 28 > > Será que estou entrando os dados de maneira errada? > > Agradeço qualquer ajuda desde logo. > > Rodrigo > > -- > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > 05508-900 > Tel: +55 11 3091 6549 > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111019/96e46770/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Wed, 19 Oct 2011 14:12:28 -0200 > From: "Gustavo Henrique M. A. Rocha" <ghmarbr(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] ajuda ks.test > Message-ID: > <CADsPq2q4g6W-abJ1gXWBbnUCqbd+MrzVkRUWC6iSag39v3k=2g(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1 > > Rodrigo, > > possivelmente seus dados não estão definidos como numéricos. > > Use a função is.numeric para verificar se os dados são numéricos ou não. > > Fazendo um teste com os dados que você mostrou consegui rodar o teste > normalmente. > > x = c(23,25,23.8,19) > y = c(29,30,26,28) > ks.test(x,y) > > Abraços! > > > Gustavo Henrique Mitraud Assis Rocha > Doutorando em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > Mestre em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > Bacharel em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > > > > Em 19 de outubro de 2011 14:04, Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com> > escreveu: > > Pessoal, > > Estou tentando utilizar o kolgomorov-smirnov test (ks test, pacote > "stats"), > > para comparar frequências de comprimentos de peixes de duas áreas de > pesca > > distintas, mas algo está emperrando a análise: > > x <- data # frequência de comprimentos de peixes da área x > > y <- data2 # frequência de comprimentos de peixes na área y > > ks.test(x, y) > > Erro em ks.test(x, y) : > > 'y' deve ser numérico ou uma cadeia nomeando uma função válida > > O formado dos dados é: > > area_x area_y > > 23 29 > > 25 30 > > 23.8 26 > > 19 28 > > > > Será que estou entrando os dados de maneira errada? > > Agradeço qualquer ajuda desde logo. > > > > Rodrigo > > -- > > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > > > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > > > > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > > 05508-900 > > Tel: +55 11 3091 6549 > > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > > > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > > mínimo reproduzível. > > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Wed, 19 Oct 2011 14:24:04 -0200 > From: Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] ajuda ks.test > Message-ID: > <CACs_BFN4zjFaY264+5GVONMhq1ZUC7kwyxzKaZqPtsTQNMYYGg(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Parece que é isso mesmo, Gustavo. > > Mas o que eu não entendo é que o comando "is.numeric" não está funcionando > para meus dados: > > > x1 <-is.numeric(x) > > x1 > [1] FALSE > > Alguma idéia? > > Obrigado desde logo. > > R. > > Em 19 de outubro de 2011 14:12, Gustavo Henrique M. A. Rocha < > ghmarbr(a)gmail.com> escreveu: > > > Rodrigo, > > > > possivelmente seus dados não estão definidos como numéricos. > > > > Use a função is.numeric para verificar se os dados são numéricos ou não. > > > > Fazendo um teste com os dados que você mostrou consegui rodar o teste > > normalmente. > > > > x = c(23,25,23.8,19) > > y = c(29,30,26,28) > > ks.test(x,y) > > > > Abraços! > > > > > > Gustavo Henrique Mitraud Assis Rocha > > Doutorando em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > > Mestre em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > > Bacharel em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > > > > > > > > Em 19 de outubro de 2011 14:04, Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com> > > escreveu: > > > Pessoal, > > > Estou tentando utilizar o kolgomorov-smirnov test (ks test, pacote > > "stats"), > > > para comparar frequências de comprimentos de peixes de duas áreas de > > pesca > > > distintas, mas algo está emperrando a análise: > > > x <- data # frequência de comprimentos de peixes da área x > > > y <- data2 # frequência de comprimentos de peixes na área y > > > ks.test(x, y) > > > Erro em ks.test(x, y) : > > > 'y' deve ser numérico ou uma cadeia nomeando uma função válida > > > O formado dos dados é: > > > area_x area_y > > > 23 29 > > > 25 30 > > > 23.8 26 > > > 19 28 > > > > > > Será que estou entrando os dados de maneira errada? > > > Agradeço qualquer ajuda desde logo. > > > > > > Rodrigo > > > -- > > > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > > > > > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > > > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > > > > > > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > > > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > > > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > > > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > > > 05508-900 > > > Tel: +55 11 3091 6549 > > > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > > > > > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > R-br mailing list > > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código > > > mínimo reproduzível. > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > 05508-900 > Tel: +55 11 3091 6549 > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111019/f4fffa48/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Wed, 19 Oct 2011 14:26:13 -0200 > From: "Gustavo Henrique M. A. Rocha" <ghmarbr(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] ajuda ks.test > Message-ID: > <CADsPq2qQ1uAoUiE5uFD6262e_CFWBYXTcKzF4G0eE80rpw-nsA(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1 > > Rodrigo, > > no caso o resultado diz que sua variável x não é numérica. > > Como não sei a estrutura de seus dados, tente usar > ks.test(as.numeric(x),as.numeric(y)) > > > Gustavo Henrique Mitraud Assis Rocha > Doutorando em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > Mestre em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > Bacharel em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > > > > Em 19 de outubro de 2011 14:24, Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com> > escreveu: > > Parece que é isso mesmo, Gustavo. > > Mas o que eu não entendo é que o comando "is.numeric" não está > funcionando > > para meus dados: > >> x1 <-is.numeric(x) > >> x1 > > [1] FALSE > > Alguma idéia? > > Obrigado desde logo. > > R. > > Em 19 de outubro de 2011 14:12, Gustavo Henrique M. A. Rocha > > <ghmarbr(a)gmail.com> escreveu: > >> > >> Rodrigo, > >> > >> possivelmente seus dados não estão definidos como numéricos. > >> > >> Use a função is.numeric para verificar se os dados são numéricos ou não. > >> > >> Fazendo um teste com os dados que você mostrou consegui rodar o teste > >> normalmente. > >> > >> x = c(23,25,23.8,19) > >> y = c(29,30,26,28) > >> ks.test(x,y) > >> > >> Abraços! > >> > >> > >> Gustavo Henrique Mitraud Assis Rocha > >> Doutorando em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> Mestre em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> Bacharel em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> > >> > >> > >> Em 19 de outubro de 2011 14:04, Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com> > >> escreveu: > >> > Pessoal, > >> > Estou tentando utilizar o kolgomorov-smirnov test (ks test, pacote > >> > "stats"), > >> > para comparar frequências de comprimentos de peixes de duas áreas de > >> > pesca > >> > distintas, mas algo está emperrando a análise: > >> > x <- data # frequência de comprimentos de peixes da área x > >> > y <- data2 # frequência de comprimentos de peixes na área y > >> > ks.test(x, y) > >> > Erro em ks.test(x, y) : > >> > 'y' deve ser numérico ou uma cadeia nomeando uma função válida > >> > O formado dos dados é: > >> > area_x area_y > >> > 23 29 > >> > 25 30 > >> > 23.8 26 > >> > 19 28 > >> > > >> > Será que estou entrando os dados de maneira errada? > >> > Agradeço qualquer ajuda desde logo. > >> > > >> > Rodrigo > >> > -- > >> > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > >> > > >> > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > >> > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > >> > > >> > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > >> > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > >> > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > >> > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > >> > 05508-900 > >> > Tel: +55 11 3091 6549 > >> > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > >> > > >> > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > _______________________________________________ > >> > R-br mailing list > >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> > código > >> > mínimo reproduzível. > >> > > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > > > > > > > > -- > > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > > > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > > > > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > > 05508-900 > > Tel: +55 11 3091 6549 > > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > > > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > > mínimo reproduzível. > > > > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Wed, 19 Oct 2011 14:27:28 -0200 > From: Cassiano <cassianosr(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Barra de erros usando Binomial Negativa > Message-ID: > <CAF78VjJQ8vpJkBFnXWzp02Mn8EMwe69sNFfRfA+HjosuHsVeWg(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Olá a todos, > > Tenho dados de contagem de indivíduos (no y) e a distribuição mais adequada > foi a Bionmial Negativa. > Como meu x são categorias, vou demostrar isso com um barplot. > Porém não sei como gerar as barras de erro assimétricas, uma vez que meus > dados não são Normais. > > Como eu devo calcular o desvio padrão nestes casos? > > Obrigado! > Cassiano > > -- > ======================================= > MSc Cassiano S. Rosa > Universidade Federal de Viçosa -UFV > Dept. Biologia Animal > Pós-graduação em Entomologia > Lab. Termitologia > > Curriculo lattes: > http://lattes.cnpq.br/3030825329622014 > ======================================= > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111019/0739ccfe/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Wed, 19 Oct 2011 17:29:42 +0100 > From: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] ajuda ks.test > Message-ID: > <CAO-arWPcFfQ=jD8Duvn1UQB0sLHTHn0LTF6kh2-TSb0yuTixzA(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1 > > talvez vc queira "as.numeric" (assumindo q seja algo q possa ser > convertido para numeric). > > mas, o melhor de tudo mesmo seria um exemplo reproduzivel... tipo > (voltando ao seu exemplo inicial) > > dput(data) > dput(data2) > > veja tbm o topico para algumas sugestoes: > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Produzindo-um-Codigo-Minimo-Reproduz… > > http://goo.gl/wlNWC > > b > > 2011/10/19 Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com>: > > Parece que é isso mesmo, Gustavo. > > Mas o que eu não entendo é que o comando "is.numeric" não está > funcionando > > para meus dados: > >> x1 <-is.numeric(x) > >> x1 > > [1] FALSE > > Alguma idéia? > > Obrigado desde logo. > > R. > > Em 19 de outubro de 2011 14:12, Gustavo Henrique M. A. Rocha > > <ghmarbr(a)gmail.com> escreveu: > >> > >> Rodrigo, > >> > >> possivelmente seus dados não estão definidos como numéricos. > >> > >> Use a função is.numeric para verificar se os dados são numéricos ou não. > >> > >> Fazendo um teste com os dados que você mostrou consegui rodar o teste > >> normalmente. > >> > >> x = c(23,25,23.8,19) > >> y = c(29,30,26,28) > >> ks.test(x,y) > >> > >> Abraços! > >> > >> > >> Gustavo Henrique Mitraud Assis Rocha > >> Doutorando em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> Mestre em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> Bacharel em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> > >> > >> > >> Em 19 de outubro de 2011 14:04, Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com> > >> escreveu: > >> > Pessoal, > >> > Estou tentando utilizar o kolgomorov-smirnov test (ks test, pacote > >> > "stats"), > >> > para comparar frequências de comprimentos de peixes de duas áreas de > >> > pesca > >> > distintas, mas algo está emperrando a análise: > >> > x <- data # frequência de comprimentos de peixes da área x > >> > y <- data2 # frequência de comprimentos de peixes na área y > >> > ks.test(x, y) > >> > Erro em ks.test(x, y) : > >> > 'y' deve ser numérico ou uma cadeia nomeando uma função válida > >> > O formado dos dados é: > >> > area_x area_y > >> > 23 29 > >> > 25 30 > >> > 23.8 26 > >> > 19 28 > >> > > >> > Será que estou entrando os dados de maneira errada? > >> > Agradeço qualquer ajuda desde logo. > >> > > >> > Rodrigo > >> > -- > >> > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > >> > > >> > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > >> > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > >> > > >> > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > >> > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > >> > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > >> > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > >> > 05508-900 > >> > Tel: +55 11 3091 6549 > >> > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > >> > > >> > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > _______________________________________________ > >> > R-br mailing list > >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> > código > >> > mínimo reproduzível. > >> > > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > > > > > > > > -- > > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > > > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > > > > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > > 05508-900 > > Tel: +55 11 3091 6549 > > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > > > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > > mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Successful people ask better questions, and as a result, they get > better answers. (Tony Robbins) > > > ------------------------------ > > Message: 7 > Date: Wed, 19 Oct 2011 10:01:01 -0700 (PDT) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] ajuda ks.test > Message-ID: > <1319043661.15905.YahooMailNeo(a)web160713.mail.bf1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Se já resolveu, ótimo, se não é bom você usar a função str(data) que te > dará qual a estrutura de todas as variáveis de seu banco de dados. > > Depois disso, pode-se usar as.numeric, caso alguma variável não seja > numérica. Mas antes cheque o seu banco, pode ser que ao digitar tenha havido > alguns erros: por exemplo, pode ser que tenha um ponto no lugar de uma > vírgula, ou outro problema similar. > > > []'s. > > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > > > ________________________________ > De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com> > Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Enviadas: Quarta-feira, 19 de Outubro de 2011 12:29 > Assunto: Re: [R-br] ajuda ks.test > > talvez vc queira "as.numeric" (assumindo q seja algo q possa ser > convertido para numeric). > > mas, o melhor de tudo mesmo seria um exemplo reproduzivel... tipo > (voltando ao seu exemplo inicial) > > dput(data) > dput(data2) > > veja tbm o topico para algumas sugestoes: > > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Produzindo-um-Codigo-Minimo-Reproduz… > > http://goo.gl/wlNWC > > b > > 2011/10/19 Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com>: > > Parece que é isso mesmo, Gustavo. > > Mas o que eu não entendo é que o comando "is.numeric" não está > funcionando > > para meus dados: > >> x1 <-is.numeric(x) > >> x1 > > [1] FALSE > > Alguma idéia? > > Obrigado desde logo. > > R. > > Em 19 de outubro de 2011 14:12, Gustavo Henrique M. A. Rocha > > <ghmarbr(a)gmail.com> escreveu: > >> > >> Rodrigo, > >> > >> possivelmente seus dados não estão definidos como numéricos. > >> > >> Use a função is.numeric para verificar se os dados são numéricos ou não. > >> > >> Fazendo um teste com os dados que você mostrou consegui rodar o teste > >> normalmente. > >> > >> x = c(23,25,23.8,19) > >> y = c(29,30,26,28) > >> ks.test(x,y) > >> > >> Abraços! > >> > >> > >> Gustavo Henrique Mitraud Assis Rocha > >> Doutorando em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> Mestre em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> Bacharel em Estatística pela Universidade Federal de Minas Gerais > >> > >> > >> > >> Em 19 de outubro de 2011 14:04, Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com> > >> escreveu: > >> > Pessoal, > >> > Estou tentando utilizar o kolgomorov-smirnov test (ks test, pacote > >> > "stats"), > >> > para comparar frequências de comprimentos de peixes de duas áreas de > >> > pesca > >> > distintas, mas algo está emperrando a análise: > >> > x <- data # frequência de comprimentos de peixes da área x > >> > y <- data2 # frequência de comprimentos de peixes na área y > >> > ks.test(x, y) > >> > Erro em ks.test(x, y) : > >> > 'y' deve ser numérico ou uma cadeia nomeando uma função válida > >> > O formado dos dados é: > >> > area_x area_y > >> > 23 29 > >> > 25 30 > >> > 23.8 26 > >> > 19 28 > >> > > >> > Será que estou entrando os dados de maneira errada? > >> > Agradeço qualquer ajuda desde logo. > >> > > >> > Rodrigo > >> > -- > >> > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > >> > > >> > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > >> > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > >> > > >> > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > >> > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > >> > Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > >> > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > >> > 05508-900 > >> > Tel: +55 11 3091 6549 > >> > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > >> > > >> > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > _______________________________________________ > >> > R-br mailing list > >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> > código > >> > mínimo reproduzível. > >> > > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > > > > > > > > -- > > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > > > Rodrigo Silvestre Martins, PhD > > Bolsista FAPESP Pós-Doutorado > > > > Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) > > Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico > > Praça do Oceanográfico, 191. 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Cidade Universitaria (sala 107-A/B) > Butantã - São Paulo/SP, Brasil > 05508-900 > Tel: +55 11 3091 6549 > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111019/0488bd6e/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 9 > Date: Wed, 19 Oct 2011 15:41:16 -0200 > From: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Barra de erros usando Binomial Negativa > Message-ID: > <CAFU=EkY7mwOG-wJrVUL=md5nSAMdndrhGt_7GQR5pvjrbdr_3w(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Pode-se usar um intervalo baseado em perfil de verossimilhança. Para > objetos > de classe lm, glm e nls, tem-se a função confint() que faz isso. Veja se > serve. > > À disposição. > Walmes. > > ========================================================================== > Walmes Marques Zeviani > LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) > Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná > fone: (+55) 41 3361 3573 > VoIP: (3361 3600) 1053 1173 > e-mail: walmes(a)ufpr.br > twitter: @walmeszeviani > homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes > linux user number: 531218 > ========================================================================== > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111019/a62ea65f/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 10 > Date: Wed, 19 Oct 2011 18:49:49 -0200 > From: Guilherme Moraes Ferraudo <guiferraudo(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] recuperar coeficientes da função discriminante > quadrática > Message-ID: > <CA++u5Oh9FOsU=ezJeqJ4NKEMWtxxGPB910VhckLfDNATrZS+7A(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Boa noite, > > por favor, preciso dos coeficientes da função discriminante quadrática. > Estou usando o exemplo da função "qda" para tentar enteder a função. > > #código R > tr <- sample(1:50, 25) > train <- rbind(iris3[tr,,1], iris3[tr,,2], iris3[tr,,3]) > test <- rbind(iris3[-tr,,1], iris3[-tr,,2], iris3[-tr,,3]) > cl <- factor(c(rep("s",25), rep("c",25), rep("v",25))) > z <- qda(train, cl) > predict(z,test)$class > > > Desde já, muito obrigado. > > Att > > -- > Guilherme Moraes Ferraudo > Jaboticabal/Campinas - SP > http://lattes.cnpq.br/2096118558794430 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20111019/c0c3cc72/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 11 > Date: Wed, 19 Oct 2011 22:05:09 +0100 > From: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] recuperar coeficientes da função discriminante > quadrática > Message-ID: > <CAO-arWNp8_h=WEDx9dsjFeOMd-4=dwSnjfyuBeN4zGGvbuFE6Q(a)mail.gmail.com > > > Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1 > > nao existe tal conceito em qda. > > vc tem as medias, matrizes de variancia-covariacia e prioris de cada > grupo... uma vez com elas, vc determina a posteriori de cada > observacao e classifica-a no grupo que der a probabilidade maxima. > > b > > > ------------------------------ > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > Fim da Digest R-br, volume 8, assunto 22 > **************************************** > -- ======================================= MSc Cassiano S. Rosa Universidade Federal de Viçosa -UFV Dept. Biologia Animal Pós-graduação em Entomologia Lab. Termitologia Curriculo lattes: http://lattes.cnpq.br/3030825329622014 =======================================

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recuperar coeficientes da função discriminante quadrática
by Guilherme Moraes Ferraudo 19 Out '11

19 Out '11

Boa noite, por favor, preciso dos coeficientes da função discriminante quadrática. Estou usando o exemplo da função "qda" para tentar enteder a função. #código R tr <- sample(1:50, 25) train <- rbind(iris3[tr,,1], iris3[tr,,2], iris3[tr,,3]) test <- rbind(iris3[-tr,,1], iris3[-tr,,2], iris3[-tr,,3]) cl <- factor(c(rep("s",25), rep("c",25), rep("v",25))) z <- qda(train, cl) predict(z,test)$class Desde já, muito obrigado. Att -- Guilherme Moraes Ferraudo Jaboticabal/Campinas - SP http://lattes.cnpq.br/2096118558794430

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Barra de erros usando Binomial Negativa
by Cassiano 19 Out '11

19 Out '11

Olá a todos, Tenho dados de contagem de indivíduos (no y) e a distribuição mais adequada foi a Bionmial Negativa. Como meu x são categorias, vou demostrar isso com um barplot. Porém não sei como gerar as barras de erro assimétricas, uma vez que meus dados não são Normais. Como eu devo calcular o desvio padrão nestes casos? Obrigado! Cassiano -- ======================================= MSc Cassiano S. Rosa Universidade Federal de Viçosa -UFV Dept. Biologia Animal Pós-graduação em Entomologia Lab. Termitologia Curriculo lattes: http://lattes.cnpq.br/3030825329622014 =======================================

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ajuda ks.test
by Rodrigo Plei 19 Out '11

19 Out '11

Pessoal, Estou tentando utilizar o kolgomorov-smirnov test (ks test, pacote "stats"), para comparar frequências de comprimentos de peixes de duas áreas de pesca distintas, mas algo está emperrando a análise: x <- data # frequência de comprimentos de peixes da área x y <- data2 # frequência de comprimentos de peixes na área y ks.test(x, y) Erro em ks.test(x, y) : 'y' deve ser numérico ou uma cadeia nomeando uma função válida O formado dos dados é: area_x area_y 23 29 25 30 23.8 26 19 28 Será que estou entrando os dados de maneira errada? Agradeço qualquer ajuda desde logo. Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

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especificar coluna na leitura de arquivo TXT
by Mauricio Morgado Oliveira 18 Out '11

18 Out '11

Caros colegas, tem como especificar no *read.csv* a leitura de cada variável conforme o inicio e fim da coluna? Assim como no sas p.e.: caracteristica 4 nivel1 8 nivel2 18 medida 24-34 ep 41-50 1 1 1 -0.06899554 0.13888397 2 1 1 -0.08143789 0.17738412 1 1 2 0.05868521 0.13935269 pois tenho que ler um arquivo gerado por outro programa e vem formatado por diferentes números espaços entre colunas... Desde já agradeço Att, Mauricio

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Re: [R-br] Identidade de modelos de regresão via lm
by Ivan Bezerra Allaman 18 Out '11

18 Out '11

Via nls que não altera as estimativas dos parâmetros você pode fazer: mg=nls(r ~ a[t] + b[t]*x,data=d,start=list(a=c(1,1),b=c(1,1))) ma=nls(r ~ a + b[t]*x,data=d,start=list(a=1,b=c(1,1))) anova(mg,ma) mb=nls(r ~ a[t] + b*x,data=d,start=list(a=c(1,1),b=1)) anova(mg,mb) (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Identidade de modelos de regresão via lm
by Marcelo Cardoso mello 18 Out '11

18 Out '11

Como posso comparar os dois modelo (ma e mb) na CMR abaixo? Tipo um teste de identidade de modelos em lm? Como testar se os tratamentos 'a' e 'b' tem (estatisticamente) a mesma curva de regressão? Obrigado por qualquer dica. a<- 'a'; b<- 'b' t<-c(a,a,a,a,a,a,a,a,b,b,b,b,b,b,b,b) x<-c(0,0,10,10,30,30,45,45,0,0,10,10,30,30,45,45) r<-c(2,3,4,5,7,9,11,13,5,4,7,8,8,9,10,11) d<-data.frame(t,x,r);d da<-subset(d, t=='a'); da db<-subset(d, t=='b'); db m<-lm(r~x, data=d) ma<-lm(r~x, data=da) mb<-lm(r~x, data=db) m;ma;mb deviance(m)/df.residual(m) deviance(ma)/df.residual(ma) deviance(mb)/df.residual(mb)

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Erro em Script SEM
by Joao Ricardo Nickenig Vissoci 18 Out '11

18 Out '11

Pessoal, boa noite. Sou recente no fórum e também no estudo com o R, mas estou aprendendo. Bom, queria tirar uma dúvida, estou trabalhando em um script para analise de Modelos de Equações Estruturais, e sempre que tento rodar o script que fiz encontro o seguinte erro: Iteration limit exceeded. O Script é esse, desculpem-me pelo Inglês, mas a discussão do grupo é toda em inglês. # MODEL II # Install the package 'sem' # carry data library library (sem) # Change R's directory to that in which the data base .CSV file is # Load database teste<- read.csv("BaseSEM.csv",header=T) teste # sem package model specification mod.wh.1 <- specify.model()# Type these values that specify the model's relations (just use de Ctrl+R over each relation). Support->SP,NA,1 Support->SM,sm1,NA Rejection->RP,rp1,NA Rejection->RM,NA,1 Overprot->OP,op1,NA Overprot->OM,NA,1 MotI->MIAO,NA,1 MotI->MIEE,moti1,NA MotI->MIC,moti2,NA MotE->MERE,NA,1 MotE->MEIn,mote1,NA MotE->MEId,mote2,NA Support->MotI,NA,1 Rejection->MotI,rej1,NA Overprot->MotI,over1,NA Support->MotE,sup,NA Rejection->MotE,rej2,NA Overprot->MotE,NA,1 MotI->SCI,misci,NA MotE->SCI,mesci,NA Support<->Support,ss1,NA Rejection<->Rejection,rr1,NA Overprot<->Overprot,oo1,NA OP<->OP,opcov,NA OM<->OM,omcov,NA SP<->SP,spcov,NA SM<->SM,smcov,NA RP<->RP,rpcov,NA RM<->RM,rmcov,NA MotI<->MotI,micov,NA MotE<->MotE,mecov,NA MIAO<->MIAO,miaocov,NA MIEE<->MIEE,mieecov,NA MIC<->MIC,miccov,NA MEIn<->MEIn,meincov,NA MEId<->MEId,meidcov,NA MERE<->MERE,merecov,NA SCI<->SCI,scicov,NA Support<->Rejection,suprej,NA Support<->Overprot,supoover,NA Rejection<->Overprot,rejover,NA MotI<->MotE,mots1,NA # Insert de covariance matrix cov.teste <- cov(teste, y = NULL, use = "everything", method = c("pearson", "kendall", "spearman")) cov.teste # Estimate de model (Here is where we have been finding difficulties) sem.wh.1 <- sem(mod.wh.1, cov.teste, N=126) summary(sem.wh.1) Obrigado!!! João Ricardo -- *Joao Ricardo N. Vissoci* Psicólogo CRP 08/12469 Prof. Ms. Faculdade Ingá Doutorando em Psicologia Social - PUCsp Grupo Pro-Esporte UEM/CNPq Tel. 4499298078/4399368588 joaovissoci@gmail.com/jrvissoci@ig.com.br proesporteuem.blogspot.com.br

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