[R-br] função geom_oint

[Cesar Rabak]

Acho que reshape, *per se*, não é suficiente. . .

É necessário efetuar aglutinações nos dados para que se tenha as nove
"linhas" da tabela que gerarão as posições no eixo x do *bubble plot*, etc.

Uma busca na documentação por "dplyr aggregate by group" mostrará o caminho
a seguir.

Se eu entendo corretamente, no final do processamento necessita-se um
tibble (ou
dataframe se forem usadas funções do ggplot2) com três variáveis para
alimentar a função de interesse.


On Wed, May 25, 2022 at 10:25 AM Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

> Vc precisa transformar a tabela do formate wide para long.
>
> Existem varias formas. Aqui tem um exemplo
>
>
> https://www.datasciencemadesimple.com/reshape-in-r-from-wide-to-long-from-long-to-wide/
>
>
>
> daniel
>
> On May 25, 2022, at 8:01 AM, Michele Claire Breton por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
> Caríssimos(as) colegas(as), muito bom dia!
>
> Espero que todos se encontrem bem.
>
> Estou com uma dificuldade. Quero fazer um bubble plot usando as funções
> ggplot2 e dplyr, onde pretendo plotar no eixo x o gene_ID (são 84 linhas),
> no y a % de ocorrência da expressão na célula e no color, o valor da
> expressão. O meu primeiro problema é que no y são 9 tipos celulares
> diferentes e cada um tem, na tabela de entrada de dados, uma coluna com os
> dados de expressão e outra com os dados de % de ocorrência (amostra
> abaixo). Como eu escrevo a função geom_point para plotar o gráfico?
>
> Amostra da tabela de entrada
> gene BE-exp BE% CE_exp CE% E_exp E% F_exp F% HE_exp HE% L-exp L% LE-exp
> LE% N-exp N% SM-exp SM%
> ACTB 4.006 99.8 3.690 99.6 2.691 95.2 2.377 80.1 2.901 97.7 3.182 94.1
> 2.864 94.0 3.243 96.0 3.214 93.5
> ACTG1 3.850 5.9 3.592 7.1 2.469 1.5 2.252 1.1 3.129 6.4 2.451 0.6 2.979
> 1.1 3.104 0 2.500 2.4
> AJUBA 1.185 5.9 0.972 7.1 1.042 1.5 0.912 1.1 1.043 6.4 0.865 0.6 1.024
> 1.1 0 0 1.149 2.4
>
> Muitíssimo obrigada pela ajuda!
>
> Michele
>
>
>
> --
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> *Dra. Michele Claire Breton*
> Técnica Superior em Bioinformática
> CICS - Centro de Investigação em Ciências da Saúde
> Faculdade de Ciências da Saúde
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