[R-br] função geom_oint

Qua Maio 25 15:48:18 -03 2022

library(tidyverse)
library(metan)
db <- structure(list(gene = c("ACTB", "ACTG1", "AJUBA"),
                     BE.exp = c(4.006,3.85, 1.185),
                     BE. = c(99.8, 5.9, 5.9),
                     CE_exp = c(3.69, 3.592, 0.972),
                     CE. = c(99.6, 7.1, 7.1),
                     E_exp = c(2.691, 2.469, 1.042),
                     E. = c(95.2, 1.5, 1.5),
                     F_exp = c(2.377, 2.252, 0.912),
                     F. = c(80.1, 1.1, 1.1),
                     HE_exp = c(2.901, 3.129, 1.043),
                     HE. = c(97.7, 6.4,6.4),
                     L.exp = c(3.182, 2.451, 0.865),
                     L. = c(94.1, 0.6, 0.6),
                     LE.exp = c(2.864, 2.979, 1.024),
                     LE. = c(94, 1.1, 1.1),
                     N.exp = c(3.243, 3.104, 0),
                     N. = c(96L, 0L, 0L),
                     SM.exp = c(3.214, 2.5, 1.149),
                     SM. = c(93.5, 2.4, 2.4)),
                class = "data.frame", row.names = c(NA, -3L))

db1 <- db %>% select(gene,ends_with("exp"))
db1 <- db1 %>% pivot_longer(cols=-1, names_to = "exp", values_to = "valor1")
db2 <- db %>% select(gene,!ends_with("exp"))
db2 <- db2 %>% pivot_longer(cols=-1, names_to = "per", values_to = "valor2")

df <- cbind(db1,db2[-1])

df %>% ggplot(aes(gene,valor2, color=exp))+geom_point(aes(size=valor1),
position = position_dodge(0.5))

seria isso?

[image: image.png]

*Cid Edson Mendonça Póvoas*

*AnovAgro <http://www.anovagro.com/>*
*Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist*
*CREA-BA: 051984991-4*
*Técnico em Segurança do Trabalho *
*Nº: **0012669/BA*
*Tel: +55 73 99151-9565*
*Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537
*LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/
*Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565

Em qua., 25 de mai. de 2022 às 15:14, Cesar Rabak por (R-br) <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> Acho que reshape, *per se*, não é suficiente. . .
>
> É necessário efetuar aglutinações nos dados para que se tenha as nove
> "linhas" da tabela que gerarão as posições no eixo x do *bubble plot*,
> etc.
>
> Uma busca na documentação por "dplyr aggregate by group" mostrará o
> caminho a seguir.
>
> Se eu entendo corretamente, no final do processamento necessita-se um
> tibble (ou dataframe se forem usadas funções do ggplot2) com três
> variáveis para alimentar a função de interesse.
>
>
> On Wed, May 25, 2022 at 10:25 AM Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
>> Vc precisa transformar a tabela do formate wide para long.
>>
>> Existem varias formas. Aqui tem um exemplo
>>
>>
>> https://www.datasciencemadesimple.com/reshape-in-r-from-wide-to-long-from-long-to-wide/
>>
>>
>>
>> daniel
>>
>> On May 25, 2022, at 8:01 AM, Michele Claire Breton por (R-br) <
>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>>
>> Caríssimos(as) colegas(as), muito bom dia!
>>
>> Espero que todos se encontrem bem.
>>
>> Estou com uma dificuldade. Quero fazer um bubble plot usando as funções
>> ggplot2 e dplyr, onde pretendo plotar no eixo x o gene_ID (são 84 linhas),
>> no y a % de ocorrência da expressão na célula e no color, o valor da
>> expressão. O meu primeiro problema é que no y são 9 tipos celulares
>> diferentes e cada um tem, na tabela de entrada de dados, uma coluna com os
>> dados de expressão e outra com os dados de % de ocorrência (amostra
>> abaixo). Como eu escrevo a função geom_point para plotar o gráfico?
>>
>> Amostra da tabela de entrada
>> gene BE-exp BE% CE_exp CE% E_exp E% F_exp F% HE_exp HE% L-exp L% LE-exp
>> LE% N-exp N% SM-exp SM%
>> ACTB 4.006 99.8 3.690 99.6 2.691 95.2 2.377 80.1 2.901 97.7 3.182 94.1
>> 2.864 94.0 3.243 96.0 3.214 93.5
>> ACTG1 3.850 5.9 3.592 7.1 2.469 1.5 2.252 1.1 3.129 6.4 2.451 0.6 2.979
>> 1.1 3.104 0 2.500 2.4
>> AJUBA 1.185 5.9 0.972 7.1 1.042 1.5 0.912 1.1 1.043 6.4 0.865 0.6 1.024
>> 1.1 0 0 1.149 2.4
>>
>> Muitíssimo obrigada pela ajuda!
>>
>> Michele
>>
>>
>>
>> --
>> ------------------------------------------------------------------------
>> *Dra. Michele Claire Breton*
>> Técnica Superior em Bioinformática
>> CICS - Centro de Investigação em Ciências da Saúde
>> Faculdade de Ciências da Saúde
>> Universidade da Beira Interior
>> Covilhã - Castelo Branco - Portugal
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