[R-br] função geom_oint

Daniel Guimarães Tiezzi dtiezzi em usp.br
Qua Maio 25 10:28:21 -03 2022


Vc precisa transformar a tabela do formate wide para long.

Existem varias formas. Aqui tem um exemplo

https://www.datasciencemadesimple.com/reshape-in-r-from-wide-to-long-from-long-to-wide/ <https://www.datasciencemadesimple.com/reshape-in-r-from-wide-to-long-from-long-to-wide/>



daniel

> On May 25, 2022, at 8:01 AM, Michele Claire Breton por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
> 
> Caríssimos(as) colegas(as), muito bom dia!
> 
> Espero que todos se encontrem bem.
> 
> Estou com uma dificuldade. Quero fazer um bubble plot usando as funções ggplot2 e dplyr, onde pretendo plotar no eixo x o gene_ID (são 84 linhas), no y a % de ocorrência da expressão na célula e no color, o valor da expressão. O meu primeiro problema é que no y são 9 tipos celulares diferentes e cada um tem, na tabela de entrada de dados, uma coluna com os dados de expressão e outra com os dados de % de ocorrência (amostra abaixo). Como eu escrevo a função geom_point para plotar o gráfico?
> 
> Amostra da tabela de entrada
> gene	BE-exp	BE%	CE_exp	CE%	E_exp	E%	F_exp	F%	HE_exp	HE%	L-exp	L%	LE-exp	LE%	N-exp	N%	SM-exp	SM%
> ACTB	4.006	99.8	3.690	99.6	2.691	95.2	2.377	80.1	2.901	97.7	3.182	94.1	2.864	94.0	3.243	96.0	3.214	93.5
> ACTG1	3.850	5.9	3.592	7.1	2.469	1.5	2.252	1.1	3.129	6.4	2.451	0.6	2.979	1.1	3.104	0	2.500	2.4
> AJUBA	1.185	5.9	0.972	7.1	1.042	1.5	0.912	1.1	1.043	6.4	0.865	0.6	1.024	1.1	0	0	1.149	2.4
> 
> Muitíssimo obrigada pela ajuda!
> 
> Michele
> 
> 
> 
> -- 
> ------------------------------------------------------------------------
> Dra. Michele Claire Breton
> Técnica Superior em Bioinformática
> CICS - Centro de Investigação em Ciências da Saúde
> Faculdade de Ciências da Saúde
> Universidade da Beira Interior
> Covilhã - Castelo Branco - Portugal
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20220525/7db13de7/attachment.htm>


Mais detalhes sobre a lista de discussão R-br