[R-br] Usando objetos do .GlobalEnv no rmarkdown para pdf

Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil emmanuel.brasil em gmail.com
Ter Jan 18 12:11:17 -03 2022


Ei Daniel,

Eu já tinha pensado nesta alternativa mas eu cairia em outro problema. Eu
salvo os arquivos com as datas nos nomes por exemplo

png(paste0("Meugrafico_",Sys.Date(),".png"))
bla bla bla
dev.off()

Então pra chamar o grafico precisaria ser dentro do chunk do R. Eu tentei

```{r fluxograma, include=TRUE}
knitr::include_graphics(here("resultados",paste0("Fluxograma_exclusao_",Sys.Date(),".png")))
```
Mas de novo o html está ok e o pdf retorna que não encontra o arquivo.
Engraçado é que dentro do .Rmd sempre funciona quando peço pra executar
somente este chunk.

Eu também tentei ...


```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
library(here)
library(DiagrammeR)
load(here("dados",paste0("Meusdados_",Sys.Date(),".Rdata")))
```
Pra ver se carregar os dados na sessão do rmarkdown resolve... só que não!

Pedro Brasil


Em ter., 18 de jan. de 2022 às 11:14, Daniel Guimarães Tiezzi <
dtiezzi em usp.br> escreveu:

> Bom dia
>
> E se você salvar o gráfico em PNG e incluir com html (<img src="img.png"
> alt="image", >) ou mesmo o markdown (![Image](img.png))?
>
> daniel
>
>
>
> Em ter., 18 de jan. de 2022 às 11:04, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano
> do Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>
>> Caros amigos de R,
>>
>> Estou trabalhando num relatório de um projeto para gerar um pdf e um html
>> periodicamente no final de cada semana. O passos são os seguintes: 1 -
>> importar os dados; 2 - aplicar as etiquetas; 3 - editar os dados; 4 - Fazer
>> o grafico 1; 5 - fazer o grafico 2; bla bla etc. 10 - gerar o relatório; 11
>> - mandar por email periodicamente. Pra cada passo eu tenho um script
>> separado e um script principal que chama todos eles em sequência e assim
>> consigo me organizar.
>>
>> A minha questão é que já trabalhei diversas vezes com o Sweave e nunca
>> passei por este problema, e agora começando com o rmarkdown estou batendo
>> cabeça. A minha questão é que no script do primeiro gráfico eu gero um
>> objeto "fluxp" que está salvo no disco ("meusdados.RData") e tambem está no
>> .GlobalEnv. Quando eu renderizo para html dá certo. Mas quando renderizo
>> para pdf, o arquivo vem sem a figura. Depois de pedir pra retornar os
>> erros, vem que ele não acha o objeto do grafico. Fuçando por ai, entendi
>> que a renderização abre uma sessão nova no segundo plano e por isso não
>> consegue achar o objeto. Mas não estou conseguindo contornar a situação.
>> Alguma luz?
>>
>> ---
>> title: "Resultado do projeto"
>> author: "Pedro Brasil"
>> date:
>> output:
>> always_allow_html: true
>> ---
>>
>> ```{r setup, include = FALSE}
>> knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
>> knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE)
>> knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
>> ```
>>
>> ## Fluxograma de inclusão e exclusão
>>
>> ```{r fluxograma, echo=FALSE, message=TRUE, warning=TRUE,
>> paged.print=TRUE}
>> DiagrammeR::grViz(fluxp)
>> ```
>> Error in DiagrammeR::grViz(fluxp): objeto 'fluxp' não encontrado
>>
>> Pedro Brasil
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>
>
> --
> Daniel Tiezzi, MD, PhD
> Associate Professor
> Breast Disease and Gynecologic Oncology Division
> Department of Gynecology and Obstetrics
> University of São Paulo
> Brazil
>
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