[R-br] Usando objetos do .GlobalEnv no rmarkdown para pdf

[Cesar Rabak]

Exclusivamente durante a fase de geração do relatório corrente "copie" o
arquivo para um nome fixo, corra todo o processo e no fim exclua apenas
esse "arquivo temporário de nome fixo" para fazer de novo no seu "... bla
bla blá..."



On Tue, Jan 18, 2022 at 12:11 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

> Ei Daniel,
>
> Eu já tinha pensado nesta alternativa mas eu cairia em outro problema. Eu
> salvo os arquivos com as datas nos nomes por exemplo
>
> png(paste0("Meugrafico_",Sys.Date(),".png"))
> bla bla bla
> dev.off()
>
> Então pra chamar o grafico precisaria ser dentro do chunk do R. Eu tentei
>
> ```{r fluxograma, include=TRUE}
>
> knitr::include_graphics(here("resultados",paste0("Fluxograma_exclusao_",Sys.Date(),".png")))
> ```
> Mas de novo o html está ok e o pdf retorna que não encontra o arquivo.
> Engraçado é que dentro do .Rmd sempre funciona quando peço pra executar
> somente este chunk.
>
> Eu também tentei ...
>
>
> ```{r setup, include = FALSE}
> knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
> knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE)
> knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
> library(here)
> library(DiagrammeR)
> load(here("dados",paste0("Meusdados_",Sys.Date(),".Rdata")))
> ```
> Pra ver se carregar os dados na sessão do rmarkdown resolve... só que não!
>
> Pedro Brasil
>
>
> Em ter., 18 de jan. de 2022 às 11:14, Daniel Guimarães Tiezzi <
> dtiezzi em usp.br> escreveu:
>
>> Bom dia
>>
>> E se você salvar o gráfico em PNG e incluir com html (<img src="img.png"
>> alt="image", >) ou mesmo o markdown (![Image](img.png))?
>>
>> daniel
>>
>>
>>
>> Em ter., 18 de jan. de 2022 às 11:04, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano
>> do Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>
>>> Caros amigos de R,
>>>
>>> Estou trabalhando num relatório de um projeto para gerar um pdf e um
>>> html periodicamente no final de cada semana. O passos são os seguintes: 1 -
>>> importar os dados; 2 - aplicar as etiquetas; 3 - editar os dados; 4 - Fazer
>>> o grafico 1; 5 - fazer o grafico 2; bla bla etc. 10 - gerar o relatório; 11
>>> - mandar por email periodicamente. Pra cada passo eu tenho um script
>>> separado e um script principal que chama todos eles em sequência e assim
>>> consigo me organizar.
>>>
>>> A minha questão é que já trabalhei diversas vezes com o Sweave e nunca
>>> passei por este problema, e agora começando com o rmarkdown estou batendo
>>> cabeça. A minha questão é que no script do primeiro gráfico eu gero um
>>> objeto "fluxp" que está salvo no disco ("meusdados.RData") e tambem está no
>>> .GlobalEnv. Quando eu renderizo para html dá certo. Mas quando renderizo
>>> para pdf, o arquivo vem sem a figura. Depois de pedir pra retornar os
>>> erros, vem que ele não acha o objeto do grafico. Fuçando por ai, entendi
>>> que a renderização abre uma sessão nova no segundo plano e por isso não
>>> consegue achar o objeto. Mas não estou conseguindo contornar a situação.
>>> Alguma luz?
>>>
>>> ---
>>> title: "Resultado do projeto"
>>> author: "Pedro Brasil"
>>> date:
>>> output:
>>> always_allow_html: true
>>> ---
>>>
>>> ```{r setup, include = FALSE}
>>> knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
>>> knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE)
>>> knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
>>> ```
>>>
>>> ## Fluxograma de inclusão e exclusão
>>>
>>> ```{r fluxograma, echo=FALSE, message=TRUE, warning=TRUE,
>>> paged.print=TRUE}
>>> DiagrammeR::grViz(fluxp)
>>> ```
>>> Error in DiagrammeR::grViz(fluxp): objeto 'fluxp' não encontrado
>>>
>>> Pedro Brasil
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>
>>
>> --
>> Daniel Tiezzi, MD, PhD
>> Associate Professor
>> Breast Disease and Gynecologic Oncology Division
>> Department of Gynecology and Obstetrics
>> University of São Paulo
>> Brazil
>>
> _______________________________________________
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> código mínimo reproduzível.
>
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