[R-br] Usando objetos do .GlobalEnv no rmarkdown para pdf

[Daniel Guimarães Tiezzi]

Bom dia

E se você salvar o gráfico em PNG e incluir com html (<img src="img.png"
alt="image", >) ou mesmo o markdown (![Image](img.png))?

daniel



Em ter., 18 de jan. de 2022 às 11:04, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> Caros amigos de R,
>
> Estou trabalhando num relatório de um projeto para gerar um pdf e um html
> periodicamente no final de cada semana. O passos são os seguintes: 1 -
> importar os dados; 2 - aplicar as etiquetas; 3 - editar os dados; 4 - Fazer
> o grafico 1; 5 - fazer o grafico 2; bla bla etc. 10 - gerar o relatório; 11
> - mandar por email periodicamente. Pra cada passo eu tenho um script
> separado e um script principal que chama todos eles em sequência e assim
> consigo me organizar.
>
> A minha questão é que já trabalhei diversas vezes com o Sweave e nunca
> passei por este problema, e agora começando com o rmarkdown estou batendo
> cabeça. A minha questão é que no script do primeiro gráfico eu gero um
> objeto "fluxp" que está salvo no disco ("meusdados.RData") e tambem está no
> .GlobalEnv. Quando eu renderizo para html dá certo. Mas quando renderizo
> para pdf, o arquivo vem sem a figura. Depois de pedir pra retornar os
> erros, vem que ele não acha o objeto do grafico. Fuçando por ai, entendi
> que a renderização abre uma sessão nova no segundo plano e por isso não
> consegue achar o objeto. Mas não estou conseguindo contornar a situação.
> Alguma luz?
>
> ---
> title: "Resultado do projeto"
> author: "Pedro Brasil"
> date:
> output:
> always_allow_html: true
> ---
>
> ```{r setup, include = FALSE}
> knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
> knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE)
> knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
> ```
>
> ## Fluxograma de inclusão e exclusão
>
> ```{r fluxograma, echo=FALSE, message=TRUE, warning=TRUE, paged.print=TRUE}
> DiagrammeR::grViz(fluxp)
> ```
> Error in DiagrammeR::grViz(fluxp): objeto 'fluxp' não encontrado
>
> Pedro Brasil
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>


-- 
Daniel Tiezzi, MD, PhD
Associate Professor
Breast Disease and Gynecologic Oncology Division
Department of Gynecology and Obstetrics
University of São Paulo
Brazil
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Um anexo em HTML foi limpo...
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