[R-br] Extraindo o "cumulative hazard" de objeto survfit
Cesar Rabak
cesar.rabak em gmail.com
Sex Dez 10 13:32:17 -03 2021
Esse cálculo dos limites superiores e inferiores do risco acumulado me
parece estranho..
A formulação é baseada em alguma referência?
On Fri, Dec 10, 2021 at 1:23 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
> > fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
> > y <- summary(fit, times = c(14,28,35))
> > y
> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>
> x=Maintained
> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000
> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999
> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875
>
> x=Nonmaintained
> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941
> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816
> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664
>
> > cumhaz.summ <- function(y, digits = 3){
> + cond <- y$strata == levels(y$strata)[1]
> + y$cumhaz.upper <- pmax(y$cumhaz + 1.96 * y$std.chaz,0)
> + y$cumhaz.lower <- pmax(y$cumhaz - 1.96 * y$std.chaz,0)
> + output <- list()
> + for(i in seq_along(levels(y$strata))){
> + cond <- y$strata == levels(y$strata)[i]
> + output[[i]] <- round(data.frame(Time = y$time[cond],
> + 'N risk' = y$n.risk[cond],
> + 'N events' = y$n.event[cond],
> + 'Cum Hazard' = y$cumhaz[cond],
> + lower = y$cumhaz.lower[cond],
> + upper = y$cumhaz.upper[cond]),digits)
> + }
> + names(output) <- levels(y$strata)
> + output
> + }
> > cumhaz.summ(y)
> $`x=Maintained`
> Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper
> 1 14 8 2 0.191 0.000 0.456
> 2 28 6 2 0.459 0.002 0.915
> 3 35 3 2 0.909 0.133 1.685
>
> $`x=Nonmaintained`
> Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper
> 1 14 7 5 0.492 0.056 0.928
> 2 28 4 2 0.858 0.187 1.530
> 3 35 2 2 1.442 0.385 2.499
>
> >
>
> Em qui., 9 de dez. de 2021 às 10:43, Cid Póvoas por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>
>> library(survival)
>> library(broom)
>> library(tidyverse)
>>
>> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>> df<-tidy(fit)
>> df$cumhaz <- fit$cumhaz
>> df %>% filter(time%in%c(9,8,28,33,48))
>>
>> fit1 <- summary(fit, times = c(14,28,35))
>> fit1
>>
>> tab <- data.frame(time = fit1$time,
>> n.risk = fit1$n.risk,
>> n.event = fit1$n.event,
>> survival = fit1$surv,
>> std.err = fit1$std.err,
>> `lower 95% CI` = fit1$lower,
>> `upper 95% CI` = fit1$upper,
>> cumhaz = fit1$cumhaz,
>> strata = fit1$strata)
>>
>> tab
>>
>> *Cid Edson Mendonça Póvoas*
>>
>> *AnovAgro <http://www.anovagro.com/>*
>> *Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist*
>> *CREA : 051984991-4*
>> *Técnico em Segurança do Trabalho *
>> *Nº: **0012669/BA*
>> *Tel: +55 73 99151-9565*
>> *Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537
>> *LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/
>> *Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565
>>
>>
>> Em qui., 9 de dez. de 2021 às 09:26, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano
>> do Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>
>>> Ei Cesar,
>>>
>>> Ei sei que o cumhaz esta la. Eu so queria uma saida parecida com a do
>>> survival. Parece que vou ter que montar uma um esquema aqui pegar esses
>>> valores e montar uma tabela de saida.
>>>
>>> Valeu.
>>>
>>> Pedro Emmanuel Brasil
>>> (:)=
>>>
>>> Em qua, 8 de dez de 2021 20:42, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
>>> escreveu:
>>>
>>>> Isto não é suficiente?
>>>>
>>>> > fit$cumhaz
>>>> [1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623
>>>> [7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667
>>>> [13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667
>>>> [19] 1.94166667 2.94166667
>>>> >
>>>> HTH
>>>> --
>>>> Cesar Rabak
>>>>
>>>> On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
>>>> Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>>>>
>>>>> Saudações amigos do R,
>>>>>
>>>>> Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça.
>>>>> Antes de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns
>>>>> valores gostaria de uma luz dos amigos de R.
>>>>>
>>>>> O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote
>>>>> pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns
>>>>> momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit
>>>>> só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa.
>>>>>
>>>>> library("survival")
>>>>> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>> > fit
>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>>
>>>>> n events median 0.95LCL 0.95UCL
>>>>> x=Maintained 11 7 31 18 NA
>>>>> x=Nonmaintained 12 11 23 8 NA
>>>>> # Summary com todos os momentos de eventos
>>>>> > summary(fit)
>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>>
>>>>> x=Maintained
>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>> 9 11 1 0.909 0.0867 0.7541 1.000
>>>>> 13 10 1 0.818 0.1163 0.6192 1.000
>>>>> 18 8 1 0.716 0.1397 0.4884 1.000
>>>>> 23 7 1 0.614 0.1526 0.3769 0.999
>>>>> 31 5 1 0.491 0.1642 0.2549 0.946
>>>>> 34 4 1 0.368 0.1627 0.1549 0.875
>>>>> 48 2 1 0.184 0.1535 0.0359 0.944
>>>>>
>>>>> x=Nonmaintained
>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>> 5 12 2 0.8333 0.1076 0.6470 1.000
>>>>> 8 10 2 0.6667 0.1361 0.4468 0.995
>>>>> 12 8 1 0.5833 0.1423 0.3616 0.941
>>>>> 23 6 1 0.4861 0.1481 0.2675 0.883
>>>>> 27 5 1 0.3889 0.1470 0.1854 0.816
>>>>> 30 4 1 0.2917 0.1387 0.1148 0.741
>>>>> 33 3 1 0.1944 0.1219 0.0569 0.664
>>>>> 43 2 1 0.0972 0.0919 0.0153 0.620
>>>>> 45 1 1 0.0000 NaN NA NA
>>>>>
>>>>> # Summary com os momentos desejados
>>>>> > summary(fit, times = c(14,28,35))
>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>>
>>>>> x=Maintained
>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000
>>>>> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999
>>>>> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875
>>>>>
>>>>> x=Nonmaintained
>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941
>>>>> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816
>>>>> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664
>>>>>
>>>>> > plot(fit)
>>>>> > plot(fit, cumhaz = T)
>>>>> >
>>>>> Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa
>>>>> que o cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também.
>>>>> Tipo summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T)
>>>>> que retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra
>>>>> fazer isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como summary(fit,
>>>>> times = c(14,28,35)) sem muito trabalho?
>>>>>
>>>>> Abraço forte,
>>>>> Pedro Brasil
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>>>>> código mínimo reproduzível.
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