[R-br] Extraindo o "cumulative hazard" de objeto survfit

Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil emmanuel.brasil em gmail.com
Sex Dez 10 13:22:49 -03 2021


> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
> y <- summary(fit, times = c(14,28,35))
> y
Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)

                x=Maintained
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   14      8       2    0.818   0.116        0.619        1.000
   28      6       2    0.614   0.153        0.377        0.999
   35      3       2    0.368   0.163        0.155        0.875

                x=Nonmaintained
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   14      7       5    0.583   0.142       0.3616        0.941
   28      4       2    0.389   0.147       0.1854        0.816
   35      2       2    0.194   0.122       0.0569        0.664

> cumhaz.summ <- function(y, digits = 3){
+   cond <- y$strata == levels(y$strata)[1]
+   y$cumhaz.upper  <- pmax(y$cumhaz + 1.96 * y$std.chaz,0)
+   y$cumhaz.lower  <- pmax(y$cumhaz - 1.96 * y$std.chaz,0)
+   output <- list()
+   for(i in seq_along(levels(y$strata))){
+     cond <- y$strata == levels(y$strata)[i]
+     output[[i]] <- round(data.frame(Time = y$time[cond],
+                                     'N risk' = y$n.risk[cond],
+                                     'N events' = y$n.event[cond],
+                                     'Cum Hazard' = y$cumhaz[cond],
+                                     lower = y$cumhaz.lower[cond],
+                                     upper = y$cumhaz.upper[cond]),digits)
+   }
+   names(output) <- levels(y$strata)
+   output
+ }
> cumhaz.summ(y)
$`x=Maintained`
  Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper
1   14      8        2      0.191 0.000 0.456
2   28      6        2      0.459 0.002 0.915
3   35      3        2      0.909 0.133 1.685

$`x=Nonmaintained`
  Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper
1   14      7        5      0.492 0.056 0.928
2   28      4        2      0.858 0.187 1.530
3   35      2        2      1.442 0.385 2.499

>

Em qui., 9 de dez. de 2021 às 10:43, Cid Póvoas por (R-br) <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> library(survival)
> library(broom)
> library(tidyverse)
>
> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
> df<-tidy(fit)
> df$cumhaz <- fit$cumhaz
> df %>% filter(time%in%c(9,8,28,33,48))
>
> fit1 <- summary(fit, times = c(14,28,35))
> fit1
>
> tab <- data.frame(time = fit1$time,
>                   n.risk = fit1$n.risk,
>                   n.event = fit1$n.event,
>                   survival = fit1$surv,
>                   std.err = fit1$std.err,
>                   `lower 95% CI` = fit1$lower,
>                   `upper 95% CI` = fit1$upper,
>                   cumhaz = fit1$cumhaz,
>                   strata = fit1$strata)
>
> tab
>
> *Cid Edson Mendonça Póvoas*
>
> *AnovAgro <http://www.anovagro.com/>*
> *Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist*
> *CREA : 051984991-4*
> *Técnico em Segurança do Trabalho *
> *Nº: **0012669/BA*
> *Tel: +55 73 99151-9565*
> *Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537
> *LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/
> *Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565
>
>
> Em qui., 9 de dez. de 2021 às 09:26, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
> Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>
>> Ei Cesar,
>>
>> Ei sei que o cumhaz esta la. Eu so queria uma saida parecida com a do
>> survival. Parece que vou ter que montar uma um esquema aqui pegar esses
>> valores e montar uma tabela de saida.
>>
>> Valeu.
>>
>> Pedro Emmanuel Brasil
>> (:)=
>>
>> Em qua, 8 de dez de 2021 20:42, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
>> escreveu:
>>
>>> Isto não é suficiente?
>>>
>>> > fit$cumhaz
>>>  [1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623
>>>  [7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667
>>> [13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667
>>> [19] 1.94166667 2.94166667
>>> >
>>> HTH
>>> --
>>> Cesar Rabak
>>>
>>> On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
>>> Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>>>
>>>> Saudações amigos do R,
>>>>
>>>> Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça.
>>>> Antes de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns
>>>> valores gostaria de uma luz dos amigos de R.
>>>>
>>>> O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote
>>>> pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns
>>>> momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit
>>>> só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa.
>>>>
>>>> library("survival")
>>>>  fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>> > fit
>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>
>>>>                  n events median 0.95LCL 0.95UCL
>>>> x=Maintained    11      7     31      18      NA
>>>> x=Nonmaintained 12     11     23       8      NA
>>>> # Summary com todos os momentos de eventos
>>>> > summary(fit)
>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>
>>>>                 x=Maintained
>>>>  time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>     9     11       1    0.909  0.0867       0.7541        1.000
>>>>    13     10       1    0.818  0.1163       0.6192        1.000
>>>>    18      8       1    0.716  0.1397       0.4884        1.000
>>>>    23      7       1    0.614  0.1526       0.3769        0.999
>>>>    31      5       1    0.491  0.1642       0.2549        0.946
>>>>    34      4       1    0.368  0.1627       0.1549        0.875
>>>>    48      2       1    0.184  0.1535       0.0359        0.944
>>>>
>>>>                 x=Nonmaintained
>>>>  time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>     5     12       2   0.8333  0.1076       0.6470        1.000
>>>>     8     10       2   0.6667  0.1361       0.4468        0.995
>>>>    12      8       1   0.5833  0.1423       0.3616        0.941
>>>>    23      6       1   0.4861  0.1481       0.2675        0.883
>>>>    27      5       1   0.3889  0.1470       0.1854        0.816
>>>>    30      4       1   0.2917  0.1387       0.1148        0.741
>>>>    33      3       1   0.1944  0.1219       0.0569        0.664
>>>>    43      2       1   0.0972  0.0919       0.0153        0.620
>>>>    45      1       1   0.0000     NaN           NA           NA
>>>>
>>>> # Summary com os momentos desejados
>>>> > summary(fit, times = c(14,28,35))
>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>
>>>>                 x=Maintained
>>>>  time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>    14      8       2    0.818   0.116        0.619        1.000
>>>>    28      6       2    0.614   0.153        0.377        0.999
>>>>    35      3       2    0.368   0.163        0.155        0.875
>>>>
>>>>                 x=Nonmaintained
>>>>  time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>    14      7       5    0.583   0.142       0.3616        0.941
>>>>    28      4       2    0.389   0.147       0.1854        0.816
>>>>    35      2       2    0.194   0.122       0.0569        0.664
>>>>
>>>> > plot(fit)
>>>> > plot(fit, cumhaz = T)
>>>> >
>>>> Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa que
>>>> o cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também.
>>>> Tipo summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T)
>>>> que retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra
>>>> fazer  isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como summary(fit,
>>>> times = c(14,28,35)) sem muito trabalho?
>>>>
>>>> Abraço forte,
>>>> Pedro Brasil
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>> código mínimo reproduzível.
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