[R-br] Extraindo o "cumulative hazard" de objeto survfit
Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
emmanuel.brasil em gmail.com
Sex Dez 10 16:02:31 -03 2021
Na verdade eu estou fuçando ainda como plot.survfit faz pq não esta escrito
em qualquer lugar que eu tenha achado como essa função faz e a
summary.survfit retorna o erro padrão. Mas como a duvida era como extrair o
cumhaz... achei que poderia postar. Se voce souber como a função plot faz
posta aí que eu acerto.
Pedro Brasil
Em sex., 10 de dez. de 2021 às 13:32, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
escreveu:
> Esse cálculo dos limites superiores e inferiores do risco acumulado me
> parece estranho..
>
> A formulação é baseada em alguma referência?
>
>
> On Fri, Dec 10, 2021 at 1:23 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
> Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
>> > fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>> > y <- summary(fit, times = c(14,28,35))
>> > y
>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>
>> x=Maintained
>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000
>> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999
>> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875
>>
>> x=Nonmaintained
>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941
>> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816
>> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664
>>
>> > cumhaz.summ <- function(y, digits = 3){
>> + cond <- y$strata == levels(y$strata)[1]
>> + y$cumhaz.upper <- pmax(y$cumhaz + 1.96 * y$std.chaz,0)
>> + y$cumhaz.lower <- pmax(y$cumhaz - 1.96 * y$std.chaz,0)
>> + output <- list()
>> + for(i in seq_along(levels(y$strata))){
>> + cond <- y$strata == levels(y$strata)[i]
>> + output[[i]] <- round(data.frame(Time = y$time[cond],
>> + 'N risk' = y$n.risk[cond],
>> + 'N events' = y$n.event[cond],
>> + 'Cum Hazard' = y$cumhaz[cond],
>> + lower = y$cumhaz.lower[cond],
>> + upper =
>> y$cumhaz.upper[cond]),digits)
>> + }
>> + names(output) <- levels(y$strata)
>> + output
>> + }
>> > cumhaz.summ(y)
>> $`x=Maintained`
>> Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper
>> 1 14 8 2 0.191 0.000 0.456
>> 2 28 6 2 0.459 0.002 0.915
>> 3 35 3 2 0.909 0.133 1.685
>>
>> $`x=Nonmaintained`
>> Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper
>> 1 14 7 5 0.492 0.056 0.928
>> 2 28 4 2 0.858 0.187 1.530
>> 3 35 2 2 1.442 0.385 2.499
>>
>> >
>>
>> Em qui., 9 de dez. de 2021 às 10:43, Cid Póvoas por (R-br) <
>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>
>>> library(survival)
>>> library(broom)
>>> library(tidyverse)
>>>
>>> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>> df<-tidy(fit)
>>> df$cumhaz <- fit$cumhaz
>>> df %>% filter(time%in%c(9,8,28,33,48))
>>>
>>> fit1 <- summary(fit, times = c(14,28,35))
>>> fit1
>>>
>>> tab <- data.frame(time = fit1$time,
>>> n.risk = fit1$n.risk,
>>> n.event = fit1$n.event,
>>> survival = fit1$surv,
>>> std.err = fit1$std.err,
>>> `lower 95% CI` = fit1$lower,
>>> `upper 95% CI` = fit1$upper,
>>> cumhaz = fit1$cumhaz,
>>> strata = fit1$strata)
>>>
>>> tab
>>>
>>> *Cid Edson Mendonça Póvoas*
>>>
>>> *AnovAgro <http://www.anovagro.com/>*
>>> *Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist*
>>> *CREA : 051984991-4*
>>> *Técnico em Segurança do Trabalho *
>>> *Nº: **0012669/BA*
>>> *Tel: +55 73 99151-9565*
>>> *Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537
>>> *LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/
>>> *Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565
>>>
>>>
>>> Em qui., 9 de dez. de 2021 às 09:26, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano
>>> do Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>>>
>>>> Ei Cesar,
>>>>
>>>> Ei sei que o cumhaz esta la. Eu so queria uma saida parecida com a do
>>>> survival. Parece que vou ter que montar uma um esquema aqui pegar esses
>>>> valores e montar uma tabela de saida.
>>>>
>>>> Valeu.
>>>>
>>>> Pedro Emmanuel Brasil
>>>> (:)=
>>>>
>>>> Em qua, 8 de dez de 2021 20:42, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
>>>> escreveu:
>>>>
>>>>> Isto não é suficiente?
>>>>>
>>>>> > fit$cumhaz
>>>>> [1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623
>>>>> [7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667
>>>>> [13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667
>>>>> [19] 1.94166667 2.94166667
>>>>> >
>>>>> HTH
>>>>> --
>>>>> Cesar Rabak
>>>>>
>>>>> On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do
>>>>> Brasil por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>>>>>
>>>>>> Saudações amigos do R,
>>>>>>
>>>>>> Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça.
>>>>>> Antes de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns
>>>>>> valores gostaria de uma luz dos amigos de R.
>>>>>>
>>>>>> O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote
>>>>>> pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns
>>>>>> momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit
>>>>>> só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa.
>>>>>>
>>>>>> library("survival")
>>>>>> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>>> > fit
>>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>>>
>>>>>> n events median 0.95LCL 0.95UCL
>>>>>> x=Maintained 11 7 31 18 NA
>>>>>> x=Nonmaintained 12 11 23 8 NA
>>>>>> # Summary com todos os momentos de eventos
>>>>>> > summary(fit)
>>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>>>
>>>>>> x=Maintained
>>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>>> 9 11 1 0.909 0.0867 0.7541 1.000
>>>>>> 13 10 1 0.818 0.1163 0.6192 1.000
>>>>>> 18 8 1 0.716 0.1397 0.4884 1.000
>>>>>> 23 7 1 0.614 0.1526 0.3769 0.999
>>>>>> 31 5 1 0.491 0.1642 0.2549 0.946
>>>>>> 34 4 1 0.368 0.1627 0.1549 0.875
>>>>>> 48 2 1 0.184 0.1535 0.0359 0.944
>>>>>>
>>>>>> x=Nonmaintained
>>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>>> 5 12 2 0.8333 0.1076 0.6470 1.000
>>>>>> 8 10 2 0.6667 0.1361 0.4468 0.995
>>>>>> 12 8 1 0.5833 0.1423 0.3616 0.941
>>>>>> 23 6 1 0.4861 0.1481 0.2675 0.883
>>>>>> 27 5 1 0.3889 0.1470 0.1854 0.816
>>>>>> 30 4 1 0.2917 0.1387 0.1148 0.741
>>>>>> 33 3 1 0.1944 0.1219 0.0569 0.664
>>>>>> 43 2 1 0.0972 0.0919 0.0153 0.620
>>>>>> 45 1 1 0.0000 NaN NA NA
>>>>>>
>>>>>> # Summary com os momentos desejados
>>>>>> > summary(fit, times = c(14,28,35))
>>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
>>>>>>
>>>>>> x=Maintained
>>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>>> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000
>>>>>> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999
>>>>>> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875
>>>>>>
>>>>>> x=Nonmaintained
>>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
>>>>>> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941
>>>>>> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816
>>>>>> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664
>>>>>>
>>>>>> > plot(fit)
>>>>>> > plot(fit, cumhaz = T)
>>>>>> >
>>>>>> Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa
>>>>>> que o cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também.
>>>>>> Tipo summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T)
>>>>>> que retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra
>>>>>> fazer isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como summary(fit,
>>>>>> times = c(14,28,35)) sem muito trabalho?
>>>>>>
>>>>>> Abraço forte,
>>>>>> Pedro Brasil
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