[R-br] Instalação do pacote brms
Jônatan
jdtatsch em gmail.com
Quarta Março 14 18:43:32 -03 2018
Olá André,
no seu e-mail só apareceram avisos durante a instalação do pacote, e as
suas mensagens foram as mesmas que apareceram na minha sessão.
A minha instalação foi *demorada*, você aguardou até o final? ela acusou
algum erro, além daqueles warnings de sua mensagem?
Instalei com sucesso o pacote rstan. Coloquei as saídas (muito extensa)
nesse gist:
https://gist.github.com/lhmet/9b715830ea226545aefa85d845620a40
Testei o exemplo da vinheta e os reproduzi com sucesso.
Sugiro que verifique também se tens todos pré-requisitos reportados em
https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Mac-or-Linux
Att.
sessionInfo()
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.0
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=pt_BR.UTF-8
[9] LC_ADDRESS=pt_BR.UTF-8 LC_TELEPHONE=pt_BR.UTF-8
[11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=pt_BR.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] rstan_2.17.3 StanHeaders_2.17.2 inmetr_0.2.6.9000 ggmap_2.7.900
[5] forcats_0.2.0 stringr_1.3.0 dplyr_0.7.4 purrr_0.2.4
[9] readr_1.2.0 tidyr_0.8.0 tibble_1.4.2
ggplot2_2.2.1.9000
[13] tidyverse_1.2.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tagcloud_0.6 TH.data_1.0-8 colorspace_1.3-3
rjson_0.2.15
[5] gdalUtils_2.0.1.13 easypackages_0.1.0 modeltools_0.2-21
. . . (omitido) ver gist.
Att.
2018-03-14 7:53 GMT-03:00 Andre Oliveira via R-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
:
> boa dia,
> estou a procura de um pacote para estimar componentes de variâncias via
> Bayesiana. Já testes alguns outros recomendados por professores, mas, me
> falaram da* brms*. Acontece que são tantos erros que não consegui
> instalar no Ubuntu. A rstan é uma dependência que não instala por nada.
> Alguém tem algumas sugestões?
>
>
> *R version 3.4.3 (2017-11-30) *-- "Kite-Eating Tree"
> Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>
> R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA.
> Você pode redistribuí-lo sob certas circunstâncias.
> Digite 'license()' ou 'licence()' para detalhes de distribuição.
>
> R é um projeto colaborativo com muitos contribuidores.
> Digite 'contributors()' para obter mais informações e
> 'citation()' para saber como citar o R ou pacotes do R em publicações.
>
> Digite 'demo()' para demonstrações, 'help()' para o sistema on-line de
> ajuda,
> ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador.
> Digite 'q()' para sair do R.
>
> [Workspace loaded from ~/.RData]
>
> > install.packages("rstan")
> Installing package into ‘/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
> (as ‘lib’ is unspecified)
> tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/rstan_2.17.3.tar.
> gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 747202 bytes (729 KB)
> ==================================================
> downloaded 729 KB
>
> * installing *source* package ‘rstan’ ...
> ** package ‘rstan’ successfully unpacked and MD5 sums checked
> ** libs
> g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"../inst/include"
> -I"../inst/include/boost_not_in_BH" -I"`"/usr/lib/R/bin/Rscript"
> --vanilla -e "cat(system.file('include', 'src', package =
> 'StanHeaders'))"`" -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE
> -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DFUSION_MAX_VECTOR_SIZE=12
> -DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/RcppEigen/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/BH/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/StanHeaders/include" -fpic -g -O2
> -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat
> -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c chains.cpp -o chains.o
>
> .
> .
> .
> .
> .
> In file included from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/phoenix_limits.hpp:11:0,
> from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/support/meta_compiler.hpp:16,
> from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/meta_compiler.hpp:14,
> from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action/action.hpp:14,
> from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action.hpp:14,
> from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi.hpp:14,
> from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/qi.hpp:16,
> from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/
> grammars/bare_type_grammar_def.hpp:4,
> from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/
> grammars/bare_type_grammar_inst.cpp:1,
> from lang__grammars__bare_type_grammar_inst.cpp:18:
> /home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/
> boost/phoenix/core/limits.hpp:44:0: warning: "BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION"
> redefined [enabled by default]
> # define BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION
> ^
> <command-line>:0:0: note: this is the location of the previous definition
>
> *Não passa deste ponto ! *
>
>
>
>
> # Em allguns momentos da este aviso.
> *installed.packages("rstan")*
> Package LibPath Version Priority Depends Imports LinkingTo Suggests
> Enhances License
> License_is_FOSS License_restricts_use OS_type Archs MD5sum
> NeedsCompilation Built
>
>
> # Aqui estão dependências complicadas!
> installed.packages("rstan")
> install.packages("shinystan")
> installed.packages("brms")
> Grato!
>
>
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## Jônatan Dupont Tatsch
## Professor do Departamento de Física
## Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE)
## Universidade Federal de Santa Maria - UFSM
## Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil -
97105-900
## Telefone: +55(55)33012083
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