[R-br] Instalação do pacote brms

[Cesar Rabak]

Pelas mensagens dá a impressão que o pacote rstan requer bibliotecas não
FOSS (não livres no sentido Free Software) e seu OS não está habilitando a
instalação delas...



2018-03-14 7:53 GMT-03:00 Andre Oliveira via R-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
:

> boa dia,
> estou a procura de um pacote para estimar componentes de variâncias via
> Bayesiana. Já testes alguns outros recomendados por professores, mas,  me
> falaram da* brms*. Acontece que são tantos erros que não consegui
> instalar no Ubuntu. A rstan é uma dependência que não instala por nada.
> Alguém tem algumas sugestões?
>
>
> *R version 3.4.3 (2017-11-30) *-- "Kite-Eating Tree"
> Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>
> R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA.
> Você pode redistribuí-lo sob certas circunstâncias.
> Digite 'license()' ou 'licence()' para detalhes de distribuição.
>
> R é um projeto colaborativo com muitos contribuidores.
> Digite 'contributors()' para obter mais informações e
> 'citation()' para saber como citar o R ou pacotes do R em publicações.
>
> Digite 'demo()' para demonstrações, 'help()' para o sistema on-line de
> ajuda,
> ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador.
> Digite 'q()' para sair do R.
>
> [Workspace loaded from ~/.RData]
>
> > install.packages("rstan")
> Installing package into ‘/home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
> (as ‘lib’ is unspecified)
> tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/rstan_2.17.3.tar.
> gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 747202 bytes (729 KB)
> ==================================================
> downloaded 729 KB
>
> * installing *source* package ‘rstan’ ...
> ** package ‘rstan’ successfully unpacked and MD5 sums checked
> ** libs
> g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"../inst/include"
> -I"../inst/include/boost_not_in_BH" -I"`"/usr/lib/R/bin/Rscript"
> --vanilla -e "cat(system.file('include', 'src', package =
> 'StanHeaders'))"`" -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE
> -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DFUSION_MAX_VECTOR_SIZE=12
> -DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/RcppEigen/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/BH/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc-
> linux-gnu-library/3.4/StanHeaders/include"    -fpic  -g -O2
> -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat
> -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c chains.cpp -o chains.o
>
> .
> .
> .
> .
> .
> In file included from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/phoenix_limits.hpp:11:0,
>                  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/support/meta_compiler.hpp:16,
>                  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/meta_compiler.hpp:14,
>                  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action/action.hpp:14,
>                  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi/action.hpp:14,
>                  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/home/qi.hpp:14,
>                  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/BH/include/boost/spirit/include/qi.hpp:16,
>                  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/
> grammars/bare_type_grammar_def.hpp:4,
>                  from /home/andre/R/x86_64-pc-linux-
> gnu-library/3.4/StanHeaders/include/src/stan/lang/
> grammars/bare_type_grammar_inst.cpp:1,
>                  from lang__grammars__bare_type_grammar_inst.cpp:18:
> /home/andre/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/BH/include/
> boost/phoenix/core/limits.hpp:44:0: warning: "BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION"
> redefined [enabled by default]
>  # define BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION
>  ^
> <command-line>:0:0: note: this is the location of the previous definition
>
> *Não passa deste ponto ! *
>
>
>
>
> # Em allguns momentos da este aviso.
> *installed.packages("rstan")*
> Package LibPath Version Priority Depends Imports LinkingTo Suggests
> Enhances License
> License_is_FOSS License_restricts_use OS_type Archs MD5sum
> NeedsCompilation Built
>
>
> # Aqui estão dependências complicadas!
> installed.packages("rstan")
> install.packages("shinystan")
> installed.packages("brms")
> Grato!
>
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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