[R-br] Instalação do pacote brms

Edson Lira edinhoestat em yahoo.com.br
Quinta Março 15 09:43:12 -03 2018


As vezes eu baixo o pacote que necessito zipado e instalo de um pasta local.

Bom dia a todos!!!
Prof. Edson Lira, Me 
Estatístico
Manaus-Amazonas 

    Em quarta-feira, 14 de março de 2018 17:44:48 GMT-4, Jônatan via R-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:  
 
 Olá André, no seu e-mail só apareceram avisos durante a instalação do pacote,  e as suas mensagens foram as mesmas que apareceram na minha sessão.A minha instalação foi demorada, você aguardou até o final? ela acusou algum erro, além daqueles warnings de sua mensagem?
Instalei com sucesso o pacote rstan. Coloquei as saídas (muito extensa) nesse gist:
https://gist.github.com/lhmet/9b715830ea226545aefa85d845620a40

Testei o exemplo da vinheta e os reproduzi com sucesso.
Sugiro que verifique também se tens todos pré-requisitos reportados em https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Mac-or-Linux

Att.
sessionInfo()
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8          LC_NUMERIC=C                 
 [3] LC_TIME=pt_BR.UTF-8           LC_COLLATE=en_US.UTF-8       
 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8       LC_MESSAGES=en_US.UTF-8      
 [7] LC_PAPER=pt_BR.UTF-8          LC_NAME=pt_BR.UTF-8          
 [9] LC_ADDRESS=pt_BR.UTF-8        LC_TELEPHONE=pt_BR.UTF-8     
[11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8    LC_IDENTIFICATION=pt_BR.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] rstan_2.17.3       StanHeaders_2.17.2 inmetr_0.2.6.9000  ggmap_2.7.900     
 [5] forcats_0.2.0      stringr_1.3.0      dplyr_0.7.4        purrr_0.2.4       
 [9] readr_1.2.0        tidyr_0.8.0        tibble_1.4.2       ggplot2_2.2.1.9000
[13] tidyverse_1.2.1   

loaded via a namespace (and not attached):
  [1] tagcloud_0.6        TH.data_1.0-8       colorspace_1.3-3    rjson_0.2.15       
  [5] gdalUtils_2.0.1.13  easypackages_0.1.0  modeltools_0.2-21 . . . (omitido) ver gist.
Att.



2018-03-14 7:53 GMT-03:00 Andre Oliveira via R-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>:

boa dia,estou a procura de um pacote para estimar componentes de variâncias via Bayesiana. Já testes alguns outros recomendados por professores, mas,  me falaram da brms. Acontece que são tantos erros que não consegui instalar no Ubuntu. A rstan é uma dependência que não instala por nada.  Alguém tem algumas sugestões? 


R version 3.4.3 (2017-11-30) -- "Kite-Eating Tree"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA.
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ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador.
Digite 'q()' para sair do R.

[Workspace loaded from ~/.RData]

> install.packages("rstan")
Installing package into ‘/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/ src/contrib/rstan_2.17.3.tar. gz'
Content type 'application/x-gzip' length 747202 bytes (729 KB)
============================== ====================
downloaded 729 KB

* installing *source* package ‘rstan’ ...
** package ‘rstan’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"../inst/include" -I"../inst/include/boost_not_ in_BH" -I"`"/usr/lib/R/bin/Rscript" --vanilla -e "cat(system.file('include', 'src', package = 'StanHeaders'))"`" -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DFUSION_MAX_VECTOR_SIZE=12 -DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_ EXPRESSION -I"/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4/Rcpp/ include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4/ RcppEigen/include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4/BH/ include" -I"/home/andre/R/x86_64-pc- linux-gnu-library/3.4/ StanHeaders/include"    -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c chains.cpp -o chains.o
.....In file included from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/ boost/spirit/include/phoenix_ limits.hpp:11:0,
                 from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/ boost/spirit/home/support/ meta_compiler.hpp:16,
                 from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/ boost/spirit/home/qi/meta_ compiler.hpp:14,
                 from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/ boost/spirit/home/qi/action/ action.hpp:14,
                 from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/ boost/spirit/home/qi/action. hpp:14,
                 from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/ boost/spirit/home/qi.hpp:14,
                 from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/ boost/spirit/include/qi.hpp: 16,
                 from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/StanHeaders/ include/src/stan/lang/ grammars/bare_type_grammar_ def.hpp:4,
                 from /home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/StanHeaders/ include/src/stan/lang/ grammars/bare_type_grammar_ inst.cpp:1,
                 from lang__grammars__bare_type_ grammar_inst.cpp:18:
/home/andre/R/x86_64-pc-linux- gnu-library/3.4/BH/include/ boost/phoenix/core/limits.hpp: 44:0: warning: "BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_ EXPRESSION" redefined [enabled by default]
 # define BOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_ EXPRESSION
 ^
<command-line>:0:0: note: this is the location of the previous definition 

Não passa deste ponto ! 




# Em allguns momentos da este aviso. 
installed.packages("rstan")
Package LibPath Version Priority Depends Imports LinkingTo Suggests Enhances License
License_is_FOSS License_restricts_use OS_type Archs MD5sum NeedsCompilation Built


# Aqui estão dependências complicadas! 
installed.packages("rstan")
install.packages("shinystan")
installed.packages("brms")
Grato! 


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##  Jônatan Dupont Tatsch##  Professor do Departamento de Física##  Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE)
##  Universidade Federal de Santa Maria - UFSM##  Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil - 97105-900
##  Telefone: +55(55)33012083
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