[R-br] problema GLMM negative binomial

Ludmila Rattis ludmilarattis em gmail.com
Segunda Março 30 12:48:47 BRT 2015


Eder, muito obrigada!

O problema era realmente com os strings e eu não sabia como resolver.

Obrigada mesmo!! : )

2015-03-29 7:04 GMT-04:00 Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>:

> Ludmilla, bom dia!
>
> Não cheguei a rodar seu script, mas percebo que as formulas que você está
> gerando não estão com a referência correta. Os colnames ("resp_1",
> "pred_1",) estão diferentes da notação da formula (resp1~pred1).
>
> # formulas<-paste("resp",1:37,"~pred",1:6,sep='')
> formulas<-paste("resp_",1:37,"~pred_",1:6,sep='') ### alterar para essa
> forma
>
> Outra coisa é verificar se a função está entendendo as strings como
> formulas. Pra testar, se a primeira forma não rodar, tente a segunda.
>
>
> glmmadmb(formulas[1],data=data,random=1|~landscape,family="nbinom",zeroInflation=FALSE)
>
> glmmadmb(as.formula(formulas[1]),data=data,random=1|~landscape,family="nbinom",zeroInflation=FALSE)
>
> Espero que ajude,
>
> Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
>
>
> Em 28 de março de 2015 18:44, Ludmila Rattis <ludmilarattis em gmail.com>
> escreveu:
>
>> Ola,
>>
>> Tenho uma serie de modelos para rodar e quando tento colocar a funcao
>> glmmadmb, pertencente ao pacote glmmADMB, num looping, retorna o seguinte
>> erro:
>>
>> Error in if (rchar == "") rchar <- "1" : missing value where TRUE/FALSE
>> needed
>>
>> Procurei por esse erro no google e nao encontrei nada semelhante. Quando
>> tento fora do looping, a funcao roda normalmente. Eis um codigo de exemplo:
>>
>> install.packages("glmmADMB", repos="http://r-forge.r-project.org",
>> type="source")
>> data<-matrix(0,180,43);for(i in 1:43){data[,i]<-rnorm(180,mean=0,sd=1) }
>> landscape<-factor(sort(rep(1:30,6)))
>> resp<-paste("resp_",1:37,sep='')
>> pred<-paste("pred_",1:6,sep='')
>> data<-cbind(data,landscape)
>> colnames(data)<-c(resp,pred,"landscape")
>> formulas<-paste("resp",1:37,"~pred",1:6,sep='')
>> fitted.glmm<-list()
>> for (i in 1:length(formulas)){
>>
>> fitted.glmm[[]]<-glmmadmb(formulas[i],data=data,random=1|~landscape,family="nbinom",zeroInflation=FALSE)}
>>
>>
>> Alguem poderia me dizer o que esta acontecendo?
>>
>> Muito obrigada, Lud
>>
>>
>> --
>> *Ludmila Rattis*
>> Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP
>> Geomatics and Landscape Ecology Research Laboratory (Carleton University
>> - Canada)
>> http://www.glel.carleton.ca
>> Conservation Biogeography Lab (Goias Federal University - Brazil)
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>> <http://sites.ffclrp.usp.br/ficus>
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>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
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