[R-br] problema GLMM negative binomial

[Éder Comunello]

Ludmilla, bom dia!

Não cheguei a rodar seu script, mas percebo que as formulas que você está
gerando não estão com a referência correta. Os colnames ("resp_1",
"pred_1",) estão diferentes da notação da formula (resp1~pred1).

# formulas<-paste("resp",1:37,"~pred",1:6,sep='')
formulas<-paste("resp_",1:37,"~pred_",1:6,sep='') ### alterar para essa
forma

Outra coisa é verificar se a função está entendendo as strings como
formulas. Pra testar, se a primeira forma não rodar, tente a segunda.

glmmadmb(formulas[1],data=data,random=1|~landscape,family="nbinom",zeroInflation=FALSE)
glmmadmb(as.formula(formulas[1]),data=data,random=1|~landscape,family="nbinom",zeroInflation=FALSE)

Espero que ajude,

Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]


Em 28 de março de 2015 18:44, Ludmila Rattis <ludmilarattis em gmail.com>
escreveu:

> Ola,
>
> Tenho uma serie de modelos para rodar e quando tento colocar a funcao
> glmmadmb, pertencente ao pacote glmmADMB, num looping, retorna o seguinte
> erro:
>
> Error in if (rchar == "") rchar <- "1" : missing value where TRUE/FALSE
> needed
>
> Procurei por esse erro no google e nao encontrei nada semelhante. Quando
> tento fora do looping, a funcao roda normalmente. Eis um codigo de exemplo:
>
> install.packages("glmmADMB", repos="http://r-forge.r-project.org",
> type="source")
> data<-matrix(0,180,43);for(i in 1:43){data[,i]<-rnorm(180,mean=0,sd=1) }
> landscape<-factor(sort(rep(1:30,6)))
> resp<-paste("resp_",1:37,sep='')
> pred<-paste("pred_",1:6,sep='')
> data<-cbind(data,landscape)
> colnames(data)<-c(resp,pred,"landscape")
> formulas<-paste("resp",1:37,"~pred",1:6,sep='')
> fitted.glmm<-list()
> for (i in 1:length(formulas)){
>
> fitted.glmm[[]]<-glmmadmb(formulas[i],data=data,random=1|~landscape,family="nbinom",zeroInflation=FALSE)}
>
>
> Alguem poderia me dizer o que esta acontecendo?
>
> Muito obrigada, Lud
>
>
> --
> *Ludmila Rattis*
> Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP
> Geomatics and Landscape Ecology Research Laboratory (Carleton University -
> Canada)
> http://www.glel.carleton.ca
> Conservation Biogeography Lab (Goias Federal University - Brazil)
> rdloyola.wix.com/cblab
> <http://sites.ffclrp.usp.br/ficus>
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