[R-br] Função para comparar acessos. Dados binários. RAPD.

Quarta Agosto 19 22:37:37 BRT 2015

Luiz Roberto,

O que o exemplo está medindo é se a proporção de fumantes é diferente
entre os quatro grupos; "pacientes" é o denominador e "fumantes" é o
numerador. O exemplo não está comparando uma terceira característica
entre dois grupos diferentes. Por isso a função não aceita valores
faltantes: é impossível calcular a proporção de um grupo quando seu
numerador ou denominador está faltando.

Att,

Leonardo Ferreira Fontenelle[1]

Em Qua 19 ago. 2015, às 19:17, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu:
> Eu recorri à função que o Leonardo sugeriu... e rodei..
>
> # Sugestão do Leonardo:
>
> A1= as.integer(c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","-
> 1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0-
> ","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1"-
> ,"1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0-
> ","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1"-
> ,"1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1",-
> "0")) A2= as.integer(c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0-
> ","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1"-
> ,"1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1",-
> "1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0",-
> "0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1"-
> ,"1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1"))
>
> sucA1=sum(A1, na.rm = TRUE) sucA2=sum(A2, na.rm = TRUE)
> tenA1=length(na.omit(A1)) tenA2=length(na.omit(A2))
> prop.test(c(sucA1,sucA2),c(tenA1,tenA2)).
>
> # De acordo com a função:
>
> smokers  <- c( 83, 90, 129, 70 ) patients <- c( 86, 93, 136, 82 )
> prop.test(smokers, patients)
>
> # Então, semelhantemente, rodei:
>
> prop.test(A1, A2)
>
> # Output:
>
> Erro em prop.test(A1, A2) : elements of 'n' must be positive.
>
> Comentário: acredito que a função não admite dados perdidos 'NA'.
>
> É isto mesmo?
>
>
>
>
>
> Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de
> Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz
> Ilhéus-Bahia-Brasil
>
> luizroberto.uesc em gmail.com skype: lrmpinto
> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>
>
> Em 19 de agosto de 2015 18:57, Luiz Roberto Martins Pinto
> <luizroberto.uesc em gmail.com> escreveu:
>> Semelhança no perfil.
>>
>> O perfil de cada acesso é descrito por 101 marcadores moleculares.
>>
>> Pensando, agora, na sugestão do Leonardo, e pensando no seu
>> questionamento, talvez avaliar a proporção de marcadores iguais fosse
>> uma boa análise deste perfil.  Não tinha pensado nisto...
>>
>>
>> Luiz Roberto.
>>
>>
>>
>> Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de
>> Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz
>> Ilhéus-Bahia-Brasil
>>
>> luizroberto.uesc em gmail.com skype: lrmpinto
>> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>>
>>
>> Em 19 de agosto de 2015 18:36, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
>> escreveu:
>>> Luiz Roberto,
>>>
>>> Frente a sua resposta para o Leonardo, é imperioso propor-lhe a
>>> questão:
>>>
>>> Qual seria a definição de semelhança entre os dois acessos?
>>>
>>> Com essa informação podemos tentar encontrar um teste estatístico
>>> com mais potência para a comparação...
>>>
>>> HTH
>>> --
>>> Cesar Rabak
>>>
>>>
>>> 2015-08-19 16:10 GMT-03:00 Luiz Roberto Martins Pinto
>>> <luizroberto.uesc em gmail.com>:
>>>> Leonardo,
>>>>
>>>> Agradeço a sugestão. Mas é possível que as proporções sejam as
>>>> mesmas entre dois acessos diferentes, se os marcadores estiverem em
>>>> posições diferentes.
>>>>
>>>>
>>>> Luiz Roberto.
>>>>
>>>>
>>>> Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de
>>>> Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia-
>>>> Brasil
>>>>
>>>> luizroberto.uesc em gmail.com skype: lrmpinto
>>>> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>>>>
>>>>
>>>> Em 19 de agosto de 2015 15:07, Leonardo Ferreira Fontenelle
>>>> <leonardof em leonardof.med.br> escreveu:
>>>>> __
>>>>> Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução
>>>>> aproximada.
>>>>>
>>>>> Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de
>>>>> texto em vetores de números inteiros, utilizando a função
>>>>> as.integer()[2]. Quanto à comparação dos vetores propriamente
>>>>> dita, a solução mais simples é com a função prop.test()[3].
>>>>> Utilize sum(x, na.rm = TRUE)[4] para calcular o número de sucessos
>>>>> em cada vetor, e length[5](na.omit(x)) ou length(x[!is.na(x)])
>>>>> para calcular o número de tentativas em cada vetor. Então utilize
>>>>> a função prop.test, informando como primeiro argumento
>>>>> c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1,
>>>>> tentativasA2).
>>>>>
>>>>> Leonardo Ferreira Fontenelle[6]
>>>>>
>>>>>
>>>>> Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto
>>>>> escreveu:
>>>>>> Caros companheiros da Lista R,
>>>>>>
>>>>>> # Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e
>>>>>> # 101 marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca;
>>>>>> # NA=dado perdido); portanto os dados são binários.
>>>>>>
>>>>>> # Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value)
>>>>>> # do acesso A1 ser semelhante ao acesso A2.
>>>>>>
>>>>>> A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1",-
>>>>>> "1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0",-
>>>>>> "0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1",-
>>>>>> "1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1-
>>>>>> ","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1-
>>>>>> ","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1-
>>>>>> ","1","1","1","1","0") A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0",-
>>>>>> "1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1",-
>>>>>> "1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1",-
>>>>>> "1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1"-
>>>>>> ,"0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,-
>>>>>> NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","-
>>>>>> 1","0","1","1","1","1","1","1","1")
>>>>>>
>>>>>> Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar.
>>>>>>
>>>>>> Abraços,
>>>>>>
>>>>>> Luiz Roberto.
>>>>>>
>>>>>> Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de
>>>>>> Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia-
>>>>>> Brasil
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>>>>>> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
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>>>>>> R-br mailing list R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o
>>>>>> guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>>>>> código mínimo reproduzível.
>>>>>
>>>>>
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>>>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>>
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>>>>
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Links:

  1. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638
  2. https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/integer.html
  3. https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/prop.test.html
  4. https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/sum.html
  5. https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/length.html
  6. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638
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