[R-br] Função para comparar acessos. Dados binários. RAPD.

Quarta Agosto 19 19:17:07 BRT 2015

Eu recorri à função que o Leonardo sugeriu... e rodei..

# Sugestão do Leonardo:

A1=
as.integer(c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0"))
A2=
as.integer(c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1"))

 sucA1=sum(A1, na.rm = TRUE)
 sucA2=sum(A2, na.rm = TRUE)
 tenA1=length(na.omit(A1))
 tenA2=length(na.omit(A2))
prop.test(c(sucA1,sucA2),c(tenA1,tenA2)).

# De acordo com a função:

smokers  <- c( 83, 90, 129, 70 )
patients <- c( 86, 93, 136, 82 )
prop.test(smokers, patients)

# Então, semelhantemente, rodei:

prop.test(A1, A2)

# Output:

Erro em prop.test(A1, A2) : elements of 'n' must be positive.

Comentário: acredito que a função não admite dados perdidos 'NA'.

É isto mesmo?

Luiz Roberto Martins Pinto
Prof. Pleno/DCET/UESC
Laboratório de Estatística Computacional
Universidade Estadual de Santa Cruz
Ilhéus-Bahia-Brasil

luizroberto.uesc em gmail.com
skype: lrmpinto
http://lattes.cnpq.br/2732314327604831

Em 19 de agosto de 2015 18:57, Luiz Roberto Martins Pinto <
luizroberto.uesc em gmail.com> escreveu:

> Semelhança no perfil.
>
> O perfil de cada acesso é descrito por 101 marcadores moleculares.
>
> Pensando, agora, na sugestão do Leonardo, e pensando no seu
> questionamento, talvez avaliar a proporção de marcadores iguais fosse uma
> boa análise deste perfil.  Não tinha pensado nisto...
>
> Luiz Roberto.
>
>
> Luiz Roberto Martins Pinto
> Prof. Pleno/DCET/UESC
> Laboratório de Estatística Computacional
> Universidade Estadual de Santa Cruz
> Ilhéus-Bahia-Brasil
>
> luizroberto.uesc em gmail.com
> skype: lrmpinto
> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>
>
>
> Em 19 de agosto de 2015 18:36, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
> escreveu:
>
>> Luiz Roberto,
>>
>> Frente a sua resposta para o Leonardo, é imperioso propor-lhe a questão:
>>
>> Qual seria a definição de semelhança entre os dois acessos?
>>
>> Com essa informação podemos tentar encontrar um teste estatístico com
>> mais potência para a comparação...
>>
>> HTH
>> --
>> Cesar Rabak
>>
>>
>> 2015-08-19 16:10 GMT-03:00 Luiz Roberto Martins Pinto <
>> luizroberto.uesc em gmail.com>:
>>
>>> Leonardo,
>>>
>>> Agradeço a sugestão. Mas é possível que as proporções sejam as mesmas
>>> entre dois acessos diferentes, se os marcadores estiverem em posições
>>> diferentes.
>>>
>>> Luiz Roberto.
>>>
>>> Luiz Roberto Martins Pinto
>>> Prof. Pleno/DCET/UESC
>>> Laboratório de Estatística Computacional
>>> Universidade Estadual de Santa Cruz
>>> Ilhéus-Bahia-Brasil
>>>
>>> luizroberto.uesc em gmail.com
>>> skype: lrmpinto
>>> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>>>
>>>
>>>
>>> Em 19 de agosto de 2015 15:07, Leonardo Ferreira Fontenelle <
>>> leonardof em leonardof.med.br> escreveu:
>>>
>>>> Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução
>>>> aproximada.
>>>>
>>>> Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de texto
>>>> em vetores de números inteiros, utilizando a função as.integer()
>>>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/integer.html>.
>>>> Quanto à comparação dos vetores propriamente dita, a solução mais simples é
>>>> com a função prop.test()
>>>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/prop.test.html>.
>>>> Utilize sum(x, na.rm = TRUE)
>>>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/sum.html>
>>>> para calcular o número de sucessos em cada vetor, e length
>>>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/length.html>(na.omit(x))
>>>> ou length(x[!is.na(x)]) para calcular o número de tentativas em cada
>>>> vetor. Então utilize a função prop.test, informando como primeiro argumento
>>>> c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1, tentativasA2).
>>>>
>>>> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
>>>>
>>>>
>>>> Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu:
>>>>
>>>> Caros companheiros da Lista R,
>>>>
>>>> #  Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101
>>>> marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado
>>>> perdido); portanto os dados são binários.
>>>>
>>>> # Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do
>>>> acesso A1 ser semelhante ao acesso A2.
>>>>
>>>>
>>>> A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0")
>>>>
>>>> A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1")
>>>>
>>>> Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar.
>>>>
>>>> Abraços,
>>>>
>>>> Luiz Roberto.
>>>>
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