[R-br] Função para comparar acessos. Dados binários. RAPD.

[Luiz Roberto Martins Pinto]

Semelhança no perfil.

O perfil de cada acesso é descrito por 101 marcadores moleculares.

Pensando, agora, na sugestão do Leonardo, e pensando no seu questionamento,
talvez avaliar a proporção de marcadores iguais fosse uma boa análise deste
perfil.  Não tinha pensado nisto...

Luiz Roberto.


Luiz Roberto Martins Pinto
Prof. Pleno/DCET/UESC
Laboratório de Estatística Computacional
Universidade Estadual de Santa Cruz
Ilhéus-Bahia-Brasil

luizroberto.uesc em gmail.com
skype: lrmpinto
http://lattes.cnpq.br/2732314327604831



Em 19 de agosto de 2015 18:36, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com> escreveu:

> Luiz Roberto,
>
> Frente a sua resposta para o Leonardo, é imperioso propor-lhe a questão:
>
> Qual seria a definição de semelhança entre os dois acessos?
>
> Com essa informação podemos tentar encontrar um teste estatístico com mais
> potência para a comparação...
>
> HTH
> --
> Cesar Rabak
>
>
> 2015-08-19 16:10 GMT-03:00 Luiz Roberto Martins Pinto <
> luizroberto.uesc em gmail.com>:
>
>> Leonardo,
>>
>> Agradeço a sugestão. Mas é possível que as proporções sejam as mesmas
>> entre dois acessos diferentes, se os marcadores estiverem em posições
>> diferentes.
>>
>> Luiz Roberto.
>>
>> Luiz Roberto Martins Pinto
>> Prof. Pleno/DCET/UESC
>> Laboratório de Estatística Computacional
>> Universidade Estadual de Santa Cruz
>> Ilhéus-Bahia-Brasil
>>
>> luizroberto.uesc em gmail.com
>> skype: lrmpinto
>> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>>
>>
>>
>> Em 19 de agosto de 2015 15:07, Leonardo Ferreira Fontenelle <
>> leonardof em leonardof.med.br> escreveu:
>>
>>> Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução
>>> aproximada.
>>>
>>> Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de texto em
>>> vetores de números inteiros, utilizando a função as.integer()
>>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/integer.html>.
>>> Quanto à comparação dos vetores propriamente dita, a solução mais simples é
>>> com a função prop.test()
>>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/prop.test.html>.
>>> Utilize sum(x, na.rm = TRUE)
>>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/sum.html> para
>>> calcular o número de sucessos em cada vetor, e length
>>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/length.html>(na.omit(x))
>>> ou length(x[!is.na(x)]) para calcular o número de tentativas em cada
>>> vetor. Então utilize a função prop.test, informando como primeiro argumento
>>> c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1, tentativasA2).
>>>
>>> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
>>>
>>>
>>> Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu:
>>>
>>> Caros companheiros da Lista R,
>>>
>>> #  Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101
>>> marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado
>>> perdido); portanto os dados são binários.
>>>
>>> # Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do
>>> acesso A1 ser semelhante ao acesso A2.
>>>
>>>
>>> A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0")
>>>
>>> A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1")
>>>
>>> Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar.
>>>
>>> Abraços,
>>>
>>> Luiz Roberto.
>>>
>>> Luiz Roberto Martins Pinto
>>> Prof. Pleno/DCET/UESC
>>> Laboratório de Estatística Computacional
>>> Universidade Estadual de Santa Cruz
>>> Ilhéus-Bahia-Brasil
>>>
>>> luizroberto.uesc em gmail.com
>>> skype: lrmpinto
>>> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>>>
>>> *_______________________________________________*
>>> R-br mailing list
>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>>
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150819/71b3de08/attachment.html>