[R-br] Função para comparar acessos. Dados binários. RAPD.

[Cesar Rabak]

Luiz Roberto,

Frente a sua resposta para o Leonardo, é imperioso propor-lhe a questão:

Qual seria a definição de semelhança entre os dois acessos?

Com essa informação podemos tentar encontrar um teste estatístico com mais
potência para a comparação...

HTH
--
Cesar Rabak


2015-08-19 16:10 GMT-03:00 Luiz Roberto Martins Pinto <
luizroberto.uesc em gmail.com>:

> Leonardo,
>
> Agradeço a sugestão. Mas é possível que as proporções sejam as mesmas
> entre dois acessos diferentes, se os marcadores estiverem em posições
> diferentes.
>
> Luiz Roberto.
>
> Luiz Roberto Martins Pinto
> Prof. Pleno/DCET/UESC
> Laboratório de Estatística Computacional
> Universidade Estadual de Santa Cruz
> Ilhéus-Bahia-Brasil
>
> luizroberto.uesc em gmail.com
> skype: lrmpinto
> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>
>
>
> Em 19 de agosto de 2015 15:07, Leonardo Ferreira Fontenelle <
> leonardof em leonardof.med.br> escreveu:
>
>> Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução
>> aproximada.
>>
>> Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de texto em
>> vetores de números inteiros, utilizando a função as.integer()
>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/integer.html>.
>> Quanto à comparação dos vetores propriamente dita, a solução mais simples é
>> com a função prop.test()
>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/prop.test.html>.
>> Utilize sum(x, na.rm = TRUE)
>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/sum.html> para
>> calcular o número de sucessos em cada vetor, e length
>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/length.html>(na.omit(x))
>> ou length(x[!is.na(x)]) para calcular o número de tentativas em cada
>> vetor. Então utilize a função prop.test, informando como primeiro argumento
>> c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1, tentativasA2).
>>
>> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
>>
>>
>> Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu:
>>
>> Caros companheiros da Lista R,
>>
>> #  Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101
>> marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado
>> perdido); portanto os dados são binários.
>>
>> # Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do
>> acesso A1 ser semelhante ao acesso A2.
>>
>>
>> A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0")
>>
>> A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1")
>>
>> Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar.
>>
>> Abraços,
>>
>> Luiz Roberto.
>>
>> Luiz Roberto Martins Pinto
>> Prof. Pleno/DCET/UESC
>> Laboratório de Estatística Computacional
>> Universidade Estadual de Santa Cruz
>> Ilhéus-Bahia-Brasil
>>
>> luizroberto.uesc em gmail.com
>> skype: lrmpinto
>> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>>
>> *_______________________________________________*
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150819/919a9950/attachment.html>