[R-br] Função para comparar acessos. Dados binários. RAPD.

[Luiz Roberto Martins Pinto]

Leonardo,

Agradeço a sugestão. Mas é possível que as proporções sejam as mesmas entre
dois acessos diferentes, se os marcadores estiverem em posições diferentes.

Luiz Roberto.

Luiz Roberto Martins Pinto
Prof. Pleno/DCET/UESC
Laboratório de Estatística Computacional
Universidade Estadual de Santa Cruz
Ilhéus-Bahia-Brasil

luizroberto.uesc em gmail.com
skype: lrmpinto
http://lattes.cnpq.br/2732314327604831



Em 19 de agosto de 2015 15:07, Leonardo Ferreira Fontenelle <
leonardof em leonardof.med.br> escreveu:

> Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução
> aproximada.
>
> Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de texto em
> vetores de números inteiros, utilizando a função as.integer()
> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/integer.html>.
> Quanto à comparação dos vetores propriamente dita, a solução mais simples é
> com a função prop.test()
> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/prop.test.html>.
> Utilize sum(x, na.rm = TRUE)
> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/sum.html> para
> calcular o número de sucessos em cada vetor, e length
> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/length.html>(na.omit(x))
> ou length(x[!is.na(x)]) para calcular o número de tentativas em cada
> vetor. Então utilize a função prop.test, informando como primeiro argumento
> c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1, tentativasA2).
>
> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
>
>
> Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu:
>
> Caros companheiros da Lista R,
>
> #  Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101
> marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado
> perdido); portanto os dados são binários.
>
> # Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do acesso
> A1 ser semelhante ao acesso A2.
>
>
> A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0")
>
> A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1")
>
> Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar.
>
> Abraços,
>
> Luiz Roberto.
>
> Luiz Roberto Martins Pinto
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