[R-br] Função para comparar acessos. Dados binários. RAPD.

[Leonardo Ferreira Fontenelle]

Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução
aproximada.

Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de texto em
vetores de números inteiros, utilizando a função as.integer()[1]. Quanto
à comparação dos vetores propriamente dita, a solução mais simples é com
a função prop.test()[2]. Utilize sum(x, na.rm = TRUE)[3] para calcular o
número de sucessos em cada vetor, e length[4](na.omit(x)) ou
length(x[!is.na(x)]) para calcular o número de tentativas em cada vetor.
Então utilize a função prop.test, informando como primeiro argumento
c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1,
tentativasA2).

Leonardo Ferreira Fontenelle[5]


Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu:
> Caros companheiros da Lista R,
>
> # Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101
> # marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado
> # perdido); portanto os dados são binários.
>
> # Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do
> # acesso A1 ser semelhante ao acesso A2.
>
> A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","-
> 1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1-
> ","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1"-
> ,"1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1-
> ","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0"-
> ,"0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0") A2=c("1-
> ","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0"-
> ,"1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1",-
> "1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA-
> ,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","-
> 1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1",-
> "1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1")
>
> Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar.
>
> Abraços,
>
> Luiz Roberto.
>
> Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de
> Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz
> Ilhéus-Bahia-Brasil
>
> luizroberto.uesc em gmail.com skype: lrmpinto
> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>
> _________________________________________________
> R-br mailing list R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia
> de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo
> reproduzível.



Links:

  1. https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/integer.html
  2. https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/prop.test.html
  3. https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/sum.html
  4. https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/length.html
  5. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638
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