[R-br] Plotar perfil de umidade no solo ao longo do ano

[Thiago V. dos Santos]

Caro Wenceslau,

Também estou buscando mudar a escala de cores para algo mais didático, mas ainda não acertei totalmente as configurações. Por enquanto, o que estou fazendo é:

# criar uma escala de azul usando o RColorBrewer.
# digite display.brewer.all() para ver as paletas disponíveis
cols <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Blues"))(200)

# plotar o perfil especificando a paleta no argumento "cols"
plot <- filled.contour(x= date, 
                       y= sort(-(as.numeric(names(depths)))), 
                       z= t(soil_data[11:1,]),
                       zlim= c(0,1),
                       ylab= expression(theta(m^3~~m^-3)),
                       col=cols,
                       nlevels= 100)

Ainda não é o ideal, mas pelo menos uma escala azul torna mais fácil a interpretação de diferentes quantidades de umidade no solo.

Saudações,
--
Thiago V. dos Santos
PhD student
Land and Atmospheric Science
University of Minnesota
http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
Phone: (612) 323 9898


On Thursday, September 18, 2014 9:46 AM, Wenceslau Teixeira <wgt007 em gmail.com> wrote:
 


Caros colegas do R,

muito bacana o script disponibilizado para traçar os perfis de umidade do solo. 
Será útil para nós. Só gostaria de trocar as cores, com valores mais alto (umido) para azul e valores mais baixos (solo seco)
para vermelho, assim o gráfico fica mais cognitivo. 
Alguém sabe como mudar as cores ?

Cordialmente,

Wenceslau Teixeira
Embrapa Solos




library(repmis) # reads text data directly from dropbox - no need to download any file
# read data
url <- 'https://dl.dropboxusercontent.com/u/27700634/precip.txt'
tmp <- repmis::source_data(url, sep = '', header = TRUE)

# convert julian day to date
date <- as.Date(tmp$julian, origin='2011-12-31')
data <- cbind(date, tmp)
head(data)
# define vector with depth of soil layers
depths <- c(0.05,0.10,0.20,0.30,
                 0.40,0.60,0.80,1.00,
                 1.50,2.00,2.50)

# teste com lattice
cols <- ncol(data):4
levelplot(as.matrix(data[, cols]),
          aspect = "fill", xlab = "date", ylab = "soil Moist.",
          scales = list(x = list(at = which(date %in% pretty(date)),
                                 labels = pretty(date)),
                        y = list(at = length(cols):1, labels = depths)),
          contour = T)

# Plot soil moisture profile

# como são profundidades (abaixo da superfície) use a convenção de z negativo
# acrescentei a chuva, precisa ajustar ylabels, mtext() resolve

x11()
op <- par(mar = c(3,4,12,3))
plot <- filled.contour(date, sort(-depths), as.matrix(data[, cols]), ylab = expression(theta(m^3~~m^-3)))
par(new=T,mar=c(23,4,1,8))
with(data,
      plot(date, precip, type = "h", xaxt = "n", xpd = T, xaxs="i", ylab = "Precip (mm)", xlab = ""))
par(op)


-- 


Wenceslau Teixeira

wgt007 em gmail.com
skype: wgt007




























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