[R-br] Anosim_dúvidas (Silma Leite Rocha)

[Marcos Vital]

Olá, Silma

A anosim é um teste de aleatorização de matrizes (mais ou menos parecido
com o teste de Mantel, que é bem mais conhecido) que "pergunta" se em uma
matriz de distância (ou de similaridade, tanto faz), as distâncias dentro
de uma classe é diferente das distâncias entre diferentes classes.

Em que contexto você precisa usar a análise? Ela é muito usada em ecologia
de comunidades, quando temos uma matriz de distância entre unidades
amostrais com dados de presença ou abundância de espécies. A matriz é
normalmente construída com uma métrica apropriada para este tipo de dados
(Jaccard, Bray-Curtios, etc), e as unidades amostrais pertencem a
diferentes classes (estações, tipos de ambiente, etc).

A análise pode ser feita pelo comando anosim() do pacote vegan.
Você irá precisar de dois objetos: a matriz, que poderá ser criada com um
comando como dist() ou vegdist() (este último contem boa parte das métricas
típicas da ecologia de comunidades); e um vetor que contenha todas as
classes, para cada unidade amostral.

Veja o exemplo a seguir, com dados inventados, para ter uma ideia de como
funciona:


####Início do Script####

library(vegan)

dados<-structure(list(UA = 1:8, Ambiente = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L,
2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), sp1 = c(2L,
0L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 0L), sp2 = c(1L, 4L, 1L, 4L, 0L, 3L,
4L, 5L), sp3 = c(1L, 0L, 5L, 0L, 4L, 4L, 3L, 1L), sp4 = c(1L,
3L, 2L, 3L, 0L, 0L, 3L, 5L), sp5 = c(5L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L,
4L, 4L)), .Names = c("UA", "Ambiente", "sp1", "sp2", "sp3", "sp4",
"sp5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))

dados #Apenas para visualizar

matriz<-vegdist(dados[,3:7], method="bray")
classes<-dados$Ambiente

anosim(matriz, classes)

####Fim do Script####

Recomendo que você dê uma olhada no material do pacote vegan que está no
CRAN, pois ele apresenta um manual bem detalhado.


Espero ter ajudado

Atenciosamente

Marcos


Em 30 de junho de 2014 11:17, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
>         r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
>         https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
> corpo da mensagem para
>         r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> endereço
>         r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
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>   10. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Sun, 29 Jun 2014 15:39:05 -0300
> From: Silma Leite Rocha <silmalrocha22 em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: [R-br] Anosim_dúvidas
> Message-ID:
>         <CAKsbjo59LB33j=
> TsL2cdtU5enRReUETTMonf2Sz+ZpHK+e41-g em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Boa tarde,
>
> preciso aprender a fazer uma análise - Anosim. Dei uma olhadinha no grupo e
> vi que já fizeram uma postagem sobre isso  mas não entendi muito. Por
> exemplo: uma pessoa cita que são necessárias duas tabelas, o que seria essa
> outra tabela?
> Alguém teria o script para me ajudar?
> Nunca trabalhei com este tipo de análise. Fiz os meus testes utilizando o
> G-test em um artigo, e o referee solicitou que eu substituísse a análise
> pela Anosim.
>
> Desde já agradeço o auxílio.
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>

-- 
Marcos Vinícius Carneiro Vital
Universidade Federal de Alagoas
Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde
Setor de Biodiversidade e Ecologia
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