<div dir="ltr"><div>Olá, Silma</div><div><br></div><div>A anosim é um teste de aleatorização de matrizes (mais ou menos parecido com o teste de Mantel, que é bem mais conhecido) que "pergunta" se em uma matriz de distância (ou de similaridade, tanto faz), as distâncias dentro de uma classe é diferente das distâncias entre diferentes classes.</div>
<div><br></div><div>Em que contexto você precisa usar a análise? Ela é muito usada em ecologia de comunidades, quando temos uma matriz de distância entre unidades amostrais com dados de presença ou abundância de espécies. A matriz é normalmente construída com uma métrica apropriada para este tipo de dados (Jaccard, Bray-Curtios, etc), e as unidades amostrais pertencem a diferentes classes (estações, tipos de ambiente, etc).</div>
<div><br></div><div>A análise pode ser feita pelo comando anosim() do pacote vegan.</div><div>Você irá precisar de dois objetos: a matriz, que poderá ser criada com um comando como dist() ou vegdist() (este último contem boa parte das métricas típicas da ecologia de comunidades); e um vetor que contenha todas as classes, para cada unidade amostral.</div>
<div><br></div><div>Veja o exemplo a seguir, com dados inventados, para ter uma ideia de como funciona:</div><div><br></div><div><br></div><div>####Início do Script####</div><div><br></div><div>library(vegan)</div><div><br>
</div><div>dados<-structure(list(UA = 1:8, Ambiente = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, </div><div>2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), sp1 = c(2L, </div><div>0L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 0L), sp2 = c(1L, 4L, 1L, 4L, 0L, 3L, </div>
<div>4L, 5L), sp3 = c(1L, 0L, 5L, 0L, 4L, 4L, 3L, 1L), sp4 = c(1L, </div><div>3L, 2L, 3L, 0L, 0L, 3L, 5L), sp5 = c(5L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L, </div><div>4L, 4L)), .Names = c("UA", "Ambiente", "sp1", "sp2", "sp3", "sp4", </div>
<div>"sp5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))</div><div><br></div><div>dados #Apenas para visualizar</div><div><br></div><div>matriz<-vegdist(dados[,3:7], method="bray")</div>
<div>classes<-dados$Ambiente</div><div><br></div><div>anosim(matriz, classes)</div><div><br></div><div>####Fim do Script####</div><div><br></div><div>Recomendo que você dê uma olhada no material do pacote vegan que está no CRAN, pois ele apresenta um manual bem detalhado.</div>
<div><br></div><div><br></div><div>Espero ter ajudado</div><div><br></div><div>Atenciosamente</div><div><br></div><div>Marcos</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">Em 30 de junho de 2014 11:17, <span dir="ltr"><<a href="mailto:r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br</a>></span> escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Enviar submissões para a lista de discussão R-br para<br>
<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<br>
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<br>
Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo<br>
endereço<br>
<a href="mailto:r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br">r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
<br>
Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será<br>
mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."<br>
<br>
<br>
Tópicos de Hoje:<br>
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1. Anosim_dúvidas (Silma Leite Rocha)<br>
2. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Leal)<br>
3. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Leal)<br>
4. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Paulo Justiniano)<br>
5. Função 'getManyCsv" (Leonardo Monteiro)<br>
6. Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho)<br>
7. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris<br>
(Leonardo Ferreira Fontenelle)<br>
8. combinar Cluster e Ordination (PCA) (Jackson Rodrigues)<br>
9. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Vinicius Brito Rocha)<br>
10. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho)<br>
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Message: 1<br>
Date: Sun, 29 Jun 2014 15:39:05 -0300<br>
From: Silma Leite Rocha <<a href="mailto:silmalrocha22@gmail.com">silmalrocha22@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
Subject: [R-br] Anosim_dúvidas<br>
Message-ID:<br>
<CAKsbjo59LB33j=<a href="mailto:TsL2cdtU5enRReUETTMonf2Sz%2BZpHK%2Be41-g@mail.gmail.com">TsL2cdtU5enRReUETTMonf2Sz+ZpHK+e41-g@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Boa tarde,<br>
<br>
preciso aprender a fazer uma análise - Anosim. Dei uma olhadinha no grupo e<br>
vi que já fizeram uma postagem sobre isso mas não entendi muito. Por<br>
exemplo: uma pessoa cita que são necessárias duas tabelas, o que seria essa<br>
outra tabela?<br>
Alguém teria o script para me ajudar?<br>
Nunca trabalhei com este tipo de análise. Fiz os meus testes utilizando o<br>
G-test em um artigo, e o referee solicitou que eu substituísse a análise<br>
pela Anosim.<br>
<br>
Desde já agradeço o auxílio.<br>
-------------- Próxima Parte ----------<br>
Um anexo em HTML foi limpo...<br>
URL: <<a href="http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140629/001bc91c/attachment-0001.html" target="_blank">http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140629/001bc91c/attachment-0001.html</a>><br>
</blockquote></div><div><br></div>-- <br>Marcos Vinícius Carneiro Vital<br>Universidade Federal de Alagoas<br>Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde<br>Setor de Biodiversidade e Ecologia
</div></div>