[R-br] Anosim_dúvidas (Silma Leite Rocha)

Segunda Junho 30 14:14:17 BRT 2014

Marcos Vital muito obrigada pelas informações!
Já comecei a entender todo o processo. Vou ler um pouco mais sobre essa
análise.
Muito obrigada!!

Em 30 de junho de 2014 11:41, Marcos Vital <marcosvital em gmail.com> escreveu:

> Olá, Silma
>
> A anosim é um teste de aleatorização de matrizes (mais ou menos parecido
> com o teste de Mantel, que é bem mais conhecido) que "pergunta" se em uma
> matriz de distância (ou de similaridade, tanto faz), as distâncias dentro
> de uma classe é diferente das distâncias entre diferentes classes.
>
> Em que contexto você precisa usar a análise? Ela é muito usada em ecologia
> de comunidades, quando temos uma matriz de distância entre unidades
> amostrais com dados de presença ou abundância de espécies. A matriz é
> normalmente construída com uma métrica apropriada para este tipo de dados
> (Jaccard, Bray-Curtios, etc), e as unidades amostrais pertencem a
> diferentes classes (estações, tipos de ambiente, etc).
>
> A análise pode ser feita pelo comando anosim() do pacote vegan.
> Você irá precisar de dois objetos: a matriz, que poderá ser criada com um
> comando como dist() ou vegdist() (este último contem boa parte das métricas
> típicas da ecologia de comunidades); e um vetor que contenha todas as
> classes, para cada unidade amostral.
>
> Veja o exemplo a seguir, com dados inventados, para ter uma ideia de como
> funciona:
>
>
> ####Início do Script####
>
> library(vegan)
>
> dados<-structure(list(UA = 1:8, Ambiente = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L,
> 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), sp1 = c(2L,
> 0L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 0L), sp2 = c(1L, 4L, 1L, 4L, 0L, 3L,
> 4L, 5L), sp3 = c(1L, 0L, 5L, 0L, 4L, 4L, 3L, 1L), sp4 = c(1L,
> 3L, 2L, 3L, 0L, 0L, 3L, 5L), sp5 = c(5L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L,
> 4L, 4L)), .Names = c("UA", "Ambiente", "sp1", "sp2", "sp3", "sp4",
> "sp5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))
>
> dados #Apenas para visualizar
>
> matriz<-vegdist(dados[,3:7], method="bray")
> classes<-dados$Ambiente
>
> anosim(matriz, classes)
>
> ####Fim do Script####
>
> Recomendo que você dê uma olhada no material do pacote vegan que está no
> CRAN, pois ele apresenta um manual bem detalhado.
>
>
> Espero ter ajudado
>
> Atenciosamente
>
> Marcos
>
>
> Em 30 de junho de 2014 11:17, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>
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>>
>> Message: 1
>> Date: Sun, 29 Jun 2014 15:39:05 -0300
>> From: Silma Leite Rocha <silmalrocha22 em gmail.com>
>> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> Subject: [R-br] Anosim_dúvidas
>> Message-ID:
>>         <CAKsbjo59LB33j=
>> TsL2cdtU5enRReUETTMonf2Sz+ZpHK+e41-g em mail.gmail.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>>
>> Boa tarde,
>>
>> preciso aprender a fazer uma análise - Anosim. Dei uma olhadinha no grupo
>> e
>> vi que já fizeram uma postagem sobre isso  mas não entendi muito. Por
>> exemplo: uma pessoa cita que são necessárias duas tabelas, o que seria
>> essa
>> outra tabela?
>> Alguém teria o script para me ajudar?
>> Nunca trabalhei com este tipo de análise. Fiz os meus testes utilizando o
>> G-test em um artigo, e o referee solicitou que eu substituísse a análise
>> pela Anosim.
>>
>> Desde já agradeço o auxílio.
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>>
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> Marcos Vinícius Carneiro Vital
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> Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde
> Setor de Biodiversidade e Ecologia
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